Yazar "Çiçek, Candan" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 16 / 16
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Akut İshali Olan Hastalarda Rotavirüs ve Norovirüs Sıklığının Araştırılması(2019) Arslan, Ayşe; Çiçek, Candan; Aksoylar, Serap; Saz, Eylem Ulaş; Taşbakan, Meltem IşıkgözGiriş: Bu çalışmada, yaklaşık bir yıllık süreçte bir üniversite hastanesine akut ishal şikayetiyle ayaktan başvuran veya akut gastroenterit ön tanısıyla hastanede yatarak izlenen hastalardaki rotavirüs ve norovirüs sıklığının araştırılması amaçlanmıştır. Materyal ve Metod: Eylül 2016-Ağustos 2017 tarihleri arasında akut gastroenterit ön tanısıyla hastaneye başvuran hastalardan laboratuvara gönderilen 408 dışkı örneği incelenmiştir. Bu örnekler, yaş aralığı bir ay ile 84 yaş arasında değişen (medyan: 3.0 yaş, ortalama: 10.25 yaş), 341 (%83.5)’i çocuk, 67 (%16.4)’si yetişkin hastalardan toplanmıştır. Dışkı örneklerinin 206 (%50.5)’sı polikliniğe başvuran, 202 (%49.5)’si yatan hastalardan elde edilmiştir. Akut gastroenterit ön tanılı hastalardan toplanan dışkı örnekleri norovirüs (genotip I ve II) ve rotavirüs türlerini kalitatif olarak saptayan otomatize ve kapalı bir sistem olan multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (rt-PCR) testi (BD MAX™ Enteric Viral Panel, BD Diagnostics, Baltimore, MD, USA) ile incelenmiştir. Bu multipleks PCR sisteminde örnekte bulunan viral nükleik asitler kapalı ve otomatize şekilde ekstrakte edilip, revers transkripsiyonla komplementer DNA (cDNA) sentezlenip, hedef cDNA rt-PCR yöntemiyle amplifiye edildikten sonra virüsler kalitatif olarak saptanmıştır. Bulgular: Akut gastroenterit şikayetiyle başvuran 408 hastanın 223 (%54.7)’ü en az bir virüs açısından pozitif bulunmuştur. Pozitif örneklerin 184 (%45.1)’ünde rotavirüs, 26 (%6.4)’sında norovirüs genotip II, 1 (%0.2)’inde norovirüs genotip I ve 12 (%2.9)’sinde rotavirüs ve norovirüs genotip II birlikte saptanmıştır. Pozitif bulunan örneklerin 121 (%54.3)’i poliklinik hastalarından, 102 (%45.7)’si yatan hastalardan gönderilmiştir (p= 0.094). Rotavirüs için pozitiflik oranı pediatrik ve yetişkin hasta grupları için sırasıyla %48.4 (165/341) ve %46.3 (31/67) olarak saptanmıştır (p= 0.751). Rotavirüs pozitifliğinin en çok mart (%75), şubat (%70) ve ocak (%60) aylarında olduğu görülmüştür. Sonuç: Akut viral gastroenterit ön tanısıyla laboratuvara gönderilen dışkı örneklerinde özellikle kış aylarında rotavirüs pozitifliği yaklaşık %48 oranında, norovirüs pozitifliği ise yaklaşık %10 oranında bulunmuştur. Yatan ya da ayaktan hastaların pozitiflik oranlarında ve çocuk ya da erişkin hastaların pozitiflik oranlarında anlamlı bir fark bulunamamıştırÖğe Alt solunum yolu infeksiyonu olan çocuklarda hMPV prevalansının saptanması(Ege Üniversitesi, 2010) Aksoy Gökmen, Ayşegül; Çiçek, CandanAlt solunum yolu infeksiyonu, insan metapnömovirüsü (hMPV), real time reverz transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu (rRT-PZR), hücre kültürü.;İlk kez 2001 yılında keşfedilen insan metapnömovirüsü özellikle 10 yaş altı çocuklarda alt solunum yolu infeksiyonu etkenidir. Bugüne kadar farklı yöntemler kullanılarak yapılan yayınlarda, virüsün alt solunum yolu infeksiyonlarında %5-20 oranında etken olarak saptandığı bildirilmiştir. Bu çalışmada, bölgemizde alt solunum yolu infeksiyonu olan çocuklarda insan metapnömovirüsü prevalansını araştırmak amaçlanmıştır. Ocak 2009- Aralık 2009 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Anabilim Dalı ve Çocuk Acil Servisi'ne alt solunum yolu infeksiyonu tanısıyla başvuran 0-10 yaş arası 100 hastadan semptomlarının ilk üç gününde nazofarengeal sürüntü örnekleri alındı. İnsan metapnömovirüsü'nü saptamak amacıyla klinik örneklere, HEp-2 hücre dizilerinin kullanıldığı "shell vial" hücre kültürü yöntemi ve rRT-PZR testi uygulandı. Her iki yöntemde pozitif kontrol olarak, Erasmus Üniversitesi'nden sağlanan standart insan metapnömovirüs kökenleri, dış kalite kontrol amacıyla QCMD-2009 insan metapnömovirüs paneli kullanıldı. Hastaların klinik örneklerinde "shell vial" hücre kültürü yöntemi ile 11 örnek pozitif, 89 örnek negatif bulundu. Real time RT-PZR testi ile iki örnek pozitif, 98 örnek negatif bulundu. Hücre kültürü ile pozitif bulunan 11 örneğin ikisi rRT-PZR yöntemi ile de pozitif bulundu. Diğer dokuz örnek ise sadece "shell vial" hücre kültürü yöntemi ile pozitif bulundu. Uyumsuz sonuçları gidermek amacıyla her iki yöntem tekrarlandı. Bu çalışmada kullanılan rRT-PZR testi ile QCMD-2009 panelinin beş standart örneğinde benzer sonuçlar bulunurken, pozitif olan bir standart örnek (hMPV A genetik grubu, Ct değeri:37.31) ise negatif bulundu. Bu çalışmada, insan metapnömovirüsünün prevalansı "shell vial" hücre kültürü yöntemiyle % 11.0 oranında bulundu. Real time RT-PZR testinin düşük viral yüke sahip insan metapnömovirüs A genetik grubunu içeren örneklerde virüsü saptamada yetersiz olduğu düşünüldü. Bu nedenle tanıda kullanılacak yeni geliştirilen moleküler yöntemlerin yanında hücre kültürü yönteminin de kullanılması gerektiği sonucuna varıldı.;Lower respiratory tract infection, human metapneumovirus (hMPV), real-time reverz transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PZR), cell culture.Öğe CoronaVac ile aşılanan ve COVID-19 tanısı alan hastane çalışanlarında antikor sonuçlarının 1 yıl boyunca izlenmesi(Ege Üniversitesi, 2024) Çiçek, Candan; Akkuş Kayalı, GözdeAmaç: Bu çalışmada, sağlık çalışanlarının bir yıl boyunca COVID-19 geçirip geçirmeyeceklerini takip etmek, SARS CoV-2 ile karşılaşma sonrası iki tip antikorun dinamiklerini izlemek amaçlanmıştır. Yöntemler: Kasım 2020 ile Ağustos 2021 arasında, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde toplam 6050 sağlık çalışanı arasından seçilmiş 184 kişi ile bir kohort çalışması yürütüldü. Katılımcılar dört gruba ayrılarak takip edildi: geçirilmiş COVID-19 tanısı olan ve aşı olmayanlar (Grup 1), geçirilmiş COVID-19 tanısı olan ve aşı olanlar (Grup 2), T.C. Sağlık Bakanlığı programı kapsamında iki doz aşı olanlar (Grup 3) ve Kasım 2020 tarihinden itibaren üç veya dört doz aşı olanlar (Grup 4) şeklinde sınıflandırıldı. Altıncı ayda takipte ölçülen antikor düzeyleri birincil sonuç olarak tanımlandı. Bulgular: Altıncı ayda, tüm katılımcıların serum örneklerinde Anti-S antikoru ve % 85,1'inde Anti-N antikorları saptandı. Anti-S antikor düzeyleri, Grup 2'de diğer gruplara göre yüksek bulundu (p <0,001). Grup 1 ve 3 katılımcılarının antikor düzeyleri benzerdi (p = 0,080). Grup 1 ve 2 katılımcıların Anti-N antikor ortalamaları, Grup 3 ve 4 katılımcılarına göre daha yüksekti (p <0,001). Katılımcıların 12. ay ölçümlerinde Anti-S antikor düzeyleri son altı ayda BioNTech ile aşı olanlarda, Anti-N antikor düzeyleri geçmiş COVID-19 tanısı olanlar ve CoronaVac ile aşı olanlarda istatistiksel olarak anlamlı yüksekti (p <0,05). Yaş gruplarına göre 50 yaş üstü olan bireylerde ve mesleklere göre hekimlerde 12. ay Anti-S antikoru düzeyleri anlamlı derecede yüksekti (p <0,05). Ortalama antikor düzeyleri altıncı ayda ofis çalışanlarında ve erkeklerde daha düşük bulundu fakat bu gruplara göre fark yoktu (p >0,05). Tüm katılımcılarda izlem boyunca Anti-N antikor düzeyleri hemşireler için yüksek bulundu (p <0,05). Sonuçlar: COVID-19 geçiren ve/veya aşılanan sağlık çalışanlarında Anti-S ve Anti-N antikorları 12 aya kadar saptanabilmektedir. Özellikle hibrit bağışıklık daha etkin bir bağışıklık yanıtı oluşturmaktadır. Kısa süreli aşılamalarının doğal immünite üzerine olumsuz etkisi söylenebilir fakat daha kapsamlı çalışmalara ihtiyaç vardır. Özellikle BioNTech aşısı ile yapılan güçlendirici dozlar etkili bir Anti-S antikor uyarısı olu`turmaktadır. 1naktive tam virüs aşısı olan CoronaVac ile bağışıklama sonucu ve enfeksiyonu geçirme sonrasında Anti-N antikor yanıtı indüklenmiştir.Öğe A cultivating experience of Ege University Faculty of Medicine with research training program AEP(2016) Sezer, Ebru; Batı, Ayşe Hilal; Mandıracıoğlu, Aliye; Öcek, Zeliha Aslı; Çiçek, Candan; Baka, Meral; Evren, Vedat…Öğe HIV Pozitif Kişilerde Cinsel Yolla Bulaşan Etkenlerin Sıklığı(2021) Pullukçu, Hüsnü; Çiçek, Candan; Köse, Timur; Bozdemir, Tuğba; Aydemir, Sabire Şöhret; Altuğlu, İmre; Önal, UğurAmaç: Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar, toplum sağlığı açısından önemli, sık görülen enfeksiyonlardır. Cinsel yolla bulaşan enfeksiyonların önlenmesi, erken tanı konulması ve tedavi edilmesi, “Human immunodeficiency virus” (HIV) bulaşının kontrol altına alınmasında önemli bir yere sahiptir. Bu çalışmada, herhangi bir semptomu olmayan HIV pozitif kişilerdeki cinsel yolla bulaşan diğer enfeksiyon etkenlerini taramak ve etkenlerin HIV pozitif kişilerdeki sıklığını araştırmak amaçlanmıştır. Yöntem: Eylül 2015 ile Nisan 2016 tarihleri arasında, 14’ü kadın (%15.6), 76’sı erkek (%84.4) olmak üzere cinsel yolla bulaşan enfeksiyonlar açısından asemptomatik olan 90 HIV pozitif kişiden vajinal ve üretral sürüntü örnekleri toplandı. Kişiler örneklerini kendileri aldı. Araştırmaya katılan olgular 20-69 yaş aralığındaydı (Medyan=36, SD=10.48). Örneklerden Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis, Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Herpes simpleks virüs tip 1 ve 2, Human papillomavirüs gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Real-time PCR) yöntemi ile araştırıldı. Bulgular: HIV pozitif kişilerin 49’unda (%54.4) en az bir cinsel yolla bulaşan etken pozitif bulundu. Örneklerin 31’inde (%34.4) Human papillomavirüs, 20’sinde (%22.2) Ureaplasma urealyticum, 15’inde (%16.6) Ureaplasma parvum, 8’inde (%8.8) Mycoplasma genitalium, 8’inde (%8.8) Mycoplasma hominis, 5’inde (%5.5) Neisseria gonorrhoeae, 2’sinde (%2.2) Chlamydia trachomatis, saptandı. Trichomonas vaginalis, Herpes virüs tip 1 ve 2 klinik örneklerin hiçbirinde saptanmadı. Sonuç: HIV pozitif kişilerin yaklaşık %55’inde bir veya birden fazla cinsel yolla bulaşan patojenler pozitif bulunmuş ve en sık etken olarak Human papillomavirus saptanmıştır. Bu durum, asemptomatik bireylerde bile etkene yönelik tarama yapılması gerekliliğini ortaya koymaktadır. Bu konuda ülkemizdeki farkındalığın artırılmasına yönelik çalışmalara gereksinim vardır.Öğe HIV pozitif kişilerde cinsel yolla bulaşan etkenlerin sıklığı(Ege Üniversitesi, 2018) Çiçek, CandanAMAÇ: Bu çalışmada, HIV pozitif kişilerdeki cinsel yolla bulaşan hastalık etkenlerinden Neisseria gonorrhoeae , Chlamydia trachomatis, Trichomonas vaginalis Mycoplasma genitalium, Mycoplasma hominis, Ureaplasma urealyticum, Ureaplasma parvum, Herpes simpleks virüs tip 1 ve 2, Human Papilloma virüs'ün 19 yüksek riskli genotipi ve 9 düşük riskli genotipini taramak ve etkenlerin sıklığını araştırmak amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM: Eylül 2015 ile Nisan 2016 tarihleri arasında, 90 [14'ü kadın (%15.6), 76'sı erkek (%84.4)] HIV pozitif hastadan vajinal ve üretral sürüntü örnekleri toplandı. Bakteriyel ve parazit etkenleri çoklu olarak amplifiye edildi (AnyplexTM II STI-7 Detection (V1.1), Seegene, Güney Kore). HPV için üretici firma (Anyplex II HPV28 Detection kit, Seegene, Güney Kore) protokolü uygulandı. HSV tip 1-2 saptanmasında HSV 1/2 Qual Kit (Roche Diagnostics GmbH, Mannheim, Almanya ) kullanıldı. BULGULAR: HIV pozitif hastaların 49'unda (%54,4) en az bir cinsel yolla bulaşan etken pozitif bulundu. Trichomonas vaginalis, HSV-1 ve HSV-2, klinik örneklerin hiç birinde saptanmadı. Örneklerin 31'inde (%34,4) HPV, 20'sinde (%22,2) U. urealyticum, 15'inde (%16,6) U. parvum, 8'indee(%8,8) M. genitalium, 8'inde (%8,8) M. hominis, 5'inde (%5,5) N. gonorrhoeae, 2'sinde (%2,2) C. trachomatis, saptandı. SONUÇ: HIV (+) kişilerin yaklaşık %55'inde etken pozitif bulunmuştur. Bu hastaların %35'inde çoklu etken saptanmıştır. HIV(+) kişilerde en sık rastlanan ilk üç etken sırasıyla HPV (%35), U.urealyticum (%22) ve U.parvum (%17) olmuştur. HPV enfeksiyonunun hastanemize başvuran HIV pozitif hastalarda önemli bir cinsel yolla bulaşan etken olduğu görülmüştür ve herhangi bir belirti göstermeyen hastalarda bile etkene yönelik tarama yapılması sonucuna varılmıştır.;Cinsel Yolla Bulaşan Hastalıklar; HIV; Klamidya; Gonore.;Sexually Transmitted Diseases; HIV; Chlamydia; Gonorrhea.Öğe İnfluenza A virüsünün H1 (swine), H5 (avian) ve H1, H3 (human alt tiplerinin multipleks PCR yöntemi ile araştırılması(Ege Üniversitesi, 2010) Çiçek, Candan; Pullukçu, HüsnüGrip, influenza virüsleri, mültipleks, PCR, solunum virüsleri.;İnfluenza A H1N1 virüsü ile oluşan pandemi sonrasında, grip semptomu olan hastalarda solunum virüslerinin araştırılması ve influenza A virüsü saptanan hastalarda influenza virüslerinin multipleks PCR yöntemiyle tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Eylül 2010-Ocak 2013 tarihleri arasında grip semptomları olan olgularında 700{313 (%44.7) kadın, 387 (%55.3) erkek} nazofarengeal sürüntü örneği toplandı Hastaların yaş aralığı 24 gün-94 yaş (medyan:1 yaş) arasındaydı. Üretici firmanın önerileri doğrultusunda , nükleik asitler ekstrakte edildi ve cDNA'lar sentezlendi. Nükleik asitlerin multipleks amplifikasyonu DPO primerler ve ''RV5 ACE Screening'', ''RV15 Screening'', ''FluACE Subtyping'' (Seegene, Güney Kore) kitleri ile yapıldı. PCR ürünü, ''Screen Tape'' çoklu tanımlama sistemi kullanılarak otomatize poliakrilamid jelde protein elektroforezi ile saptandı.Sonuçlar kit yazılım programları ile tanımlandı. Solunum virüsleri, toplam 700 hastanın 375'inde (%53.6) pozitif, 325'inde (%46.4) negatif bulundu. Elli dokuz hastada (%8.4) birden fazla solunum virüsü saptandı. Saptanan 86 influenza A virüsünün, 55'i (%63.9) human H3, 24'ü (%27.9) swine H1 ve 7'si (%8.2)human H1 alt tipinde bulundu. İnfluenza virüsleri, RSV ve diğer solunum virüslerinin prevalansı sırasıyla; %10.2, %21.1, %13.9 bulundu. Çocuklarda RSV, erişkinlerde influenza A en sık saptanan solunum virusleri olmuştur. En sık Görülen ikili etken RSV, rhinovirus birlikteliğidir. Çoklu etken enfeksiyonlarının çoğu (%83.3) çocuklarda görülmüştür. İnfluenza A virüs swine H1 Şubat 2011 tarihine kadar grip olgularında en sık saptanan alt tip olup daha sonra yerini human H3'e bırakmıştır. Şubat 2012 tarihinden itibaren human H3 olgularında artış görülmüştür.;Influenza, influenza viruses, multiplex PCR, respiratory viruses.Öğe Influenza A virüsüyle enfekte hücre hatlarında değişen müsin 1 (MUC1) ekspresyonlarının otofaji yolaklarına etkisinin gözlenmesi(Ege Üniversitesi, 2022) Çiçek, Candan; Özaslan, Muhammed Alper; Vatansever, Gökhan; Özkan, Hasan SelçukAmaç: Bu çalışmada, influenza virüsü ile enfekte edilen kanser hücrelerinde; MUC1 ekspresyonlarında değişimlerin ve bunu takiben otofaji belirteçleri olan mTOR ve LC3B ekspresyonlarının gözlenmesi amaçlanmıştır. Yöntem: Tüm hücre dizileri (MDCK, RD, He-La, MCF-7, A-549) tek tabaka olarak çoğaltıldıktan sonra shall-vial yöntemi ile hücreler. İnfluenza virüsü inoküle edildi. 48 saatlik inkübasyon sonrasında tüm diziler mTOR, LC3B ve MUC1 için spesifik monoklonal antikorlar kullanılarak indirekt immünoflöresan yöntemi ile boyandı. Boyama işlemi başlamadan önce tüm hücre dizilerinin üzerinde bulunan sıvı kısım toplandı ve mTOR, LC3B ve MUC1 için özgül primer/prop setleri kullanılarak RT-PCR yöntemi ile yolakların gen ekspiresyonları saptandı. Tüm işlemler için influenza inoküle edilmeyen negatif hücreler kontrol olarak kullanıldı. İnfluenza virüsü üreme kontrolü için MDCK hücresi kullanıldı ve inoküle edilen her hücre dizisinin bir örneği influenza virüs monoklonal antikoru ile boyandı. Bulgular: RD hariç influenza inoküle edilen hücrelerin hepsinde LC3B, mTOR ve MUC-1için pozitif flöresan ışıma saptandı. İmmünoflöresan yöntemle, influenza inoküle edilmeyen MCF-7, He-La, RD ve A-549'da hiçbir ışıma saptanmadı.İnfluenza inoküle edilen hücre kültürlerinin üst sıvısında RD hücresi hariç MUC-1, LC3B ve mTOR için pozitif (Ct 20, 01-32, 04) sonuç alındı.İnfluenza virüsü inoküle edilmeyen hücrelerde sadece A-549 hücresinde yolaklar negatif bulundu. Diğer hücrelerde ise pozitif (Ct 21, 98-23, 78) sonuç alındı. Virüs ekimi yapılmayan RD hücrelerinde yolakların tümü pozitif bulundu. Sonuçlar: Sonuç olarak adenokanser yapısındaki hücrelerde influenza virüsü ile aktive olan otofaji yolaklarının varlığı gösterilmiştir. Ancak bu durum nükleik asit testleri ile tam olarak kanıtlanamamıştır. Bunun nedeni çalışmada kullanılan nükleik asit testlerinin sadece gen ekspresyonunu ve mRNA oluşumunu saptaması olabilir. Gelecek çalışmalarda, bu genlerin protein düzeyinde ifade edilmeleri daha ileri testlerle saptanmalıdır.Öğe Kitap Otomatı(Ege Üniversitesi, 2016) Oktay Alfatlı, Ayşe Nur; Çiçek, CandanBook machine, Popular Books, policinic areas;Ege Üniversitesi Tıp Fakültesinde öğretim üyeleri tarafından çeşitli konularda yazılmış olan 60'ın üzerinde Halk Kitabı bulunmaktadır. Halk Kitapları'nı halkımızla buluşturmak amacıyla fakültemize dört adet otomatik alış-veriş makinesi alınmıştır. Bu proje ile yayın bürosunda basılı hazır halde bulunan 60 adet farklı konuyu işleyen "Halk Kitapları" serisinin, hastanemizde polikliniklerin bulunduğu alanda otomatik alış-veriş cihazları (Kitap otomatı) içinde sergilenerek, halkımıza kolaylıkla ulaştırılması amaçlanmıştır. Bu proje, mevcut Ege Üniversitesi sağlık kitaplarının halkla buluşmasını sağlamak amacıyla düzenlenmiş bir alt yapı projesidir.;Kitap otomatı, Halk Kitapları, poliklinik alanlarıÖğe Klinik örneklerden izole edilen adenovirusların PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmesi(2012) Çiçek, Candan; Şanlıda, Tamer; Akçalı, Sinem; Sayan, Murat; Yalaz, Mehmet; Metin, Dilek YeşimAdenoviruslar, üst ve alt solunum yolu enfeksiyonları (sırasıyla ÜSYE ve ASYE), konjunktivit, gastroen-terit ve hemorajik sistit gibi çeşitli enfeksiyon hastalıklarının etkeni olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu çalışmada, klinik örneklerden izole edilen adenovirusların polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve DNA dizi analizi yöntemi kullanılarak tiplendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışmaya, 01 Ocak 2011-31 Mayıs 2011 tarihleri arasında rutin viroloji laboratuvarımıza gönderilen çeşitli klinik örneklerden (295 nazofarengeal sürüntü, 42 konjunktival sürüntü, 13 dışkı) izole edilen 22 adenovirus (AdV) suşu dahil edilmiştir. Pozitif örnekler(14 nazofarengeal sürüntü, 7 konjunktival sürüntü, 1 dışkı), ASYE (n= 8), ÜSYE (n= 6), konjunktivit (n=7) ve gastroenterit (n= 1) klinik tablolarıyla başvuran sekizi erişkin (dördü erkek; medyan yaş: 32.5 yıl), 14’ü çocuk (yedisi erkek; medyan yaş: 1 yıl) hastaya aittir. Hızlı (shell vial) hücre kültürü yöntemiyle izole edilen ve direkt immünfloresan antikor yöntemiyle tanımlanan AdV pozitif örnekler, hekzon geninin “hipervariable region 1-6”yı hedefleyen PCR ve DNA dizi analizi yöntemiyle tiplendirilmiştir. Viral DNA amplifikasyonu Lu ve Erdman’ın tanımladığı PCR primerleri (Adhex F1, Adhex R1) kullanılarak yapılmış; ilk reaksiyonda dizi analizi için yeterli ürün elde edilmediğinde Adhex F2 ve Adhex R2 primerleri ile “nes-ted” PCR uygulanmıştır. Dizi analizi, amplifikasyon primerleri ve Sequence Reagent Mix-DYEnamic ET Terminator Cycle Sequencing kiti (Amersham Pharmacia Biotech Inc, ABD) kullanılarak ABI PRISM 310 Genetic Analyzer cihazında (Applied Biosystems, ABD) gerçekleştirilmiştir. Elde edilen AdV DNA dizilerinin BLAST analiziyle tiplendirilmesi sonunda, serotip 3, 4 ve 8 olmak üzere üç farklı tip saptanmıştır. Çalışmamızda, biri gastroenterit, altısı ÜSYE ve ASYE olan toplam 7 (%31.8) hastanın AdV tip 3; yedisi kon-junktivit, beşi ÜSYE ve ASYE olan toplam 12 (%54.5) hastanın AdV tip 8; biri ÜSYE ve ikisi ASYE olan 3(%13.7) hastanın ise AdV tip 4 ile enfekte olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak bu çalışmada, AdV tip 8, konjunktivit ve ÜSYE olan hastalarda, AdV tip 3 ise ASYE olan hastalarda en sık saptanan tipler olmuştur. Adenovirusların moleküler tiplendirmesinde BLAST analizinin en uygun yöntemlerden birisi olduğu düşünülmüştür. Ülkemizde, daha fazla örnek sayısı ile adenovirus enfeksiyonlarında tiplerin belirlenmesine yönelik çalışmaların yapılması, ulusal epidemiyolojik verilerin birikmesi açısından önem taşımaktadır.Öğe Post-Vaccination Detection of SARS-CoV-2 Antibody Response with Magnetic Nanoparticle-Based Electrochemical Biosensor System(Mdpi, 2023) Harmancı, Duygu; Balaban Hanoğlu, Simge; Akkuş Kayalı, Gözde; Durgunlu, Evrim; Uçar, Nursima; Çiçek, Candan; Timur, SunaHere, we report magnetic nanoparticle-based biosensor platforms for the rapid detection of SARS-CoV-2 antibody responses in human serum. The use of the proposed system enabled the detection of anti-SARS-CoV-2 spike (S) and nucleocapsid (N) proteins at a concentration of ng/mL in both buffer and real serum samples. In particular, the protocol, which is considered an indicator of innate immunity after vaccination or post-infection, could be useful for the evaluation of antibody response. We included a total of 48 volunteers who either had COVID-19 but were not vaccinated or who had COVID-19 and were vaccinated with CoronoVac or Biontech. Briefly, in this study, which was planned as a cohort, serum samples were examined 3, 6, and 12 months from the time the volunteers' showed symptoms of COVID-19 with respect to antibody response in the proposed system. Anti-S Ab and anti-N Ab were detected with a limit of detection of 0.98 and 0.89 ng/mL, respectively. These data were confirmed with the corresponding commercial an electrochemiluminescence immunoassay (ECLIA) assays. Compared with ECLIA, more stable data were obtained, especially for samples collected over 6 months. After this period, a drop in the antibody responses was observed. Our findings showed that it could be a useful platform for exploring the dynamics of the immune response, and the proposed system has translational use potential for the clinic. In conclusion, the MNP-based biosensor platform proposed in this study, together with its counterparts in previous studies, is a candidate for determining natural immunity and post-vaccination antibody response, as well as reducing the workload of medical personnel and paving the way for screening studies on vaccine efficacy.Öğe Solunum Yolu Virüs Enfeksiyonu Nedeni ile Hastaneye Yatan Çocukların Klinik ve Epidemiyolojik Olarak Değerlendirilmesi(2017) Avcu, Gülhadiye; Bal, Zümrüt Şahbudak; Çiçek, Candan; Vardar, FadılGiriş: Solunum yolu virüsü enfeksiyonları, özellikle bebeklerde ve küçük çocuklarda hastaneye yatışların en sık nedenidir. Multip-leks polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile solunum yolu virüslerinin saptanması hasta yönetimini kolaylaştırmış ve yeni virüslerin ta-nımlanmasına izin vermiştir. Bu çalışmanın amacı, hastanede yatan çocuklardaki viral ajanların insidans ve epidemiyolojik özelliklerini belirlemek ve tek virüs ile çoklu virüs enfeksiyonlarının klinik bulgu-larını karşılaştırmaktır. Gereç ve Yöntemler: Solunum yolu enfeksiyonu nedeni ile hastanede yatan çocukların verileri geriye dönük olarak araştırıldı. Hastaların de-mografik özellikleri, başvurdukları ay/mevsim, klinik ve laboratuvar bul-guları, yatış süresi, nazofarengeal sürüntü örnekleri incelendi. Solunum yolu virüsleri için multipleks PCR kullanıldı. Tek virüs enfeksiyonu olan hastalar ile çoklu virüs enfeksiyonu olan hastalar karşılaştırıldı. Bulgular: Eylül 2014-Nisan 2016 tarihleri arasında hastanede yatan çocuklardan alınan toplam 114 nazal sürüntü örneği multipleks PCR ile değerlendirildi. Hastaların 94 (%83.3)’ünde en az bir solunum pato-jeni tespit edildi. Hastaların 29 (%30.9)’unda koenfeksiyon tespit edildi. Respiratuar sinsityal virüs (RSV) (%28.7) en sık görülen patojendi ve RSV-rinovirüs en sık görülen birliktelikti (%31, 9/29). Birden fazla virüs enfeksiyonu sıklıkla daha küçük çocuklarda saptandı (p= 0.022). İki grup arasında cinsiyet, erken doğum, mekanik ventilasyon öyküsü, kronik hastalık varlığı, ailede sigara içimi öyküsü, ailede üst solunum yolu en-Öğe Solunum Yolu Virüsleri: Aşı ile Korunabilen ID Grip Aramızda(2020) Önal, Uğur; Akyol, Deniz; Önal, Ayşe Uyan; Bulut, Cansu; Akdağ, Damla; Yıldırım, Çiğdem; Çiçek, CandanSolunum yolu virüsleri özellikle yaşlı ve çocuklarda olmak üzere önemli mortalite ve morbidite nedeni olabilen akut solunum yolu enfeksiyonları olarak karşımıza çıkabilmektedir. Bu yazıda, bir üçüncü basamak eğitim araştırma üniversite hastanesi olan kurumumuzda akut solunum yolu enfeksiyonlarında solunum yolu virüslerinin rolü ile birlikte oseltamivir tedavisinin etkinliği, grip aşılanmasının önemini incelemek amaçlanmıştır. Toplam 103 hasta çalışmaya alınmıştır. Olguların 76’sında viral etken saptanmış (Rhinovirüs (25), Influenza A (23), Influenza B (14), Parainfluenza tip 1-2-3-4 (7), Bocavirus (6), Coronavirus (6), Adenovirüs (3), RSV-A(2), RSV-B(2), MPV (3)], olguların 15 tanesinde polimeraz zincir reaksiyonu ile birden fazla virüs tespit edilmiştir. Influenza aşısı olma oranı toplamda % 3.15 olarak saptanmıştır. Toplam sekiz hastada (% 7.7) mortalite gözlenmiş, iki olguda birden fazla virüs olmak üzere olguların beşinde Influenza [Influenza A (3) ve Influenza B (2)], ikisinde Bocavirus ve ikisinde de Rhinovirus pozitif saptanmıştır. Bu hastaların hiçbiri Influenza aşısı olmamıştır. Tedavi başlanmış olan 27/51 (% 52,9) hastada Influenza A/B pozitifliği belirlenmiştir. Oseltamivir tedavisi başlanmış olanlarla başlanmamış olanlar arasında mortalite oranlarındaki fark anlamlı (7/51’ye karşı 1/52, p=0,031) olarak daha yüksek bulunmuştur. Mortalite saptanan sekiz hastanın dördünde oseltamivir tedavisine, semptomların ortaya çıkmasından 48 saat sonra başlandığı görülmüştür. Sistemik inflamatuvar yanıt sendromu kriterlerine göre dört puan alan toplam on hastalık grupta mortalite anlamlı olarak daha fazla kaydedilmiştir (7/10 vs 1/93, p=0,000). Solunum yolu virüsleri, akut solunum yolu enfeksiyonlarında etken olarak sık karşımıza çıkmakla beraber özellikle aşı ile önlenebilen Influenza virüs tip A ve B başta olmak üzere bu etkenler ciddi mortalite ve morbiditeye neden olabilmektedirler. Bu nedenle özellikle risk grubunda bulunan kişilerin aşılanma ile korunması hayati önem arz etmektedir.Öğe Türkiye’de Son On Yılda Saptanan Santral Sinir Sistemi Enfeksiyonlarında Viral Etkenlerin Değerlendirilmesi ve Bibliyometrik Analizi*(2021) Türkeş, Ayşın Zeytinoğlu; Çiçek, Candan; Kartal, Ekin; Gökkılıç, BerkeAmaç: Santral sinir sistemi (SSS) enfeksiyonları, erken tanı/tedavinin kritik derecede önemli olduğu, ciddi sekellere neden olabilen bir klinik tablo olup virüsler, saptanan başlıca etkenler arasındadır. Santral sinir sistemi enfeksiyonlarının belirlenmesinde nükleik asit testleri altın standart olarak kullanılmaktadır. Bu çalışmada, son on yılda Türkiye’de beyin-omurilik sıvısı (BOS) örneklerinden polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemiyle viral etkenlerin araştırıldığı çalışmalar değerlendirilmiştir ve bibliyometrik analizi yapılmıştır. Yöntem: 1.1.2010 ve 1.1.2020 tarihleri arasında iki ulusal (Ulakbim, Dergipark) ve dört uluslararası (PubMed, Google Scholar, Scopus, Web of Science) veri tabanına ek olarak iki ulusal ve iki uluslararası kongre bildirileri taranmıştır. Bulgular: Çalışmaya toplam 33 çalışmadan 12.669 BOS örneği dâhil edilmiştir. En fazla yayın yapan dergi dört çalışmayla Mikrobiyoloji Bülteni’dir. En çok BOS örneği İzmir’de toplanmış (n=5566), en fazla yayını dörder çalışmayla Ankara, Ege ve Hacettepe üniversiteleri yapmıştır. Yapılan çalışma sayısı yıllarla artış eğilimindedir. Çalışmalarda saptanan başlıca viral etkenlerin yüzdelerinin aritmetik ortalamaları enterovirüs, herpes simpleks virüs, insan herpesvirüs 6 ve 7, adenovirüs, Epstein-Barr virüs, sitomegalovirüs, varisella zoster virüs, insan parechovirüs ve parvovirüs B19 için sırasıyla %2.64, %2.58, %1.90, %0.41, %1.71, %1.57, %1.24, %0.83, %0.47 ve %0.05 olarak hesaplanmıştır. Sonuç: Yapılan bibliyometrik analiz ile Türkiye’deki viral SSS enfeksiyonları sıklığına dair yapılan araştırmaların son on yıldaki durumu incelenmiş ve saptanan etkenler değerlendirilmiştir. Elde edilen veriler konunun bilimsel literatürdeki yerinin tanımlanmasında ve moleküler yöntemlerin kullanımının arttığı, klinikle eşgüdümlü, yeni ve daha güvenilir epidemiyolojik verilerle karşılaştırılmasında yararlı olacaktır.Öğe Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı rutin hizmet laboratuvarı'nın akreditasyonu için gerekli olan altyapı koşullarının sağlanması(Ege Üniversitesi, 2015) Çiçek, Candan; Tünger, AlperAkreditasyon yetkili bir kuruluşun, belli işleri yapan bir kuruluş ya da kişinin yeterliliğine resmi tanınırlık verilmesi işlemidir. Akreditasyonun hedefleri; 1) Yeterliliği müşteriler için şeffaf hale getirmek 2) Belge ve raporların güvenirliğini artırmak 3) Uygunluk değerlendirmesi altyapısı oluşturmak 4) Uluslararası ticareti kolaylaştırmaktır. Rutin hasta sonucu veren laboratuvarların hizmetlerini belirli bir kalite güvencesi altında sürdürmeleri için akredite olmaları gerekmektedir. Bu nedenle son yıllarda çok sayıda hastane ve tanı laboratuvarı akreditasyon programlarına katılmaktadır. Cihaz altyapısının ve uygun fiziki ortamın sağlanması rutin hizmet veren tanı laboratuvarlarının akreditasyonu için gerekli olan temel koşullardır. Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Akademik Kurulu rutin hizmet laboratuvarının akredite edilmesi için çalışmalara başlanması kararını almış ve laboratuvarların akreditasyon sürecinde cihaz altyapısı ve uygun fiziki ortamların sağlanmasını birinci öncelik olarak tespit etmiştir. Bu proje ile Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Rutin Hizmet Laboratuvarı'nın akreditasyonu için gerekli olan cihaz altyapısının sağlanması amaçlanmıştır.;Tıbbi Mikrobiyoloji, altyapı, akreditasyonÖğe Tıp Fakültesi Kütüphanesinde ders kitaplarının güncellenmesi(Ege Üniversitesi, 2018) Çiçek, Candan; Saygılı, FüsünMedicine Textbook, Faculty of Medicine Library.;Tıp Ders Kitabı, Tıp Fakültesi Kütüphanesi.;Tıp eğitiminde bilgilerin çok hızla değiştiği günümüzde Tıp Fakültesi Kütüphanelerinde süreli yayınların yanında güncel alan ders kitaplarının bulunması da eğitim için gereklidir. Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Kütüphanesine yaklaşık altı yıldır ulusal ve uluslararası alanda yayınlanmış ders kitabı niteliğini taşıyan kitapların alınmadığı tespit edilmiştir. Anabilim dalları, eğitici ve öğrencilerden bu konuda gelen istekler doğrultusunda tıbbın çeşitli alanlarında ders kitabı niteliğinde kitapların alınabilmesi için bir alt yapı projesi oluşturulmasına karar verilmiştir. Tüm Anabilim Dallarına kütüphanede bulunmasını istedikleri kendi dalları ile ilgili sık kullanılan bilimsel kitaplar sorulmuştur. Yapılan yazılı ve sözlü araştırmalar sonucunda 17 Anabilim Dalından 78 kitap isteği alınmıştır. Tıp fakültesi öğretim üyeleri ve öğrencilerin eğitimine katkıda bulunmak amacıyla istenilen kitapların son baskıları alınmış ve Tıp Fakültesi kütüphanesinin niteliği bu proje kapsamında arttırılmıştır.
