Yazar "Uçar, Füsun Bahriye" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 7 / 7
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Antimicrobial Activities of some 4H-1,2,4 triazoles(1999) Yaşa, İhsan; İkizler, Aykut; Uçar, Füsun Bahriye…Öğe Balıklarda vibriozise neden olan Vibrio anguillarum türünün moleküler identifikasyonu, tiplendirilmesi ve antibiyogram taraması(Ege Üniversitesi, 2017) Terzi, Yiğit; Uçar, Füsun BahriyeVibriozis hastalığı, balık çiftliklerinde en sık oranda görülen ve ağır kayıplara neden olan bakteriyel bir hastalıktır. Hastalığın temel etkeni Vibrio anguillarum'dur. Vibrio ordalii ise V. anguillarumun en yakın biyotipidir. Bu nedenle bu iki biyotipi birbirinden ayırt etmek için birden fazla moleküler yöntem kullanmak ve identifikasyonu kesinleştirmek gerekmektedir. Bu çalışmada kullanılan, organizmalar Ege Üniversitesi Su Ürünleri bölümünün stoklarından temin edilmiştir. Bu izolatlar, Vibriozis hastalığına neden olan ve sadece fenotipik tanısı yapılmış olan izolatlardır. Bunların genus ve tür düzeyinde tanılarını kesinleştirmek için moleküler biyolojik yöntemler kullanılmıştır. Bu çalışmaya öncelikle izolatların 16s-rDNA sekans analizleri ile başlanmıştır. Sekanslar Genel ve genus spesifik 16s-rDNA primerleri kullanılarak yapılmıştır. Sekans sonucunda bütün izolatlar vibrio genusuna dahil edilmişlerdir. Vibrio anguillarum ve Vibrio ordalii genotipik olarak %97 nin üzerinde benzerlik göstermektedir. Bu nedenle bu iki türü birbirinden ayırt etmek için groEL gen bölgesinin RFLP 'si yapılmıştır. groEL gen bölgesinin 1117 bp lik kısmı vibrio genusuna spesifik primerler kullanılarak PCR ile çoğaltılmıştır. Çoğaltılan groEL gen bölgesinin tür spesifik restriksiyon enzimleri ile kesimi sonucunda Vibrio anguillarum'a özgü fragmentlerin oluştuğu gözlemlenmiştir. Daha detaylı bir ayırım için groEL gen bölgesi sekanslanmıştır. Elde edilen sekans sonuçlarında bütün izolatlar %99 oranında V. anguillarum olarak belirlenmiştir. Ayrıca groEL'in başka bir bölgesi ve amiB gen bölgesine özgü tür spesifik primerler kullanılarakta tanı doğrulanmıştır. İzolatların tamamı pozitif sonuç vermiştir. Ayrıca bu çalışmada, yukarıda belirtilen ve identifikasyonu yapılan Vibrio anguillarum strainleri ile balık hastalıkları tedavisinde kullanılan genel antibiyotikler antibiyogram taraması ile denenmiştir. Test sonucunda strainlerin tamamı kullanılan antibiyotiklere karşı hassas olarak belirlenmiştir.;RFLP-PCR, groEL, amiB, V.anguillarum.;RFLP-PCR, groEL, amiB, V.anguillaru.Öğe Ege bölgesindeki ürosepsis etkeni Escherichia coli Strain'lerinin genotipik analizi(Ege Üniversitesi, 2015) Giray, Betül; Uçar, Füsun BahriyeEscherichia coli, MLST, PFGE, Virulence, Phylogenetic.;Escherichia coli, MLST, PFGE, Virülens, Filogenetik.;Toplum kaynaklı sepsislerin çoğu üriner sistem kaynaklı (ürosepsis) sepsislerdir. Üriner sistem enfeksiyonlarının %90'da ise en sık görülen organizma Escherichia coli'dir. Gastrointestinal sistem dışında Escherichia coli strainleri sahip oldukları virülens faktörleri ve yer aldıkları filogenetik grupları ile diyarejenik ve kommensal Escherichia coli strainlerinden farklıdırlar ve Ekstraintestinal patojenik Escherichia coli (ExPEC) olarak adlandırılırlar. ExPEC suşlarının bu virülens faktörler ile üriner sisteme kolonize olabilmekte ve konukçu savunmasının üstesinden gelerek sepsis gibi ciddi enfeksiyonlara yol açabilmektedir. Ancak ExPEC suşlarının belirli patotiplerinin yayılma ve hastalığa neden olma potansiyeli tam olarak anlaşılmamıştır. Ülkemiz de ise bu konuyla ilgili çalışmaların çoğu antibiyotik dirençliliği ile ilgilidir. Bu bakterilerin hastalık etkeni olmasındaki nedenlerin anlaşılması ancak bu organizmaların suş düzeyinde çalışılması ve virülens faktörleri göz önüne alınarak mümkün olacaktır. Bu nedenle bu projede suşların genotipik olarak karakterize edilmesi ve filogenetik ilişkilerinin saptanması; ürosepsis hastalarında bir virülens faktör olarak bulunabilen papG geninin varlığının araştırılması ve bunun antibiyogram duyarlılık sonuçları ile karşılaştırılması amaçlanmıştır.Öğe İzmir ve çevresindeki gıda üretiminde çalışan taşıyıcılardan izole edilen Staphylococcus aureus suşlarının identifikasyonu:(Ege Üniversitesi, 2015) Memo, Emre; Uçar, Füsun BahriyeStaphylococcus aureus sağlıklı insanların deri ve nazal boşluklarında yaygın bulunabilen bir bakteridir. Gıda kaynaklı rahatsızlıkların gıda çalışanları aracılığı ile dağılması dünya genelinde yaygın bir problemdir. Bu çalışmanın amacı da İzmir ili ve çevresinde gıda endüstrisi çalışanlarındaki S. aureus taşıyıcılığını analiz etmek, fenotipik olarak tanılanıp moleküler tiplendirmesinin yapılmasıdır. Tüm S. aureus strainleri gıda endüstrisi çalışanlarının burun deliklerinden izole edilmiştir. Strainlerin karakterizasyonu ve tiplendirmesi fenotipik testler, antibiyotik duyarlılık testi, multilokus sekans tiplendirmesi (MLST) ve pulsedfield jel elektroforezi (PFGE) ile yapılmıştır. Çalışmada 1358 kişiden numune alınmıştır. Bunların arasından 64 kişi (% 4,71) S. aureus bakımından pozitif nazal taşıyıcı olarak saptanmıştır. % 14,06 sıda Metisiline dirençli S. aureus (MRSA) olarak tanımlanmıştır. Tüm izolatlara uygulanan PFGE analizi sonucunda tüm S. aureus strainleri arasında % 80 üzerinde benzerlik gösterenler 13 pulsotipe ayrılmışlardır. MLST analizi sonucunda da 9 toplumsal kaynaklı MRSA (TK-MRSA) strainleri 7 farklı sekans tip (ST6, ST12, ST15, ST97, ST188, ST737 ve ST837) göstermişlerdir. Türkiye de gıda endüstrisi çalışanlarındaki MRSA taşıyıcılığı ile ilgili sınırlı sayıda çalışma bulunmaktadır. Bu çalışma strainlerin coğrafik dağılımları ile ilgili bilgi vermesinden dolayı oldukça önemlidir. Bu çalışmada olduğu gibi Türkiye den yeni kayıtların gösterilmesi ile bu organizmanın dağılım tablosuna açıklık getirilebilecektir.;Staphylococcus aureus, CA-MRSA, PFGE, MLST, food industry.;Staphylococcus aureus, Toplumsal Kaynaklı- MRSA, PFGE, MLST, Gıda endüstrisi.Öğe Konvansiyonel ve ITS-PCR yöntemleriyle tanısı yapılan Yarrowia lipolytica strainlerinin diğer moleküler biyolojik yöntemlerle tanısının kesinleştirilmesi ve ekstrasellüler enzimlerinin üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu(Ege Üniversitesi, 2013) Akpınar, Onur; Uçar, Füsun BahriyeBu tez çalışmasında, daha önceki çalışmalarda çeşitli yöntemlerle tanısı yapılan 22 Yarrowia lipolytica straininin tanısını kesinleştirmek için üç farklı moleküler biyolojik yöntem kullanılmıştır. İlk olarak, ITS1 - 5.8S - ITS2 bölgesi PCR ile çoğaltılarak ve HaeIII, HinfI ve RsaI restriksiyon enzimleri ile kesilerek farklı RFLP profilleri elde edilmiştir. Benzer şekilde, 18S rDNA bölgesi PCR ile çoğaltılıp HaeIII, RsaI ve TaqI restriksiyon enzimleri ile kesilerek farklı RFLP profilleri elde edilmiştir. Hem ITS1 - 5,8S - ITS2 hem de, 18S rDNA bölgelerinin RFLP analizi sonuçları 22 Y. lipolytica strainlerinde birbirleri ile uyumlu olduğu bulunmuştur. Son olarak, 26S rDNA bölgesinin D1/D2 domaini PCR ile çoğaltılmış ve çoğaltılan bölgenin sekans analizi yaptırılmıştır. Sonuç olarak, üç farklı moleküler biyolojik yöntemle bütün Yarrowia lipolytica strainlerinin tanıları kesinleştirilmiştir. Gerçekleştirilen enzim taramaları sonucunda, denenen 22 Yarrowia lipolytica ribonükleaz (RNaz) enzimi üretirken, bu strainlerden sadece 6 tanesi alkalin ekstrasellüler proteaz (AEP) enzimini ürettiği saptanmıştır. Enzim tarama sonuçlarına göre, en yüksek aktivite gösteren birer Yarrowia lipolytica straini seçilmiş ve AEP ve RNaz enzimlerinin üretiminde bu iki Y. lipolytica straini kullanılmıştır. Y. lipolytica TEM YL 5 straininden GPP besiyerinde AEP enzimi üretilmiş ve saflaştırma işlemlerine alınmıştır. Gerçekleştirilen saflaştırma işlemleri sonucunda AEP enzimi, DEAE-selüloz kromatografisi ile % 29,05 verimle 16,46 kat saflaştırılırken Sephadex G-75 kromatografisi ile % 57,76 verimle 4,56 kat saflaştırılmıştır. AEP enziminin karakterizasyon çalışmaları sonucunda, AEP enziminin molekül ağırlığının 30,50 kDa; optimum sıcaklık ve sıcaklık stabilitesinin 30°C; optimum pH ve pH stabilitesinin pH 10,50; N-Suc-Ala-Ala-Pro-Phe-pNA peptidini hidrolizleyerek bir kemotripsin tip aktivite gösterdiği; en iyi kazein ve süt tozunu hidrolizlediği; PMSF ile inhibe olarak bir serin proteaz olduğu; aktivitesinin en fazla Mn+2 iyonu ile arttığı; SDS ile aktivitesinin yarısını kaybettiği bulunmuştur. AEP enziminin LC-MS/MS analizi sonucunda veritabanındaki Y. lipolytica alkalin ekstrasellüler proteaz enzimi olduğu doğrulanmıştır. Y. lipolytica TEM YL 21 straininden GPP-sitrat besiyerinde RNaz enzimi üretilmiş ve saflaştırma işlemlerine alınmıştır. Gerçekleştirilen saflaştırma işlemleri sonucunda RNaz enzimi, DEAE-selüloz kromatografisi ile % 37,90 verimle 62,58 kat saflaştırılırken Sephadex G-75 kromatografisi ile % 66,10 verimle 27,23 kat saflaştırılmıştır. RNaz enziminin karakterizasyon çalışmaları sonucunda, RNaz enziminin molekül ağırlığının 40,97 kDa; optimum sıcaklık ve sıcaklık stabilitesinin 30°C; optimum pH ve pH stabilitesinin pH 5,0; poly(A) ribohomonükleotidini en fazla hidrolizleme kapasitesinde olmasından dolayı ribonükleazlarının T2 ailesine mensup olduğu; sodyum azid ile inhibe olduğu; aktivitesinin en fazla Mg+2 iyonu ile arttığı bulunmuştur. RNaz enziminin LC-MS/MS analizi sonucunda veritabanındaki Y. lipolytica T2-benzeri ribonükleaz enzimi olduğu doğrulanmıştır.;Yarrowia lipolytica, ITS-RFLP, 18S-RFLP, 26S rRNA sekans analizi, alkalin ekstrasellüler proteaz, ekstrasellüler ribonükleaz, enzim saflaştırma, enzim karakterizasyon.;Yarrowia lipolytica, ITS-RFLP, 18S-RFLP, 26S rRNA sequence analysis, alkaline extracellular protease, extracellular ribonuclease, enzyme purification, enzyme characterization.Öğe Screening and molecular characterization of polycyclic aromatic hydrocarbons degrading yeasts(2015) Boz, Diğdem Tunalı; Yalçın, Hüsniye Tansel; Çorbacı, Cengiz; Uçar, Füsun BahriyeAmaç: Petrol endüstrisi ürünleri ile oluşturulan sızıntılar ve kazalar gibi felaketler, çevresel kirliliğe neden olan ana faktörlerdir. Mevcut durumda, biyo-parçalama kapasitesine sahip ticari bir maya suşu bulunmamaktadır. Bu yüzden, geniş hidrokarbon parçalama aktivitesine sahip maya suşlarının saptanması, bu kirliliklerin azaltılmasında önemli bir rol oynamaktadır. Belirtilen bu sebeple, çalışmamızda, hidrokarbon parçalayan mayaların izolasyonu ve karakterizasyonu amaçlanmıştır.Metod: Çalışmada kullanılan maya izolatları, petrol rafinerisinden alınmış atık su, aktif çamur ve petrol örnekleri ve petrol ile kontamine olmuş toprak örneklerinden izole edilmiştir. Naftalen, fenantren, piren ve ham petrolün mayalar tarafından parçalanması, mikrotitre plaka yöntemi kullanılarak saptanmıştır. Mayaların moleküler karakterizasyonu, ITS1-5.8S rRNA-ITS2 ve 26S rRNA bölgelerinin dizi analizi ile gerçekleştirilmiştir.Bulgular: Toplamda, dört farklı örnekten 100 maya izolatı elde edilmiştir. Farklı polisiklik aromatik hidrokarbon bileşikleri (naftalen, fenantren, piren) ve ham petrol içeren ortamlarda inkübasyondan sonra, 12 maya izolatının birden fazla poliaromatik hidrokarbonu parçalayabildiği bulunmuştur. rRNA bölgelerinin dizi analizi, tanılanan mayaların 6 genusa dahil olan 10 türü temsil ettiklerini göstermiştir. İzolatlar, Candida parasilopsis, Candida sinolaborantium, Cryptococcus albidus, Cryptococcus diffluens, Cryptococcus uzbekistanensis, Pichia kudriavzevii, Rhodosporidium diobovatum, Rhodotorula glutinis, Rhodotorula muciloginosa ve Saccharomyces cerevisiae olarak tanılanmıştır. Sonuç: Birden fazla polisiklik aromatik hidrokarbon bileşiğini parçalayan maya suşları, ileriki araştırmalarda kullanım potansiyeline sahiptir.Öğe Tanısı yapılmış olan Yarrowia lipolytica strainlerinin organik asit üretim kapasitelerinin taranması(Ege Üniversitesi, 2012) Çelik, Gönül; Uçar, Füsun BahriyeBu araştırmada, başka bir çalışmada tanısı yapılmış olan 23 adet Yarrowia lipolytica strainlerinin organik asit üretim kapasiteleri değerlendirilmiş ve aralarından en yüksek organik asit (sitrik asit, izositrik asit) üretme yeteneğine sahip olan iki strain (Yarrowia lipolytica TEMYL3 ve Yarrowia lipolytica TEMYL20) bu araştırma için seçilmiştir. Üretim kesikli bir sistemde yaklaşık 408 saat gerçekleştirilmiş olup, Y.lipolytica TEMYL3 ve TEMYL20 strainlerinin sitrik ve izositrik asit üretimleri enzimatik olarak saptanmıştır. Çalışmada, substrat olarak 50 ve 100g/L başlangıç konsantrasyonunda glukoz, gliserol ve ayçiçek yağı kullanılmıştır. Y.lipolytica TEMYL 3 straini ile maksimum sitrik asit konsantrasyonu; 50g/L glukoz, gliserol ve ayçiçek yağı içeren ortamlarda sırasıyla 18.24, 6.50, 22.30 g/L olarak elde edilmiştir. Ayrıca, TEMYL3 straini ile 100g/L glukoz, gliserol ve ayçiçek yağı içeren ortamlarda maksimum sitrik asit konsantrasyonu sırasıyla 33.30, 35.60, 66.20 g/L olarak elde edilmiştir. Y.lipolytica TEMYL 20 straini ile maksimum sitrik asit konsantrasyonu; 50g/L glukoz, gliserol ve ayçiçek yağı içeren ortamlarda sırasıyla 17.36, 6.74, 31.41 g/L olarak elde edilmiştir. Ayrıca, TEMYL20 straini ile 100g/L glukoz, gliserol ve ayçiçek yağı içeren ortamlarda maksimum sitrik asit konsantrasyonu sırasıyla 36.30, 37.50 ve 53.76 g/L olarak elde edilmiştir. Ek olarak, Y.lipolytica TEMYL20 straini ile maksimum izositrik asit konsantrasyonu 100g/L ayçiçek yağı içeren ortamda 53.70 g/L olarak elde edilmiş and minimum izositrik asit konsantrasyonu 50g/L gliserol içeren ortamda (1.09 g/L) elde edilmiştir.;Citric acid, isocitric acid, yeast, Yarrowia lipolytica.;Sitrik asit, izositrik asit, maya, Yarrowia lipolytica.
