Yazar "Topçu, Zeki" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Effect of Nick Formation on Dna Substrates Via UV-Irradiation on the Kinetic Parameters of Mammalian DNA Topoisomerase 1(2019) Kocazorbaz, Ebru Kocadağ; Sarıkaya, Devrim; Telefoncu, Azmi; Topçu, Zeki…Öğe Kemoterapi uygulamalarında hedeflenen insan topoizomeraz II enziminin moleküler etkileşimlerinin belirlenmesi ve protein partnerlerinin farmasötik önemlerinin değerlendirilmesi(Ege Üniversitesi, 2014) Zencir, Sevil; Topçu, ZekiDNA topoizomeraz enzimleri yaklaşık 35 yıldan bu yana anti-kanser ilaç araştırmalarında etkili bir hedef olarak kabul edilmiştir, ancak günümüzde bu enzimlerin hedeflenmesinde önemli engeller ile karşılaşılmaktadır. DNA zincirlerinde düzenli kırıklar oluşturup tekrar birleştirerek konformasyonel değişiklikleri katalizleyen bu enzimler replikasyon, transkripsiyon, rekombinasyon ve transpozisyonda önemli roller üstlenirler. Günümüzde insan topoizomeraz II enzimini hedefleyen anti-kanser ilaçların verimli kullanılmasında karşılaşılan önemli engeller hedef dokuya ulaşılmada özgünlük gibi genel güçlüklerden başka tedavi sürecinde karşılaşılan toksisite, sekonder malignite ve genetik ya da kazanılmış çoklu ilaç direncinden kaynaklanmaktadır. İnsan topoizomeraz II enzimlerini hedefleyen anti-kanser özellikteki farmasötiklerden alınan sorgulanabilir nitelikteki sonuçlar, ilaç geliştirme çalışmalarında yeni hedeflerin belirlenmesi gerektiğini göstermektedir. Çalışmamız insan topoizomeraz II enziminin etkileşim gösterdiği protein partnerlerini belirleyerek alternatif ilaç hedefleri sunmuştur. İnsan topoizomeraz II enziminin partnerlerini in vivo protein-protein etkileşimlerini belirleme özelliği ile klasik yöntemlerden üstünlüğü olan maya iki hibrit teknolojisi Yeast 2 Hybrid (Y2H) olarak seçilmiştir. Bu yaklaşım ile insan cDNA kütüphanesi tarayarak belirlediğimiz etkileşim partnerlerinin analizi, yeni proteinlerin tanımlanmasını sağlaması ve kanser hücrelerinin topoizomeraz enzimlerine olan mutlak bağımlılığından hareketle tip II insan topoizomeraz enziminin hedeflenmesine alternatif sunması bakımından önemlidir.;Human DNA topoisomerase II, anti-cancer drug targets, protein-protein interactions, yeast hybrid technology.;İnsan DNA topoizomeraz II, anti-kanser ilaç hedefi, protein-protein etkileşimleri, maya hibrit teknolojisi.Öğe Potansiyel antikanser bileşikler olarak tasarlanan mannich bazlarının sentez ve biyoaktiviteleri(Ege Üniversitesi, 2011) Topçu, Zeki; Erciyas, Erçin; İstanbullu, HüseyinMannich Bases, Intercalation, Alkylating Agent, Electrochemical Techniques, Cytotoxicity.;Mannich Bazları, İnterkalasyon, Alkilleyici Ajan, Elektrokimyasal Teknikler, Sitotoksisite.;Proje kapsamında sentezlenen bilşikler; medisinal kimyada ilaç tasarım yöntemlerinden biri olan - melez bileşik' (iki veya daha fazla biyoaktif grubun aynı molekülde birleştirilmesi) yöntemine göre hazırlanmıştır. Bu amaçla aktif hidrojen taşıyan potansiyel interkalatör özellikte başlangıç maddelerinden alkilleme yeteneği yüksek aminometil türevleri (Mannich Bazları) hazırlanmıştır. Mannich tepkimelerinde amin olarak farklı pKa değerleri taşıyan aminler kullanılmıştır. Uygun tekniklerle saflaştırılan bileşiklerin molekül yapıları UV, IR, 1H-NMR, 13C-NMR, MS spektrumları ve elementel analiz sonuçları yorumlanarak aydınlatılmıştır. Sentezlenen ve yapısı aydınlatılan 30 bileşikten 7 bileşik ilk kez, 12 bileşik ise sistematik tam spektral analiz sonuçları ile birlikte ilk kez bu çalışma ile rapor edilmektedir. Moleküllerin interkalasyon yetenekleri elektrokimyasal teknikler kullanılarak; alkilleme özellikleri ise stabilite ve nükleofilik katım testi yapılarak araştırılmıştır. Model biyolojik nükleofil olan 2-merkaptoetanol ile IC 17 maddesi in vitro ortamda ( 37°C, pH 7.4 ve pH 6.9) inkübe edildiğinde eliminasyon-katım zincir tepkime ürünü olan AN-SH bileşiğini vermiştir. Bu sonuç moleküllerin alkilleme yeteneklerini açıklar. Elektrokimyasal deney sonuçları bileşiklerin DNA guanini ile etkileştiğini göstermiştir. Ayrıca, bileşiklerin DNA topolojisinde önemli rol oynayan topoizomeraz I ve topoizomeraz II enzim inhibisyon düzeyleri araştırılmış ve sonuçlar ümit verici bulunmuştur. Proje önerisine ek olarak yapılan sitotoksisite testinde üç kanser hücre hattı (PC3, MCF7, HeLa) kullanılmıştır. Sitotoksisite testinde en iyi etkiyi gösteren stiril keton türevi bileşiklerin yeni antikanser lider molekül olma potansiyeli yüksektir.Öğe Tavşan lens epitelyum hücrelerinde telomer devamlılığı ve oksidatif stresin rolü(Ege Üniversitesi, 2014) Kerry, Zeliha; Gökçe, Göksel; Özşarlak Sözer, Gönen; Topçu, ZekiCataract, lens, oxidative stress, BSO, glutathione, taurine.;Göz lensinin opaklaşması olarak tanımlanan katarakt tüm dünyada körlük nedenlerinin yaklaşık %40'ını oluşturmaktadır. Katarakt ameliyatı en güvenilir ameliyatlardan biri olarak kabul edilmekle birlikte önemli oranda komplikasyonlara neden olmaktadır. Ayrıca hastaların %30-50'sinde 2 yıl içerisinde tekrar opaklaşma gelişmekte ve lazer tedavisine ihtiyaç duyulmaktadır. Oksidatif stresin katarakt oluşumuna neden olan en önemli faktörlerden biri olduğu bilinmektedir. Normalde lenste yüksek oranda glutatyon bulunmaktadır. Gözde glikasyon oranının yüksek olması ve UV ışınlarına maruziyet nedeniyle ve yaşlılıkla birlikte özellikle diyabetin eşlik ettiği durumlarda oksidan denge bozulmakta ve katarakt gelişimine neden olmaktadır. Önerilen projede BSO uygulaması redükte GSH, total GSH düzeylerini ve GSH/GSSG oranın azaltmış ve taurin bu azaltmayı tersine döndürmüştür. BSO uygulaması okside glutatiyonun (GSSG) düzeyini değiştirmemiştir. BSO uygulaması MDA düzeylerini artırmış ve taurin bu artışı tersine döndürmüştür. Elde edilen bulgular lens dokusu için çok önemli bir antioksidan olan ve yaşla birlikte düzeyi azalan taurinin diyetle alımının katarakt sürecinin yavaşlatılmasında önemli bir yeri olabileceğini düşündürmektedir.;Katarakt, lens, oksidatif stres, BSO, glutatiyon, taurin.Öğe Telomerazdan bağımsız telomer devamlılığı ve farmasötik önemi(Ege Üniversitesi, 2006) Debeleç, Bilge; McEachern, Michael J.; Topçu, ZekiTelomerler ökaryotik kromozom uçlarında bulunan, DNA ve proteinden oluşan yapılardır. Kanser ve insan eşey hücrelerini de kapsayan çoğu ölümsüz ökaryotik hücrelerde telomer devamlılığı - telomeraz' enzimi ile sağlanır. Bu nedenle telomeraz enzimi ve bu enzimin etkileşimde bulunduğu bazı telomerik proteinler, umut verici antikarsinojenik ilaç hedefleri olarak değerlendirilmektedir. Günümüzde telomer boylarının devamlılığının korunmasında telomeraz enzimi dışında başka mekanizmaların da var olduğu düşünülmekte, ancak bu mekanizmalar hakkında çok az şey bilinmektedir. Bu araştırma projesi, insan telomerik yapılarına benzerliği ile bilinen Kluyveromyces lactis modeliyle telomerazdan bağımsız telomer devamlılığı ve bunun farmasötik önemini araştırmayı amaçlamıştır. Çalışmamız telomeraz geninden yoksun bıraktırılmış K. lactis hücrelerinin mutant telomerik tekrarlarla transformasyonu ve bunu takiben URA-/HIS- seçici besi yerlerinde pasajlanan transformantların ışık mikroskopu altında fenotipik deperlendirmeleri ve Southern blot ile telomerik restriksiyon analizleri yöntemleri kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Deneylerimiz mutant telomerik tekrarlarının rekombinasyonel dağılım gösterdikleri sonucunu vermiştir ve telomeraz enziminin anti-kanser ilaçların hedefi olarak kullanılması konusunda yeni tartışmalar açacak nitelikte olması bakımından anlamlıdır.
