Yazar "Ermertcan, Şafak" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 34
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Antimicrobial Activity Evalution of Newly Synthesized N,N-Disubstituted Taurinamidobenzenesulfonamide Derivatives(2021) Akgül, Özlem; Ateş, Ayşegül; Ermertcan, ŞafakHerein we synthesized 6 new N,N-disubstituted taurinamidobenzenesulfonamide derivatives and characterized their structures by means of 1H and 13C NMR, HR-MS analysis. In addition, their in vitro antibacterial and antifungal activities were tested against two gram-positive, two gram-negative bacteria, and two fungal strains by using broth microdilution method. Compounds 1 (methoxy substitution) and 2 (methyl substitution) displayed the best antibacterial activity against Escherichia coli and Staphylococcus aureus, respectively. E. faecalis was affected by compounds 1, 2, 4, and 6, becoming the most susceptible pathogen compared to other tested bacterial and fungal strains. Interestingly, changing fluoro atom in compound 6 with the chloro atom, as in compound 5, deteriorated the antibacterial activity against all bacterial strains. As a result, these results provide us to investigate the relationship between structural changes and antibacterial/antifungal activity, which can be further used to develop more effective taurine derivatives.Öğe Antimicrobial activity screening of a series of taurine derivatives(2021) Akgül, Özlem; Akgünlü, Çağlar; Biler, Hatice; Ateş, Ayşegül; Ermertcan, ŞafakIn this study, a series of taurinamide derivatives 1–18 were assessed for their in vitro antimicrobial activity. Enterococcus faecalis, which is the third most commonly isolated nosocomial pathogen among hospital infections, was found to be more susceptible to the tested compounds than other pathogens. Two of the tested compounds, 1 and 18, showed promising activity against E. faecalis, with minimal inhibitory concentrations (MICs) of 128 and 64 µg/mL, respectively. On the other hand, compound 3 was distinguished from other compounds by its better activity against G(?) Escherichia coli bacteria, with a MIC of 512 ?g/mL. None of the compounds displayed better activity than the standard drugs Ciprofloxacin and Fluconazole.Öğe Bakterilerde dışa-atım pompası yolu ile antimikrobiyal direnç gelişimini saptamada mikrodilüsyon yöntemi ve bis-benzimidin kullanımı(Ege Üniversitesi, 2013) Özer, Canan; Ermertcan, Şafak; Gökçe, Göksel; Yılmaz Köz, F. FerdaBakterilerde uzun yıllardır bilinen direnç mekanizmalarına son zamanlarda dısa-atım (efluks) pompa sistemleri eklenmistir. Bakterilerdeki dısa-atım pompa sistemleri transport proteinlerinden olusur. Bu transport proteinleri antimikrobiyal ilaçları aktif olarak hücre dısına atarak ilacın hedefine ulasmasını engellemektedir. Bu çalısmada, gram negatif bakterilerde bulunan dısa-atım pompalarına, PA?N, CCCP ve tiyoridazinin etkilerinin mikrodilüsyona dayalı pratik bir yöntem ve Bisbenzimid (Bb) maddesi kullanılarak arastırılması amaçlanmıstır. Manisa Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji A.D. Bakteriyoloji Laboratuvarında izole edilmis olan 24 adet gram-negatif bakteri kökeni (6 Escherichia coli, 6 Klebsiella pneumoniae, 6 Pseudomonas aeruginosa, 6 Acinetobacter baumannii) çalısmaya alındı. Bakteri kökenleri gerekli islemlerden sonra çalısmaya uygun süspansiyonlar haline getirildi. Bu süspansiyonlar 96 kuyucuklu siyah mikropleytlere aktarıldı. Daha sonra kuyucuklara PA?N, CCCP ve tiyoridazin ile Bb eklendi. Kuyucuklardaki floresans degerleri mikropleyt okuyucu kullanılarak belirlendi. Bu çalısmada, gram negatif bakterilerde dısa-atım pompaları üzerine en belirgin inhibitör etki PA N ile elde edildi. Egri altında kalan alana göre yapılan karsılastırmada, PA?N'nin en fazla inhibisyonu A. baumannii dısa-atım pompalarına gösterdigi saptandı. PA?N'nin en az etki gösterdigi bakteri ise K. pneumoniae oldu. CCCP'nin dısa-atım pompalarını inhibe etmedigi hatta bisbenzimid'in dısa-atımını arttırdıgı görüldü. Tiyoridazinin ise dısa-atım pompa aktivitesi üzerine etki göstermedigi sonucuna varıldı. Bakterilerde dısa-atım pompalarını inhibe eden maddeler enfeksiyon hastalıklarının tedavisinde yeni bir adım olacaktır. Ancak bu inhibitör maddelerin insanlar üzerine toksik etkilerinin olmaması ve farmakokinetik özelliklerinin uygun olması gerekmektedir. Bu konuda daha çok sayıda arastırmaya ihtiyaç vardır. Bu tez çalısmasında kullanılan yöntemi pratik olması, uygulama kolaylıgı ve kısa sürede kantitatif sonuç alınması nedeniyle diger arastırmacılar tarafından kullanılabilecegini düsünüyoruz.Öğe Bakteriyel Sirkadiyen Ritim(2023) Ermertcan, Şafak; Ateş, AyşegülMoleküler bir saat olarak tanımlanabilen sirkadiyen ritim metabolik, biyokimyasal, hormonal değişiklikler bütünüdür. Bitkiler, memeliler, böcekler, mantarlar gibi ökaryotik canlılarda sirkadiyen ritim benzerliklerin ve farklılıkların olduğu kompleks moleküler mekanizmalarla görülmektedir. Basit bir ya?am tarzına sahip oldukları düşünülen siyanobakterilerde de sirkadiyen ritmin kompleks mekanizmalarla ortaya çıktığı görülmektedir. Bu mekanizmaya bağlı olarak fotosentez gün ışığında, azot fiksasyonu ise karanlıkta gerçekleştirilir. Siyanobakterilerin oluşturdukları ritim gün ışığındaki değişimden bağımsız olarak da görülmektedir. Mekanizma üç temel adımdan oluşmaktadır: osilatör, giriş yolu (Input pathway) ve çıkış yolu (Output pathway). Giriş yollarından osilatörlere gelen bilgiler gen ifadesine çevrilir ve çıkış yolları (output pathway) tarafından belirli hücresel aktivitelerin günlük ritimde gerçekleşmesi sağlanır. Non-fotosentetik mikroganizmalarda da sirkadiyen ritme benzeyen ritimler görülmüştür. Bakteriyel sirkadiyen ritmin göz önünde bulundurulmasıyla antibiyotik direnci, disbiyozis gibi sorunlarla mücadele sağlanabilir. Endüstri ve tarım alanlarında ise hem ürünün hem de üretimin kalitesini olumlu anlamda şekillendirebilecek yenilikler gerçekleştirilebilir.Öğe Çeşitli klinik örneklerden soyutlanan Staphylococcus aureus kökenlerinin fusidik aside in vitro duyarlılığı(2000) Limoncu, Mine Hoşgör; Ermertcan, Şafak; Eraç, Bayrı; Coşar, GünerBu çalışmada Staphylococcus aureus kökenleri üzerine fusidik asidin antimikrobiyal etkinliğinin disk difüzyon ve mikrodilüsyon yöntemleri ile araştırılması amaçlandı. Toplam 140 S. aureus kökeninde metisilin direnci belirlendikten sonra bu kökenlerin fusidik aside karşı duyarlılıkları araştırıldı. Minimum inhibisyon konsantrasyonu (MİK) ve inhibisyon zon çapları Comite de l'Antibiogramme de la societe française de Microbiologie kriterlerine göre belirlendi. Metisilin direnci % 6 olan bu kökenlerin fusidik aside duyarlılık oranı %98 olarak saptandı. Sadece üç kökenin (% 2) fusidik aside orta derecede duyarlı olduğu görüldü. Bu çalışmanın sonucuna göre, stafilokok infeksiyonlarında fusidik asit etkili bir antibiyotiktir.Öğe Değişik illerden idrar yolu infeksiyonu etkeni olarak izole edilen Escherichia coli kökenlerinin kolisin tiplendirmesi(2000) Limoncu, Mine Hoşgör; Ermertcan, Şafak; Coşar, Güner; Tünger, Özlem; Hazar, Salih; Aydın, Neriman; Tümbay, EmelTürkiye 'deki Escherichia coli kökenlerinin kolisin tiplerini saptamak amacıyla yapılan bu ön çalışmada; İzmir, Manisa, Aydın, Antalya ve Adana illerinden izole edilen, idrar yolu infeksiyon etkeni olan 451 E. coli kökeninin kolisin tiplendirmesi yapıldı ve sonuçlar birbirleriyle karşılaştırıldı. Kolisin tiplendirmesinde kullanılan indikatör kökenler, Ulusal Tip Kültür Koleksiyonu, Hijyen ve Epidemiyoloji Enstitüsü, Prag'dan sağlandı. Kolisin tiplendirmesinde Horak'ın özel indikatör kökenleri ile Dj0nne'un kullandığı yöntem uygulandı. Toplam 451 üropatojen E. coli kökeninden 89'unun (% 19.7) kolisin ürettiği saptandı. Kolisin üretme oranı İzmir'de % 20.4, Manisa'da % 28.2, Aydın'da % 22.3, Antalya'da % 13.2, Adana'da % 15.2 olarak belirlendi. Kolisin tipleri Horak'ın tiplendirme şemasına göre saptandı. Ortak olarak üretilen kolisin tiplerinin oranı Ege Bölgesi'nde % 17.2, Akdeniz Bölgesi'nde % 28.1 olarak görülürken her iki bölgede ortak olan kolisin tiplerinin oranı ise % 22.2 olarak belirlendi. Ege ve Akdeniz Bölgeleri'nde ortak olarak en yüksek oranda üretilen kolisin tiplerinin E1, la (% 89.7); B, M, I, V (% 78.6); V (% 77.5) ve K, X, E, I, V (%71.9) olduğu görüldü.Öğe Determination of extended spectrum beta-lactamase frequency of Klebsiella pneumoniae strains isolated from urinary tract infections and typing with isoelectric focusing method(2007) Limoncu, Mine Hoşgör; Ermertcan, Şafak; Çavuşoğlu, Cengiz; Eraç, Bayrı…Öğe Diş tedavisinde kullanılan aerotor ve mikromotor anguldruvaları üzerine dezenfektanların etkisinin araştırılması(2000) Tezel, Hüseyin; Limoncu, Mine Hoşgör; Ermertcan, Şafak; Özata, FeritBu çalışmanın amacı, diş tedavisinde kullanılan aletlerin dezenfeksiyonunda mekanik temizlemenin yeri ve çeşitli dezenfektanların etkinliğini araştırmaktı. Bunun için yüzeyel uygulamada üç, yatırma yönteminde iki olmak üzere toplam beş dezenfektan kullanıldı. Aletler, mekanik temizlemenin yapılıp yapılmamasına göre A ve B olmak üzere iki gruba ayrıldı. Yapılan çalışma sonucunda, diğer gruplarda üreme görülürken, mekanik temizleme ve dezenfektanda bekletme sonrasında herhangi bir üreme görülmedi. Bunun üzerine, diş hastalıklarının tedavisinde kullanılan aletlerin yapılabiliyorsa sterilizasyonu, yapılamıyorsa mutlaka mekanik temizleme ile dezenfektanda bekletme işlemlerinin beraber yapılması gerektiği sonucuna varıldı.Öğe Escherichia coli suşlarının antibiyotik duyarlılıklarının saptanmasında dio-sensitest ve disk difüzyon yöntemlerinin karşılaştırılması(1998) Limoncu, Mine Hoşgör; Coşar, Güner; Özbakkaloğlu, Beril; Ermertcan, Şafak; Yavaşal, Aylin; Taşlı, HüseyinAntibiyotik duyarlılık ile ilgili iki yöntemi karşılaştırmak amacı ile çeşitli klinik örneklerden soyutlanan 100 Escherichia coli susunun 17 farklı antibiyotiğe duyarlılığı disk difüzyon yöntemi ve Dio-Sensitest (Diomed) ile araştırıldı. Her iki yöntemin arasındaki uyumluluk Mc Nemar (bağımlı örneklerde ki-kare) testi ile yorumlandı. Sonuçlar değerlendirildiğinde; ampisilin, sulbaktam/ ampisilin, meropenem ve tobramisin antibiyotiklerinde disk difüzyon ve Dio-Sensitest yöntemleri arasında anlamlı bir fark görülürken, diğer antibiyotikler açısından her iki yöntem de birbiriyle uyumlu bulundu.Öğe Gram-negatif bakterilerde genişlemiş spektrumlu beta-laktamazların moleküler yöntemlerle tiplendirilmesi(Ege Üniversitesi, 2007) Hoşgör Limoncu, Mine; Ermertcan, Şafak; Taşlı, HüseyinBu çalışmada klinik örneklerden izole edilen Escherichia coli ve Klebsiella pneumoniae kökenlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL) varlığı ve moleküler teknikler ile enzim tipleri araştırıldı. Çift disk sinerji testi (ÇDST) ile 37 (26 E. coli, 11 K. pneumoniae) köken GSBL pozitif bulunmuştur. Polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase chain reaction-PCR) ile 37 kökenin 18?inde blaTEM, 28?inde blaCTX-M, 10?unda blaSHV genleri saptanırken, blaPER genine rastlanılmamıştır. PCRrestriction fragment lenght polymorphism (PCR-RFLP) yöntemiyle CTX-M tipi enzimlerin tamamının CTX-M-1 grubuna ait olduğu, 10 SHV enziminden 4?ünün ise GSBL tipinde olduğu gözlenmiştir.;Extended spectrum beta-lactamases, molecular typing, polymerase chain reaction, restriction fragment lenght polymorphism analysis.;Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz, moleküler tiplendirme, polimeraz zincir reaksiyonu, restriksiyon analizi.Öğe İdrar yolu enfeksiyonlarından izole edilen eschericha coli kökenlerinde florokinolon direncinin araştırılması(Ege Üniversitesi, 2003) Ermertcan, Şafak; Yılmaz, Fethiye Ferda[Abstract Not Available]Öğe İdrar yolu infeksiyonlarından izole edilen Escherichia coli kökenlerinde florokinolon direncinin araştırılması(2005) Yılmaz, Fethiye Ferda; Ermertcan, ŞafakBu çalışmada, İdrar Yolu İnfeksiyonu (İYİ) etkeni Escherichia coli kökenlerinde florokinolon grubu antibiyotiklere direnç gelişiminin araştırılması amaçlandı. Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı’nda idrar örneklerinden 1999 ve 2002 yıllarında izole edilen E. coli kökenlerinde siprofloksasin, ofloksasin ve levofloksasin duyarlılığı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak araştırıldı. 1999 yılında izole edilen 40 üropatojen E. coli kökeninde siprofloksasin ve ofloksasinin minimum inhibisyon konsantrasyon (MİK) aralığı 0.03-128 ?g/mL, levofloksasinin MİK aralığı ise 0.03-32 ?g/mL olarak belirlendi. Siprofloksasin, ofloksasin ve levofloksasin MİK50 değerleri 0.03 ?g/mL olarak saptanırken, MİK90 değerleri siprofloksasin ve ofloksasinde 32 ?g/mL, levofloksasinde ise 16 ?g/mL olarak belirlendi. 2002 yılında izole edilen E. coli kökenlerinde siprofloksasin ve ofloksasinin MİK aralığı 0.03-128 ?g/mL, levofloksasinin MİK aralığı ise 0.03-64 ?g/mL olarak saptandı. Kökenlerin MİK50 değerleri her üç antibiyotik için 0.03 ?g/mL olarak bulunurken, MİK90 değerleri siprofloksasin için 128 ?g/mL, ofloksasin için 64 ?g/mL, levofloksasin için ise 32 ?g/mL olarak belirlendi. 1999 yılında izole edilen E. coli kökenlerinde siprofloksasin, ofloksasin ve levofloksasine karşı direnç oranları % 30 iken, bu oranların 2002 yılında izole edilen kökenlerde % 34’e yükseldiği görüldü. Sonuç olarak, üropatojen E. coli kökenlerinin florokinolon grubu antibiyotiklere karşı duyarlılığı gün geçtikçe azalmaktadır. Bu nedenle florokinolon grubu antibiyotiklerle tedaviye karar verilmeden önce mutlaka İYİ etkeni patojenlerin antibiyotik duyarlılıkları araştırılmalı ve direnç gelişimine karşı gerekli önlemler alınmalıdır.Öğe In vitro effects of antibiofilm agents and antibiotics oncoagulase-negative staphylococci(2020) Ermertcan, Şafak; Limoncu, Mine Hoşgör; Tekintaş, Yamaç; Kurutepe, Semra; Öztürk, İsmail; Temel, AybalaCoagulase negative staphylococci (CoNS) are important nosocomial pathogens that cause biofilm infections. Biofilm provides advantages for microorganisms to resist antibiotics and host immune systems. Considering the increased antibiotic resistance, alternative treatments are needed to combat biofilm infections. In the present study, the effects of antibiotics including gentamicin (GEN), ciprofloxacin, doxycycline (DOX), rifampicin (RIF) and antibiofilm agents including N-acetylcysteine (NAC), ethylenediaminetetraaceticacid (EDTA), nisin (NIS), farnesol (FAR) on clinical CoNS biofilm and IS256, icaA gene expression levels were evaluated. Forty-five CoNS strains were isolated from patients’ catheters, at Manisa Celal Bayar University Hospital. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of agents were detected by broth microdilution method with European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria. The combined effects of agents were investigated by checkerboard method. The antibiofilm effects of combinations were investigated by spectrophotometric microplate method. The effects of combinations on IS256 and icaA gene expressions were evaluated by real-time quantitative reverse-transcriptase PCR. Twenty-four isolates (53.3%) were detected as strong biofilm producer. Biofilm production was inhibited in seven isolates in the presence of EDTA+RIF and NIS+DOX while NIS+GEN combination and RIF inhibited biofilm in six isolates. Nine combinations were found to have synergistic effect against isolate #6 which are resistant to four different antibiotics. The expressions of icaA and IS256 were downregulated in the presence of EDTA, NAC+CIP, NAC+GEN, NIS+GEN, FAR+GEN. Antibiofilm agent/antimicrobial combinations could have promising effects for preventing catheter colonization. The further studies on antibiofilm treatment strategies would be beneficial for decreasing morbidity-mortality rates and healthcare costs caused by biofilms.Öğe In vitro effects of ciprofloxacin, levofloxacin and moxifloxacin on Mycobacterium tuberculosis isolates(2018) Yılmaz, Fethiye Ferda; Eraç, Bayrı; Ermertcan, Şafak; Çavuşoğlu, Cengiz; Biçmen, Can; Özkan, Serir Aktoğu; Limoncu, Mine HoşgörIn vitro effects of ciprofloxacin, levofloxacin and Moxifloxacin on Mycobacterium tuberculosis isolates Introduction: Increased tuberculosis prevalence, and isolation of multidrug resistant (MDR) Mycobacterium tuberculosis strains frequently as causative organisms from tuberculosis infections are resulted in increasing need of new anti-tuberculosis drugs. Nowadays, fluoroquinolones known to have fewer side effects than the other drugs used in treatment of tuberculosis are sometimes assessed even as first-line anti-tuberculosis drugs due to their in vitro and in vivo strong activity. It was aimed in this study to investigate phenotypically the fluoroquinolone susceptibility in MDR and non-MDR M. tuberculosis isolates. Materials and Methods: A total of 126 MDR and non-MDR M. tuberculosis isolates from mycobacteriology laboratory of two hospitals in the Aegean Region of Turkey were included in the study. Ciprofloxacin (CIP), levofloxacin (LEV) and moxifloxacin (MXF) susceptibilities were assessed by agar proportion method according to the Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) recommendations. Results: Twelve (15.2%), 5 (6.3%) and 4 (5.1%) of the MDR M. tuberculosis strains were resistant to CIP, LEV, MXF, respectively [resistance breakpoints (µg/mL); CIP (> 2), LEV (> 1), MXF (> 0.5)] while non-MDR strains were susceptible to CIP, LEV, MXF. Conclusion: Consequently, although high fluoroquinolone susceptibilities were evaluated as a pleasing data in this study, to preserve their efficiency for many years steadily, quinolone usage and resistance increment in MDR M. tuberculosis isolates should be monitored elaborately.Öğe Investigation of Various Virulence Factors and SCCmec Types in the Healthcare-associated and Community-associated Methicillin Resistance Staphylococcus aureus Strains(2020) Yurtsever, Süreyya Gül; Aygül, Abdurrahman; Öztürk, İsmail Cengiz; Nemli, Salih Atakan; Kaya, Selçuk; Ermertcan, ŞafakObjective: the objective of this study was to investigate some virulence genes and SCCmec types of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates and to determine their relationship with virulence factors. Methods: A total of 100 MRSA strains, 64 from healthcare-associated and 36 from community-associated infections, were included in the study. the presence of mecA gene was investigated by PCR. SCCmec types and efb, clfB, agrA gene were detected by multiplex PCR and their relationship with virulence factors has been analyzed. Results: All of the isolates contain the mecA gene. At the same time, in 66 strains (66%) agrA gene, in 58 strains (58%) clfB gene, and in 47 strains (47%) efb gene were positive. in terms of SCCmec types, the distribution of these types among the 64 HA-SA strains was 53% similar-to-type-III, 16% type IV, 2% type I and 30% unclassified. the distribution of the types among the 36 CA-SA strains was 19% similar-to-type-III, 25% type IV, 8% type I and 47% unclassified, respectively. When SCCmec types were evaluated according to clinical sample type, similar-to-type-III isolates were found to be dominant in wound samples. Efb (78%), clfB (85%), agrA (88%) were the dominant genes in similar-to-type-III strains, whereas clfB (74%), agrA (100%) were the main genes detected in the type IV strains. Conclusions: It is of clinical and epidemiological importance to know the origin of MRSA strains because this affects the empirical treatment choice.Öğe Investigation of Various Virulence Factors and SCCmec Types in the Healthcare-associated and Community-associated Methicillin Resistance Staphylococcus aureus Strains(2020) Kaya, Selçuk; Ermertcan, Şafak; Öztürk, İsmail Cengiz; Nemli, Salih Atakan; Yurtsever, Süreyya Gül; Aygül, AbdurrahmanObjective: The objective of this study was to investigate some virulence genes and SCCmec types of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) isolates and to determine their relationship with virulence factors. Methods: A total of 100 MRSA strains, 64 from healthcare-associated and 36 from community-associated infections, were included in the study. The presence of mecA gene was investigated by PCR. SCCmec types and efb, clfB, agrA gene were detected by multiplex PCR and their relationship with virulence factors has been analyzed. Results: All of the isolates contain the mecA gene. At the same time, in 66 strains (66%) agrA gene, in 58 strains (58%) clfB gene, and in 47 strains (47%) efb gene were positive. In terms of SCCmec types, the distribution of these types among the 64 HA-SA strains was 53% similar-to-type-III, 16% type IV, 2% type I and 30% unclassified. The distribution of the types among the 36 CA-SA strains was 19% similar-to-type-III, 25% type IV, 8% type I and 47% unclassified, respectively. When SCCmec types were evaluated according to clinical sample type, similar-to-type-III isolates were found to be dominant in wound samples. Efb (78%), clfB (85%), agrA (88%) were the dominant genes in similar-to-type-III strains, whereas clfB (74%), agrA (100%) were the main genes detected in the type IV strains. Conclusions: It is of clinical and epidemiological importance to know the origin of MRSA strains because this affects the empirical treatment choice.Öğe İzmir ilinde çeşitli su örneklerinde legionella varlığının ve antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması(Ege Üniversitesi, 2016) Köse, Ezgi; Ermertcan, Şafak1976'da Philadelphia'da ortaya çıkan bir salgında Legionella bakterisinin izole edilmesinden bu yana devam eden araştırmalarda bu bakterinin aralıklarla salgınlara yol açabildiği gösterilmiştir. Türkiye'de de küçük çaplı Legionella salgınlarının görülmesinin yanı sıra, çeşitli araştırmalarda bu bakterinin su sistemlerinde sıklıkla kolonize olabildiği gösterilmektedir. Bu tez çalışmasında, İzmir'deki çeşitli hastane, fabrika ve kurumların su dağıtım ve havalandırma sistemlerinden alınan örneklerde Legionella varlığının araştırılması ve izole edilen kökenlerin antibiyotik duyarlılıklarının belirlenmesi amaçlandı. 2014 yılı Ağustos-Kasım ayları arasında İzmir'deki fabrika, hastane, okul, alışveriş merkezleri, otel, ev, içme suyu kaynakları gibi çeşitli yerlerden toplanan 90 su örneği analiz edildi. Alınan su örneklerinden izole edilen kökenler ile standart köken olarak Refik Saydam Hıfzıssıhha Merkezi kültür koleksiyonu laboratuvarından temin edilen L. pneumophila ATCC 43111 köken %16 gliserinli buyyon ile %37 gliserinli steril çeşme suyunda stoklanarak -80oC'de saklandı. Toplanan su örneklerinden direk ekim ve HCl-KCl (pH 2.2) asit muamelesi sonrası ekim yapıldı. Ekim işlemi, Kömür Maya Ekstratı (CYE) (Oxoid) agarına eklenen Tamponlu Kömür Maya Ekstratı (BCYE) (Oxoid) seçici besiyeri katkısı ile Glisin, Vankomisin, Polimiksin B, Siklohekzimid (GVPC) (Oxoid) seçici besiyeri katkısının eklenmesiyle hazırlanan besiyerlerine yapıldı. Legionella pneumophila serogroup 1, 2-14 ve Legionella spp. alt türlerinin tespiti için lateks aglütinasyon test kiti (Oxoid) kullanıldı. Kökenlerin levofloksasin, siprofloksasin, rifampisin, doksisiklin, imipenem, azitromisin, trimetoprim+sulfametoksazole karşı in-vitro duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile Clinical Laboratory Standarts Institute (CLSI) ve European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC) önerileri doğrultusunda belirlendi. Tüm işlemler biyogüvenlik kabininde gerçekleştirildi. Alınan 90 su örneğinden Legionella seçici besiyerleri BCYE ve GVPC kültürleri sonucunda çeşitli kolonilerin bulunduğu 29 (%32) örnekte Legionella şüpheli koloniler görüldü. Bu örneklerin %5 insan kanlı agardaki kültürleri sonucu üreme görülmeyen petri örnek sayısının 15 (% 16.6) olduğu belirlendi. Kanlı agarda üremenin görülmediği 15 izolata uygulanan lateks aglütinasyon testi sonucunda dört örneğin (% 4.4) L. pneumophila serogrup 2-14'e ait olduğu tespit edildi. In vitro antimikrobiyal duyarlılık sonuçlarına göre dört farklı örnekten izole edilen L. pneumophila 2-14 serogrup kökenlerinin hepsinde levofloksasin ve imipenem duyarlılığı olduğu belirlendi. Bir kökende siprofloksasin, azitromisin ve rifampisin direnci tespit edildi. Bir diğer kökende ve standart kökende de siprofloksasine direnç görülürken başka bir kökende sadece rifampisine direnç görüldü. Legionella besiyerinin tetrasiklin (doksisiklin) ve sülfonamid (sülfametoksazol) grubu antibiyotikleri inhibe edici para-aminobenzoik asit içeriğinden dolayı bu antibiyotiklerin etkinliklerinin tam olarak gözlenemediği düşünülmektedir. Bu çalışma, İzmir ilinde olası enfeksiyon riski oluşturabilecek Legionella kaynaklarının tespitini ve Legionella izolatlarının antimikrobiyal duyarlılık analizini sağlamıştır. Ortaya çıkan direnç profillerine göre, bölgesel ve ulusal düzeyde klinik ve çevresel örneklerden elde edilen Legionella izolatlarının direnç gelişimleri izlenmeli ve tedavide akılcı antibiyotik kullanımı için gerekli düzenlemeler yapılmalıdır.;Legionella pneumophila, GVPC, BCYE, kinolon, makrolid.;Legionella pneumophila, GVPC, BCYE, quinolone, macrolide.Öğe İzmir, Manisa ve Uşak illerindeki kanatlılardan elde edilen Salmonella izolatlarında virülans faktörlerinin, antimikrobiyal ve dezenfektan duyarlılıklarının ve klonal yakınlığın araştırılması(Ege Üniversitesi, 2017) Ertunç, Ercüment; Ermertcan, ŞafakBu çalışmada kanatlı Salmonella suşlarında, çeşitli antibiyotik ve dezenfektanların etkileri, antibiyotik direnci tespit edilen suşlarda antibiyotik direnç genlerinin tespit edilmesi, değişik virülans genlerinin saptanması ve suşlar arasında klonal ilişkinin araştırılması amaçlanmıştır. T.C. Gıda, Tarım ve Hayvancılık Bakanlığı bünyesinde yer alan Bornova Veteriner Kontrol Enstitüsü'ne bağlı Kanatlı Hastalıkları Teşhis Laboratuvarı'nda 2014-2015 yıllarında izole edilen ve serotiplendirme için Etlik Merkez Araştırma Enstitüsü Bakteriyoloji Laboratuvarı (Salmonella Ulusal Referans Laboratuvarı)'na gönderilen 45 kanatlı suşu çalışmaya alındı. İlk olarak 10 değişik antibiyotik kullanılarak Kirky Bauer disk difüzyon yöntemi ile CLSI kriterlerine göre suşların antibiyotik duyarlılık profilleri belirlendi. Daha sonra yaygın kullanılan dezenfektanların suşlar üzerine etkileri sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile incelendi. Disk difüzyon testi sonuçlarına göre ß-laktam ve tetrasiklin direnci görülen suşlarda beş direnç geni PZR ile araştırıldı. Ayrıca, infeksiyon oluşumunda kritik rolü olan altı virülans geni de PZR ile saptandı. Çalışmanın sonunda suşlar arasındaki klonal ilişki PFGE yöntemi yardımıyla değerlendirildi. ß-Laktam (ampisilin, amoksisilin ve amoksisilin+klavulanik asit) ve tetrasiklin (doksisiklin ve oksitetrasiklin) grubu antibiyotiklere karşı toplam 20 Salmonella suşunda direnç tespit edildi. Diğer test edilen antibiyotiklere (sefepime, levofloksasin, siprofloksasin, sefotaksim, kolistin sülfat) karşı direnç gözlenmedi. ßLaktam direnci tespit edilen suşlarda GSBL varlığı blaTEM, blaCTX-M ve blaSHV ile araştırıldı ancak bu genler bulunamadı. Tetrasiklin direnci gösteren suşlarda tetA ve tetB direnç genleri araştırıldı ve 7 suşta sadece tetA bulundu. Sıvı mikrodilüsyon yöntemi ile 45 Salmonella spp. suşunun dört ayrı dezenfektana olan duyarlılıkları çalışıldı. 25 Salmonella suşunda Virkon-S®'e direnç tespit edildi. Virülans genlerinden invA, sopB, sopE, sifA, pefA, ve pipD araştırıldı. Bu genlerden invA suşların tümünde bulunurken, sopB (%93.3), sopE (%37.7), sifA (%31.1), pefA (%35.5) ve pipD (%95.5) oranlarında belirlendi. Moleküler tiplendirme yöntemi olan PFGE ile 45 suş arasındaki klonal ilişki araştırıldı. Çalışılan suşların dördünde yöntem tekrar edilmesine rağmen patern elde edilemedi. Ortaya çıkan 13 ayrı Salmonella serotipi içeren 41 suşa ait dendogramda 39 ayrı pulsotip tespit edildi. Suşlar arası klonal yakınlık % 30 ile % 100 arasında bulundu. Ayrım / sınır değeri, % 53 olarak alındı ve suşlar arasında sekiz ayrı küme oluşumu gözlendi. Kümelerin sahip olduğu suş sayılarının genetik benzerliklerine dayanarak üç ile 12 arasında değiştiği belirlendi. Çalışmamız iki yıllık bir dönemde İzmir, Manisa ve Uşak illerindeki kanatlılardan izole ve identifiye 45 Salmonella suşunda, ß-Laktam ve tetrasiklin grubu antibiyotiklere karşı direnç olduğunu ve dezenfektan direncinin görüldüğünü ortaya koymaktadır. Antibiyotik dirençli suşlarda GSBL tespit edilmemesine rağmen bazı suşlarda tetrasiklin direnç geni olan tetA saptanmıştır. Farklı virülans genleri değişik serotiplerde belirlenmiş ve çalışılan suşlar arasında yüksek oranlarda klonal yakınlık görülmüştür. Salmonella antibiyotik direnç ve virülans genleri ile ilgili ülkemizde daha fazla araştırmaya ihtiyaç duyulmaktadır.Öğe Kan kültürlerinden izole edilen klebsiella pneumoniae kökenlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz varlığının araştırılması ve tiplendirilmesi(Ege Üniversitesi, 2004) Hoşgör Limoncu, Mine; Ermertcan, Şafak; Taşlı, HüseyinKan kültürlerinden izole edilen Klebsiella pneumoniae kökenlerinde genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz (GSBL)'lar fenotipik olarak araştırıldı ve tiplendirildi. Kan kültürlerinden izole edilen 32 K. pneumoniae kökeninin antibiyotik duyarlılıkları belirlendikten sonra, çift disk sinerji testi ile 13 kökende (% 41) GSBL varlığı saptandı. GSBL (+) bulunan kökenlerin seftazidim, sefotaksim ve aztreonam minimum inhibisyon konsantrasyonu değerleri E-test ile belirlendi. Kökenlerin beta laktamaz ekstraksiyonu yapıldı ve izoelektrik odaklama yöntemi ile enzimlerin tipleri araştırıldı. GSBL (+) kökenlerden birinde 4, birinde 3, altı kökende 2 adet bant paterni gözlenirken, diğerlerinde birer adet bant paterni belirlendi. GSBL (+) kökenlerde izlenen bant paternlerinin SHV türü enzimlerle uyumlu olduğu görüldü.;Klebsiella pneumoniae, Extended spectrum beta-lactamase.;Klebsiella pneumoniae, Genişlemiş Spektrumlu Beta-Laktamaz.Öğe Kan kültürlerinden soyutlanan Candida kökenlerinin flukonazole in vitro duyarlılığının makrodilüsyon ve kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemleri ile saptanması(Ege Üniversitesi, 1998) Ermertcan, Şafak; İnci, RamazanÖZET Fırsatçı mantar infeksiyonlarındaki artış nedeniyle antifungal ilaçların kullanımına ilişkin sorunlar da ortaya çıkmıştır. Sistemik kandidoz etkeni olarak klinik tabloya antifungallere dirençli albicans dışı Candida kökenleri hakim olmaya başlamıştır. Antifungal ilaçların klinik kullanımının standardize edilebilmesi için in vitro ve in vivo antifungal duyarlılık çalışmalarının yapılması artık bir zorunluluktur. Bu konuda NCCLS standart bir makrodilüsyon yöntemi ve alternatif mikrodilüsyon yöntemi önermiştir. Ancak çeşitli boyaların kullanıldığı alternatif mikrodilüsyon yöntemleri ile de duyarlılık çalışmaları yapılmaktadır. Çalışmamızda, Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi yoğun bakım ünitelerinde çeşitli hastalıklar nedeniyle izlenen, nötropenisi olmayan kandidoz kuşkulu hastaların kan kültürlerinden soyutlanan toplam 60 Candida kökeni (27 C.albicans; 23 C.tropicalisve 10 C.parapsilosis)'nm flukonazole in vitro duyarlılığı makrodilüsyon ve kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemleri ile saptandı. Makrodilüsyon ve kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemleri arasındaki uyum yüzdesi hesap edildi. Makrodilüsyon yöntemi ile flukonazole in vitro doza bağımlı duyarlılık ( MİK: 16-32jig/ml ) C.albicans kökenleri ( 2/27, % 7 )'ne göre albicans dışı Candida kökenleri ( 2/23, % 9 )'nde daha yüksek bulundu. Kolorimetrik mikrodilüsyon yönteminde ise; saptanan MİK sonuçları ( [ig/ml ) ; Candida türü ve inkübasyon süresine göre farklı idi. Kolorimetrik mikrodilüsyon yönteminde saptanan MİK değerlerine göre Candida kökenlerinin flukonazole in vitro duyarlılığının 48 saatlik inkübasyon değeri, 24 saatlik inkübasyon sonundaki MİK değerlerinden daha yüksek idi. Makrodilüsyon ve kolorimetrik mikrodilüsyon yöntemleri arasındaki uyum yüzdesi Candida türüne ve inkübasyon süresine göre değişmekte idi. Flukonazole in vitro duyarlılığın kolorimetrik mikrodilüsyon yönteminin 24. ve 48. saatlerinde, makrodilüsyon ile uyum yüzdesi sırası ile ; C.albicans'ta: % 99 ve % 93 ; C.tropicalis'te: % 99 ve % 92 ; C.parapsilosis'te ise % 82 ve %77 olarak saptandı.Çalışmamızda sistemik kandidoz etkeni olan albicans dışı Cand/da' larda flukonazole in vitro duyarlılığın azaldığı görülmektedir. Ayrıca flukonazolün in vitro duyarlılığının saptanmasında makrodilüsyon yöntemine alternatif olarak kolorimetrik mikrodilüsyon yönteminin klinik mikrobiyoloji laboratuvarlarında kullanılabileceği sonucuna varılmıştır
