Yazar "Atay, Sevcan" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 20 / 26
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Association of IDH1 Gene R132H Mutation and Increased Tumor HIF1-alpha and Serum VEGF Levels in Primary Glioblastoma Multiforme
    (Federation Amer Soc Exp Biol, 2015) Aydin, Hikmet; Yalaza, Cem; Ak, Handan; Cagli, Mehmet; Ozgiray, Erkin; Atay, Sevcan
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Association of IDH1 Gene R132H Mutation and Increased Tumor HIF1-alpha and Serum VEGF Levels in Primary Glioblastoma Multiforme
    (Federation Amer Soc Exp Biol, 2015) Aydin, Hikmet; Yalaza, Cem; Ak, Handan; Cagli, Mehmet; Ozgiray, Erkin; Atay, Sevcan
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Association of IDH1 Gene R132H Mutation and Increased Tumor HIF1-alpha and Serum VEGF Levels in Primary Glioblastoma Multiforme
    (Federation Amer Soc Exp Biol, 2015) Aydin, Hikmet; Yalaza, Cem; Ak, Handan; Cagli, Mehmet; Ozgiray, Erkin; Atay, Sevcan
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Beta-myosin heavy-chain mutations R403QLW, V606M, K615N and R663H in patients with hypertrophic cardiomyopathy
    (Turkish Soc Cardiology, 2014) Atay, Sevcan; Tetik, Asli; Cetintas, Vildan Bozok; Tuluce, Selcen Yakar; Tuluce, Kamil; Kayikcioglu, Meral; Eroglu, Zuhal
    Objective: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a disease of the myocardium with an autosomal-dominant pattern of inheritance mainly caused by single heterozygous mutations in sarcomere genes. In this study we aimed to detect the presence of R403QLW, V606M, K615N, and R663H mutations in beta-myosin heavy-chain gene (MYH7) and figure out the genotype-phenotype correlations in Turkish patients with HCM. Methods: This case-control study based on genotype-phenotype correlation included 69 patients (mean age, years: 50 +/- 13.16) diagnosed with HCM constituting the study group and 50 healthy individuals (mean age, years: 52 +/- 1.4) constituting the control group. DNA was extracted from peripheral blood and the genotyping of mutations was performed by real-time PCR technique and high resolution melting analysis. Associations between categoric variables were determined using chi-square tests. Differences between two groups were compared with unpaired Student's t-test for continuous variables. Results: None of the patients in the HCM group were carrying the index mutations. One healthy individual was found to be heterozygous for the R663H mutation with mildly abnormal IVS and LVPW thickness. The allele frequency for R663H (G>A) mutation was found to be 0.01% in control group. Conclusion: We performed a mutational screening of 6 HCM-associated mutations in 69 Turkish HCM patients (not previously studied except R403Q). There was no significant difference in the prevalence of the mutations between the patients with HCM and the healthy controls (p>0.05).
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Diverse Effects of the Lingzhi or Reishi Medicinal Mushroom, Ganoderma lucidum (Agaricomycetes), in Combination with Tamoxifen Citrate and Doxorubicin in MCF-7 Breast Cancer Cells
    (Begell House Inc, 2016) Atay, Sevcan; Ak, Handan; Kalmis, Erbil; Kayalar, Husniye; Aydin, Hikmet Hakan
    Ganoderma lucidum, a medicinal mushroom, has been known to have antimetastatic and anti-carcinogenic bioactivities and is widely used in Asian countries in complementary and alternative medicine. However, there is no information regarding its combined usage with tamoxifen and doxorubicin in breast cancer treatment. We investigated the interactions between G. lucidum and tamoxifen or doxorubicin in an MCF-7 human estrogen receptor-positive breast cancer cell line. The antiproliferative properties of 6 extracts were assessed using the WST-8 method. The most effective extract in inhibiting MCF-7 cell viability was then evaluated in terms of its antimetastatic activity by the Boyden chamber assay. Apoptosis and cell cycle assays were performed by flow cytometry. G. lucidum ether extract (G. Ether) was the most effective extract in inhibiting cell viability, among other extracts, with half-maximal inhibitory concentrations of 100 and 12.82 mu g/mL at 48 and 72 hours, respectively. We found that G. Ether is capable of inducing apoptosis and changing cell cycle dynamics. However, incubation with G. Ether did not significantly affect MCF-7 cell motility. We then assessed the interactions between G. Ether and tamoxifen or doxorubicin in MCF-7 cells. The interactions between G. Ether and cancer therapeutics were examined by combination index analysis and MacSynergy II software. Interestingly, G. Ether increased the antiproliferative effect of tamoxifen but exhibited strong antagonism with doxorubicin in the MCF-7 cell line.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Effect of Inhalation Aromatherapy on Pain, Anxiety, Comfort, and Cortisol Levels During Trigger Point Injection
    (Lippincott Williams & Wilkins, 2020) Kasar, Kadriye Sayin; Yildirim, Yasemin; Senuzun Aykar, Fisun; Uyar, Meltem; Sagin, Ferhan Girgin; Atay, Sevcan
    The objective of this study was to examine the effects of inhaler aromatherapy on the level of pain, comfort, anxiety, and cortisol during trigger point injection in individuals with myofascial pain syndrome. Lavender oil inhalation was found to reduce pain and anxiety during trigger point injection and to improve patient comfort, but it did not affect the saliva cortisol level.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Effects of Ganoderma lucidum (Higher Basidiomycetes) Extracts on the miRNA Profile and Telomerase Activity of the MCF-7 Breast Cancer Cell Line
    (Begell House Inc, 2015) Gonul, Oyku; Aydin, Hikmet Hakan; Kalmis, Erbil; Kayalar, Husniye; Ozkaya, Ali Burak; Atay, Sevcan; Ak, Handan
    Ganoderma lucidum is a medicinal higher Basidiomycetes mushroom that exerts anticancer effects through several different mechanisms. This study investigated the effects of Ganoderma lucidum on the telomerase activity and microRNA (miRNA) profiles of MCF-7 cells. According to the cytotoxicity results, the Ganoderma lucidum ether extract exhibits the highest cytotoxic potency; therefore it was chosen for the subsequent telomerase activity assay and miRNA profiling. The telomerase activity observed in the cells treated with a half-maximal inhibitory concentration of Ganoderma lucidum ether extract (100 mu g/mL in dimethyl sulfmdde) was 32.2% lower than that of the control cells treated with 1% dimethyl sulfoxide. Among 1066 miRNAs, the most downregulated miRNA was hsa-miR-27a* (4.469-fold), and the most upregulated miRNA was hsa-miR-1285 (10.462-fold). A database search revealed the predicted miRNAs that target the catalytic subunit of the telomerase enzyme telomerase reverse transcriptase, and only miR-3687 (upregulated 2.153-fold) and miR-1207-5p (upregulated 2.895-fold) were changed by at least 2-fold. The miRNA profile changes demonstrated in this study provide a data set regarding their effects on the pathways that regulate telomerase activity in MCF-7 breast cancer cells treated with Ganoderma lucidum. These data should aid the development of novel cancer treatment strategies.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Ganoderma lucidum ekstraktlarının meme kanseri hücre hatlarında tamoksifen ve doksorubisin ile sinerjistik etkilerinin araştırılması
    (Ege Üniversitesi, 2015) Atay, Sevcan; Ak, Handan
    Ganoderma lucidum, yenebilen bir tıbbi mantar türü olup anti-metastatik ve anti-karsinojenik etkileri ile tanınmakta ve Asya ülkelerinde alternatif ve tamamlayıcı tıpta uzun yıllardır kullanılmaktadır. Buna karşın G. lucidum'un meme kanseri tedavisinde tamoksifen ve doksorubisin ile kombine kullanımı hakkında bir araştırma mevcut değildir. Bu çalışmada G.lucidum'dan elde edilen altı farklı ekstraktın MCF-7 östrojen reseptör pozitif ve MDA-MB-231 üçlü negatif meme kanseri hücre hatlarında hücre canlılığı üzerine olan etkileri WST-8 metodu kullanılarak değerlendirilmiştir. Hücre canlılığı üzerinde en etkili ekstraktın her iki hücre hattında da G. lucidum eter ekstraktı olduğuna karar verilmiştir. Eter ekstraktının invazyon ve migrasyon üzerine olan etkileri Boyden Chamber Assay ile değerlendirilmiştir. Bu ekstraktın MCF-7 hücre hattında hücre mobilitesi üzerinde anlamlı bir etkisi olmadığı fakat MDA-MB-231 hücre hattında yüksek oranda göç eden hücre sayısını azalttığı bulunmuştur. Her iki hücre hattında da DMSO kontrol ve eter ekstraktı uygulanmış hücreler arasında invaze olan hücre sayısı açısından bir farklılık bulunmamıştır. Eter ekstraktının apoptozis ve hücre döngüsü üzerine olan etkileri akış sitometri yöntemi ile incelenmiştir. G. lucidum eter ekstraktının meme kanseri hücrelerinde apoptozisi anlamlı olarak tetiklediği bulunmuştur. Bunlara ek olarak, eter ekstraktı ile inkübasyon her iki hücre hattında da hücre döngüsü dinamiklerini anlamlı olarak değiştirmiştir. Ardından meme kanseri hücrelerinde eter ekstraktının tamoksifen ve/veya doksorubisin ile etkileşimleri incelenmiştir. Ganoderma lucidum eter ekstraktı ve terapötikler arasındaki etkileşimler MacSynergy II yazılımı ve kombinasyon indeks analizi ile değerlendirilmiştir. Eter ekstraktı MCF-7 meme kanseri hücre hattında tamoksifen ile kombine edildiğinde tamoksifenin hücre canlılığı üzerine olan etkilerini artırmış, fakat doksorubisin'in etkisini inhibe etmiştir. G. lucidum eter ekstraktı MDA-MB-231 meme kanseri hücre hattında da doksorubisin ile antagonistik etki göstermiştir
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Genome-Wide Association Study of Copy Number Variations in Patients with Familial Neurocardiogenic Syncope
    (Springer/Plenum Publishers, 2016) Demir, Emre; Hasdemir, Can; Ak, Handan; Atay, Sevcan; Aydin, Hikmet Hakan
    Neurocardiogenic syncope (NCS) is the most frequent type of syncope characterized by a self-limited episode of systemic hypotension. In this study, we conducted the first genome-wide association study testing copy number variations for association with NCS. Study population consisted of 107 consecutive patients with recurrent syncope and positive head-up tilt table testing. Four families with NCS were selected for CNV analysis. Affymetrix GeneChip(A (R)) SNP 6.0 array was used for CNV analysis. Data and statistical analysis were performed with Affymetrix genotyping console 4.0 and GraphPad Prism v6. Positive family history of NCS was present in 19.6 % (n = 21) in our study population (n = 107). Twenty-six CNV regions were found to be significantly altered in families with NCS (P < 0.05). Several CNVs were identified in families with NCS. Further studies comprising wider study population are required to determine the effect of these variations on NCS development.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Glioblastomlarda diagnostik ve prognostik biyobelirteç olarak kullanılan izositrat dehidrogenaz IDH1 mutasyonlarının tayini için dCas9 ile modifiye edilmiş impedimetrik biyosensör geliştirilmesi
    (Ege Üniversitesi, 2022) Atay, Sevcan; Uygun, Zihni Onur
    Glioblastom (GBM, WHO evre IV astrositom) en sık karşılaşılan ve en agresif malign beyin tümörü çeşididir. Glioblastomlar, primer GBM (WHO, IDH yabani tip) ve sekonder GBM (WHO, IDH mutant) olarak histolojik olarak birbirinden ayırt edilmesi pratikte mümkün olmayan iki alt tipe ayrılmaktadır. Farklı tiplere sahip hastalarda prognoz ile temozolomid ve radyoterapiye verilen yanıt oldukça farklılık göstermektedir. Primer ve sekonder GBM'yi birbirinden ayıran en yaygın genetik anomali izositrat dehidrogenaz (IDH1) geninin R132 kodonunda yer alan somatik tek nükleotid mutasyonlarıdır. Bu çalışmada, izositrat dehidrojenaz (IDH) R132 kodonunda yer alan hedef mutant DNA'nın saptanması için CRISPR-dCas9 tabanlı bir biyosensör tasarladık. Elektrot mutant tip DNA dizisini saptayıp ayırt edebilmesi için sırasıyla sistamin (Cys), PAMAM, dCas9/sgRNA ile modifiye edildi. Geliştirdiğimiz biyosensör hedef mutant DNA'yı dakikalar içinde yüksek hassasiyetle ve tespit edebilmiştir. Geliştirdiğimiz biyosensör sisteminin bir başka yeniliği, yalnızca mutant DNA'ları tespit etmekle kalmaması, aynı zamanda yaklaşık DNA uzunluğunu da ölçebiliyor olmasıdır. Bu nedenle geliştirdiğimiz biyosensör teknolojisinin DNA biyosensörleri alanında yeni olduğu düşünülebilir. Biyosensör sisteminin diğer bir yeteneği, elektrokimyasal empedans spektroskopisi ile DNA konsantrasyonunu ve konsantrasyon bazlı yanlış pozitif sinyalleri azaltan kapasitif tespit ile DNA uzunluğunu eş zamanlı olarak ölçebilmesidir. Kalibrasyon aralığı 100 fM ile 1000 fM arasında elde edildi, LOD ve LOQ da sırasıyla 33, 96 fM ve 102, 91 fM olarak hesaplanmıştır. Ayrıca, kapasitif algılama hassasiyeti sayesinde 200 bp ve 250 fM konsantrasyon verilerinin aynı EIS sinyallerini ve 1000 bp ve 50 fM konsantrasyon verilerini ayırt edebilmektedir. Sonuç olarak, geliştirilen biyosensör hedef mutant DNA'yı, DNA uzunluğunu ve DNA konsantrasyonunu dakikalar içinde eş zamanlı olarak yüksek hassasiyetle tespit edebilmiştir.;Biyosensör, kronoimpedans, elektrokimyasal impedans spektroskopisi, kapasitans, CRISPR, dCas9.;biosensor, chronoimpedance, electrochemical impedance spectroscopy, capacitance, CRISPR, dCas9.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Hepatit-B virüs ilişkili hepatosellüler karsinomda tümöral glipikan 3 mRNA seviyesinin diagnostik ve prognostik biyobelirteç olabilme potansiyelinin entegratif transkriptomik meta-analiz ve biyoinformatik ile değerlendirilmesi
    (2022) Atay, Sevcan
    Amaç: Bu çalışmanın amacı HBV-ilişkili hepatosellüler kansinom hastalarında tümöral GPC3 mRNA seviyesinin diagnostik ve prognostik biyobelirteç olabilme potansiyelinin değerlendirilmesidir. Gereç ve Yöntem: Eşlenik tümör içermeyen karaciğer dokularına göre HBV-ilişkili HCC tümör dokularında GPC3 mRNA ekspresyonu entegratif transkriptomik meta-analiz yöntemi ile belirlendi. Sonuçlar farklı bir hasta kohortunda valide edildi ve GPC3 mRNA seviyesi ile klinik değişkenler arasındaki ilişki değerlendirildi. Bulgular: Meta-analize 4 farklı veri setinden (GSE19665;GSE84402;GSE121248;GSE55092) HBV-ilişkili hepatosellüler karsinom dokuları (n=61) ile eşlenik tümör içermeyen dokulara (n=61) ait transkriptomik veriler dahil edildi. GPC3 mRNA seviyesi’nin eşlenik dokulara göre tümörde daha yüksek olduğu bulundu (kat değişimi=12,88; p=0; FDR=0). Sonuçlar GSE14520 veri setinde (HBV-ilişkili HCC tümör (n)=203;eşlenik non-tümöral doku (n)=203) valide edildi (log-kat değişimi= 4,82; adj.p=1, 43 E-79). ROC analizi sonucunda GPC3 mRNA seviyesinin tümör dokularını tümör içermeyen eşlenik karaciğer dokularından yüksek spesifite ve sensitivite ile ayırabildiği bulundu (n=203;AUC=0,9108;%95CI=0,08792-0,9424;p<0,0001). Tümöral GPC3 mRNA seviyesi ile hastalarda genel sağkalım (HR (logrank)= 0,81; %95CI=0,5223-1,2771; p= 0,3663), 3 yıl içinde rekürrans gelişimi (p=0.5793) ya da erken (<1 yıl) ve geç rekürrans (>3 yıl) (p= 0.9950) arasında bir ilişki bulunmadı. Çok-değişkenli Cox orantılı tehlikeler regresyon analizleri sonucunda da GPC3 mRNA seviyesi ile genel sağkalım arasında bir ilişki bulunmadı. Yüksek GPC3 mRNA seviyesi yüksek serum AFP seviyesi, küçük tümör boyutu ve aktif viral replikasyon ile ilişkili bulundu. GPC3 mRNA seviyesi CLIP evre 0’a göre evre 1’de daha yüksekti, fakat TNM ve BCLC evreleme arasında ilişki yoktu. Sonuç: Çalışma sonuçları HBV-ilişkili HCC ve yakın tümör içermeyen karaciğer doku ayrımında GPC3 mRNA seviyesinin yüksek spesifite ve sensitivite ile iş görebilecek bir diagnostik biyobelirteç olma potansiyelinin oldukça yüksek, fakat prognostik bir biyobelirteç olabilme potansiyelinin düşük olduğunu önermektedir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Hipertrofik kardiyomiyopatili hastalarda β-miyozin ağır zincirinin aktin bağlama bölgesinde yer alan mutasyonların araştırılması
    (Ege Üniversitesi, 2011) Atay, Sevcan; Eroğlu, Zuhal
    Hipertrofik kardiyomiyopati (HKMP); hipertrofiye yol açabilecek başka bir kardiyak veya sistemik hastalık olmaksızın gözlenen sol ventrikül hipertrofisi, miyozit hipertrofisi ile düzensizliği ve interstisyal fibrozis ile karakterize edilen primer kalp kası hastalığıdır. HKMP %55 oranında genetik geçişli olup, otozomal dominant kalıtım göstermektedir. Erişkin toplumdaki HKMP prevalansının yaklaşık % 0.2 (1/500) olduğu belirtilmektedir. Hastalığın klinik seyri asemptomatikten ani kardiyak ölüme kadar değişkenlik gösterebilmekte ve ayrıca klinik heterojenite yanında allelik ve non-allelik seviyede de oldukça yüksek genetik heterojenite gösterebilmektedir. Bugüne kadar kardiyak sarkomer proteinlerini kodlayan 11 gende HKMP'ye yol açan 800'den fazla mutasyon tanımlanmıştır. Ancak genotip ve histopatolojik bulgular arasındaki ilişki henüz tam olarak belirlenememiştir. Bu çalışmada; HKMP hastalarında , R403QLW, V606M , K615N ve R663H mutasyonlarının frekanslarının ve fenotipik ifadelerinin araştırılması hedeflenmiştir. HKMP tanısı konmuş 69 olgu (32 kadın, 37 erkek , yaş ort: 50) ve 50 sağlıklı bireyde mutasyonların genotiplendirilmesi Real time PCR yöntemi kullanılarak yapılmıştır. İncelenen 69 olguda herhengi bir mutasyon gözlenmemesine rağmen sadece kontrol grubundan 1 kişinin R663H mutasyonu açısından heterozigot genotipe sahip olduğu belirlenmiştir. Sonuç olarak hasta ve kontrol grubunda araştırılan mutasyonlar karşılaştırıldığında aralarında anlamlı bir farklılık bulunmamıştır. Daha İleri çalışmalarda HKMP'ye neden olan mutasyonların çeşitlendirilerek ve hasta sayısının arttırılarak incelenmesinin daha kesin sonuçlar vermesi açısından gerekli olduğu düşünülmüştür.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Hipertrofik kardiyomiyopatili hastalarda β-miyozin ağır zincirinin aktin bağlama bölgesinde yer alan mutasyonların araştırılması
    (Ege Üniversitesi, 2011) Atay, Sevcan; Eroğlu, Zuhal; Kayıkçıoğlu, Meral; Tetik, Aslı
    Hipertrofik kardiyomiyopati (HKMP); hipertrofiye yol açabilecek baska bir kardiyak veya sistemik hastalık olmaksızın gözlenen sol ventrikül hipertrofisi, miyozit hipertrofisi ile düzensizligi ve interstisyal fibrozis ile karakterize edilen primer kalp kası hastalıgıdır. HKMP %55 oranında genetik geçisli olup, otozomal dominant kalıtım göstermektedir. Eriskin toplumdaki HKMP prevalansının yaklasık % 0.2 (1/500) oldugu belirtilmektedir. Hastalıgın klinik seyri asemptomatikten ani kardiyak ölüme kadar degiskenlik gösterebilmekte ve ayrıca klinik heterojenite yanında allelik ve non-allelik seviyede de oldukça yüksek genetik heterojenite gösterebilmektedir. Bugüne kadar kardiyak sarkomer proteinlerini kodlayan 11 gende HKMP'ye yol açan 800'den fazla mutasyon tanımlanmıstır. Ancak genotip ve histopatolojik bulgular arasındaki iliski henüz tam olarak belirlenememistir. Bu çalısmada; HKMP hastalarında , R403QLW, V606M , K615N ve R663H mutasyonlarının frekanslarının ve fenotipik ifadelerinin arastırılması hedeflenmistir. HKMP tanısı konmus 69 olgu (32 kadın, 37 erkek , yas ort: 50) ve 50 saglıklı bireyde mutasyonların genotiplendirilmesi Real time PCR yöntemi kullanılarak yapılmıstır. ncelenen 69 olguda herhengi bir mutasyon gözlenmemesine ragmen sadece kontrol grubundan 1 kisinin R663H mutasyonu açısından heterozigot genotipe sahip oldugu belirlenmistir.Sonuç olarak hasta ve kontrol grubunda arastırılan mutasyonlar karsılastırıldıgında aralarında anlamlı bir farklılık bulunmamıstır. Daha leri çalısmalarda HKMP'ye neden olan mutasyonların çesitlendirilerek ve hasta sayısının arttırılarak incelenmesinin daha kesin sonuçlar vermesi açısından gerekli oldugu düsünülmüstür.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Integrated transcriptome meta-analysis of pancreatic ductal adenocarcinoma and matched adjacent pancreatic tissues
    (Peerj Inc, 2020) Atay, Sevcan
    A comprehensive meta-analysis of publicly available gene expression microarray data obtained from human-derived pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC) tissues and their histologically matched adjacent tissue samples was performed to provide diagnostic and prognostic biomarkers, and molecular targets for PDAC. An integrative meta-analysis of four submissions (GSE62452, GSE15471, GSE62165, and GSE56560) containing 105 eligible tumor-adjacent tissue pairs revealed 344 differentially over-expressed and 168 repressed genes in PDAC compared to the adjacent-to-tumor samples. the validation analysis using TCGA combined GTEx data confirmed 98.24% of the identified up-regulated and 73.88% of the down-regulated protein-coding genes in PDAC. Pathway enrichment analysis showed that "ECM-receptor interaction", "PI3K-Akt signaling pathway", and "focal adhesion" are the most enriched KEGG pathways in PDAC. Protein-protein interaction analysis identified FN1, TIMP1, and MSLN as the most highly ranked hub genes among the DEGs. Transcription factor enrichment analysis revealed that TCF7, CTNNB1, SMAD3, and JUN are significantly activated in PDAC, while SMAD7 is inhibited. the prognostic significance of the identified and validated differentially expressed genes in PDAC was evaluated via survival analysis of TCGA Pan-Cancer pancreatic ductal adenocarcinoma data. the identified candidate prognostic biomarkers were then validated in four external validation datasets (GSE21501, GSE50827, GSE57495, and GSE71729) to further improve reliability. A total of 28 up-regulated genes were found to be significantly correlated with worse overall survival in patients with PDAC. Twenty-one of the identified prognostic genes (ITGB6, LAMC2, KRT7, SERPINB5, IGF2BP3, IL1RN, MPZL2, SFTA2, MET, LAMA3, ARNTL2, SLC2A1, LAMB3, COL17A1, EPSTI1, IL1RAP, AK4, ANXA2 , S100A16, KRT19, and GPRC5A) were also found to be significantly correlated with the pathological stages of the disease. the results of this study provided promising prognostic biomarkers that have the potential to differentiate PDAC from both healthy and adjacent-to-tumor pancreatic tissues. Several novel dysregulated genes merit further study as potentially promising candidates for the development of more effective treatment strategies for PDAC.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Is overactive bladder microvasculature disease a component of systemic atheroscleorosis?
    (Wiley, 2018) Yeniel, Ahmet Ozgur; Ergenoglu, Ahmet Mete; Meseri, Reci; Kismali, Erkan; Ari, Anil; Kavukcu, Gulgun; Aydin, Hikmet H.; Ak, Handan; Atay, Sevcan; Itil, Ismail Mete
    Aims: To evaluate the relationship between overactive bladder (OAB) and systemic atherosclerosis in a cohort of women. Methods: In this case-control study, we assessed atherosclerosis indicators, such as Framingham risk scores and carotid and femoral artery intima-media thickness, and evaluated possible bladder wall responses to atherosclerosis using endovaginal color Doppler ultrasound and the detection of urinary cytokines in women with OAB and in controls. Quantitative assessment of blood perfusion at the bladder neck was performed using a method that allows for the dynamic monitoring of flow in a predefined region of interest at every point of the cardiac cycle. The independent samples t-test was used to evaluate the relationship between OAB and the atherosclerotic findings when parametric conditions were met, and the Mann-Whitney U test was used when parametric conditions were not met. Kendall's Tau was used to assess the correlation between OAB severity and the atherosclerotic variables. P < 0.05 was considered statistically significant. Results: There were 74 OAB patients and 73 controls; in total, 147 women were evaluated. We found that all atherosclerosis indicators were significantly associated with OAB and that there was a significant relationship between OAB and decreased bladder neck perfusion. Additionally, there were correlations of OAB severity with systemic atherosclerosis and impaired vascular perfusion of the bladder. Conclusions: Decreased perfusion at the bladder neck, the Framingham scores in severe OAB, and the correlation between them suggest that OAB microvascular disease may be a component of systemic atherosclerosis rather than a separate process.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Kanser tedavisi alan çocuklarda semptom sıklığı ve semptom kümelerinin belirlenmesi
    (Ege Ünivertitesi, 2008) Atay, Sevcan; Conk, Zeynep
    Araştırma, kanser tedavisi alan 10–18 yaşları arasında çocuklarda tedavinin birinci, ikinci ve üçüncü aylarındaki, semptom sıklığının ve semptom kümelerinin belirlenmesi amacıyla yapılan metadolojik ve tanımlayıcı tipte bir araştırmadır. Araştırma, Ege üniversitesi Tıp Fakültesi Pediatrik Onkoloji Bilim Dalı, Yenişehir Çocuk Hastanesi Onkoloji Kliniği, Dokuz Eylül Üniversitesi Tıp fakültesi Pediatrik Hematoloji-Onkoloji Bilim Dalı ve Dr.Behçet Uz Çocuk Hastanesi Onkoloji Kliniğinde kanser tanısı nedeniyle kemoterapi alan 10-18 yaşları arasındaki kanserli çocuklarla gerçekleştirilmiştir. Araştırmanın örneklemini Ağustos 2006-Ağustos 2007 tarihleri arasında araştırma kriterlerine uygun 54 hasta oluşturmuştur. Araştırma sonunda elde edilen verilerin analizinde SPSS (Statistical Package For Social Science) 15.0 Paket programı ve Software Multi-Variate Statistical Package (MVSP) v.3.12 kullanılarak, sayı, yüzde, ortalama, standart sapma. tekrarlı ölçümlerde tek yönlü varyans analizi, ki kare, küme analizi kullanılmıştır. Kanser tedavisin ilk ayında en sık prevalansa sahip semptomlar iştahsızlık, bulantı, saç dökülmesi, ikinci ayında iştahsızlık, halsizlik ve bulantı, üçüncü ayında iştahsızlık halsizlik ve sinirlilik, üzgün olma belirlenmiştir. Otuz maddeli Memorial Semptom Memorial Semptom Değerlendirme Ölçeği kullanılarak belirlenen semptomlardan tedavinin ilk ayında dört, ikinci ayında dört ve üçüncü ayında beş semptom kümesi oluşmuştur. Bulgular kanserli çocukların tedavilerinin ilk aylarında çok sayıda eş zamanlı semptom deneyimlediklerini göstermektedir. Bu bulgulardan yola çıkılarak kanserli çocuklarda semptomların değerlendirilmesi ve semptom kümelerinin belirlenmesi önerilmiştir.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Label-free highly sensitive detection of DNA approximate length and concentration by impedimetric CRISPR-dCas9 based biosensor technology
    (Elsevier Science Sa, 2021) Uygun, Zihni Onur; Atay, Sevcan
    In this study, we designed a CRISPR-dCas9-based biosensor with potential clinical use in glioblastoma subtype discrimination through detection of isocitrate dehydrogenase R132H (IDH) mutation status. The electrode was modified to detect mutant DNA cysteamine (Cys), PAMAM, dCas9 and sgRNA for R132H mutations, respectively. The biosensor system we proposed was able not only to detect mutant DNA, but also to measure the approximate length of DNA. Therefore, it can be considered that the biosensor technology that we developed is novel in the field of DNA biosensors. Another superior capability of the biosensor system is that it can simultaneously measure DNA concentration by electrochemical impedance spectroscopy and DNA length by capacitive detection, which lowers the concentration-based false positive signals. The calibration range was obtained between 100 fM and 1000 fM, LOD and LOQ were also calculated as 33.96 fM and 102.91 fM respectively. Moreover, thanks to the sensitivity of the capacitive detection, the biosensor was able to discriminate the same EIS signals of the 200 bp and 250 fM concentration data and 1000 bp and 50 fM concentration data. In conclusion, the biosensor was capable of detect target DNA and DNA length, simultaneously in minutes. (c) 2021 Elsevier B.V. All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Microarray gene expression analysis of uterosacral ligaments in uterine prolapse
    (Pergamon-Elsevier Science Ltd, 2016) Ak, Handan; Zeybek, Burak; Atay, Sevcan; Askar, Niyazi; Akdemir, Ali; Aydin, Hikmet Hakan
    Objectives: Pelvic organ prolapse (POP) is a major health problem that impairs the quality of life with a wide clinical spectrum. Since the uterosacral ligaments provide primary support for the uterus and the upper vagina, we hypothesize that the disruption of these ligaments may lead to a loss of support and eventually contribute to POP. Design and methods: In this study, we therefore investigated whether there are any differences in the transcription profile of uterosacral ligaments in patients with POP when compared to those of the control samples. Seventeen women with POP and 8 non-POP controls undergoing hysterectomy for benign conditions were included in the study. Affymetrix (R) Gene Chip microarrays (Human Hu 133 plus 2.0) were used for whole genome gene expression profiling analysis. Results: There was 1 significantly down-regulated gene, NKX2-3 in patients with POP compared to the controls (p = 4.28464e-013). KIF11 gene was found to be significantly down-regulated in patients with >= 3 deliveries compared to patients with < 3 deliveries (p = 0.0156237). UGT1A1 (p = 2.43388e-005), SCARB1 (p = 1.19001e-006) and NKX2-3 (p = 2.17966e-013) genes were found to be significantly down-regulated in the premenopausal patients compared to the premenopausal controls. UGT1A1 gene was also found to be significantly down-regulated in the post menopausal patients compared to the postmenopausal controls (p = 0.0005). Conclusion: This study provides evidence for a significant down-regulation of the genes that take role in cell cycle, proliferation and embryonic development along with cell adhesion process on the development of POP for the first time. (C) 2016 The Canadian Society of Clinical Chemists. Published by Elsevier Inc. All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Mitochondrial DNA polymorphisms associated with longevity in the Turkish population
    (Elsevier Sci Ltd, 2014) Guney, Ozgur; Ak, Handan; Atay, Sevcan; Ozkaya, Ali Burak; Aydin, Hikmet Hakan
    The accumulation of mutations in mitochondrial DNA is a widely recognized mechanism for aging and age related diseases. However, studies indicate that some mutations could be beneficial to longevity by slowing down the function of the electron transport chain, reducing free radical production. In this study, we re-sequenced the entire mitochondrial DNA from 50 individuals and examined aging-related variations in the Turkish population. We evaluated sequence data by comparing whole SNP frequencies, individual SNP frequencies, the effect of SNPs, SNP accumulation in certain mtDNA regions and haplotype profiles between elderly and control groups. The frequency of total mitochondrial SNPs was significantly higher in nonagenarians than controls (p = 0.0094). Furthermore, non-coding, synonymous and tRNA mutations were more prevalent in the 90 + group compared to controls (p = 0.0001, p < 0.001, p = 0.0096, respectively). A73G and C152T polymorphisms were significantly associated with longevity in the Turkish population (p = 0.0086 and p = 0.004, respectively). Additionally, C150T was specific to the 90 + group, but the difference failed to reach statistical significance (p = 0.053). We also detected a novel transversion in the ATPase6 gene (C8899A) that was negatively associated with longevity (p = 0.0016). Examining the distribution of SNPs among genes and functionally associated gene regions revealed a significant accumulation of mutations in the D-loop region and genes encoding Complex I subunits (ND1-6) (p < 0.0001, p = 0.0302, respectively). Moreover, there was an increase in the non-synonymous mutation frequency of Complex I genes in aged subjects (p < 0.0001). Haplotype H was also significantly increased in the control group (p = 0.0405). Overall, our findings support a role for mitochondrial genome variations and the functionality of oxidative phosphorylation in longevity. In this report, we sequenced the whole mtDNA of the Turkish population for the first time. (C) 2014 Elsevier B.V. and Mitochondria Research Society. All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Pankreatik duktal adenokarsinom in-vitro modelinde kinürenin yolağının hedeflenmesi
    (Ege Üniversitesi, 2023) Atay, Sevcan; Karslıoğlu, Ceren; Durgut, Bahanur
    Çalışmamızda TCGA PAAD kohortunda gerçekleştirdiğimiz analizler neticesinde, kinüreninaz enzimini kodlayan KYNU geninin mRNA ekspresyonunun pankreatik kanser tümör dokularında normal pankreatik dokulara göre daha yüksek oranda eksprese olduğunu (ntumor=179, nnormal=171, p<0, 01), KYNU mRNA seviyelerinin hastalarda azalmış genel sağ kalım (Logrank p=0, 0029; HR=2, 2) ve TNM evreleme ile ilişkili olduğunu (Pr(>F)= 0, 0052) gösterdik. Daha sonra, bir in vitro pankreatik kanser modelinde Kinüreninaz (KYNU) enziminin substrat miktarını azaltan Ro 61-8048 ve kinüreninaz inhibitörü olan 3-Hidroksi hippürik asit (3-HHA)'in hücre canlılığı, hücre göçü ve hücre içi NAD+/NADH oranı üzerindeki etkilerini sırasıyla kristal viyole hücre canlılığı tahlili, yara iyileşmesi tahlili ve spektrofotometri ile değerlendirdik. Çalışma sonuçlarımız Ro 61-8048 ve 3-HHA tekil tedavilerinin pankreatik kanserde hücre canlılığını ılımlı düzeyde inhibe etme kapasitelerinin olduğunu göstermektedir. Ro 61-8048 tedavisinin DMSO kontrol grubuna göre %52, 40±6, 72 oranında bir migrasyon inhibisyonu sağladığı görülürken (p=0, 0003), tekil 3-HHA tedavisi DMSO kontrol grubuna göre %26, 53±7, 41 oranında migrasyonu inhibe etti (p=0, 0096). Ro 61-8048 ve 3-HHA tedavileri uygulanan hücrelerde DMSO kontrol gruplarına göre NAD+/NADH oranında ve seviyelerinde istatistiksel olarak anlamlı bir değişim gözlenmedi. Çalışma sonucunda elde edilen veriler, KYNU mRNA ekspresyonunun pankreatik kanserinde hem tanısal hem de prognostik bir biyobelirteç olma potansiyelinin olduğunu orta koymuş, Ro 61-8048 ve 3-HHA tedavilerinin pankreatik kanser hücrelerinde hücre içi NAD+ seviyelerini etkilemeden migrasyonu baskılayabileceğine dair kanıtlar sunmuştur. Elde edilen sonuçların in vivo çalışmalarda valide edilmesi pankreatik kanser tedavisinin başarısını kısıtlayan majör etkenlerden biri olan metastazın baskılanması için yeni stratejilerinin geliştirilmesinin yolunu açabilir.;Pankreatik kanser, KYNU, Kinürenin, Ro 61-8048, 3-Hidroksi hippürik asit.;Pancreatic cancer, KYNU, kynurenin, Ro 61-8048, 3-hydroxyhippuric acid.