Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorMasalcı, Özgür
dc.contributor.advisorŞahin, İpek
dc.contributor.authorHaliki, Emir
dc.date.accessioned2020-10-30T06:21:54Z
dc.date.available2020-10-30T06:21:54Z
dc.date.issued2017en_US
dc.date.submitted2017
dc.departmentFen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.description.abstractBu tezde Boole tipi gen düzenleyici ağların matematiksel modeli kullanılarak, Saccharomyces cerevisiae model organizmasının hücre döngüsü içerisinde aktif görevler alan Sentromer bölgesi genlerinin düzenleyici dinamiği incelenmiştir. Biyolojik veritabanlarından model organizmanın ilgili genlerini içeren gen düzenleyici ağ kurulmuş ve tüm olası hücre fenotipleri gen düzenlenmesine tabi tutularak sistemin çekicileri elde edilmiştir. Çekicilerdeki gen ifadelerinin hücre döngüsü içerisindeki değişimleri elde edilerek biyolojik veriler ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca tüm sistemin, literatürdeki diğer gerçel ağlar ile davranışsal karşılaştırılmaları da yapılmıştır. Bununla birlikte Boole tipi gen düzenleyici ağlarda mutasyonel bir gen susturulması modellenmiş ve literatürdeki ağlar ile birlikte oluşturulan ağımıza da uygulanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda mutasyonel sağlamlık yorumlanmıştır.en_US
dc.description.abstractIn this thesis, using the mathematical model of Boolean gene regulatory networks, the regulatory dynamics of the genes of the centromere regions, which are actively involved in the cell cycle of the Saccharomyces cerevisiae model organism, have been examined. A gene regulatory network containing the relevant genes of the model organism from the biological databases was established and all possible cellular phenotypes were subjected to gene regulation and attracted to the system. The gene expressions in attractors were compared with the biological data by obtaining changes in the cell cycle. Behavioral comparisons of the whole system with other real networks in the literature have also been made. However, a mutated gene silencing was modeled in Boolean type gene regulatory networks and applied to our network along side with the networks in the literature. Mutational robustness was interpreted in the direction of the obtained results.en_US
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11454/59467
dc.language.isotren_US
dc.publisherEge Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsüen_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectKarmaşıklık Analizien_US
dc.subjectDinamik Sistemleren_US
dc.subjectGen Dinamiğien_US
dc.subjectGen Düzenleyici Ağlaren_US
dc.subjectBoolean Modelien_US
dc.subjectMutasyonel Sağlamlıken_US
dc.subjectComplexity Analysisen_US
dc.subjectDynamical Systemsen_US
dc.subjectGene Dynamicsen_US
dc.subjectGene Regulatory Networksen_US
dc.subjectBoolean Modelen_US
dc.subjectMutational Robustnessen_US
dc.titleÖkaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizien_US
dc.title.alternativeGenetic regulatory dynamics and mutational robustness analysis of centromere function in eukaryote model organismsen_US
dc.typeDoctoral Thesisen_US

Dosyalar

Orijinal paket
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim
İsim:
emirhaliki2017.pdf
Boyut:
5.24 MB
Biçim:
Adobe Portable Document Format
Açıklama:
Doktora tez dosyası
İndir
Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.44 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu