Ökaryot model organizmalarda sentromer fonksiyonu genetik düzenleyici dinamik ve mutasyonel sağlamlık analizi

Bu tezde Boole tipi gen düzenleyici ağların matematiksel modeli kullanılarak, Saccharomyces cerevisiae model organizmasının hücre döngüsü içerisinde aktif görevler alan Sentromer bölgesi genlerinin düzenleyici dinamiği incelenmiştir. Biyolojik veritabanlarından model organizmanın ilgili genlerini içeren gen düzenleyici ağ kurulmuş ve tüm olası hücre fenotipleri gen düzenlenmesine tabi tutularak sistemin çekicileri elde edilmiştir. Çekicilerdeki gen ifadelerinin hücre döngüsü içerisindeki değişimleri elde edilerek biyolojik veriler ile karşılaştırılmıştır. Ayrıca tüm sistemin, literatürdeki diğer gerçel ağlar ile davranışsal karşılaştırılmaları da yapılmıştır. Bununla birlikte Boole tipi gen düzenleyici ağlarda mutasyonel bir gen susturulması modellenmiş ve literatürdeki ağlar ile birlikte oluşturulan ağımıza da uygulanmıştır. Elde edilen veriler doğrultusunda mutasyonel sağlamlık yorumlanmıştır.

In this thesis, using the mathematical model of Boolean gene regulatory networks, the regulatory dynamics of the genes of the centromere regions, which are actively involved in the cell cycle of the Saccharomyces cerevisiae model organism, have been examined. A gene regulatory network containing the relevant genes of the model organism from the biological databases was established and all possible cellular phenotypes were subjected to gene regulation and attracted to the system. The gene expressions in attractors were compared with the biological data by obtaining changes in the cell cycle. Behavioral comparisons of the whole system with other real networks in the literature have also been made. However, a mutated gene silencing was modeled in Boolean type gene regulatory networks and applied to our network along side with the networks in the literature. Mutational robustness was interpreted in the direction of the obtained results.