Peptidomimetik yaklaşım ve moleküler modelleme yöntemleri ile YAP-TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edecek peptidlerin tasarlanması

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorAkgün, İsmail Hakkı
dc.contributor.authorBuluz, Emre Can
dc.date.accessioned2025-04-08T13:29:34Z
dc.date.available2025-04-08T13:29:34Z
dc.date.issued2024
dc.departmentEge Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
dc.description.abstractTez çalışması kapsamında doğal ve doğal olmayan amino asitlerden yararlanarak, peptidomimetik yaklaşım ile kanser oluşumu ve gelişiminde rol oynadığı birçok çalışma ile belirlenmiş olan YAP/TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edebilecek peptidlerin tasarlanması amaçlanmıştır. Çalışma amacı doğrultusunda doğal olmayan amino asitlerin iki ve üç boyutlu yapıları Marvin Sketch yazılımı ile oluşturulmuştur. Doğal olmayan amino asitlerin rotamer kütüphaneleri Gfeller ve arkadaşları tarafından makalede hazırlanmış olan dosyalardan derlenmiştir. Doğal olmayan aminoasitlerin parametreleri moleküler dinamik programları olan Gromacs ve CHARMM Kuvvet Alanına uyumlu olan parametre dosyaları Gromacs 2020.6 yazılımına adapte edilmiştir. YAP/TEAD kompleksi için PDB kodu 3KYS olan yapı kullanılmıştır. Bu iki proteinin iyi etkileştiği yapılan çalışmalarla ortaya konmuş üç bölge belirlenmiş olup bu bölgedeki aminoasit dizileri, doğal olmayan aminoasitler ile modifiye edilmiş ve elde edilen yeni peptit dizisi üzerinden bağlanma serbest enerji hesabı yapılmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu serbest enerji miktarı ana yapıya göre daha düşük olduğu belirlenen peptit yapıları moleküler dinamik simülasyonu için başlangıç pozu olarak seçilmiştir. Tasarlanan peptit ve TEAD proteini arasındaki etkileşimlerin incelenmesi için moleküler dinamik simülasyonu ve peptidin çekme simülasyonu Gromacs 2020.6 yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11454/117042
dc.identifier.yoktezid914735
dc.language.isotr
dc.publisherEge Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
dc.relation.publicationcategoryTez
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/closedAccess
dc.subjectPeptidomimetik
dc.subjectdoğal olmayan amino asitler
dc.subjectYAP/TEAD
dc.subjectmoleküler modelleme.
dc.subjectPeptidomimetics
dc.subjectnon canonical amino acids
dc.subjectmolecular modeling.
dc.titlePeptidomimetik yaklaşım ve moleküler modelleme yöntemleri ile YAP-TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edecek peptidlerin tasarlanması
dc.typeMaster Thesis

Dosyalar

Lisans paketi
Listeleniyor 1 - 1 / 1
Küçük Resim Yok
İsim:
license.txt
Boyut:
1.17 KB
Biçim:
Item-specific license agreed upon to submission
Açıklama:
İndir

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu