Peptidomimetik yaklaşım ve moleküler modelleme yöntemleri ile YAP-TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edecek peptidlerin tasarlanması
Küçük Resim Yok
Tarih
2024
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/closedAccess
Özet
Tez çalışması kapsamında doğal ve doğal olmayan amino asitlerden yararlanarak, peptidomimetik yaklaşım ile kanser oluşumu ve gelişiminde rol oynadığı birçok çalışma ile belirlenmiş olan YAP/TEAD kompleksi oluşumunu inhibe edebilecek peptidlerin tasarlanması amaçlanmıştır. Çalışma amacı doğrultusunda doğal olmayan amino asitlerin iki ve üç boyutlu yapıları Marvin Sketch yazılımı ile oluşturulmuştur. Doğal olmayan amino asitlerin rotamer kütüphaneleri Gfeller ve arkadaşları tarafından makalede hazırlanmış olan dosyalardan derlenmiştir. Doğal olmayan aminoasitlerin parametreleri moleküler dinamik programları olan Gromacs ve CHARMM Kuvvet Alanına uyumlu olan parametre dosyaları Gromacs 2020.6 yazılımına adapte edilmiştir. YAP/TEAD kompleksi için PDB kodu 3KYS olan yapı kullanılmıştır. Bu iki proteinin iyi etkileştiği yapılan çalışmalarla ortaya konmuş üç bölge belirlenmiş olup bu bölgedeki aminoasit dizileri, doğal olmayan aminoasitler ile modifiye edilmiş ve elde edilen yeni peptit dizisi üzerinden bağlanma serbest enerji hesabı yapılmıştır. Yapılan modifikasyonlar sonucu serbest enerji miktarı ana yapıya göre daha düşük olduğu belirlenen peptit yapıları moleküler dinamik simülasyonu için başlangıç pozu olarak seçilmiştir. Tasarlanan peptit ve TEAD proteini arasındaki etkileşimlerin incelenmesi için moleküler dinamik simülasyonu ve peptidin çekme simülasyonu Gromacs 2020.6 yazılımı kullanılarak gerçekleştirilmiştir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Peptidomimetik, doğal olmayan amino asitler, YAP/TEAD, moleküler modelleme., Peptidomimetics, non canonical amino acids, molecular modeling.
