Rıboswıtch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi

Basit Öğe Kaydı
dc.contributor.advisorSelçuki, Cenk
dc.contributor.authorGündeğer, Ersin
dc.date.accessioned2024-08-19T19:52:32Z
dc.date.available2024-08-19T19:52:32Z
dc.date.issued2013
dc.departmentEge Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, Biyokimya Ana Bilim Dalıen_US
dc.description.abstractBu çalışmada M-box Riboswitchlerin Mg2+ ile etkileşim mekanizmasını incelemek için nükleik asit yapılarında yer alana tüm nükleobazların olası tautomerlerinin optimizasyonu ve Mg2+ ile etkileşimleri incelenmiştir. Tautomerleşmede çevresel faktörler çok önemli rol oynar: su varlığı, kimyasal modifikasyon, metalik katyon etkileşimi, ışınla uyarma, uyarılma. Bu çalışmada elde edilen tüm yapıların metal iyonlarıyla etkileşiminin incelenmesi sonucu tautomerlerin kararlılıklarının nasıl değiştiği görülmüştür. DNA ve RNA yapısındaki nadir tautomerlerin metal varlığında kararlılıkları ve metalin tautomerleşmeye moleküler modelleme metodları yardımıyla hesapsal olarak incelenmiştir. B3LYP/cc-PVTZ seviyesindeki hesaplamlarda elde edilen sonuçlar tautomerler ile Mg2+ etkileşimlerinin, standart nükleobaz ile Mg2+ etkileşimlerine göre daha kararlı olduğunu göstermiştiren_US
dc.description.abstractIn this study, interactions between possible tautomers of all nucleobases present in nucleic acids and Mg2+ have been investigated to gain insight on the structural and functional properties of M-box riboswitch. Enviromental factors including water, chemical modification, metalic cation interaction, irradition, and excitation play an important role in tautomerization. In this study, the effect of metal ions on the stability and properties of the nucleobase tautomers have been observed by using molecular modelling tools. It has been shown that rare tautomers of DNA and RNA nucleobases have different stabilities in the presence of metal ions. Our results at B3LYP/cc-PVTZ level indicate that these rare tautomers form more stable complexes with Mg2+ compared to canonical nucleobase Mg2+ complexes.en_US
dc.identifier.endpage59en_US
dc.identifier.startpage1en_US
dc.identifier.urihttps://tez.yok.gov.tr/UlusalTezMerkezi/TezGoster?key=vVNzTGHHhjH-u3WMToxQ-uifPwICaG8jFcSB5VcP3xAv3hI2rpE2XMAP-iXb0l1r
dc.identifier.urihttps://hdl.handle.net/11454/88794
dc.identifier.yoktezid332175en_US
dc.language.isotren_US
dc.publisherEge Üniversitesien_US
dc.relation.publicationcategoryTezen_US
dc.rightsinfo:eu-repo/semantics/openAccessen_US
dc.subjectBiyokimyaen_US
dc.subjectBiochemistryen_US
dc.titleRıboswıtch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesien_US
dc.title.alternativeInvestigation of the interactons between riboswitch and metal ions by molecular modellingen_US
dc.typeMaster Thesisen_US

Dosyalar

Koleksiyon

Fen Bilimleri Enstitüsü Tez Koleksiyonu