Rıboswıtch-metal iyonu etkileşimlerinin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Küçük Resim Yok
Tarih
2013
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada M-box Riboswitchlerin Mg2+ ile etkileşim mekanizmasını incelemek için nükleik asit yapılarında yer alana tüm nükleobazların olası tautomerlerinin optimizasyonu ve Mg2+ ile etkileşimleri incelenmiştir. Tautomerleşmede çevresel faktörler çok önemli rol oynar: su varlığı, kimyasal modifikasyon, metalik katyon etkileşimi, ışınla uyarma, uyarılma. Bu çalışmada elde edilen tüm yapıların metal iyonlarıyla etkileşiminin incelenmesi sonucu tautomerlerin kararlılıklarının nasıl değiştiği görülmüştür. DNA ve RNA yapısındaki nadir tautomerlerin metal varlığında kararlılıkları ve metalin tautomerleşmeye moleküler modelleme metodları yardımıyla hesapsal olarak incelenmiştir. B3LYP/cc-PVTZ seviyesindeki hesaplamlarda elde edilen sonuçlar tautomerler ile Mg2+ etkileşimlerinin, standart nükleobaz ile Mg2+ etkileşimlerine göre daha kararlı olduğunu göstermiştir
In this study, interactions between possible tautomers of all nucleobases present in nucleic acids and Mg2+ have been investigated to gain insight on the structural and functional properties of M-box riboswitch. Enviromental factors including water, chemical modification, metalic cation interaction, irradition, and excitation play an important role in tautomerization. In this study, the effect of metal ions on the stability and properties of the nucleobase tautomers have been observed by using molecular modelling tools. It has been shown that rare tautomers of DNA and RNA nucleobases have different stabilities in the presence of metal ions. Our results at B3LYP/cc-PVTZ level indicate that these rare tautomers form more stable complexes with Mg2+ compared to canonical nucleobase Mg2+ complexes.
In this study, interactions between possible tautomers of all nucleobases present in nucleic acids and Mg2+ have been investigated to gain insight on the structural and functional properties of M-box riboswitch. Enviromental factors including water, chemical modification, metalic cation interaction, irradition, and excitation play an important role in tautomerization. In this study, the effect of metal ions on the stability and properties of the nucleobase tautomers have been observed by using molecular modelling tools. It has been shown that rare tautomers of DNA and RNA nucleobases have different stabilities in the presence of metal ions. Our results at B3LYP/cc-PVTZ level indicate that these rare tautomers form more stable complexes with Mg2+ compared to canonical nucleobase Mg2+ complexes.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Biyokimya, Biochemistry
