Araştırma Projeleri Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Proteince zengin gıdaların in vitro sindiriminin (Infogest) proteomik ve peptidomik analizi(Ege Üniversitesi, 2022) El, Sedef NehirKütle spektrometresi, karmaşık matrislerde çok sayıda molekülün eşzamanlı değerlendirmesi için tercih edilen teknikler olarak kullanılmaktadır. Bu nedenle, in vivo veya in vitro sindirim süreçlerinin gelişimini tam olarak izlemek için en uygun olan yöntemlerdir. Bununla birlikte, ekipman, teknikler, istatistiksel değerlendirmeler ve temsillerdeki çeşitlilik nedeniyle, bu parametrelerin en iyi kombinasyonunu seçmek zordur. Son teknoloji kütle spektrometresi verilerine genel bir bakış oluşturmak ve belirli ekipmanın analitik yeteneklerini vurgulamak için in vitro sindirim sırasında toplanan örnekler ile laboratuvarlar arası bir çalışma planlanmıştır. Üç farklı gıda, yağsız süt tozu, pişmiş tavuk göğsü ve tofu, mide ve bağırsak sindirimi sırasında farklı zaman noktalarında numune toplama ile statik INFOGEST protokolüne göre sindirime uğratılmıştır. Sindirim sonrası uygulanan kütle spektrometresi ile gıdalardaki proteinlerin proteomik değerlendirmesi için veri yöntemleri kullanılarak analizleri gerçekleştirilmiştir. Sonuçlar üç farklı gıdanın gastrointestinal sistemdeki protein yıkımını ayrıntılı olarak açıklamaya yeterli olmuştur. Ayrıca, analitik verileri temsil etme de kullanılan metodik ve istatistiksel yaklaşımların da proteomik değerlendirme içim başarılı sonuçlar vermiştir.Öğe Çeşitli dokularda β-glukuronidaz aktivitelerinin radyoaktif iyod-131 ile işaretli fenolftalein-glukuronid kullanılarak ölçülmesi(Ege Üniversitesi, 2004) Avcıbaşı, Uğur; Ünak, Turanβ-Glukuronidaz glukuronid türevi bileşikleri hidroliz eden fakat α-veya β-glukozitlere etki etmeyen bir enzimdir. Bu enzim karaciğer, dalak ve böbreklerde en yüksek seviyede bulunur. Fishman ve grubunun yaptığı çalışmalardan homojenize edilmiş insan tümör dokusunun normal dokulara göre daha yüksek seviyede β-glukuronidaz içerdiği tespit edilmiştir. β-Glukuronidaz aktivitesinin tümörlerde çevresindeki dokulara göre 25 kat kadar yüksek olduğu da rapor edilmiştir. Bazı tümör dokularındaki bu enzimatik aktiviteden dolayı sitotoksik ve ayrıca radyotoksik özelliğe sahip işaretli glukuronid türevi bileşikler kanser araştırmalarında oldukça yüksek teşhis ve tedavi potansiyeline sahiptir. β-Glukuronidaz aktivitesinin klasik ölçüm metodu, genellikle, β-glukuronidaz tarafından fenolftalein-glukuronid'den kopartılan fenolftalein miktarının spektrofotometrik olarak ölçülmesine dayanır. Bu çalışmada, spektrofotometrik teknik kullanılarak fenolftalein'in tespit edilebildiği alt-sınır değeri yaklaşık 0.5 μg / mL olarak bulunmuştur. Bunun anlamı, biyolojik örneklerdeki bu seviyeden daha düşük seviyedeki β- glukuronidaz miktarlarının bu yöntem kullanılarak ölçülemeyeceğidir. Bu düşünceden hareketle, biyolojik örneklerdeki β-glukuronidaz seviyelerini çok daha hassas olarak ölçebilmek için yeni bir yöntem geliştirilmiştir. Bunun için, radyoaktivite sayım tekniği kullanılarak β-glukuronidaz miktarını ölçmek için fenolftalein-glukuronid ve fenil-N-glukuronid iyod-131 ile işaretlenmiş, böylece β-glukuronidaz tarafından koparılan iyod-131 ile işaretli fenolftalein ve anilin miktarları spektrofotometrik tekniğe göre çok daha hassas olarak ölçülebilmiştir. İşaretli fenolftalein ve anilin'in tespit edilebildiği alt-sınır değerleri sırasıyla, yaklaşık olarak 8 pg / mL ve 0.4 pg / mL olarak tespit edilmiştir. Oysa, fenolftalein'in spektrofotometrik olarak tespit edilebildiği alt sınır değeri nükleer tekniğin alt-sınır değerine göre 106 kat daha yüksek bulunmuştur. Bu, çok açık 4 olarak nükleer tekniğin üstünlüğünü göstermektedir. Kuşkusuz ki bu sonuçlar, farklı biyolojik örneklerdeki çok düşük β-glukuronidaz seviyelerinin kolaylıkla ölçülebilmesi anlamını taşımaktadır. Bu da, kanser araştırmalarında büyük önem taşımaktadır. Bazı farklı rat dokularındaki β-glukuronidaz aktivitesinin ölçülmesinden elde edilen sonuçlar, β-glukuronidaz seviyelerinin bu yöntem kullanılarak duyarlı olarak ölçülebildiğini de göstermiştir. Ayrıca bu sonuçlar, bu yöntemin uygulanabilme potansiyelini de ortaya koymuştur. Çalışmanın ikinci kısmında, nükleer tekniğin uygulanabilirlik potansiyeli işaretli fenolftaleinglukuronid yerine işaretli fenil-N-glukuronid kullanılarak benzer biyolojik örnekler üzerinde incelenmiştir. Glukuronid türevi olarak fenil-N-glukuronid kullanılarak bazı farklı rat organları üzerinde yapılan bu çalışmalar, fenolftalein-glukuronid ile yapılan çalışmalardan elde edilen sonuçlarla uyum içerisinde çıkmıştır. Biyodağılım çalışmalarından elde edilen sonuçlar ise, fenolftalein ve fenolftaleinglukuronid'in farklı organlarda birikim yapmış olması, bir bileşik ile onun glukuronid türevinin metabolizmadaki farklılığını ortaya koymaktadır. Sintigrafik çalışmalardan elde edilen sonuçlar fenolftalein ve fenolftalein-glukuronid'in metabolizmadan kolayca temizlenemediğini göstermiştir. Ayrıca, hem fenolftalein'in hem de fenolftalein-glukuronid'in özellikle barsak sistemi için iyi birer radyofarmasötik olarak kullanılabilme potansiyellerini de ortaya koymuştur.Öğe Bazı gıda maddelerinin donma koşullarında ısıl iletkenlik katsayılarının belirlenmesi(Ege Üniversitesi, 2003) Tavman, Şebnem; Kumcuoğlu, SeherBu çalışmada değişik gıda maddelerinin donmuş ve donmamış durumlarına ait ısıl iletkenlik değerleri prob metodu kullanılarak ölçülmüştür. Denemelerde materyal olarak değişik nemlere sahip tarhana hamurlarının ve dolum öncesi alınan sucuk hamurunun ısıl iletkenlik değerleri – 25 °C ile +50 °C sıcaklık aralığında doğrusal ısı kaynaklı prob kullanılarak ölçülmüştür. Örneklerin donmuş durumlarındaki ısıl iletkenlik değerlerinin donmamış durumlarına ait ısıl iletkenlik değerlerinden 2-3 kat daha yüksek olduğu tesbit edilmiştir.Öğe Kronik böbrek hastalıklarının, kardiyovasküler tutulumu ve arterioskleroz gelişimde immünolojik faktörlerin etkisi (TREG (CD4+CD25+FOXP3+) hücre ve IL-10,TGF-B ,IL-13 ,IL-8 etkisi)(Ege Üniversitesi, 2019) Conkar, SeçilKronik böbrek hastalığı (KBH) olan çocukların genel popülasyonla karşılaştırıldığında, uzun süreli sağkalım ve yaşam süresi düşüktür. KBH çocuklarda böbrek transplantasyonu ile yaşam süresi iyileşmiş olsa da, kardiyovasküler hastalık (CVD) ölümlerin en sık nedenidir. KVH gelişiminin erken evresinde hangi sitokinin rolü olduğu bilinmemektedir. Bu çalışmanın amacı, KBH Treg hücrelerin KVH geliĢimindeki rolünü belirlemek ve KBH erken evresinde kardiovasküler hastalık oluşmadan endotel hasarı oluşum erken evresinde hangi sitokinin rolü olduğunu belirleyerek teropatik yaklaşımlara ışık tutmak istedik. Çalışmaya Mart 2016- Mart 2018 tarihleri arasında Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Çocuk Nefroloji kliniğinde kronik böbrek hastalığı tanısı alan prediyaliz 50 hasta çocuk ve 30 sağlıklı çocuk alındı. İnterlökin-8 (IL-8), interlökin-10 (IL-10), interlökin-13 (IL-13), tümör nekrosis faktör-β (TGF-β1) seviyeleri (pg/mL) ELISA ile ölçüldü. Treg hücre (CD4+CD25+FoxP3+) düzeyleri FASCalibur flow sitometri cihazı ile ölçüldü. Kardiovasküler hastalık belirteçleri açısından karotis-femoral nabız dalga hızı (PWV), augmentasyon indeksi (Aix), karotis intima media kalınlığı (cIMT) ve sol ventrikül kitle indeksi (SVKİ) değerlendirildi. Bizim çalıĢmamızda KBH’ında, kontrol grubuna göre anlamlı olarak PWV, Aix ve IL-8 seviyeleri artışı saptandı. IL8'in kardiovasküler hastalık riski ile ilişkisini bulunmadı. Kronik böbrek hastalarında IL-8 düzeyindeki yükseklik ile kardiovasküler hastalık göstergeleri arasında ilişki gösterilemese de IL-8’in KBH’da kariovasküler hastalık gelişiminde inflamasyonda rol aldığını göstermektedir. Bu durumda IL-8 antagonsitlerinin tedavide kullanımı düşünülebilir.Öğe Kuyruk yaklaşım yöntemi ile tasarlanan bir grup Taurinamidobenzensülfonamit türevinin sentezi ve karbonik anhidraz VII/IX inhibitör özelliklerinin değerlendirilmesi(Ege Üniversitesi, 2019) Akgül, ÖzlemKarbonik anhidraz (KA) II, IV ve XII isoenzimleri glokom, KA VA ve/veya KA VB obezite, KA VII epilepsi, KA IX ve XII kanser tedavisinde ilaçlanabilir hedefler olarak saptanmıştır. Bu izoenzimlerden KA VII, KA IX ve KA XII’yi selektif olarak inhibe eden bileşiklerin bulunması, epilepsi ve kanser tedavisinde farklı etki mekanizmasına sahip yeni ilaçların tedaviye girmesine olanak sağlayacaktır. Çalışmamızda; KA inhibitörü tasarımında kullanılan kuyruk yaklaşım yöntemi uygulanarak, KA inhibitörü olduğu bilinen çekirdek yapılarla antikonvülzan ve antikanser bileşikler verdiği bilinen taurin aminoasitinin türevlendirilmesi planlanmıştır. Bu amaçla taurin’in sulfonik asit grubu sülfanilamit ve konjenerleri ile sülfonamit olarak fonksiyonlandırılmıştır. Taurin’in amino grubu ise amit, üre ve tiyoüre fonksiyonel grupları aracılığı ile sübstitüe aromatik gruplarla türevlendirilmiştir. Sentezlenen bileşiklerin yapıları 1H NMR, 13C NMR, IR ve ESI-MS ile aydınlatılmıştır. Safsızlık tayinleri elementel analiz ile gerçekleştirilmiştir. Final ürünlerin KA inhibitör etkinlikleri, stopped flow CO2 Hidrataz deneyi ile tayin edilmiştir. Aktivite sonuçları; final ürünlerin KA I, II, VII, IX, XII izoenzimlerini nM konsantrasyonlarda inhibe edebildiklerini göstermiştir. Ancak, KA VII izoenzimini selektif olarak inhibe eden bir molekül saptanamamıştır. Diğer yandan; bileşiklerdeki işlevsel grupların farklılaşması (üre, tiyoüre ve amit) ve molekül boyunun uzaması ile bileşiklerin izoenzimlere gösterdikleri afinitenin değiştiği gözlenmiştir. Bu kapsamda amit türevleri arasından kanserle bağlantılı KA XII’ye selektivite gösteren 3 adet bileşik saptanmıştır. Tiyoüre türevleri ise genel olarak taranan bütün izoenzimlere 100 nM Ki değerinin altında afinite göstermiştir. Asetozolamitten daha düşük konsantrasyonda selektif olarak KA IX izoenzimini inhibe edebilen tek bileşik 4-(2-(3-(p-florofenil) üreido)etilsülfonamido)benzensülfonamit (U3) olmuştur. U3 bileşiği; KA IX’a hedef dışı KA II’den 52 kat fazla, KA XII’ye, KA II’den 16 kat fazla selektivite göstermiştir. Sonuç olarak bu çalışmadan elde edilen ilginç verilerin, klasik antikanser ilaçlardan farklı etki mekanizmasına sahip yeni ilaçların tasarımına ışık tutacağı düşünülmektedir.Öğe Sodyum borhidrürün elektrokimyasal yükseltgenmesinin metal nanoparçacık-grafen oksit kompozit elektrotlarda incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2020) Karabiberoğlu, ŞükriyeLaboratuar koşullarında Hummer yöntemi ile sentezlenmiş olan grafen oksit, camımsı karbon elektrot yüzeyine damlatılmış ve GO yüzeyine Au nanoparçacıklar AuCl4- çözeltisinde çıkılarak döngüsel voltammetri tekniği ile kaplanmıştır. Tüm elektrotlarda borhidrürün yükseltgenme tepkimesi NaOH destek elektrolit ortamında incelenmiştir. Pik akımı ve pik potansili açısından borhidrür yükseltgenmesine en iyi katalitik etkinliğin Au nanoparçacıkların yüzeyde olduğu elektrotta olduğu saptanmıştır. Optimizasyon çalışması olarak, destek elektroliti olarak kullanılacak olan NaOH derişiminin 2 M olarak bulunmuştur, metal nanoparçacıkların oluşturulmasında kullanılan çözelti derişimi 5 mM , döngü sayısı 20 döngü ve tarama hızının 50 mv/s bulunmuştur. Tüm bu bilgiler doğrultusunda metal nanoparçacık modifiye grafen kompozit elektrotların borhidrür yükseltgenmesine yaptığı pozitif katalitik etki nedeni ile yakıt pillerinde kullanılabileceği öngörülmüştür. Hazırlanan kompozit elektrotlar SEM, EDX ve XPS teknikleri ile morfolojik ve kimyasal karakterizasyonları yapılmış ve Au nano parçacıkların ortalama 70 nm boyutlarda GO/GCE yüzeyinde elektrokimyasal yöntemle oluşturulabildiği ve XPS sonuçlarına göre de depolanan Au’ nın metalik formda olduğu saptanmıştır.Öğe Polimer komplekslemeli ultrafiltrasyon (pkuf) ile sulardan antimon (sb) giderilmesi(Ege Üniversitesi, 2021) Arar, ÖzgürBu çalışmada, N-metil-D-glukamin ve kuarterner amonyum fonksiynel grupları içeren iki farklı suda çözünen polimer sentezlenmiş ve polimer komplekslemeli ultrafiltrasyon (PKUF) yöntemi ile antimon Sb3+ ve Sb5+ giderim performansları incelenmiştir. N-metil-D-Glukamin fonksiyonel grubu içeren polimer ile Sb3+ (+3 oksidasyon basamağındaki katyonik form), kuarterner amonyum fonksiyonel grubu içeren polimer ile Sb(OH)6- (+5 oksidasyon basamağına sahip, anyonik form) giderilmesinde kullanılmıştır. PKUF yöntemi ile antimon giderim çalışmaları kesikli ve sürekli yöntem olmak üzere iki farklı şekilde yapılmıştır. Kesikli çalışmalar ile antimon giderilmesine çözelti pH`ı, Sb:polimer oranı ve girişimci iyonların etkisi incelenmiştir. Sb3+ giderilmesine Na+, K+, Ca2+, Mg2+ katyonlarının, Sb(OH)6- giderilmesine Cl-, SO42-, NO3- ve PO43- anyonlarının etkisi incelenmiştir. N-metil-D-glukamin fonksiyonel grubu içeren polimer ile yapılan çalışmalarda, giderimin en yüksek olduğu pH 11, Sb3+:polimer mol oranı 1:20 olarak bulunmuş ve optimum koşullarda % 82 giderim elde edilmiştir. Çözeltide bulunan düşük derişimdeki Na+, K+, Ca2+, Mg2+ iyonları Sb3+ giderilmesinde bir etkilerinin olmadığı belirlenmiştir. Kuarterner amonyum fonksiyonel grubu içeren polimer ile yapılan çalışmalarda, giderimin en yüksek olduğu pH 9, Sb5+:polimer mol oranı 1:60 olarak bulunmuş ve optimum koşullarda % 67 giderim elde edilmiştir. Çözeltide bulunan düşük derişimdeki SO42-, NO3- ve PO43- anyonlarının Sb5+ giderilmesinde bir etkilerinin olmadığı belirlenmiştir. Klorür varlığında Sb5+ giderim oranı azalmıştır.Öğe Ağır metallerin sulardan giderimi için yöntem geliştirilmesi ve uygulanması(Ege Üniversitesi, 2019) Yayayürük, OnurBu proje, İndüktif olarak eşleşmiş plazma kütle spektrometrisi (ICP-MS) ile Cr(VI) iyonunun tayini öncesinde Cr(III) ve Cr(VI) türlemesi için yeni bir sorbentin sentezini ve uygulamasını açıklar. Sorbent, polistiren-divinil benzen mikro-küreciklerden meydana gelmiştir. Poly (oligo (etilen glikol) metakrilat)-block-poly (glisidil metakrilat) polimeri, fosfometil trietilen tetramin ile aşılanmıştır. Elde edilen mikro küreciklerin Cr(VI) için uygun bir sorbent olduğu gösterilmiştir. Sentezlenen sorbent kullanılarak Cr(III)'ün Cr(VI)'ya KMnO4 ile oksidasyonundan sonra toplam krom derişimi belirlenmiştir. Daha sonra Cr(III) miktarı, Cr(VI) derişiminin toplam kromdan çıkarılmasıyla hesaplanmıştır. Kesikli sorpsiyon çalışmalarında optimum koşullar belirlenmiştir. Belirlenen optimum koşullar altında, belirtme ve tayin sınırları sırasıyla 0,015 μg L−1 ve 0,050 μg L−1 olarak bulunmuştur. Cr(VI) sorpsiyon kinetiği ve izotermleri incelenmiştir. Çalışma, 0,1 M hidroksilamin hidroklorür ile desorpsiyonun ardından, standart katma yöntemi ile gerçek sulara ve ayrıca sertifikalı referans su örneğine başarıyla uygulanmıştır.Öğe Makine öğrenimi regresyon ile genetik algoritma temelli tedarikçi seçimi yapabilen sistem tasarımı(Ege Üniversitesi, 2019) Çiçekli, Ural GökayTedarikçi seçimi tedarik zinciri yönetimi içerisinde oldukça önemli role sahiptir. Tedarikçi seçim kararları, çeşitli ölçütler dikkate alınması gerekliliği nedeniyle karmaşıktır. Tedarikçi seçiminin sonuçları, işletmelerin ilişkilerini, kârlılığını ve itibarını etkilemektedir. Doğru tedarikçi seçimi, işletmenin rekabet gücünü artırır ve satın alma maliyetini düşürür, ancak yanlış tedarikçi seçimi finansman ve işletme sorunlarına yol açabilmektedir. Bu çalışma karar vericinin tedarikçi seçiminde verdiği kararları makine öğrenimi regresyon ile öğrenilmesini kapsamaktadır. Geliştirilen makine öğrenimi, Ege Bölgesinde seramik karo üretimi ile faaliyet gösteren bir işletmede uygulanmıştır. Uygulama yapılan işletmede tedarikçi seçimi; satın alma, üretim departmanları ve üst yönetimden uzman ve konuyla ilgili bilgi sahibi toplam altı kişinin değerlendirmesi ile yapılmaktadır. Tedarikçi seçimi yapılırken, fiyat, kalite, teknoloji, esneklik ve teslimat olmak üzere beş ana kriter kullanılmaktadır. Çalışma kapsamında, kararlarda kullanılan kriterlerin ağırlıklarının bulunması aşamasında genetik algoritmadan faydanılmıştır. Geliştirilen makine öğrenimi, karar vericilerin verdiği kararlara bakarak, karar mekanizmasının işleyişini ortaya çıkarmaktadır. Geliştirilen sistem öğrenim sağlandıktan sonra tedarikçi seçimini kendi başına doğru olarak yapabilmektedir.Öğe İçme suyu analizi ve sudaki ağır metallerin elektrokimyasal yöntemlerle uzaklaştırılması(Ege Üniversitesi, 2020) Sürücü, Özgeİnsan hayatının devamı için su yaşamsal öneme sahiptir. Kokusuz, renksiz ve normal tadı olan bir su insanlara güven verebilir ancak su bu temiz görüntüsünün altında pek çok kirletici içerebilir. Bu kirleticiler arasında en önemlisi ağır metallerdir ve ağır metaller hayatın sona ermesinin yanısıra kanserden toplu gıda zehirlenmesine kadar bir seri sağlık problemine neden olabilirler. Su ile ilgili son gelişmelere göre, içme suyundaki ağır metal içeriği tehlikeli seviyelere ulaşmaktadır ve son durum gıda ile ilgili toplumda endişeyi yükseltmektedir. Aynı zamanda, Dünya Sağlık Örgütü (WHO) ve Avrupa Birliği (EU) plastik şişe suyundan çeşme suyuna kadar tüm içme suyu türlerinin içeriği hakkında herkesi bilgilendirmek istemektedir. Bu yüzden, suyun analizinin ve ıslahının yapılması için yeni ve hassas teknolojilerin geliştirilmesi gereklidir. Bu projede, indüktif eşleşmiş plazma-kütle spektroskopisi (ICP-MS) ve elektrokimyadan oluşan iki bağımsız metot içme suyu ıslahı için birleştirilmiştir. ICP-MS yüksek hassaslıkta ve çoklu element kabiliyetli bir metottur, bu yüzden diğer ağır metal belirleme metotları arasında ön plana çıkmaktadır. Buna dayanarak, farklı kaynaklardan gelen içme suyu örneklerindeki ağır metal içeriği ICP-MS kullanarak belirlenmiştir. İçme suyunda mevcut olan kurşun, civa ve arseniğin uzaklaştırılması için elektrokimyasal teknikler kullanılmıştır ve nano-boyutlu yeni yüzeyler spesifik kurşun, civa ve arsenik davranışını elde etmek için oluşturulmuştur. Modifiye edilen yüzeylerin yapıları taramalı elektron mikroskopisi (SEM) ile aydınlatılmıştır. Böylece, elektrodepozisyon metalsiz su örneklerine ulaşmak için başarılı bir şekilde uygulanmıştır.Öğe Farklı tip metrik uzaylarda çeşitli sabit nokta teoremleri ve uygulamaları üzerine(Ege Üniversitesi, 2021) Ege, ÖzgürBu projede, ilk olarak metrik sabit nokta teorisi ile ilgili bazı temel tanım ve kavramlara yer verilmiştir. Projede elde edilen ilk sonuç, modüler p-metrik uzay (genişletilmiş modüler b-metrik uzay) kavramının tanımlanması ve bu yeni tip uzayda a-v-Meir-Keeler büzülme dönüşümleri için bazı sabit nokta teoremlerinin ispatlanmasıdır. Bu sonuçlar yardımıyla, graf ile donatılmış genişletilmiş modüler metrik uzaylarda ve kısmi sıralı genişletilmiş modüler metrik uzaylarda bazı sabit nokta teoremleri elde edilmiştir. Daha sonra, fuzzy-Meir-Keeler ve genişletilmiş fuzzy p-metrik arasında önemli bir ilişki verildi ve üçgensel fuzzy p-metrik uzaylarda bazı yeni sabit nokta sonuçlarına ulaşıldı. Literatürde var olan bazı ünlü teoremleri genelleştiren sonuçları desteklemek için bir örnek ve uygulama verildi. Projenin bir başka önemli sonucu olarak, genelleştirilmiş ( ; α; β)-zayıf büzülme dönü³ümü tanıtıldı ve b-metrik uzayda bazı sabit nokta teoremleri ispatlandı. Ayrıca, teoremleri destekleyici bazı örnekler ve bir uygulama verilmi³tir. Projenin son kısmında projenin hedeflerine başarı ile ulaşıldığı, literatüre önemli bir katkı verildiği ve bu konuda araştırma yapan kişiler için bazı açık problemlere yer verildiği ifade edilmiştir.Öğe Kuarterner amonyum grubu içeren biyobozunur sorbent ile Cr(VI) gideriminin incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2019) Arar, ÖzgürBu çalışmada kuarterner amonyum grupları içeren, anyon değiştirici selüloz hazırlanmış ve sulu çözeltilerden Cr(VI) iyonlarının giderilmesi gerçekleştirilmiştir. Hazırlanan sorbentlerin yapıları, FTIR ve elementel analiz gibi yapı analiz teknikleri kullanılarak aydınlatılmıştır. Hazırlanan sorbentler ile Cr(VI) giderilmesine sorbent miktarı ve başlangıçtaki çözelti pH`sınn etkisi incelenmiştir. Ayrıca kesikli yöntemle kinetik ve denge deneyleri yapılmıştır. Cr(VI) analizleri 1,5 difenil karbazit metodu kullanılarak PG T80+ model spektrometre ile yapılmıştır. Glisidil trimetil amonyum klorür ile hazırlanmış anyon değiştirici selüloz ile yapılan denemeler sonucunda Cr(VI) giderimi için optimum sorbent miktarı 0,2g, çalışma pH aralığı ise ≥ 6 bulunmuştur. (3-kloro-2-hidroksipropil) trimetil-amonyum klorür ile hazırlanmış anyon değiştirici selüloz ile yapılan çalışmalarda ise optimum sorbent miktarı 0,05 g ve çalışma pH aralığı ≥ 8 olarak bulunmuştur. Yapılan kinetik çalışmalar sonucunda her iki sorbentin iyon değişim kinetiğinin oldukça hızlı olduğu ve 5 dakika içinde Cr(VI) iyonlarının % 99`undan daha fazlasının giderildiği bulunmuştur. Denge çalışmalarında her iki sorbent ile yapılan Cr(VI) gideriminin Langmiur izotermine uygunluk gösterdiği saptanmıştır. Hazırlanan sorbentler ile yapılan termodinamik çalışmalar Cr(VI) gideriminin kendiliğinden gerçekleştiğini (ΔG<0) göstermiştir.Öğe Mikrobiyal yapının hidrojenotrofik biyometan üretimine etkisinin incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2022) Dağlıoğlu, S. Tuğçeİklim krizi ve küresel ısınmanın en önemli faktörlerinden biri olan CO2'nin biyoteknolojik yollarla değerlendirilmesi ve biyometana dönüştürülmesi atık-enerji döngüsü için sürdürülebilir bir adım olarak görülmektedir. Hidrojenotrofik biyometan oluşumu, CO2 ve H2'nin anaerobik ortamda biyoreaktörler ile biyometana dönüşümüdür ve biyometan ülkemiz açısından önemli bir enerji kaynağıdır. Biyometan üretimi anaerobik çamurlarda gerçekleşmekte ve bu çamur yapıları ise granül ve flok olmak üzere ikiye ayrılmaktadır. Daha önceki çalışmalarda mikrobiyal yapıdaki farklılıkların reaksiyon koşullarına etki ettiği atıksu arıtımı, antibiyotik giderimi gibi farklı koşullarda çalışılmış olmakla birlikte ülkemiz ve dünyamız açısından da oldukça yeni olan hidrojenotrofik metan üretimi üzerine böyle bir karşılaştırma yapılmadığı görülmüştür. Bu kapsamda; bu projede hidrojenotrofik biyometan üretimi UASB reaktörlerde mezofilik koşullarda simüle atık gazlarla çalışılacak ve granül aşı ile flok aşının biyometan üretimi üzerine etkisi belirlenmiştir.;Biyometan, granül aşı, flok aşı, CO2 değerlendirilmesi.;Biomethane, granule sludge, flock sludge, CO2 utilizati.Öğe HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan ailesel Tip 1 diyabetes mellituslu olgularda tüm ekzom dizi analizi ile sorumlu yeni genlerin araştırılması(Ege Üniversitesi, 2022) Gökşen Şimşek, Ruhsar DamlaGiriş: Tip 1 diyabetes mellituslu (T1DM) olguların yaklaşık %10'unda ailesel geçiş görülür. Yatkınlığı belirleyen en önemli gen kromozom 6 üzerinde bulunan insan lökosit antijen kompleksidir (HLA). HLA genlerinde; DR3, DR4, DRB1, DQA1 ve DQB1 lokuslarındaki allellerin spesifik kombinasyonları T1DM için hem yatkınlık yapıcı, hem de koruyucu haplotipleri oluşturur. HLA dışındaki genlerde T1DM yatkınlığı ile ilişkili 50'den fazla duyarlı lokus tanımlanmıştır. Bu çalışmada HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan veya zayıf saptanan ailesel T1DM'li olgularda tüm ekzom dizi analizi ile moleküler genetik etiyolojinin araştırılması amaçlandı. Yöntem: Birinci derecede akrabaların da en az bir Tip 1 DM tanısı olan olgular çalışmaya alındı. Birinci basamakta polimeraz zincir reaksiyonu-sekans spesifik oligonükleotid (PCR SSO) yöntemi ile T1DM yatkınlığı ile ilişkili olduğu bilinen HLA DQ2 ve DQ8 lokusları araştırıldı. İkinci basamakta ise doku tiplendirilmesinde HLA DQ2 ve HLA DQ8 haplotiplerinin her ikisinin birden negatif saptanan ile HLA DQ2 negatif, HLA DQ8 pozitif saptanan ve HLA DQ2 pozitif, HLA DQ8 negatif saptanan olgularda tüm ekzom dizi analizi yöntemi ile tabloyu açıklayabilecek varyantların varlığı araştırıldı. Bulgular: Çalışmaya alınan 30 olgunun (Kız/Erkek:17/13) ortalama yaş ve diyabet süreleri sırası ile 14, 9±6 ve 7, 56±3.84 yıldı. 4'ünde (%16) anne ve baba arasında akraba evliliği mevcuttu. DQ2 (-) ile DQ8 (-) olan 2 olgu, DQ2 (+) ile DQ8 (-) olan 7 olgu ve DQ2 (-) ile DQ8 (+) olan 1 olgunun tüm ekzom dizi analizi verilerinin filtrelenmesi sonucunda 5 olguda 7 farklı gende 7 farklı varyant saptandı. Saptanan varyantların patojeniteleri "American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG)" kriterleri doğrultusunda belirlendi. Saptanan bu 7 varyant yüksek skorlu VUS (etkinliği bilinmeyen varyant) olarak değerlendirildi. Olgu 5'te saptanan POLG genindeki mutasyona yönelik yapılan segregasyon çalışmasında olgunun annesinde ve T1DM'li erkek kardeşinde bu mutasyon saptanmıştır. Ailedeki diğer etkilenmiş bireylerde saptanan varyantlar için segregasyon çalışmaları devam etmektedir. Sonuç: Sonuç olarak bu çalışmada HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan veya zayıf saptanan ailesel T1DM'li olgularda tüm ekzom dizi analizi ile 5 olguda 7 farklı gende 7 farklı varyant saptandı. Saptanan bu 7 varyant yüksek skorlu VUS (etkinliği bilinmeyen varyant) olarak değerlendirildi. Tip 1 DM gelişiminden doğrudan sorumlu non HLA genler hiçbir olguda saptanamamıştır. T1DM'nin patogenez ve tedavisine yönelik, özgün ve henüz açıklık getirilememiş genlerin varlığının tüm ekzom dizi analizi ile HLA doku tipi yatkınlığı saptanmayan olgularda sayı arttırılarak yapılmaya devam etmesi planlanmıştır.;Tip 1 Diyabet; Tüm Ekzom Dizi Analizi; HLA ; non HLA Gen, Gen, Çocuk.;Type 1 Diabetes ; Whole Exome Sequence Analysis; HLA ; non HLA Gene, Gene, Child.Öğe SU(3)c ? SU(3)L ? U(1)x modelindeki karanlık madde adayının özelliklerinin tespit edilmesi(Ege Üniversitesi, 2022) Çiftçi, Renaİçinde yaşadığımız evrenin en büyük gizemlerinden birisi olan karanlık maddenin varlığı kozmik mikrodalga arka planından ve galaksiler gibi büyük ölçekli yapılardan elde edilen hassas ölçümler ve kütle çekime dayalı gözlemlerle kanıtlanmıştır, ancak karanlık maddenin ne olduğu ve neden oluştuğuna dair henüz bir sonuç elde edilememiştir. Parçacık fiziğinin Standart Modeli (SM) çok sayıda deneysel sonuçla uyumlu olsa da bunu açıklayamamaktadır. Günümüzde karanlık madde parçacıklarının baryonik olmayan bir yapıda olduğu ve büyük olasılıkla SM'nin ötesindeki modellerden kaynaklandığı düşünülmektedir. Ancak sadece karanlık maddeyi açıklamak için değil, ayrıca nötrino kütleleri, kozmolojik baryon sayısı asimetrisi ve genişleyen evren gibi önemli açık soruları cevaplayabilmek için de SM'yi genişletme ihtiyacı ortaya çıkar. SM'nin en uygun genişletilmesi lokal ayar grubu SU(3)c ? SU(3)L ? U(1)x olan ve literatürde "3-3-1 Modeli" olarak isimlendirilen modeldir. Bu projede SU(3)c ? SU(3)L ? U(1)x modelinin öngördüğü yeni ağır nötrinoların karanlık madde adayı olduğu varsayımından yola çıkarak bunların kütlelerine gelen astrofiziksel limitler elde edilmiş, çift yok oluş tesir kesitleri hesaplanmış, yeni ağır nötrinoların gözlenebilmesi için en uygun genişletilmiş PMNS parametrelerinin ne olduğu tespit edilmiş ve elde edilen sonuçlar yorumlanmıştır.;Karanlık Madde, Standart Model Ötesi, 3-3-1 Modeli, Yüklü Leptonlar, Yeni Ağır Nötrinolar.;Dark Matter, Beyond the Standard Model, 3-3-1 Model, Charged Leptons, New Heavy Neutrinos.Öğe Tip 2 diyabetes mellitus tanısı alan bireylerde ara öğünde tüketilen anzime dirençli nişastalı (Tip IV) ürünün kan şekeri üzerine olan etkisi(Ege Üniversitesi, 2020) Meseri, Reci; Cesur, FatihBu çalışmanın amacı; insüline bağımlı Tip 2 Diyabetes Mellitus (T2DM) olan kişilerde ikindi ara öğününde verilen enzime dirençli nişastalı (tip IV-Realife) gevreğin kan şekeri üzerine olan etkisini saptamaktır. Araştırma iki basamaktan oluşmaktadır, ilk basamakta enzime dirençli nişasta (tip IV) kullanılarak laboratuvarda gevrekler geliştirilmiş ve tarifeleri standardize edilmiştir. İkinci basamakta ise normal un ile yapılan gevrekler ile enzime dirençli nişasta kullanılarak yapılan gevreklerin kan şekerine etkisi klinik araştırma ile değerlendirilmiştir. Çalışma grubunu Ege Üniversitesi Hastanesi Endokrinoloji Polikliniğinde izlenen çoklu insülin kullanan Tip 2 Diyabetes Mellituslu 20-60 yaş arası hastalar oluşturmuştur. Gebeler ve ek süreğen hastalığı olan çalışmaya dahil edilmemiştir. Polikliniğe gelen hastalara hekim ve diyetisyen görüşmelerini yaptıktan sonra araştırma anlatılmış, araştırmaya katılmayı kabul edenler poliklinik hemşiresi tarafından CGMS (Sürekli glukoz izlem sistemi- Başlangıç - 0. gün) takılmıştır. Hastalara 3 ayrı poşet içerisinde görsel olarak birbirine eş her biri 15 g karbonhidrat içeren gevrekler verilmiş, kırmızı poşetteki normal undan yapılan gevreği 1.gün, mavi poşetlerdeki enzime dirençli undan yapılmış gevrekleri ise 2. ve 3.gün ikindi öğününde yanında başka bir şey yemeden tüketmeleri söylenmiştir. Hastalara poşetlerdeki ürünlerin ne olduğu söylenmemiştir. Son gün ise (4.gün) poliklinik hemşiresi tarafından CGMS cihazları çıkartılmış ve veri bilgisayara aktarılmıştır. Araştırmaya başlangıçta 16 kişi katılmayı kabul etmiş, ancak biri kendi isteği ile araştırmadan ayrılmış, bir diğer kişi ise teknik aksaklık nedeniyle çalışma dışı bırakılmıştır. Çalışma 14 kişi ile tamamlanmıştır. Veri çözümlemede SPSS 25.0 kullanılmış, riskli antropometrik ölçümler ve biyokimyasal parameterlerin cinsiyete göre farklı ki-kare testi ile normal un ile enzime dirençli undan yapılan gevreklerin kan şekerini etkileme düzeyi ise eğri altında kalan alan (AUC) ve Wilcoxon işaretli sıra testi ile değerlendirilmiştir. Glukometre ile elde edilen kan glukoz değeri ile CGMS ile elde edilen glukoz değerinin korelasyonu Spearman's rho korelasyonu ile değerlendirilmiştir. p<0.05 anlamlı kabul edilmiştir. Erkek ve kadınlar arasında riskli antropometrik özellikler ya da riskli biyokimyasal parametreler açısından anlamlı fark saptanmamıştır. Duyusal özellikler açısından katılımcılar 1.günde verilen gevreğin tadının diğer iki günde verilen gevrekten farklı olduğunu belirtmekle birlikte lezzet görünüş rahatsızlık hissi vb. parametreler açısından ürünler arasında anlamlı bir fark saptanmamıştır. Glukometre ile elde edilen sabah açlık kan şekeri, öğleden ve akşam tokluk kan şekeri düzeyleri ile CGMS'in ölçtüğü glukoz değerleri arasında olumlu yönde, çok yüksek ve anlamlı korelasyon saptanmıştır (r:0.889; p<0.05). Normal unla yapılan gevreğin kan şekeri 1241 birim2 iken enzime dirençli un kullanıldığında 932 birim2 olarak bulunmuştur ve bu fark anlamlıdır. Sonuç olarak, enzime dirençli unla yapılan gevreklerin tadının normal undan yapılan gevreklere göre farklı olduğu ancak bu farklılığın rahatsızlık yaratmadığı, enzime dirençli unla yapılan gevreklerin normal una göre kan şekerini anlamlı olarak daha az ve daha yavaş yükselttiği saptanmıştır. Diyabetes mellituslu hastalarda normal un yerine enzime dirençli undan yapılan ürünlerin kullanılması önerilebilir.;Tip 4 DN; Tip 2 Diyabetes Mellitus; Enzime Dirençli Nişasta; CGMS.;RS4; Type 2 Diabetes Mellitus; Enzyme Resistant Starch; CGMS.Öğe Temel parçacıkların kütle ve karışımlarının 3-3-1 modellerine demokratik kütle matrisi yaklaşımının uygulanmasıyla belirlenmesi ve geleceğin çarpıştırıcılarında araştırılması(Ege Üniversitesi, 2023) Çiftçi, RenaBu projede Demokratik Kütle Matrisi yaklaşımı SU(3)C ?SU(3)L ?U(1)X lokal ayar grubunun ele alındığı 3-3-1 Modeline uygulanacaktır. Bu yöntemle hem Standart Modeldeki fermiyonların kütle hiyerarşisi ve karışımı problemi çözülecek, hem de bu modelin varlığını öngördüğü yeni fermiyonların ve ayar bozonlarının kütleleri ve bunların karışım matrisleri belirlenecektir. Bunlar yapılırken lineer analiz yöntemleri MATHEMATICA programında nümerik olarak uygulanacaktır. Elde edilen yeni parametreler ve yeni fizik lagranjiyeni simülasyon programlarına girilerek yeni parçacıkların geleceğin çarpıştırıcılarında üretimi sağlanacaktır. Daha sonra hadron seviyesinde simülasyon yapılan programlar yardımıyla üretilen veri detektörün simülasyonunu yapan diğer programlara girilerek öngörülen parçacıkların geleceğin çarpıştırıcılarında keşfedilme limitleri belirlenecektir. Bu konu oldukça güncel olup parçacık fizikçileri yeni fiziğin ipuçlarını Büyük Hadron Çarpıştırıcısında yapılan deneylerde (LHCb gibi) gözlemlemeye başlamıştır. Dolayısıyla uzun bir süredir yeni fizik beklentisi vardır. 3-3-1 Modeli bu beklentilere cevap verebilecek teorilerden birisidir. Önerilen proje kapsamında bu teoriye ilk defa Demokratik Kütle Matrisi yaklaşımı uygulanacaktır. Bu şekliyle de konu özgündür. Bu projenin desteklenmesi durumunda elde edilen bulgularla üniversitemizin mutabakat anlaşmasının olduğu FCC-CERN'de kurulması planlanan FCC-eh ve FCC-hh çarpıştırıcısının fizik araştırma potansiyellerine de katkı verilecektir. Çalışmalar sırasında yabancı bilim insanlarıyla uluslararası yayınlar yapılacak, elde edilen sonuçların hem CERN'de yapılacak çalıştaylarda, hem de ulusal ve uluslararası kongrelerde sunumları yapılacaktır.;Standart Model Ötesi, 3-3-1 Modeli, Demokratik Kütle Matrisi, Geleceğin Çarpıştırıcıları, FCC-eh, FCC-hh.;Beyond the Standard Model, 3-3-1 Model, Democratic Mass Matrix, Future Colliders, FCC-eh, FCC-hh.Öğe Arabis Alpina'da UV-B stresinin antioksidan savunma sistemi üzerine etkilerinin araştırılması(Ege Üniversitesi, 2020) Özgür Uzilday, RenginBu çalışmada bir kutup-alpin tür Arabis alpina'nın antioksidan cevabı ve lipit peroksit detoksifikasyon kapasitesini akut kısa süre (3 saat ve 6 saat) UV-B stresi (4.6 ve 8.2 W / m2). UV-B'ye 3 ve 6 saat maruz kaldıktan sonra belirlenmiştir. A. alpina' da A. thaliana ile karşılaştırıldığında daha düşük lipit peroksidasyonu ve H2O2 birikimi belirlenmiştir. Ayrıca, A. thaliana'nın Fv / Fm değeri 0.70'e, A. alpina ise 0.75'e düşerek bu türün PSII'sinin daha iyi korunduğu belirlenmiştir. Antioksidan cevabın aydınlatılması için, süperoksit dismutaz (SOD), katalaz (CAT), peroksidaz (POX), askorbat peroksidaz (APX), glutatyon redüktaz (GR) ve dehidroaskorbat redüktaz (DHAR) aktiviteleri ölçülmüştür. 6 saat UV-B ile SOD enzim aktivitesinde artış A. alpina'da daha belirgin olarak gözlenmiştir. Ayrıca A. alpina, A. thaliana ile karşılaştırıldığında daha yüksek kloroplastik FeSOD aktivitesine sahip olduğu bulunmuştur. A. alpina'da APX aktivitesi de önemli ölçüde artarken, aktivitesi 3 saatte azalmıştır. A. alpina bazal CAT aktivitesini koruyabilmiştir, ancak A. thaliana'da her iki zaman noktasında da CAT aktivitesindeciddi düşüşler gözlenmiştir. Bu bulgular, A. alpina' nın antioksidan savunmasını ve UV-B'ye karşı daha iyi koruma sağlayan lipit peroksit detoksifikasyonunu koruyabildiğini / indükleyebildiğini göstermektedir.Öğe Aizanoi antik kentinde bulunan yazıtlar(Ege Üniversitesi, 2023) Özlem Aytaçlar, PınarEge Üniversitesi Bilimsel Araştırma Projeleri kapsamında hazırlanmış olan "Aizanoi Antik kentinde Bulunan Yazıtlar" başlıklı bu projede, 2021-2022 yıllarında Aizanoi'da bulunmuş olan Yunanca yazıtlar üzerinde çalışılmıştır. Proje kapsamında, kazıda bulunmuş olan dört adet onurlandırma yazıtı ve otuz üç adet mezar yazıtı üzerinde çalışılmış ve iki ayrı makale olarak yayına hazırlanmıştır. Bunlardan ilki, "Aizanoi'da bulunan onurlandırma yazıtları" başlığını taşımaktadır. Makalede, şehrin önde gelen kişilerinin Aizanoi kenti tarafından onurlandırıldığı dört adet yazıt ele alınmaktadır. Bu yazıtlar, Aizanoi kenti tarihi için önem arz eden bazı kişileri zikreden ve kentin sosyal ve siyasi yapısıyla ilgili yeni bilgiler içeren belgeler olarak önem taşımaktadırlar. Makale, Scopus tarafından Q1 sınıfında taranmakta olan GEPHYRA dergisinin Mayıs 2023 sayısında yayınlanmış bulunmaktadır. İkinci makale olan "Aizanoi'dan yeni mezar anıtları" başlıklı çalışma da yayına hazır halde olup, 2023 yılı sonuna kadar yayınlanması hedeflenmektedir. Makalenin içeriğini Aizanoi'da 2021-2022 yılları kazı sezonlarında ele geçen 33 adet mezar yazıtı oluşturmaktadır. Çoğu bölgenin tipik mezar taşı tipi olarak "kapı tipi steller" olan bu mezar yazıtları, özellikle içerdikleri özel isimlerle dikkat çekicidirler. Kentin tarihindeki Makedon göçü ve Yunan kültürünün etkilerine işaret eden bu özel isimler, Aizanoi için önem taşımaktadır. Proje sonuç raporu, makalelerin yayın versiyonları ile, iki bölüm halinde hazırlanmıştır.Öğe Klinik analizlere yönelik aptamer tabanlı elektrokimyasal biyosensör tasarımı(Ege Üniversitesi, 2019) Kara Kadayıfcılar, PınarBu çalışmada, kanser hücresi tayinine yönelik aptamer tabanlı bir nanobiyosensör tasarımı yapılmıştır. Sensör yüzeyleri olarak elektroeğirme yöntemiyle oluşturulmuş iletken PAN (poliakrilonitril) ve PPy (polipirol) kompozit nanofiberleri geliştirilmiştir. Aptamer ile modifiye edilmiş nanofiber sensör yüzeyleri model hücre olarak kullanılan A549 akciğer kanser hücresinin tayinine olanak sağlamıştır. Çalışmada tek kullanımlık grafit elektrotlar (PGE) kullanılmıştır. Elektrot yüzeyinde oluşturulan nanofiberlerin (NFPGE) nitril gruplarını karboksil gruplarına çevirmek için elektrot bir NaOH sulu çözeltisi ile kısmen hidroliz edilmiştir. Aptamer dizisi, karbodimid (kovalent bağlanma) kimyası aracılığıyla fonksiyonelleştirilmiş nanofiber modifiyeli elektrot (f-NFPGE) yüzeyine tutturulmuştur. Kanser hücrelerinin 37.5 oC sıcaklıkta aptamer modifiye edilmiş elektrot yüzeyi ile olan etkileşimi, 5mM [Fe(CN)6]3-/4- varlığında Elektrokimyasal İmpedans Spektroskopisi (EIS) yöntemi ile izlenmiştir. Tasarlanan aptasensörün seçiciliği HeLa hücreleri kullanılarak sağlanmıştır. Aptasensörün en uygun çalışma koşullarının belirlenmesi için optimum aptamer ve hücre konsantrasyonları ve yıkama zamanı koşulları optimize edilmiştir. Belirlenen optimum koşullar altında tasarlanan sensörün seçiciliği sırasıyla, biyolojik tanıma molekülü olarak başka hedefe özgül aptamer ve hedef molekül olarak deforme olmuş hücreler kullanılarak doğrulanmıştır. Kanser teşhisinde kullanılan diğer yöntemlere kıyasla hızlı teşhis imkanı sunan düşük maliyetli bir aptasensör geliştirilmiştir. Ayrıca tek kullanımlık elektrot sistemi ile bir mikroçip tasarımının temeli olduğu kanıtlanmıştır.Yapılan çalışmada tayin limiti 3.41 hücre/mL olarak hesaplanmıştır ve tasarlanan aptasensörün yüksek hassasiyette tayin yapabildiğini göstermiştir.;Aptamer-tabanlı biyosensör, Elektrokimyasal impedans spektroskopisi, nanofiber, küçük hücreli dışı akciğer kanseri, klinik analiz.;Aptamer-based biosensor, Electrochemical impedance spectrosopy, nanofiber, non-small lung cancer, clinical analysis.
