Yazar "Tekintaş, Yamaç" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 11 / 11
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Antifungal and Antibiofilm Activities of Selective Serotonin Reuptake Inhibitors Alone and in Combination with Fluconazole(2020) Temel, Aybala; Tekintaş, Yamaç; Polat, Süleyha Hilmioğlu; Metin, Dilek Yeşim; Ateş, Ayşegül; Eraç, Bayrı; Limoncu, Mine HoşgörObjectives: Candida spp. are clinically important pathogens that cause difficulties for treatment by biofilm formation. Considering antifungalresistance rates and the limitations in the discovery of new antifungals, the antifungal and antibiofilm effects of various drugs used for differenttherapeutic purposes are becoming more important. The goal of our study was to determine the antifungal and antibiofilm effects of the selectiveserotonin reuptake inhibitors (SSRIs), namely sertraline (SRT), paroxetine (PRX), and fluoxetine (FLX) alone and in combination with fluconazole(FLC) against Candida spp.Materials and Methods: Twenty Candida spp. strains isolated from clinical samples from Ege University Hospital were identified by the Dalmaumethod and matrix-assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of the SSRIsand FLC were detected by broth microdilution method. Synergistic interactions between the SSRIs and FLC were investigated by checkerboardassay. The antibiofilm effects of the SSRIs were determined by spectrophotometric microplate method.Results: Among the isolates, five different Candida spp. (C. albicans, C. glabrata, C. krusei, C. tropicalis, and C.parapsilosis) were identified. The MICsof the SSRIs ranged between 16-512 µg/mL. While SRT showed the highest antifungal effect, the antibiofilm efficacy of FLX was higher than that ofthe other agents. Moreover, FLX and PRX showed a synergistic effect with FLC in 13 and 19 isolates, respectively. Four isolates were strong biofilmproducers while nine isolates were moderate biofilm producers. C. parapsilosis strains showed higher biofilm production than the other species.At MIC/2 concentration, FLX and SRT alone inhibited mature biofilms in six and five isolates, respectively, while PRX caused increases biofilmformation in seven isolates.Conclusion: This study revealed that MIC/2 concentrations of SSRIs could have antifungal and antibiofilm effects. SRT and FLX alone or incombination with antifungals may possibly have therapeutic potential for combating fungal infections.Öğe Antisens Oligonükleotitler ve Antibakteriyel Kullanımları(2016) Tekintaş, Yamaç; Dora, Devrim Demir; Hoşgör-Limoncu, MineAntisens tedavi stratejisi, çeşitli genlerin protein oluşturmadan susturulması amacıyla oligodeoksiribonükleotidlerin kullanılmasıdır. Antisens mekanizma, hedef mRNA'ya oligonükleotid dizisinin Watsons-Crick baz eşleşme yoluyla bağlanması sonucu gerçekleşmektedir. Bağlanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein oluşumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotidin bağlandığı bölgede RNaz H aracılı degredasyon oluşturmasıdır. RNaz enzimi ile parçalanan gen dizisinden translasyon olası olmadığı için protein oluşumu engellenir. İkincisi ise oligonükleotidin bağlanarak ilgili gen bölgesini kapatmasıyla oluşur. Böylece ribozomun gen dizisini okuması sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel işlemler inhibe edilir ve gen, ürün oluşturamaz. Bu moleküllerin nükleazlardan korunmaları için çeşitli modifikasyonlar yapılmıştır. Bu modifikasyonlara göre antisens oligonükleoititler (ASO) kuşaklara ayrılabilirler. Modifikasyonlar ile nükleazlardan korunmalarına rağmen, hücre içlerine girişleri sınırlıdır. Bu kısıtlılığı giderebilmek amacıyla konjuge peptidler ve lipid bazlı taşıyıcı sistemler gibi çeşitli yöntemler kullanılması gerekmektedir. Bakteri için esansiyel olan genlerin inhibisyonuyla ASO dizileri antibakteriyel olarak kullanılabilir. Ayrıca direnç genlerini hedef alan diziler sayesinde bakteriler duyarlı hale getirilebilirler. Antibiyotik direnç mekanizmalarından etkilenmeyen antisens tedavi stratejisinin pek çok bilim insanının ilgisini çekmektedir. Bu moleküllerin genel özellikleri, çalışma prensipleri ve bakteri eradikasyonu amacıyla kullanımını içeren çalışmalar bu derlemede özetlenmiştirÖğe Bakteriyoloji Alanında Kullanılan Modern Tanı Yöntemleri: Hızlı ve Etkili(2018) Tekintaş, Yamaç; Limoncu, Mine HoşgörBakteriler yüzyıllardır insanoğluyla etkileşim içinde yaşayan canlılardır. Bu etkileşim boyunca bazı bakteri türleri insan mikrobiyotası içinde kendilerine yer bulmuş, bazı yararlı ve önemli görevler üstlenmişlerdir. Bu yararlarına karşın, bakterilerin hastalık etkeni olanları, yüzyıllardır olduğu gibi, içinde yaşadığımız çağda da binlerce insanın ölmesine neden olmaktadır. Antibiyotiklerin keşfi ve kullanıma girmesi, bu mücadelede insanoğlunun başarı oranını artırmıştır. Bununla birlikte, doğru antibiyotiğin kısa süre içerisinde hastaya verilmesinin yaşamsal önemi vardır. Bunu sağlayabilmek için de patojenin hızlı bir şekilde tanısının yapılabilmesi gerekmektedir. Klasik tanı yöntemleri, bakterilerin kültürünün yapılmasına ve özelliklerinin belirlenmesine dayanan, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren işlemleri içerir. Bu süreçler, ideale yakın olarak yürütülse bile, bu sırada geçirilen zaman, tedaviye başlanmasında gecikmeye, morbidite ve mortalitenin artmasına ve işgücü kaybına yol açabilir. Günümüzün modern bilim dünyası, çeşitli cihazların ve yaklaşımların geliştirilmesi sayesinde, mikroorganizmaların idantifikasyonlarının daha hızlı, duyarlı ve özgül bir biçimde yapılmasını sağlamıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA dizi analizi gibi yöntemlerle mikroorganizmalar genotipik olarak tanımlanmaya başlamıştır. Bu tekniklerle tür tanımlamaları da daha net hale gelmiştir. Bu sayede klinisyenlerin tedaviyi daha kesin bilgilerle planlaması sağlanmıştır. Rutin klinik mikrobiyoloji işlemlerinin bir parçası olmaya başlayan matriksle desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi gibi yöntemler sayesinde idantifikasyonu çok uzun süren bakteriler bile saatler içerisinde tanımlanabilir hale gelmiştir. Bu derlemede, çevresel örneklerin, besinlerin ve farmasötik ürünlerin kontrolleri açısından da önemi büyük olan bu yöntemlerin özellikle klinik mikrobiyolojideki kullanımları üzerinde durulacaktır.Öğe Bakteriyoloji Alanında Kullanılan Modern Tanı Yöntemleri: Hızlı ve Etkili(2018) Tekintaş, Yamaç; Limoncu, Mine HoşgörBakteriler yüzyıllardır insanoğluyla etkileşim içinde yaşayan canlılardır. Bu etkileşim boyunca bazı bakteri türleri insan mikrobiyotası içinde kendilerine yer bulmuş, bazı yararlı ve önemli görevler üstlenmişlerdir. Bu yararlarına karşın, bakterilerin hastalık etkeni olanları, yüzyıllardır olduğu gibi, içinde yaşadığımız çağda da binlerce insanın ölmesine neden olmaktadır. Antibiyotiklerin keşfi ve kullanıma girmesi, bu mücadelede insanoğlunun başarı oranını artırmıştır. Bununla birlikte, doğru antibiyotiğin kısa süre içerisinde hastaya verilmesinin yaşamsal önemi vardır. Bunu sağlayabilmek için de patojenin hızlı bir şekilde tanısının yapılabilmesi gerekmektedir. Klasik tanı yöntemleri, bakterilerin kültürünün yapılmasına ve özelliklerinin belirlenmesine dayanan, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren işlemleri içerir. Bu süreçler, ideale yakın olarak yürütülse bile, bu sırada geçirilen zaman, tedaviye başlanmasında gecikmeye, morbidite ve mortalitenin artmasına ve işgücü kaybına yol açabilir. Günümüzün modern bilim dünyası, çeşitli cihazların ve yaklaşımların geliştirilmesi sayesinde, mikroorganizmaların idantifikasyonlarının daha hızlı, duyarlı ve özgül bir biçimde yapılmasını sağlamıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA dizi analizi gibi yöntemlerle mikroorganizmalar genotipik olarak tanımlanmaya başlamıştır. Bu tekniklerle tür tanımlamaları da daha net hale gelmiştir. Bu sayede klinisyenlerin tedaviyi daha kesin bilgilerle planlaması sağlanmıştır. Rutin klinik mikrobiyoloji işlemlerinin bir parçası olmaya başlayan matriksle desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi gibi yöntemler sayesinde idantifikasyonu çok uzun süren bakteriler bile saatler içerisinde tanımlanabilir hale gelmiştir. Bu derlemede, çevresel örneklerin, besinlerin ve farmasötik ürünlerin kontrolleri açısından da önemi büyük olan bu yöntemlerin özellikle klinik mikrobiyolojideki kullanımları üzerinde durulacaktır.Öğe In vitro effects of antibiofilm agents and antibiotics oncoagulase-negative staphylococci(2020) Ermertcan, Şafak; Limoncu, Mine Hoşgör; Tekintaş, Yamaç; Kurutepe, Semra; Öztürk, İsmail; Temel, AybalaCoagulase negative staphylococci (CoNS) are important nosocomial pathogens that cause biofilm infections. Biofilm provides advantages for microorganisms to resist antibiotics and host immune systems. Considering the increased antibiotic resistance, alternative treatments are needed to combat biofilm infections. In the present study, the effects of antibiotics including gentamicin (GEN), ciprofloxacin, doxycycline (DOX), rifampicin (RIF) and antibiofilm agents including N-acetylcysteine (NAC), ethylenediaminetetraaceticacid (EDTA), nisin (NIS), farnesol (FAR) on clinical CoNS biofilm and IS256, icaA gene expression levels were evaluated. Forty-five CoNS strains were isolated from patients’ catheters, at Manisa Celal Bayar University Hospital. The minimum inhibitory concentrations (MICs) of agents were detected by broth microdilution method with European Committee for Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) criteria. The combined effects of agents were investigated by checkerboard method. The antibiofilm effects of combinations were investigated by spectrophotometric microplate method. The effects of combinations on IS256 and icaA gene expressions were evaluated by real-time quantitative reverse-transcriptase PCR. Twenty-four isolates (53.3%) were detected as strong biofilm producer. Biofilm production was inhibited in seven isolates in the presence of EDTA+RIF and NIS+DOX while NIS+GEN combination and RIF inhibited biofilm in six isolates. Nine combinations were found to have synergistic effect against isolate #6 which are resistant to four different antibiotics. The expressions of icaA and IS256 were downregulated in the presence of EDTA, NAC+CIP, NAC+GEN, NIS+GEN, FAR+GEN. Antibiofilm agent/antimicrobial combinations could have promising effects for preventing catheter colonization. The further studies on antibiofilm treatment strategies would be beneficial for decreasing morbidity-mortality rates and healthcare costs caused by biofilms.Öğe Investigation of the Antimicrobial Susceptibility Profile, Virulence Genes, and Epidemiologic Relationship of Clinical Salmonella Isolates(2018) Tekintaş, Yamaç; Yılmaz, Fethiye Ferda; Aydemir, Sabire Şöhret; Tünger, Alper; Limoncu, Mine HoşgörObjectives: the objectives of this study were to investigate the epidemiologic relationship, prevalence of the beta-lactamase and virulence genes of clinical ampicillin-resistant Salmonella enterica. Materials and Methods: in vitro ampicillin susceptibilities of 117 Salmonella enterica isolates obtained between 2011-2012 from Ege University Hospital, Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department were examined using disc diffusion assays in accordance with the CLSI guidelines. the MIC levels in the ampicillin-resistant bacteria were determined using the broth microdilution method. the resistant strains were serotyped by the Public Health Institution. Epidemiologic relations of resistant strains were evaluated using ERIC-PCR. the presence of betalactamase genes and virulence factors were detected using PCR. Results: the 117 S. enterica strains had ten isolates that were resistant to ampicillin, and the MIC range of ampicillin was found as 512-128 ?g/mL. Ampicillin-resistant strains were susceptible to nalidixic acid, ciprofloxacin, cefotaxime, sulfamethoxazole/trimethoprim. Four different serotypes were identified and isolates were grouped into seven clusters. Five isolates carried blaTEM, and two carried the blaCTX-M gene. However, it was determined that blaSHV and blaPER genes did not exist in these strains. Virulence genes invA, pipD, and sopB were found in all isolates. sifA, pefA, and sopE genes were found in seven, four, and three isolates, respectively. Conclusion: Our data suggest that the rate of ampicillin resistance in S. enterica isolates was 8.5% in the two year period, but this ratio was generally lower than rates abroad. blaCTX-M and blaTEM genes could be responsible for ampicillin resistance. the blaSHV gene, which is highly prevalent in our country, was not found in any strains. sopB and pipD genes, which might be associated with beta-lactam resistance, were found in all strains. It is also noteworthy that the three isolates containing the sopE gene, which is associated with epidemic cases, were of the same serotypes and epidemiologic clusters.Öğe Investigation of the Antimicrobial Susceptibility Profile, Virulence Genes, and Epidemiologic Relationship of Clinical Salmonella Isolates(2018) Tekintaş, Yamaç; Yılmaz, Fethiye Ferda; Aydemir, Sabire Şöhret; Tünger, Alper; Limoncu, Mine HoşgörObjectives: The objectives of this study were to investigate the epidemiologic relationship, prevalence of the beta-lactamase and virulence genes of clinical ampicillin-resistant Salmonella enterica. Materials and Methods: In vitro ampicillin susceptibilities of 117 Salmonella enterica isolates obtained between 2011-2012 from Ege University Hospital, Bacteriology Laboratory of Medical Microbiology Department were examined using disc diffusion assays in accordance with the CLSI guidelines. The MIC levels in the ampicillin-resistant bacteria were determined using the broth microdilution method. The resistant strains were serotyped by the Public Health Institution. Epidemiologic relations of resistant strains were evaluated using ERIC-PCR. The presence of betalactamase genes and virulence factors were detected using PCR. Results: The 117 S. enterica strains had ten isolates that were resistant to ampicillin, and the MIC range of ampicillin was found as 512-128 ?g/mL. Ampicillin-resistant strains were susceptible to nalidixic acid, ciprofloxacin, cefotaxime, sulfamethoxazole/trimethoprim. Four different serotypes were identified and isolates were grouped into seven clusters. Five isolates carried blaTEM, and two carried the blaCTX-M gene. However, it was determined that blaSHV and blaPER genes did not exist in these strains. Virulence genes invA, pipD, and sopB were found in all isolates. sifA, pefA, and sopE genes were found in seven, four, and three isolates, respectively. Conclusion: Our data suggest that the rate of ampicillin resistance in S. enterica isolates was 8.5% in the two year period, but this ratio was generally lower than rates abroad. blaCTX-M and blaTEM genes could be responsible for ampicillin resistance. The blaSHV gene, which is highly prevalent in our country, was not found in any strains. sopB and pipD genes, which might be associated with beta-lactam resistance, were found in all strains. It is also noteworthy that the three isolates containing the sopE gene, which is associated with epidemic cases, were of the same serotypes and epidemiologic clusters.Öğe Kateter ilişkili Staphylococcus epidermidis biyofilmlerine karşı antibiyofilm ajanların ve antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkisi(Ege Üniversitesi, 2017) Tekintaş, Yamaç; Öztürk, İsmailKoagülaz negatif stafilokoklar, kateter gibi tıbbi yüzeylere tutunabilme ve biyofilm oluşturma yeteneğine sahip, kateter ilişkili enfeksiyonlara neden olan en önemli nozokomiyal patojenler arasındadır. KNS biyofilmlerinin kontrolü için alternatif antimikrobiyal çözümler geliştirilmesi gereklidir. Bu çalışmada "Celal Bayar Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi'nde kateterlerden izole edilen KNS'lerin biyofilmlerine karşı antibiyotik ve antibiyofilm ajanların tek başlarına ve kombine halde etkinlikleri araştırılmıştır. Bu amaçla antimikrobiyallerin ve antibiyofilm ajanların S. epidermidis kökenlerine karşı minimum inhibitör konsantrasyonları EUCAST kriterlerine göre mikrodilüsyon yöntemiyle belirlenmiştir. Bu ajanların kombine etkileri dama tahtası yöntemi ile araştırılmıştır. İzolatların biyofilm üretimi, etken maddelerin ve kombinasyonlarının biyofilm oluşumuna ve olgun biyofilm üzerine eradike edici etkileri spektrofotometrik mikropleyt yöntemi ile araştırılmıştır. Çalışmalarımızın bulgularına göre; N-asetilsisteinin MİK değeri 33 izolatta 1024 µg/ml, EDTA MİK değeri 25 izolatta 256 µg/ml, nisin MİK değeri 29 izolatta 128 µg/ml ve farnesol MİK değerleri 15 ve 13 izolatta sırasıyla 1024 µg/ml ve 512 µg/ml olarak saptanmıştır. Antimikrobiyallerin MİK değerleri değerlendirildiğinde, 45 KNS izolatından 29'unun (%64,4) siprofloksasine, 28'inin (%62,2) gentamisine, 19'unun (%42,2) rifampisine ve 7'sinin (%15,6) doksisikline dirençli oldukları saptanmıştır. Kateterlerden izole edilen 45 KNS izolatının biyofilm üretim deneyleri bulguları değerlendirildiğinde, 45 izolatın 24'ünün (%53,3) güçlü düzeyde biyofilm ürettiği, 15'inin (%33,3) orta düzeyde biyofilm ürettiği ve 6'sının (%13,3) zayıf düzeyde biyofilm ürettiği saptanmıştır. Çalışılan 9 izolata karşı, EDTA+RIF ve NIS+DOX kombinasyonlarının 7 izolatta, NIS+GEN kombinasyonu ve rifampisinin tek başına 6 izolatta, biyofilm üretimini baskıladığı saptanmıştır. Olgun biyofilme karşı yapılan deneyler bulguları değerlendirildiğinde; 9 izolata karşı, FAR+RIF kombinasyonunun 6 izolatta, NIS+CIP, NIS+DOX ve NIS+RIF kombinasyonlarının 5 izolatta olgun biyofilm miktarını azalttığı saptanmıştır. Kombine etkinlik deneylerinin bulguları değerlendirildiğinde 16 kombinasyondan 6'sının izolat#5'e karşı, 9'unun izolat#6 'ya karşı sinerjistik etki gösterdikleri saptanmıştır. Antibiyofilm ajanların tek başlarına ve antibiyotiklerle kombine kullanımları sonucunda kateter kolonizasyonunun ve kateter ilişkili enfeksiyonların engellenebileceği ve bu sayede morbidite ve sağlık masraflarının olumlu yönde etkileneceği düşünülmektedir.;Koagülaz negatif stafilokoklar, biyofilm üretimi, antibiyofilm ajanlar, kombinasyon çalışmaları.;Coagulase negative staphylococci, biofilm production, antibiofilm agents, combination studies.Öğe Klinik Pseudomonas aeruginosa İzolatlarında Siprofloksasin Direnci ve Direnç Mekanizmalarının Araştırılması(2021) Yılmaz, Fethiye Ferda; Tekintaş, Yamaç; Aydemir, Sabire Şöhret; Öztürk, İsmail; Çilli, Feriha; Akel, Nilüfer Uzunbayır; Limoncu, Mine HoşgörPseudomonas aeruginosa hastane enfeksiyonlarının en temel etkenlerinden biridir. Farklı antibiyotikgrupları P.aeruginosa tedavisi için kullanılsa da, kinolon grupları oral kullanılabilme avantajlarıyla öneçıkmaktadır. Ancak son yıllarda bu grubun üyelerine karşı kazanılan direnç, tedaviyi giderek daha zorhale getirmektedir. Bu çalışmanın amacı Ege Üniversitesi Hastanesi’nden izole edilen siprofloksasindirençli P.aeruginosa izolatlarında, epidemiyolojik ilişkinin ve dirençten sorumlu olası mekanizmalarınaraştırılmasıdır.Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı’nda klinik örneklerden izole edilen P.aeruginosa bakterilerinin tür düzeyinde tanımlanmaları VITEK compact, antimikrobiyal duyarlılıklarıVITEK MS otomatize sistemleri aracılığıyla belirlenmiştir. Siprofloksasin dirençli olduğu belirlenen izolatların epidemiyolojik ilişkileri “Enterobacterial repetitive intergenic consensus”-polimeraz zincir reaksiyonu (ERIC-PZR) ile saptanmıştır. Genetik olarak ilişkisiz klonlardan seçilen temsilcilerde kinolon direncinden sorumlu olacağı düşünülen qnrA, qnrB, qnrS, qepA genlerinin varlığı PZR ile tespit edilmiştir. Dışaatım pompasına ait regülatör genleri olan nfxB, mexR varlığı PZR ile belirlenirken, phenylalanine-arginine ?-naphthylamide (PA?N), dışa atım pompasının aktivasyonunun tespiti için kullanılmıştır.Yirmi iki izolat (% 26.5) siprofloksasin dirençli olarak saptanmıştır. ERIC-PZR sonuçlarına göre 11 ilişkisizklon tespit edilmiştir. PA?N varlığında 10 izolatta siprofloksasin minimum inhibitör konsantrasyon (MİK)değerlerinde 2-64 kat arasında azalma görülmüştür. Bir izolatta siprofloksasin MİK değişikliği belirlenmemiştir. On bir temsilci izolatın 10 tanesinde pompaya ait regülatör genlerinin varlığı belirlenirken,kinolon direnciyle ilişkili olan genlerden sadece qnrB yedi temsilci izolatta saptanmıştır. qnrA, qnrS, qepAgenleri hiçbir izolatta belirlenmemiştir.Siprofloksasin dirençli P.aeruginosa izolatları hastanemizden izole edilmektedir. Farklı genetik gruplaraait olan izolatların kliniklerde dolaşımda olması dikkat çekici bir durumdur. Temel direnç mekanizmalarının dışa atım pompası ve qnrB genleri olduğu düşünülmektedirÖğe Klinik salmonella izolatlarında antimikrobiyal duyarlılık profilinin, virülans genlerinin ve klonal ilişkinin araştırılması(Ege Üniversitesi, 2014) Tekintaş, Yamaç; Hoşgör Limoncu, MineSalmonella türleri dünyada en sık görülen enterit etkenlerinden biridir. Salmonella ailesi 2600’den fazla tür içermesine rağmen Türkiye’de en sık S. Enteritidis görülmektedir. Salmonella tedavilerinde β-laktam antibiyotiklerin sıklıkla kullanılması direnç gelişimi ve Genişlemiş spektrumlu beta laktamaz (GSBL) üretimine sebep olabilmektedir. blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaOXA, blaPER, blaPSE ve blaCMY genleri Salmonella türlerinde en sık örülen GSBL türleridir. Bu çalışmada βlaktam antibiyotiklerine karşı direnç durumu, dirençli kökenlerde klonal ilişkinin saptanması, direnç ve çeşitli virülans genlerinin araştırılması amaçlanmıştır. Ege Üniversitesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Bakteriyoloji Laboratuvarı’nda iki yıllık dönemde izole edilen 117 S. enterica kökeninden disk difüzyon yöntemiyle ampisiline dirençli olduğu saptanan 10 köken çalışmaya alındı. Ampisilin MİK değerleri CLSI kriterlerine göre sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Kökenler Türkiye Halk Sağlığı Kurumu tarafından serotiplendirildi. Kökenlerin klonal ilişkisi ERIC-PZR ve AP-PZR yöntemleriyle araştırıldı. GSBL varlığı kombine disk difüzyon yöntemi ile GSBL ve virülans genlerinin varlığı PZR yöntemleri ile araştırıldı. On (%8,5) S. enterica kökeninin disk difüzyon yöntemiyle ampisiline dirençli olduğu saptandı. Ampisilin MİK aralığı 128µg/ml ≥512µg/ml olarak bulundu. Kökenlerin dört tanesi S. Enteritidis, 2 tanesi S. Infantis, 1 tanesi S. Typhimurium, 1 tanesi S. Virchow olarak bulundu. Kökenlerin ERIC-PZR’a göre 7, AP-PZR’a göre 6 farklı klonal grupta olduğu belirlendi. Kombine disk difüzyon yöntemiyle GSBL pozitif iki köken tespit edilirken, PZR ile iki kökende blaCTX-M, beş kökende blaTEM saptandı. Ancak bu kökenlerde blaPER ve blaSHV genlerinin bulunmadığı belirlendi. Virülans faktörlerinden invA, pipD, sopB, sopE, pefA ve sifA PZR ile araştırıldı. Bu genlerden invA, sopB, pipD %100, sifA %70, pefA %40, sopE % 30 oranında saptandı. Çalışmamız iki yıllık dönemde bölgemizde izole edilen S. enterica kökenlerinde ampisilin direncinin yaygın olmadığı, GSBL genlerinin, farklı virülans faktörlerinin farklı serotip ve epidemiyolojik kümelere ait kökenlerde bulunduğunu ortaya koymaktadır. Salmonella virülans faktörleri ile ilgili ülkemizde daha fazla çalışmaya ihtiyaç duyulmaktadır.Öğe Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde lipid metabolizması ve antibiyotik direncinde rol alan acpP ve mexA genlerinin antisens oligonükleotitler ile susturulması(Ege Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2018) Tekintaş, Yamaç; Hoşgör Limoncu, MineAntisens tedavi stratejisi, çeşitli genlerin protein oluşturmadan susturulması amacıyla, oligodeoksiribonükleotitlerin kullanılmasıdır. Antisens mekanizma, hedef mRNA’ya oligonükleotit dizisinin Watsons-Crick baz eşleşme yoluyla bağlanması sonucu gerçekleşmektedir. Bağlanmadan sonra iki temel yolak, ilgili genin protein oluşumunu engeller. Bunlardan ilki, oligonükleotitin bağlandığı bölgede RNaz H aracılı degredasyon oluşturmasıdır. RNaz enzimi ile parçalanan RNA dizisinden translasyon mümkün olmadığı için protein oluşumu engellenir. İkincisi ise oligonükleotitin bağlanarak ilgili mRNA bölgesini kapatmasıyla oluşur. Böylece translasyon (ribozomun gen dizisini okuması) sterik olarak engellenir, posttranskripsiyonel işlemler inhibe edilir ve gen, ürün oluşturamaz. Bu tezin amacı, ülkemizde ve dünyada direnç oluşumu nedeniyle tedavisi gittikçe zorlaşmakta olan Pseudomonas aeruginosa kökenlerine karşı uygun antisens dizi ve formülasyonu kullanarak, bakteri için esansiyel olan açil taşıyıcı protein (Acyl carrier protein- acpP) geninin ve bakteriye antimikrobiyallere karşı direnç kazandıran mex grubu dışa atım pompasına (efluks pompası) ait mexA geninin susturulmasıdır. Bakterinin lipid biyosentezi için esansiyel bir protein olan acpP’nin eksikliği, bakterinin ölümüne sebep olacağından bakteri üremesi engellenecek, pompa geninin inhibisyonuyla da direncin önüne geçilmesi mümkün olacaktır. Bu ajanların P. aeruginosa hücresi içine girişlerini sağlamak amacıyla literatür incelendiğinde, lipozom ve peptid konjugasyonu gibi yöntemlerin denendiği gözlenirken, niozom formülasyonlarının kullanımına rastlanılmamıştır. Çalışmamız kapsamında niozomların bu amaçla kullanımı özgün değerlerden birisidir. Görece yeni bir tedavi yaklaşımı sayılabilecek bu yöntemin, mikrobiyoloji alanında bakteri enfeksiyonlarına karşı etkilerini araştıran çalışmalara ülkemizde rastlanılmamıştır. Proje kapsamında P. aeruginosa’da bulunan acpP ve mexA genlerinin antisens oligonükleotitler kullanılarak susturulması ve böylece bakteri üremesinin ve direnç mekanizmasının engellenmesi için gerekli çalışmalar yapıldı. Çalışmamızda Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Laboratuvarı’nda izole edilen P. aeruginosa kökenlerinin çoklu antibiyotik direnci VITEK MS ile belirlendi ve hedef alınacak genlerin varlığı polimeraz zincir reaksiyonu (PZR) yöntemi ile saptandı. Bu çalışmalarda P. aeruginosa ATCC 27853 ve ilgili genleri içeren kontrol kökenleri kullanıldı. İstenen özellikteki kökenler, PZR temelli Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PZR (ERIC-PZR) ile genotiplendirildi. Farklı genotipe ait oldukları saptanan 11 adet P. aeruginosa kökeni ile çalışıldı. Antisens oligonükleotitleri belirlemek amacıyla hedef alınan genlerin DNA dizi analizi yapıldı. Elde edilen dizi analizi sonuçları, gen bankaları ve literatür bilgileri beraber değerlendirilerek P. aeruginosa bakterisi için kullanılacak antisens oligonükleotitler belirlendi. Antisens oligonükleotitlerin bakteri hücresi içine geçişini arttırabilmek amacıyla niozom formülasyonları hazırlandı. Elde edilen formülasyonun minimum inhibitör konsantrasyon (MİK) değerleri Klinik ve Laboratuvar Standartları Enstitüsü (Clinical and Laboratory Standarts Institute, CLSI) önerileri doğrultusunda sıvı mikrodilüsyon yöntemiyle belirlendi. Susturulan acpP ve mexA genlerinin ekspresyon düzeyleri gerçek zamanlı nicel RT-PZR ile araştırıldı. VITEK MS sonuçlarına göre farklı kliniklerden 41 adet ÇİD izolat çalışmanın ilk aşamaları için seçildi. Bu izolatlardan 38 tanesinin acpP ve mexA genlerini içerdiği saptandı ve bu izolatların ERIC-PZR sonuçlarına göre, 10 ana klon ve bir alttip olmak üzere 11 farklı ailede yer aldıkları tespit edildi. Her bir aileden seçilen temsilciler için dizi analizleri yapıdı ve acpP geninde mutasyona rastlanmadı. Bununla birlikte mexA geninde sessiz mutasyonlar belirlendi. Tasarlanan ASO dizilerini hedeflemek amacıyla dokuz adet niozom formülasyonu hazırlandı. Sadece F1 ve F5 formülasyonlarının ASO dizileriyle kompleks oluşturduğu saptandı. Bununla birlikte F5 formülasyonunun daha yüksek konsantrasyonda ASO dizisi taşıma kapasitesi olduğu tespit edildi ve sonraki çalışmalarda F5 formülasyonu kullanıldı. Kompleks hale getirilen bu dizilerin RT-PZR sonuçlarına göre ASO-1 ASO-2 ve ASO-6 için sırasıyla altı, dört ve üç izolatta anlamlı gen inhibisyonu saptandı. Diğer dizilerde etkinlik görülmedi.
