Bakteriyoloji Alanında Kullanılan Modern Tanı Yöntemleri: Hızlı ve Etkili

Bakteriler yüzyıllardır insanoğluyla etkileşim içinde yaşayan canlılardır. Bu etkileşim boyunca bazı bakteri türleri insan mikrobiyotası içinde kendilerine yer bulmuş, bazı yararlı ve önemli görevler üstlenmişlerdir. Bu yararlarına karşın, bakterilerin hastalık etkeni olanları, yüzyıllardır olduğu gibi, içinde yaşadığımız çağda da binlerce insanın ölmesine neden olmaktadır. Antibiyotiklerin keşfi ve kullanıma girmesi, bu mücadelede insanoğlunun başarı oranını artırmıştır. Bununla birlikte, doğru antibiyotiğin kısa süre içerisinde hastaya verilmesinin yaşamsal önemi vardır. Bunu sağlayabilmek için de patojenin hızlı bir şekilde tanısının yapılabilmesi gerekmektedir. Klasik tanı yöntemleri, bakterilerin kültürünün yapılmasına ve özelliklerinin belirlenmesine dayanan, zaman alıcı ve yoğun emek gerektiren işlemleri içerir. Bu süreçler, ideale yakın olarak yürütülse bile, bu sırada geçirilen zaman, tedaviye başlanmasında gecikmeye, morbidite ve mortalitenin artmasına ve işgücü kaybına yol açabilir. Günümüzün modern bilim dünyası, çeşitli cihazların ve yaklaşımların geliştirilmesi sayesinde, mikroorganizmaların idantifikasyonlarının daha hızlı, duyarlı ve özgül bir biçimde yapılmasını sağlamıştır. Polimeraz zincir reaksiyonu ve DNA dizi analizi gibi yöntemlerle mikroorganizmalar genotipik olarak tanımlanmaya başlamıştır. Bu tekniklerle tür tanımlamaları da daha net hale gelmiştir. Bu sayede klinisyenlerin tedaviyi daha kesin bilgilerle planlaması sağlanmıştır. Rutin klinik mikrobiyoloji işlemlerinin bir parçası olmaya başlayan matriksle desteklenmiş lazer desorpsiyon/iyonizasyon uçuş zamanı kütle spektrometresi gibi yöntemler sayesinde idantifikasyonu çok uzun süren bakteriler bile saatler içerisinde tanımlanabilir hale gelmiştir. Bu derlemede, çevresel örneklerin, besinlerin ve farmasötik ürünlerin kontrolleri açısından da önemi büyük olan bu yöntemlerin özellikle klinik mikrobiyolojideki kullanımları üzerinde durulacaktır.

Bacteria are organisms that have interacted with human beings for centuries. In this interaction, some species of bacteria have found their place in human microbiota, and have taken useful and important roles. Despite their usefulness, bacteria that cause disease in humans have been responsible for the loss of thousands of people for centuries and even in the age we live. After the discovery of antibiotics and their coming into use, our success rate has increased in this struggle. Besides, it is crucial that the correct antibiotic is given to the patient immediately. In order to achieve this, rapid identification of the pathogen is required. Classical diagnostic methods include time-consuming and laborintensive procedures based on the cultivation and characterization of bacteria. Even though these processes are carried out close to the ideal, the time spent, leads to a delay in initiating therapy, increased morbidity, mortality and labor loss. Today's modern scientific world has enabled faster, more precise and specific identification of organisms through the development of different devices and approaches. By means of methods such as polymerase chain reaction and DNA sequence analysis, organisms can be identified genotypically. Moreover, with these techniques, species identification has become clearer. In this way, clinicians have been able to plan treatment with more accurate data. Methods such as matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry, which are gradually becoming a part of routine clinical microbiology procedures, made bacteria identifiable within hours, even those which used to take a long time to identify. This review will emphasize the use of these methods in clinical microbiology in particular, although it is certain that many of them will also have a great importance for the control of environmental samples, food and pharmaceutical products.