Yazar "Evran, Serap" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 36
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Akuakültürlerde balık sağlığını tehdit eden bakteriyel patojenlere spesifik litik bakteriyofajların izolasyonu morfolojik ve genomik karakterizasyonu(Ege Üniversitesi, 2022) Evran, Serap; Yaşa, İhsan; Eroğlu, Asiye Esra Eren; Allahyari, MaryamÜlkemizde su ürünleri yetiştiriciliği hızla gelişmekte olan bir üretim sektörüdür. Bununla birlikte, bakteriyel enfeksiyon hastalıkları kültür balıkçılığının en büyük sorunu haline gelmiştir. Bu durumun başlıca nedeni çoklu-ilaç dirençli patojen türlerin neden olduğu hastalıklar ve buna bağlı ekonomik kayıplardır. Sektörün balık sağlığı ve kalitesi üzerine yaşadığı endişeler bizleri bu konuda antibiyotiklere alternatif yöntemler aramaya yönlendirmiştir. Son zamanlarda antibiyotik kullanımına bir alternatif olarak, patojen bakterileri doğal düşmanları olan bakteriyofajlar kullanarak yok etmeye dayanan faj terapisi adı verilen yaklaşım üzerine yoğunlaşılmıştır. Kılıç Deniz Ürünleri A.Ş. Didim Kuluçkahane ve Adaptasyon Tesisi ve Ege Üniversitesi iş birliğinde gerçekleştirilen bu proje kapsamında, balık patojeni bakterilere spesifik litik bakteriyofajların izolasyonu ve karakterizasyonları gerçekleştirilmiştir. Ardından fajların antibakteriyel ajan olarak kullanım potansiyelleri bakteriyal inaktivasyon deneyleri ile değerlendirilmiştir. Sonuç olarak, balık patojenleri (V. ordalii, P. damselae, A. veronii) üzerinde litik etkisi kanıtlanan 13 bakteriyofaj izole edilmiştir. İzolatlardan 5 tanesi (PdF-15, IKEMvK, IKEMv14, AvF-5 ve AvF-6) hedef patojene karşı özgünlüğü ve bakteriyosidal etkisi nedeniyle faj terapi potansiyeli göstermiştir. Ayrıca AvF-6 faj genomuna spesifik tasarlanan prob-primer çifti ile qPCR uygulaması gerçekleştirilmiş ve faj titrelerinin doğru, tekrarlanabilir bir şekilde belirlenmesinin qPCR ile mümkün olduğu sonucuna ulaşılmıştır.;Akuakültür, bakteriyofaj terapisi, balık patojeni, qPCR.;Aquaculture, bacteriophage therapy, fish pathogen, qPCR.Öğe Asimetrik dimetilarginin (ADMA) aptamerlerinin geliştirilmesi ve aptamer temelli tayin kitinin tasarlanması(Ege Üniversitesi, 2019) Evran, SerapAsimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün kardiyovasküler hastalıklar gibi birçok patofizyolojik durumla ilişkili olduğu bilinmekte ve dolayısı ile bu moleküle ilişkin çalışmalar giderek artmaktadır. Hastalıkların tanı, tedavi ve tedavisinin izlenmesinde yeni bir yaklaşım olarak ADMA'nın tayini önem kazanmıştır. Ancak ADMA tayin yöntemleri kısıtlı ve yetersiz olduğu için yeni yöntemlere ihtiyaç vardır. Mevcut ADMA tayin yöntemlerinin yüksek maliyeti, uzun analiz süresi ve rutin analizlerde kullanılabilirliklerinin zor olması yeni yöntemlere ihtiyacı arttırmaktadır. Nükleik asit aptamerleri stabilite, kolay sentez ve maliyet gibi birçok özellikleri açısından antikorlara üstünlük sağlayan tek iplikli DNA veya RNA molekülleridir. Bu açıdan, ELISA'ya alternatifi kitlerin tasarlanması için aptamerler ideal moleküllerdir. Bu projede, biyobelirteç potansiyeline sahip bir aminoasit türevi olan asimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün tayinine yönelik yeni bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, proje kapsamında önce ADMA aptamerleri geliştirilmesi ve ardından floresans temelli tayin yönteminin tasarlanması hedeflenmiştir. Proje kapsamında SELEX yöntemi kullanılarak literatürde ilk kez ADMA aptameri geliştirilmiştir. İleriye yönelik bir kit tasarımı için farklı floresans temelli yöntemler karşılaştırılmıştır. Bu yöntemler arasında, 3' pozisyonundan FAM ile işaretlenmiş aptamerin floresans yanıt oluşturduğu belirlendi ve kit tasarımı için gerekli tayin yöntemi elde edildi.;Aptamer, Asimetrik Dimetilarginin (ADMA), SELEX.;Aptamers, Asymmetric Dimethylarginine (ADMA), SELEX.Öğe Bazı YopM-protein etkileşimlerinin floresans protein komplementasyon stratejisi ile incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2016) Uğurlu, Özge; Evran, Serapİnsanlar için patojen özellik gösteren sadece üç farklı Yersinia spp. bulunmaktadır: Y. pestis, Y. enterocolitica ve Y. pseudotuberculosis. Bu suşlar, konakçının fagositoz gibi bazı savunma mekanizmalarını inhibe etmektedir. Yersiniapatojen suşları, efektör proteinlerini salgılayarak konakçının immün sisteminden kaçabilmektedir. Yersinia efektör proteinleri tip III sekresyon sistemi aracılığıyla etkileşime geçilen hücrelere salgılanmaktadır. Bu efektör proteinlerden biri olan YopM, lösince zengin tekrar motiflerini içeren ve asidik bir proteindir. Bu proteinin hücre bariyerini aştığı, nükleusa ulaşabildiği ve protein transportunu sağladığı gösterilmiştir. Bu tez kapsamında, Yersinia spp. Tip III sekresyon sisteminin regülasyonunda görevli LcrV ve LcrG proteinleri ile YopM arasındaki protein-protein etkileşimi yeşil floresans proteininin (GFP) komplementasyonuna dayanan bir yöntem ile incelendi. N-terminal GFP fragmenti (1-157. amino asitler) ile LcrV veya LcrG proteinlerini kodlayan genler füzyon PCR ile birleştirildi. Benzer şekilde, C-terminal GFP (158-238. amino asitler) ve YopM geninden oluşan bir füzyon genfragmenti elde edildi. NGFP-LcrG (veya NGFPLcrV) ile YopM-CGFP kodlayan iki plazmidin E. coli hücresinde ko-transformasyonu gereçekleştirildi ve floresans görüntüleme yapıldı. Bunun yanında, füzyon proteini saflaştırıldı ve GFP floresans spektrumu incelendi. YopM ve LcrG proteinlerinin etkileşimi sonucu NGFP ve CGFP parçalarının komplementasyonu ile GFP floresansı oluşturduğu gözlendi. Bununla birlikte, YopM ve LcrV proteinleri için benzer bir GFP floresansı elde edilemedi.;Split-GFP, YopM, Tip III sekresyon sistemi, Yersinia spp.;split-GFP, YopM, Type III secretion system, Yersinia spp.Öğe Bimolecular fluorescence complementation assay to explore protein- protein interactions of the Yersinia virulence factor YopM(Academic Press Inc Elsevier Science, 2021) Ugurlu, Ozge; Evran, SerapYersinia outer protein M (YopM) is one of the effector proteins and essential for virulence. YopM is delivered by the Yersinia type III secretion system (T3SS) into the host cell, where it shows immunosuppressive effect through interaction with host proteins. Therefore, protein-protein interactions of YopM is significant to understand its molecular mechanism. In this study, we aimed to explore protein protein interactions of YopM with the two components of T3SS, namely LcrV and LcrG. We used bimolecular fluorescence complementation (BiFC) assay and monitored the reassembly of green fluorescence protein in Escherichia coli. As an indicator of the protein-protein interaction, we monitored the in vivo reconstitution of fluorescence by measuring fluorescence intensity and imaging the cells under fluorescence microscope. We showed, for the first time, that YopM interacts with LcrG, but not with LcrV. Here, we propose BiFC assay as a simple method to screen novel interaction partners of YopM. (c) 2021 Elsevier Inc. All rights reserved.Öğe Biyoteknolojik uygulamalarda kullanılan neopullulanaz enziminin termal ve kimyasal stabilitesinin arttırılması(Ege Üniversitesi, 2014) Evran, SerapBacillus stearothermophilus kaynaklı neopullulanaz (E.C. 3.2.1.135), Ü-1,4 ve Ü-1,6-glikozidik bağların hidrolizi veya Ü-1,4 ve Ü-1,6-glikozidik bağların oluşturulduğu transglikozilasyon reaksiyonlarını katalizleyebilen bir enzimdir. Nişasta ve deterjan endüstrilerinde yüksek kullanım potansiyeline sahip bir enzim olmasına rağmen, 60{486}C'den yüksek sıcaklıklarda ve oksidatif kimyasalların varlığında yüksek aktiviteye sahip değildir. Bu çalışmada, neopullulanazın termal ve kimyasal stabilitesinin rasyonel enzim dizaynı yoluyla arttırılması amaçlandı. Bölge-yönlendirilmiş mutajenez kullanılarak, enzim yüzeyindeki oyuklara hacimli yan gruplara sahip amino asitler yerleştirildi. Kimyasal stabilitenin arttırılması amacı ile metiyonin artığı oksidasyondan etkilenmeyen alanin ile değiştirildi. E.coli hücrelerinde rekombinant üretilen enzimler metal-şelat afinite kromatografisi kullanılarak saflaştırıldı. Mutant enzimlerin katalitik parametreleri ve stabilite özellikleri doğal enzim ile karşılaştırıldı. Diferansiyel tarama kalorimetrisi ve sirküler dikroizm ölçümleri ile amino asit değişimlerinin protein stabilitesi ve sekonder yapı üzerindeki etkileri incelendi. Val533Leu ve Ala416Ile değişimlerinin termal stabilite, Met475Ala değişiminin oksidatif stabilite özelliklerini geliştirdiği belirlendi.;Neopullulanase, enzyme engineering, stabilization of enzymes, rational design.;Neopullulanaz, enzim mühendisliği, enzim stabilizasyonu, rasyonel dizayn.Öğe A Bottom-Up Approach for Developing Aptasensors for Abused Drugs: Biosensors in Forensics(Mdpi, 2019) Aydindogan, Eda; Balaban, Simge; Evran, Serap; Coskunol, Hakan; Timur, SunaAptamer-based point-of-care (POC) diagnostics platforms may be of substantial benefit in forensic analysis as they provide rapid, sensitive, user-friendly, and selective analysis tools for detection. Aptasensors have not yet been adapted commercially. However, the significance of the applications of aptasensors in the literature exceeded their potential. Herein, in this review, a bottom-up approach is followed to describe the aptasensor development and application procedure, starting from the synthesis of the corresponding aptamer sequence for the selected analyte to creating a smart surface for the sensitive detection of the molecule of interest. Optical and electrochemical biosensing platforms, which are designed with aptamers as recognition molecules, detecting abused drugs are critically reviewed, and existing and possible applications of different designs are discussed. Several potential disciplines in which aptamer-based biosensing technology can be of greatest value, including forensic drug analysis and biological evidence, are then highlighted to encourage researchers to focus on developing aptasensors in these specific areas.Öğe The cell-penetrating YopM protein-functionalized quantum dot-plasmid DNA conjugate as a novel gene delivery vector(Academic Press Inc Elsevier Science, 2020) Ugurlu, Ozge; Barlas, Firat Baris; Evran, Serap; Timur, SunaNon-viral gene delivery systems have great potential for safe and efficient gene therapy, while inefficient cellular and nuclear uptake remain as the major hurdles. Novel approaches are needed to enhance the transfection efficiency of non-viral vectors. in accordance with this need, the objective of this study was to construct a nonviral vector that could achieve gene delivery without using additional lipid-based transfection agent. We aimed to impart self-delivery property to a non-viral vector by using the cell and nucleus penetrating properties of YopM proteins from the three Yersinia spp. (Y. pestis, Y. enterocolotica and Y. pseudotuberculosis). Plasmid DNA (pDNA) encoding green fluorescent protein (GFP) was labeled with quantum dots (QDs) via peptide-nucleic acid (PNA) recognition site. Recombinant YopM protein was then attached to the conjugate via a second PNA recognition site. the YopM- QDs- pDNA conjugate was transfected into HeLa cells without using additional transfection reagent. All three conjugates produced GFP fluorescence, indicating that the plasmid was successfully delivered to the nucleus. As control, naked pDNA was transfected into the cells by using a commercial transfection reagent. the Y. pseudotuberculosis YopM-functionalized conjugate achieved the highest GFP expression, compared to other two YopM proteins and the transfection reagent. To the best of our knowledge, YopM protein was used for the first time in a non-viral gene delivery vector.Öğe The Covalent Bioconjugate of Multiwalled Carbon Nanotube and Amino-Modified Linearized Plasmid DNA for Gene Delivery(Wiley, 2014) Geyik, Caner; Evran, Serap; Timur, Suna; Telefoncu, AzmiCarbon nanotubes (CNTs) are allotropes of carbon, which have unique physical, mechanical, and electronic properties. Among various biomedical applications, CNTs also attract interest as nonviral gene delivery systems. Functionalization of CNTs with cationic groups enables delivery of negatively charged DNA into cells. In contrast to this well-known strategy for DNA delivery, our approach included the covalent attachment of linearized plasmid DNA to carboxylated multiwalled CNTs (MWCNTs). Carboxyl groups were introduced onto MWCNTs by oxidative treatment, and then the carboxyl groups were activated by 1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl)carbodiimide (EDC). The whole pQE-70 vector including the gene encoding green fluorescent protein (GFP) was subjected to polymerase chain reaction (PCR) using the modified nucleotide N6-(6-Amino)hexyl-2-deoxyadenosine-5-triphosphate. Hence, free amino groups were introduced onto the linearized plasmid. Covalent bonding between the amino-modified plasmid DNA and the carboxylated MWCNTs was achieved via EDC chemistry. The resulting bioconjugate was successfully transformed into chemically competent Escherichia coli cells, without necessity of a heat-shock step at 42 degrees C. The presence of Ca2+ in transformation medium was required to neutralize the electrostatic repulsion between DNA and negatively charged outer layer of E. coli. The transformants, which were able to express GFP were inspected manually on ampicillin agar plates. Our study represents a novelty with respect to other noncovalent CNT gene delivery systems. Considering the interest for delivery of linear DNA fragments, our study could give insights into further studies. (c) 2013 American Institute of Chemical Engineers Biotechnol. Prog., 30:224-232, 2014Öğe D-Alloz tayini için genetik olarak kodlanmış Biyoluminesans Rezonans enerji Transferi (BRET) temelli biyosensör tasarlanması(Ege Üniversitesi, 2014) Telefoncu, Azmi; Evran, Serap; Özyurt, CananD-Allose, periplasmic ligand binding protein, bioluminescence resonance energy transfer (BRET), biosensor.;D-Alloz doğada nadir olarak bulunan bir şekerdir ve metabolik etkileri nedeniyle son birkaç yıldır ilgi çekmektedir. Antitümör, antienflamatuvar, antihipertansif, immün baskılayıcı ve antioksidan aktiviteleri de dahil olmak üzere pek çok farmasötik etkisi olduğu gösterilmiştir. D-allozun in vitro tayini için enzimatik reaksiyonlara dayanan iki yöntem geliştirilmiştir. Ancak terapötik etkinliğinin ve hücre içindeki lokalizasyonunun gerçek zamanlı olarak belirlenmesi için, in vivo tayine imkan veren sistemlerin geliştirilmesi gerekir. FRET veya BRET temelli genetik kodlanmış sensör sistemleri in vivo tayinlerde kullanılan önemli araçlardır. BRET sisteminde, donör (lusiferaz) ve akseptör (floresans protein) proteinler arasına, hedef metaboliti tanıyan bir protein (örneğin periplazmik ligand bağlayıcı protein) klonlanabilir. Metabolitin tanıyıcı proteine spesifik olarak bağlanması sonucu meydana gelen konformasyon değişimi, donör ve akseptör proteinleri birbirine yaklaştırır. Bu sayede enerji donörden akseptöre transfer edilir ve uyarılan floresans protein, belli bir dalga boyunda emisyon gösterir. Bu sinyal yoluyla dedeksiyon mümkün olur. Proje kapsamında, genetik olarak kodlanmış biyoluminesans rezonans enerji transferi (BRET) temelli biyosensör sistemi geliştirilmesi ve bu biyosensörün D-allozun in vitro tayini için optimizasyonu hedeflendi. E.coli D-alloz bağlayan proteinin N- ve C- terminaline lusiferaz ile floresans protein yerleştirildi. Dört farklı BRET sistemi tasarlandı ve özellikleri karşılaştırıldı. Renilla lusiferazın (Rluc), alloz bağlayıcı proteinin (ABP) N-terminalinde ve sarı floresans proteinin (YFP) C-terminalinde konumlandırıldığı biyosensör protein kullanılarak 0.1-10 nM aralığında kantitatif D-alloz tayini gerçekleştirilebileceği ve bu aralıkta D-riboz ile D-glukozun biyoluminesans sinyali üzerinde girişim yapmadığı sonuçlarına ulaşıldı.;D-Alloz, periplazmik ligand bağlayıcı protein, biyoluminesans rezonans enerji transferi (BRET), biyosensör.Öğe Deacetylation of Histones and Non-histone Proteins in Inflammatory Diseases and Cancer Therapeutic Potential of Histone Deacetylase Inhibitors(Bentham Science Publ Ltd, 2023) Man, Ezgi; Evran, SerapEpigenetic changes play an important role in the pathophysiology of autoimmune diseases such as allergic asthma, multiple sclerosis, lung diseases, diabetes, cystic fibrosis, atherosclerosis, rheumatoid arthritis, and COVID-19. There are three main classes of epigenetic alterations: post-translational modifications of histone proteins, control by non-coding RNA and DNA methylation. Since histone modifications can directly affect chromatin structure and accessibility, they can regulate gene expression levels. Abnormal expression and activity of histone deacetylases (HDACs) have been reported in immune mediated diseases. Increased acetylated levels of lysine residues have been suggested to be related to the overexpression of inflammatory genes. This review focuses on the effect of HDAC modifications on histone and non-histone proteins in autoimmune diseases. Furthermore, we discuss the potential therapeutic effect of HDAC inhibitors (HDACi) used in these diseases.Öğe Detection strategies of infectious diseases via peptide-based electrochemical biosensors(Elsevier Science Sa, 2024) Hanoglu, Simge Balaban; Harmanci, Duygu; Evran, Serap; Timur, SunaInfectious diseases have threatened human life for as long as humankind has existed. One of the most crucial aspects of fighting against these infections is diagnosis to prevent disease spread. However, traditional diagnostic methods prove insufficient and time-consuming in the face of a pandemic. Therefore, studies focusing on detecting viruses causing these diseases have increased, with a particular emphasis on developing rapid, accurate, specific, user-friendly, and portable electrochemical biosensor systems. Peptides are used integral components in biosensor fabrication for several reasons, including various and adaptable synthesis protocols, long-term stability, and specificity. Here, we discuss peptide-based electrochemical biosensor systems that have been developed over the last decade for the detection of infectious diseases. In contrast to other reports on peptidebased biosensors, we have emphasized the following points i) the synthesis methods of peptides for biosensor applications, ii) biosensor fabrication approaches of peptide-based electrochemical biosensor systems, iii) the comparison of electrochemical biosensors with other peptide-based biosensor systems and the advantages and limitations of electrochemical biosensors, iv) the pros and cons of peptides compared to other biorecognition molecules in the detection of infectious diseases, v) different perspectives for future studies with the shortcomings of the systems developed in the past decade.Öğe Development of a novel fluorescent protein construct by genetically fusing green fluorescent protein to the N-terminal of aspartate dehydrogenase(Wiley, 2013) Ozyurt, Canan; Evran, Serap; Telefoncu, AzmiWe developed a fluorescent protein construct by genetically fusing green fluorescent protein (GFP) to aspartate dehydrogenase from Thermotoga maritima. The fusion protein was cloned, heterologously expressed in Escherichia coli cells, and purified by Ni-chelate affinity chromatography. It was then introduced into a measurement cuvette to monitor its fluorescence signal. Aspartate dehydrogenase functioned as the biorecognition element, and aspartate-induced conformational change was converted to a fluorescence signal by GFP. The recombinant protein responded to l-aspartate (l-Asp) linearly within the concentration range of 1-50mM, and it was capable of giving a fluorescence signal in 1Min. Although a linear response was also observed for l-Glu, the fluorescence signal was 2.7 times lower than that observed for l-Asp. In the present study, we describe two novelties: development of a genetically encoded fluorescent protein construct for monitoring of l-Asp in vitro, and employment of aspartate dehydrogenase scaffold as a biorecognition element. A few genetically encoded amino-acid biosensors have been described in the literature, but to our knowledge, a protein has not been constructed solely for determination of l-Asp. Periplasmic ligand binding proteins offer high binding affinity in the micromolar range, and they are frequently used as biorecognition elements. Instead of choosing a periplasmic l-Asp binding protein, we attempted to use the substrate specificity of aspartate dehydrogenase enzyme.Öğe DEVELOPMENT OF GENETICALLY ENCODED FLUORESCENT PROTEIN CONSTRUCTS OF HYPERTHERMOPHILIC MALTOSE-BINDING PROTEIN(Taylor & Francis Inc, 2014) Ozyurt, Canan; Evran, Serap; Telefoncu, AzmiCircularly permuted green fluorescent protein (cGFP) was inserted into the hyperthermophilic maltose binding protein at two different locations. cGFP was inserted between amino acid residues 206 and 207, or fused to the N-terminal of maltose binding protein from Thermotoga maritima. The cloned DNA constructs were expressed in Escherichia coli cells, and purified by metal chelate affinity chromatography. Conformational change upon ligand binding was monitored by the increase in fluorescence intensity. Both of the fusion proteins developed significant fluorescence change at 0.5mM maltose concentration, whereas their maltose binding affinities and optimum incubation times were different. Fluorescent biosensors based on mesophilic maltose binding proteins have been described in the literature, but there is a growing interest in biosensors based on thermostable proteins. Therefore, the developed protein constructs could be models for thermophilic protein-based fluorescent biosensors.Öğe A highly sensitive DNA aptamer-based fluorescence assay for sarcosine detection down to picomolar levels(Elsevier Science Bv, 2019) Ozyurt, Canan; Canbay, Zeynep Celik; Dinckaya, Erhan; Evran, SerapSarcosine is an amino acid derivative, which is considered as a key metabolite in various metabolic processes. Therefore, simple and sensitive detection methods are needed for further understanding its metabolic role and diagnostic value. In this study, we developed a novel method that meets the need for practical and sensitive detection in a complex medium mimicking urine conditions. For this aim, we selected sarcosine-specific DNA aptamers using graphene oxide-assisted systemic evolution of ligands by exponential enrichment (GO-SELEX). The candidate aptamers were labeled with 6-carboxyfluorescein (6-FAM) at their 5' ends. Two aptamers, namely 9S and 13S produced a significant fluorescence signal upon sarcosine binding. Both aptamers enabled a sensitive analysis with a detection limit of 0.5 pM. The linear detection ranged between 5 pM and 50 mu M for 9S aptamer, while 13S aptamer enabled a wider linear detection range between 5 pM and 500 mu M. The aptamer-based assay allowed rapid detection with no need for chemical derivatization of sarcosine and sophisticated instruments. Moreover, the aptamer-based assay was free of interference from urea and human serum albumin. (C) 2019 Elsevier B.V. All rights reserved.Öğe Improving thermal and detergent stability of Bacillus stearothermophilus neopullulanase by rational enzyme design(Oxford Univ Press, 2015) Ece, Selin; Evran, Serap; Janda, Jan-Oliver; Merkl, Rainer; Sterner, ReinhardNeopullulanase, a glycosyl hydrolase from Bacillus stearothermophilus (bsNpl), is a potentially valuable enzyme for starch and detergent industries. However, as the protein is not active at elevated temperatures and high surfactant concentrations, we aimed to increase its stability by rational enzyme design. Nine potentially destabilizing cavities were identified in the crystal structure of the enzyme. Based on computational predictions, these cavities were filled by residues with bulkier side chains. The five Asp46Glu, Val239Leu, Val404Leu, Ser407Thr and Ala566Leu exchanges resulted in a drastic stabilization of bsNpl against inactivation by heat and detergents. The catalytic activity of the variants was identical to the wild-type enzyme.Öğe Improving thermal and detergent stability of Bacillus stearothermophilus neopullulanase by rational enzyme design(Oxford Univ Press, 2015) Ece, Selin; Evran, Serap; Janda, Jan-Oliver; Merkl, Rainer; Sterner, ReinhardNeopullulanase, a glycosyl hydrolase from Bacillus stearothermophilus (bsNpl), is a potentially valuable enzyme for starch and detergent industries. However, as the protein is not active at elevated temperatures and high surfactant concentrations, we aimed to increase its stability by rational enzyme design. Nine potentially destabilizing cavities were identified in the crystal structure of the enzyme. Based on computational predictions, these cavities were filled by residues with bulkier side chains. The five Asp46Glu, Val239Leu, Val404Leu, Ser407Thr and Ala566Leu exchanges resulted in a drastic stabilization of bsNpl against inactivation by heat and detergents. The catalytic activity of the variants was identical to the wild-type enzyme.Öğe Improving thermal and detergent stability of Bacillus stearothermophilus neopullulanase by rational enzyme design(Oxford Univ Press, 2015) Ece, Selin; Evran, Serap; Janda, Jan-Oliver; Merkl, Rainer; Sterner, ReinhardNeopullulanase, a glycosyl hydrolase from Bacillus stearothermophilus (bsNpl), is a potentially valuable enzyme for starch and detergent industries. However, as the protein is not active at elevated temperatures and high surfactant concentrations, we aimed to increase its stability by rational enzyme design. Nine potentially destabilizing cavities were identified in the crystal structure of the enzyme. Based on computational predictions, these cavities were filled by residues with bulkier side chains. The five Asp46Glu, Val239Leu, Val404Leu, Ser407Thr and Ala566Leu exchanges resulted in a drastic stabilization of bsNpl against inactivation by heat and detergents. The catalytic activity of the variants was identical to the wild-type enzyme.Öğe Isolation and Immobilization of His-Tagged Alcohol Dehydrogenase on Magnetic Nanoparticles in One Step: Application as Biosensor Platform(Taylor & Francis Inc, 2014) Guldu, Ozge Kozgus; Ece, Selin; Evran, Serap; Medine, E. Ilker; Demirkol, Dilek Odaci; Unak, Perihan; Timur, SunaHis-tagged Alcohol dehydrogenase was produced as a recombinant protein in E. coli. Afterwards, isolation and immobilization of the enzyme was carried in one-step via copper modified magnetic nanoparticles (MNPs) by the effect of interactions between Cu and histidine. The resulting enzyme bound MNPs was then attached to the surface of carbon paste electrode by the magnetic force and used as an electrochemical biosensor for the alcohol sensing applications.Öğe Klinik açıdan önemli bakteriyal ve fungal patojenlerin DNAsının tayinine yönelik nano-polimeraz zincir reaksiyonu (nano-PCR) temelli yöntemlerin geliştirilmesi(Ege Üniversitesi, 2019) Evran, SerapMultipleks PCR, aynı anda çok sayıda hedef genin amplifikasyonuna imkan veren ve bu nedenle standart PCR'a kıyasla daha pratik ve hızlı bir yöntemdir. Nano-PCR, geleneksel PCR'a alternatif olarak DNA amplifikasyonunu daha etkin, spesifik ve hassas bir biçimde gerçekleştirmeyi hedefleyen bir yöntemdir. Bu nedenle, DNA analizlerinde daha etkin bir araç olarak kullanım potansiyeli taşımaktadır. Bu proje kapsamında, AuNP nanopartikülleri kullanılarak, klinik açıdan kritik öneme sahip patojen genomik DNA'larının (gDNA) nano- PCR ile tayini çalışmaları gerçekleştirilmiştir. Bu patojen bakteri ve fungusları tanımlamada kullanılan geleneksel metotlara alternatif olarak, altın nanopartikül (AuNP) gibi nanomalzemelerin fizikokimyasal özelliklerinden yararlanılması ve Nano- PCR yönteminin geliştirilmesi amaçlanmıştır. Patojen mikroorganizmaların genomik DNA'larının, nanopartiküllerin bu özelliğinden yararlanılarak diğer yöntemlere kıyasla daha güvenilir, daha hassas ve spesifik tayininin sağlanması hedeflenmiştir.;Nano-PCR, Patojen Tayini, Genomik DNA.;Nano-PCR, Pathogen Detection, Genomic DNA.Öğe MerR-fluorescent protein chimera biosensor for fast and sensitive detection of Hg2+ in drinking water(Wiley, 2019) Ozyurt, Canan; Ustukarci, Handan; Evran, Serap; Telefoncu, AzmiMercury ion (Hg2+) is a universal pollutant and its detection is crucial for public healthcare. in this study, we developed a novel fluorescent biosensor by construction of a protein fusion between the mercury-sensing transcription factor MerR and enhanced yellow fluorescent protein (EYFP). Hg2+-induced conformational change of MerR was transduced into fluorescence signal. Fluorescence intensity of the biosensor protein decreased with increasing concentrations of Hg2+ and a linear response was obtained in the range of 0.5-40 nM. the limit of detection was 0.5 nM, which was much lower than the maximum allowed level in water. the biosensor specificity was highly dependent on type and concentration of metal ion. the biosensor exhibited high specificity in a mixture of metal ions at 0.5 nM concentration. However, the interference effect was more pronounced at 40 nM concentration of metal ions. the measurement was completed in less than 1 Min with no need for sample preparation or preincubation steps. the biosensor achieved accurate and reliable detection in the spiked drinking water sample, as validated by the inductively coupled plasma optical emission spectrometry.
