Yazar "İzzetoğlu, Savaş" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 11 / 11
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe BİYOLOJİ BÖLÜMÜ LİSANSÜSTÜ ÖĞRENCİLERİNDE BİLİMSEL ETİK VE DÜRÜSTLÜK ALGISI(2018) Üçüncü, Sema İşisağ; Gökçe, Burak; Kıran, Mustafa; İzzetoğlu, Savaş; Uzilday, BarışBiyolojik bilimlerde son yıllarda izlenen büyük gelişim uzantısında biyoetik konusunda da yeni yaklaşımlara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu yaklaşımlardan biri, biyoloji lisansüstü öğrencilerine biyoetik hakkında ders verilmesinin zorunlu olmasıdır. Ba araştırmada Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü lisansüstü öğrencileri için zorunlu olan Bilimsel Yöntem ve Bilimsel Etik (BYBE) dersinin yapısını ve öğretim tekniğini geliştirmek amacıyla öğrenci geribildirimleri toplanarak değerlendirilmiştir. Hepsi gönüllü olan 87 lisansüstü öğrencisine 25 soru içeren geribildirim formu yöneltilmiştir. Öğrencilerin etik ihlali farkındalıkları, bu farkındalıklarının kaynağı, lisans ve lisansüstü dönemde kendilerinin yaptığı etik ihlalleri ile etiğe aykırı davranışlara tanıklıkları hakkındaki veriler SPSS paket programı kullanılarak analiz edilmiştir. Veriler, öğrencilerin en çok bildiği etik ihlalinin intihal değil sahtecilik ve uydurmacılık olduğunu göstermiştir. Hakkında en az bilgi olan etiğe aykırı davranış ise dilimlenmiş yayındır. Öğrencilerin etik farkındalık için yararlandıkları ilk kaynak kendi danışmanları değil, diğer akademisyenlerdir. Kendi arkadaşları da ilginç bir biçimde esas kaynaklardan biri olarak kaydedilmiştir, sırada yer almaktadır. bilimsel toplantılar ise son Lisans öğrenimleri boyunca bilimsel etikle yakından ilgili iki zorunlu ders almış olmalarına rağmen, katılımcıların büyük çoğunluğu diploma tezlerinde başta intihal olmak üzere etik ihlalleri yapmıştır. Katılımcılar, lisans ve lisansüstü öğrenimleri süresinde bir ya da daha çok etiğe aykırı davranışa tanık olduklarını bildirmişlerdir. Ayrıca bu aykırılıkların akademisyenler tarafından yapıldığını da kaydetmişlerdir. Öğrenciler ile akademisyenlerin etik algılarının örtüşmediği açıktır. Lisans döneminde bilimsel etikle bağlantılı olarak verilen zorunlu dersler, algıyı içselleştirmede yeterince etkin değildir. Tez yöneticilerinin etik anlamda yol gösterici olma rolleri kesinlikle yeniden gözden geçirilmelidir. BYBE dersinin içeriği ve değerlendirme yöntemleri bu sonuçlara göre yeniden tasarlanmış ve düzenlenmiştir.Öğe Biyoloji Bölümü Lisansüstü Öğrencilerinde Bilimsel Etik ve Dürüstlük Algısı(2018) Üçüncü, Sema İşisağ; Gökçe, Burak; Kıran, Mustafa; İzzetoğlu, Savaş; Uzilday, BarışBiyolojik bilimlerde son yıllarda izlenen büyük gelişim uzantısında biyoetik konusunda da yeni yaklaşımlara ihtiyaç duyulmaktadır. Bu yaklaşımlardan biri, biyoloji lisansüstü öğrencilerine biyoetik hakkında ders verilmesinin zorunlu olmasıdır. Ba araştırmada Ege Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü lisansüstü öğrencileri için zorunlu olan Bilimsel Yöntem ve Bilimsel Etik (BYBE) dersinin yapısını ve öğretim tekniğini geliştirmek amacıyla öğrenci geribildirimleri toplanarak değerlendirilmiştir. Hepsi gönüllü olan 87 lisansüstü öğrencisine 25 soru içeren geribildirim formu yöneltilmiştir. Öğrencilerin etik ihlali farkındalıkları, bu farkındalıklarının kaynağı, lisans ve lisansüstü dönemde kendilerinin yaptığı etik ihlalleri ile etiğe aykırı davranışlara tanıklıkları hakkındaki veriler SPSS paket programı kullanılarak analiz edilmiştir. Veriler, öğrencilerin en çok bildiği etik ihlalinin intihal değil sahtecilik ve uydurmacılık olduğunu göstermiştir. Hakkında en az bilgi olan etiğe aykırı davranış ise dilimlenmiş yayındır. Öğrencilerin etik farkındalık için yararlandıkları ilk kaynak kendi danışmanları değil, diğer akademisyenlerdir. Kendi arkadaşları da ilginç bir biçimde esas kaynaklardan biri olarak kaydedilmiştir, sırada yer almaktadır. bilimsel toplantılar ise son Lisans öğrenimleri boyunca bilimsel etikle yakından ilgili iki zorunlu ders almış olmalarına rağmen, katılımcıların büyük çoğunluğu diploma tezlerinde başta intihal olmak üzere etik ihlalleri yapmıştır. Katılımcılar, lisans ve lisansüstü öğrenimleri süresinde bir ya da daha çok etiğe aykırı davranışa tanık olduklarını bildirmişlerdir. Ayrıca bu aykırılıkların akademisyenler tarafından yapıldığını da kaydetmişlerdir. Öğrenciler ile akademisyenlerin etik algılarının örtüşmediği açıktır. Lisans döneminde bilimsel etikle bağlantılı olarak verilen zorunlu dersler, algıyı içselleştirmede yeterince etkin değildir. Tez yöneticilerinin etik anlamda yol gösterici olma rolleri kesinlikle yeniden gözden geçirilmelidir. BYBE dersinin içeriği ve değerlendirme yöntemleri bu sonuçlara göre yeniden tasarlanmış ve düzenlenmiştir.Öğe Bombyx mori (Lepidoptera)'nın dorsal damar ile ilişkili yeni hematopoietik organından salınan farklılaşmamış hemositler ile dolaşımdaki farklılaşmış hemositlerin in vitro koşullarda sialik asit içeriklerinin optik ve analitik yöntemlerle karşılaştırılması(Ege Üniversitesi, 2011) İzzetoğlu, Savaş; İzzetoğlu, SavaşBu çalışmada, Bombyx mori (Lepidoptera) hemositlerinin (kan hücresi) gelişme sürecinde, dolaşımda bulunan farklılaşmış olgun hemositlerdeki sialik asitler ile hematopoietik organda (HPO) bulunan farklılaşmamış hemositlerdeki sialik asit içerikleri belirlenmiştir. Optik olarak, floresans mikroskop ile hemositlerin glikokonjugatlarõnda bulunan sialik asit tiplerinin bağlanma durumu FITC işaretlenmiş lektinler (MAA-Maackia amurensis aglutinin-Ü2,3 bağlı sialik asitlere özgün, SNA- Sambucus nigra aglutinin-Ü2,6 bağlı sialik asitlere özgün ve LFA- Limax flavus aglutinin-sialik asitlerin tüm bağlarına özgün) kullanılarak bakılmıştır. Ü2,3 bağlı sialik asit (Neu5AcÜ2,3Gal?1,4GlcNAc) ile Ü2,6 bağlı sialik asit (Neu5AcÜ2,6Gal/GalNAc) HPO'da gözlenmişken, yalnız Ü2,3 bağlı sialik asit (Neu5AcÜ2,3Gal?1,4GlcNAc) hemolenfte dolaşan farklılaşmış hemositlerde bulunduğu gösterilmiştir. Analitik olarak, hemositlerden asit hidrolizi ile izole edilen sialik asitler DMB (2-diamino-4,5-methylenediaoxy-benzene dihydrochloride) ile türevlendirilerek CapLC-ESIMS/ MS (Kapiller sıvı kromatografisi-elektrosprey iyonizasyon-sıralı kütle spektroskopisi) sistemi ile belirlenmiştir. Sialik asit tiplerinin doğruluğu için, sığır çene altı bezinden izole edilen musin salgısı (birçok sialik asit tiplerini içerir) standart olarak kullanılmıştır. Dokuz farklı sialik asit (Neu5Ac, Neu5,9Ac2, Neu5,7,9Ac3, Neu9Ac5Gc, Neu5,7Ac2, Neu5Gc, Neu7,9Ac25Gc, Neu5,8,9Ac3, Neu5,8Ac2) olgun-farklılaşmış hemositlerde, sekiz tip sialik asit (Neu5Ac, Neu5,9Ac2, Neu5,7,9Ac3, Neu9Ac5Gc, Neu5,7Ac2, Neu5Gc, Neu7,9Ac25Gc, Neu5,8Ac2) HPO'da belirlenmiştir. Dolaşımdaki farklılaşmış hemositlerde miktar bakımından en bol bulunan sialik asit, Neu5Ac ve onun asetillenmiş tipleri Neu5,9Ac2, Neu5,7Ac2 ve Neu5,7,9Ac3'dir. Bu sonuçlar, hemositlerin gelişimi sırasında sialik asidin asetilasyonu, farklılaşmanın yeni bir işaretleyici molekülü olabilirliğini göstermektedir. Ayrıca bu sonuçlar böceklerde sialik asit bulunduğuna dair ek bir kanıt olmuştur.;Sialic Acid, Hematopoietic Organ, Hemocyte, Fluorescent Microscopy, Lectins, CapLC-ESI-MS/MS, Bombyx mori (Lepidoptrea), Insect.;Sialik Asit, Hematopoietik Organ, Hemosit, Floresan Mikroskobu, Lektinler, CapLC-ESI-MS/MS, Bombyx mori (Lepidoptrea), Böcek.Öğe Bombyx Mori'nin yeni hemapoietik organında Neu5Ac(α2,3)Gal{461}1,4GlcNAc, Neu5Ac(α2,6)Gal/GalNAc, Gal{461}1,3GalNAc ve GalNAc şekerlerin altın işaretli lektinlerele belirlenmesi(Ege Üniversitesi, 2006) İzzetoğlu, Savaş; Karaçalı, SabireBu çalışmada son larval evre Bombyx moriʼde (Lepidoptera) konumu ilk defa belirlenen dorsal damar ile ilişkili hemapoietik organda (DDHPO) salgı loplarının sitolojik yapısı ve lektin işaretleme yöntemiyle Neu5Ac(α2,3)Gal{461}1,4GlcNAc, Neu5Ac(α2,6)Gal/GalNAc ile Galaktoz (Gal) ve N-asetilgalaktozamin (GalNAc) şekerlerinin dağılışı çalışılmıştır. Işık ve elektron mikroskobu incelemeleri için örnekler, rutenyum kırmızısı içeren veya içermeyen Karnovsky solüsyonunda tespit edilerek rutin işlemlerden sonra Epon 812ʼye gömülmüştür. Dokulardan alınan 1μmʼluk kesitler ışık mikroskobu incelemeleri, 100 Aoʼlük kesitler de elektron mikroskobu incelemeleri için kullanılmıştır. Hücre içi şekerlerin dağılışı, -35oCʼde Lowicryl HM20ʼye gömülmüş reçineden gridlere alınan ince kesitlere altın bağlı lektinle işaretlenme yapıldıktan sonra elektron mikroskobunda incelenmiştir. Maackia amurensis (MAA) Neu5Acα2,3Gal{461}1,4GlcNAc dizisini, Sambucus nigra (SNA) Neu5Acα2,6Gal/GalNAc sırasını, Limulus polyphemus (LPA) lektini tüm glikozit bağlarla bağlı Neu5Acʼleri Arachis hypogea (PNA) Gal{461}1,3GalNAc sırasını ve Helix pomatia (HPA) GalNAc>Gal belirlemeleri için kullanılan lektinlerdir. Doku kültür ortamında DDHPOʼdan esas olarak plazmatositler ve prohemositler ile az miktarda granulositler salınır. Kalın bir bazal tabaka ile örtülü olan DDHPO hücreleri arasında sinsiyal, bölmeli, yanaşık ve fibrilli gelişmiş desmosomlar gözlenmiştir. Yoğun salgı aktivitesi gösteren hücrelerde morfolojik olarak farklı dört tip granül ayırt edilmiştir. α2,3- ve α2,6-bağlı sialik asitler bazal tabakada salgı hücrelerinin zarlarında, sitosölde, ve nukleus kılıfı ile nukleus plazmasında, heterokromatin ve ökromatinde bulunmaktadır. α2,6-bağlı sialik asitler hem hücreler arası sahada hem de sitosölde daha fazla bulunmuştur. α2,3-bağlı sialik asitler ise salgı granüllerinde α2,6ʼya göre daha çok yer almıştır. Galaktoz hücre zarında, sitosölde, nukleus kılıfı dış zarında ve nukleus plazmasında bulunmuştur. Salgı granüllerinde az miktarda yer almaktadır. GalNAc DDHPOʼda hücre zarı, bazal tabaka, hücreler arası alanlar, sitosöl, granüllü endoplazmik retikulum zarları veya keseleri, salgı granülleri, nuklues kılıfı ve nuklues plazmasında en fazla bulunan şekerdir. Sonuç olarak, DDHPOʼnun salgı hücreleri Neu5Ac(α2,3)Gal{461}1,4GlcNAc ve Neu5Ac(α2,6)Gal/GalNAc oligosakkaritleri şeklinde iki farklı glikozit bağla bağlanan sialik asitler ile galaktoz ve N-asetilgalaktozamin şekerleri içermektedir.Öğe Bpmbyx Mori'nin yeni hemapoietik organında Neu5Ac(Ü2,3)Gal?1,4GlcNAc, Neu5Ac(Ü2,6)Gal/GalNAc, Gal?1,3GalNAc ve GalNAc şekerlerin altın işaretli lektinlerle belirlenmesi(Ege Üniversitesi, 2006) İzzetoğlu, Savaş; Karaçalı, Sabire[Abstract Not Available]Öğe Deniz kestanesinde (Paracentrotus Lividus) Neu5ac ve KDN tip sialik asitlerin sentezlerinden sorumlu Sia-9-P sentaz (SPS) enziminin karakterizasyonu ve ekspresyonu(Ege Üniversitesi, 2020) İzzetoğlu, Savaş; Bektaş, Öyküm KırsoyEchinodermler yaşamlarını sürdürebilmek için potansiyel bir bağışıklık sistemine sahiptirler. Echinodermlerin hücresel savunma sistemleri vücut sıvısında serbest dolaşan kan hücrelerine (sölomositler) ve bu hücrelerin üretildiği, farklılaştığı ve depolandığı hematopoietik (aksiyal) organlara dayanır. Bu sistemin dayanağı kendinden olan ile olmayanı ayırmasıdır. Mevcut çalışmada öncelikle henüz genom çalışmaları tamamlanmamış olan P. lividus transkriptom verileri analiz edilmiş ve bu mekanizmalarda önemli rolü olan ve hücrelerdeki glikokonjugatların en uç noktasında bulunan sialik asitlerin (Neu5Ac ve KDN) sentezinde görev alan gen bölgeleri S. purpuratus genomundan yararlanılarak biyoenformatik olarak tanımlanmıştır. Bu gen bölgeleri KDN sentezinden sorumlu bifonksiyonel enzim NANS ile Neu5Gc tip sialik asidin sentezlenmesinden sorumlu olan CMAH enzimlerinin (sırasıyla Nans ve Cmah gen bölgeleri) sentezlenmesinden sorumludur. Daha sonra, P. lividus örneklerinden elde edilen total RNA izolatlarında bu ilgili gen bölgeleri için RT-PZR yöntemi ile Nans ve Cmah genlerinin ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Ayrıca, CapLC-ESI/MS-MS analizi ile de bu örneklerde mevcut bulunan sialik asitlerin miktar ve tip tayinleri yapılmıştır. Çalışma sonunda, RT-PZR ile tespit edilen gen expresyon seviyeleri ile CapLC-ESI/MSMS analizi sonucunda elde edilen sialik asit tip ve miktar tayinlerinin korelasyon içinde olduğu tespit edilmiştir. Bu analizlerden farklı olarak, ek bir analiz daha yapılmıştır. P. lividus için embriyonik dönemde saat bazında litetürde mevcut bulunan transkriptom verileri üzerinden Nans ve Cmah genlerinin izoformları ekpresyon seviyelerini belirlemek üzere filtrelenmiş, bu genlerin farklı embriyonik dönemdeki ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Yapılan bu çalışmalar sonucunda, P. lividus'ta ilk defa KDN tespit edilmiş olup, NANS enziminin KDN ve Neu5Ac için bifonksiyonel olarak çalıştığına yönelik bulgu elde edilmiştir. Neu5Gc ve türevlerinin axial organa göre sölomositlerde daha yüksek gözlenmesinden dolayı bağışıklık sisteminde daha aktif rol aldıkları düşünülmüştür. En önemlisi, bu çalışma ile ilk defa P. lividus için Nans ve Cmah gen izoformları biyoenformatik araçlarla tespit edilmiştir.;Denizkestanesi, Paracentrotus lividus, Sialik Asitler, Neu5Ac, Neu5Gc, Sialik Asit Sentaz (Sas), KDN, RT-PCR, LC-MS.;Sea Urchin, Paracentrotus lividus, Sialic Acids, Neu5Ac, Neu5Gc, Sialic Acid Synthase (Sas), KDN, RT-PCR, LC-MSÖğe Denizkestanesi, Paracentrotus Lividus'un kan hücre tiplerinin (Coelomositler) morfolojisi ile kan hücresinde sialik asit tip, miktar, dağılım ve bağ özelliklerinin analitik (CapLC-ESI/MS-MS sistemi) ve mikroskobik (floresan ve transmisyon elektron mikroskop) yöntemlerle belirlenmesi(Ege Üniversitesi, 2013) Deveci, Remziye; İzzetoğlu, SavaşEchinodermler (derisi dikenliler) yaşamlarını sürdürebilmek için potansiyel bir bağışıklık sistemine sahiptirler ve hücresel savunma sistemleri vücut sıvısında serbest dolaşan kan hücrelerine (sölomositlere) dayanır. Bağışıklık sisteminde temel mekanizma bağışıklık sistem hücrelerinin patojenleri ve parazitleri tanıyıp tutunarak onları yok etmesidir. Bu sistem kendinden olanla kendinden olmayanı ayırabilir. Bu olayları hücrelerde bulunan glikolipitlerin, glikoproteinlerin ve proteoglikanların kısaca glikokonjugatların yapısındaki şeker birimleri (özellikle sialik asit) ve üzerinde taşıdıkları ek gruplar belirler. Hücreler arası çeşitli ilişkilerin kurulmasında sialik asitlerin kimyasal formu, bağlanma tipi ve oligosakkarit zincirde en uçta bulunması önemli rol oynar. Bu bilgiler ışığında projenin ilk amacı; değişken morfolojik özellikleri nedeniyle ortak bir isimlendirme ve tiplendirme henüz yapılmamış ve ince yapısı ile ilgili de çalışma bulunmayan Paracentrotus lividus türü denizkestanesi kan hücrelerinin ışık ve transmisyon elektron mikroskobu düzeyinde incelenerek kan hücre tiplerinin morfolojik yapısı ve ayırt edici özelliklerinin tanımlanmasıdır. İkinci olarak; sialik asitlerin tip, miktar, dağılım ve bağ özelliğinin analitik (CapLC-ESI-MS/MS) ve mikroskobik (floresan ve transmisyon elektron mikroskobu) yöntemlerle belirlenmesidir. Daha önce bilinen sölomosit tiplerine ek olarak yeni üç farklı hücre tipi, ışık ve transmisyon elektron mikroskobu ile belirlenmiştir. Bunlar; 1. Çok sayıda ve büyüklükte salgı granülleri içeren hücreler "granüllü hücreler", 2. İnce sitoplazmayla çevrelenmiş iri nükleuslu küçük hücreler lenfositlerle benzerlikleri nedeniyle "lenfosit benzeri hücreler", 3. Farklı boyutlarda vakuoller içermeleri nedeniyle "vakuollü hücreler" olarak adlandırılmıştır. Kan hücrelerinden asit hidrolizi ile izole edilen sialik asitlerin tip ve miktarlarının belirlenmesi için DMB ile türevlendirilerek CapLC-ESI-MS/MS sistemi ile analiz edilmiş ve 10 farklı sialik asit tipi ilk kez bu çalışma ile belirlenmiştir. Bu sialik asit tipleri; Neu5Ac, Neu5Gc, Neu5Gc9Ac, Neu5Gc8Ac, Neu5,9Ac2, Neu5,7Ac2, Neu5,8Ac2, Neu5,7,9Ac3, Neu5Gc7,9Ac2, Neu5Gc7Ac'dir. Miktar bakımından en bol bulunan sialik asit tipleri, Neu5Gc ve asetillenmiş türevlerden Neu5Gc9Ac'dir. Kan hücrelerinde Neu5Gc'nin ve diğer asetilenmiş sialik asitlerin bulunması, mikroorganizma içeren ortamlarında patojenlerin tanınmasında ve yok edilmesinde işaretleyici moleküller olabilirliğini göstermektedir. Analiz sonuçlarının doğruluğu için musinler ve çeşitli sialik asit standartları kullanılmıştır. Sialik asitlerin hücrelerdeki dağılımı ve alttaki şekerle kurdukları bağ tipleri, şekerleri çok özgün olarak tanıyıp bağlanan lektinlerle gösterilmiştir. Sialik asitlerin dağılımını belirlemek için tüm sialik asitlerle bağ oluşturabilen LPA (Limulus polyphemus) ve LFA (Limax flavus) lektinleri, bağ tiplerini belirlemek için MAA (Maackia amurensis, Ü-2,3 bağı için) ve SNA (Sambucus nigra, Ü-2,6 bağı için) lektinleri kullanılmıştır. Opak yapıda olmayan lektinlerin görünür hale getirilmesi için kullanılan işaretleme maddelerinden floresan ve altın işaretler tercih edilmiştir. Tüm Sialik asit tipleri ile bağ yapabilen LPA ve LFA lektinlerle işaretlenme tüm sölomositlerde gözlenmiştir. Sialik asidin sadece Ü-2,3 bağını tanıyarak bağlanan MAA lektini ile işaret oranı oldukça fazladır. Sialik asidin sadece Ü-2,6 bağını tanıyarak bağlanan SNA lektini ile işaretlenmeler MAA ile karşılaştırıldığında büyük oranda azalmıştır. Sonuç olarak; Echinoderm savunma mekanizmaları, diğer omurgalı ve omurgasızlardakine benzer homolog ve analog komponentler tarafından hücresel ve humoral cevap şeklinde yürütülür. Denizkestanesi P.lividus bağışıklık sisteminde görev alan bağışıklık sistem hücrelerinde sialik asit tiplerinin ilk kez belirlenmiş olması, yüksek omurgalıların bağışıklık sisteminin eksik ve karmaşık noktalarını anlamak açısından farklı bir bakış açısı getirebilir.;Sialic Acid, Coelomocyte, Fluorescent Microscopy, Transmission Electron Microscopy, Lectin, CapLC-ESI-MS/MS, Echinoderm Immune System, Paracentrotus lividus.;Sialik Asit, Sölomosit, Floresans Mikroskobu, Transmisyon Elektron Mikroskobu, Lektin, CapLC-ESI-MS/MS, Derisi Dikenliler Bağışıklık Sistemi, Paracentrotus lividus.Öğe Glycosylation changes leading to the increase in size on the common core of N-glycans, required enzymes, and related cancer-associated proteins(2014) Karaçalı, Sabire; İzzetoğlu, Savaş; Deveci, RemziyeGlycan parts of glycoconjugates on the surfaces of cells regulate many kinds of interactions between the cells and their immediate environments. Alterations in glycosylation on the cancer-associated glycoproteins are responsible for changes in their molecular interactions and biological functions. Glycosylation changes occur in the core and/or at the nonreducing end of the oligosaccharide chains of N-glycans. in this review, we focus on the branching of the common core structure of N-glycans, the responsible enzyme, and the extensions of some of the branches causing size increases on the surface of tumor cells. Abnormal branching, elongation of the branches, and increasing size of the common core of N-glycans are the typical features of these changes and are related with malignant transformations. Seven N-acetylglucosaminyltransferases (GnTs) (GnT-I, GnT-II, GnT-III, GnT-IV, GnT-V, GnT-VI, and GnT-IX) and alpha\1,6-fucosyltransferase (FUT8) initiate the new branches on the core. GnT-IV, GnT-V, and GnT-IX initiate the branches available for poly-LacNAc extensions, which are responsible for tumor progression and metastasis. GnT-III prevents the catalytic activity of GnT-II, GnT-IV, GnT-V, and FUT8 to form branching and elongation of the branches. the contributions of GnT-III and the other enzymes to the cancer progression are in conflict with each other. While GnT-III prevents cancer, the others increase metastasis. the function of FUT8 is related to signal transduction and its activity is higher in tumor tissue than in healthy tissue. the impact of glycosylation changes on some of the cancer-associated proteins (growth factor receptors, adhesion and signal molecules, CD147, TIMP-1, and matriptase) is also summarized.Öğe İn vitro koşullarda galeria mellonella'nın kan hücrelerine 20-hidroksiektizon ve phytohemagglutinin'in etkisi(Ege Üniversitesi, 2000) İzzetoğlu, Savaş; Karaçalı, SabireÖZET IN VITRO KOŞULLARDA GALLERIA MELLONELLA'NTN KAN HÜCRELERİNE 20-fflDROKSİEKTİZON VE PHYTOHEMAGGLUTİNİN'NİN ETKİSİ KZETOGLU, Savaş Yüksek Lisans Tezi, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof.Dr. Sabire KARAÇALI Ocak 2000, 39 Sayfa Bu çalışmada, in vitro koşullarda 20-hidroksiektizon (20E) ve phytohemagglutinin (PHA)'nın farklı konsantrasyonlarının (10ul/3ml ve 30u,l/3ml) Galleria mellonella hemositlerine etkileri araştırılmıştır. Bu amaç için, hemosit kültürü Grace'in böcek ortamında gerçekleştirildi. 3 gün süreyle, hücreler inverted mikroskop altında sayılmıştır ve fotoğrafları çekilmiştir. Elde edilen sayılar, tek yönlü varyans analizi ile değerlendirilmiştir. Total hücre sayısını elde etmek için, plazmatositler, granulositler ve diğerleri başlığı altında diğer hücreler ayrı ayrı sayıldı. Toplam hücre sayısına bakıldığında, 2. gün hücre sayılarındaki artış istatistiksel açıdan bütün uygulamalarda önemli ve anlamlı bulunmuştur. Kontrol gruplarındaki bu artışın kaynağı özellikle granulosit sayısındaki artışa dayanır. Düşük 20-hidroksiektizonVI uygulaması daha etkili bulunmuştur. Granulositlerde 2. gün elde edilen artış daha fazla olmasına rağmen, plazmatosit değeri kontrol grubu değerlerine kıyasla önemli ve anlamlı bulunmuştur. Yüksek 20E uygulamasında plazmatosit sayısındaki değişiklikler önemli bulunmamıştır. Düşük PHA konsantrasyonundaki artış toplam hücre sayısı bakımından anlamlı bulunmasına karşın, hücre tipleri açısından istatistiksel olarak önemli bir fark bulunmamıştır. Anahtar Kelimeler: Plazmatosit, granulosis 20-hidroksiektizon (20E), phytohemagglutinin (PHA), in vitro, Galleria mellonettaÖğe İn vitro koşullarda galleria mellonella'nın kan hücrelerine 20-hidroksiektizon ve phyhemaglutinin'in etkisi(Ege Üniversitesi, 2000) İzzetoğlu, Savaş; Karaçalı, SabireBu çalışmada, in vitro koşullarda 20-hidrosiektizon (20E) ve phytohemagglutinin (PHA)'nın farklı konsantrasyonlarının (10ol/3ml ve 30 ol/3ml) Galleria mellonella hemositlerine etkileri araştırılmıştır. Bu amaç için, hemosit kültürü Grace'in böcek ortamında gerçekleştirildi.3 gün süreyle, hücreler inverted mikroskop altında sayılmıştır ve fotoğrafları çekilmiştir. Elde edilen sayılar, tek yönlü varyans analizi ile değerlendirilmiştir. Total hücre sayısını elde etmek için, plazmatositler, granulositler ve diğerleri başlığı altında diğer hücreler ayrı ayrı sayıldı. Toplam hücre sayısına bakıldığında, 2.gün hücre sayılarındaki artış istatistiksel açıdan bütün uygulamalarda önemli ve anlamlı bulunmuştur. Kontrol gruplarındaki bu artışın kaynağı özellikle granulosit sayısındaki artışa dayanır. Düşük 20-hidroksiektizon uygulaması daha etkili bulunmuştur. Granulositlerde 2.gün elde edilen artış daha fazla olasına rağmen, plazmatosit değeri kontrol grubu değerlerine kıyasla önemli ve anlamlı bulunmuştur. Yüksek 20E uygulamasında plazmatosit sayısındaki değişiklikler önemli bulunmamıştır. Düşük PHA konsantrasyonundaki artış toplam hücre sayısı bakımında anlamlı bulunmasına karşın, hücre tipleri açısından istatistiksel olarak önemli bir fark bulunmamıştır.Öğe Sentez ve mitoz safhalarında senkronize edilmiş A549 akciğer karsinoma hücrelerinde lamin A/C proteininin glikan birimlerinin belirlenmesi(Ege Üniversitesi, 2020) İzzetoğlu, SavaşNüklear laminler, tip V ara filament proteinleridir ve nukleusa mekanik destek sağlamakla birlikte, kromatin organizasyonu, gen regülasyonu, DNA hasarı ve onarımı, DNA replikasyonu ve sinyal iletimi gibi pek çok hücresel olayda rol oynarlar. Laminlerin en dikkat çekici özelliği ise mitoz bölünme boyunca geriye dönüşümlü olarak ayrılıp birleşmeleridir. Mitoz bölünmenin profaz safhasında laminlerin fosforillenerek ayrıldığı ve geç telofaz safhasında defosforillenerek birleştiği bilinmektedir. Ancak hücre döngüsü boyunca lamin proteinlerinin fosforilasyon dışında bir modifikasyona uğrayıp uğramadığı bilinmemektedir. Bir post-translasyonel modifikasyon olan glikozilasyon, proteinlerin termodinamik, kinetik ve yapısal özelliklerini değiştirerek proteinlerin çevresiyle olan etkileşimini düzenlemektedir. Özellikle nükleositoplazmik proteinlerde O-GlcNAclasyon ve fosforilasyonun proteinin aynı Ser/Thr amino asitleri için yarışmalı olduğu ve bu iki modifikasyonun tersinir olarak aktivite gösterip proteinlerin inaktif veya aktif duruma geçmelerinde rol oynadığı bilinmektedir. Bu bilgilerden hareketle bu tez çalışmasında bu iki modifikasyonun tersinir olarak veya birlikte işlev göstererek hücre döngüsünde lamin A/C proteininin yapısal organizasyonunu düzenliyor olabileceği hipotezi öne sürülmüştür. Bu hipotez doğrultusunda tezin birinci amacı biyoinformatik araçlar kullanılarak insan lamin A/C proteininin olası O-GlcNAc ve O-GalNAc modifikasyonlarını pozisyon spesifik olarak belirlemek ve 3D glikoprotein yapısını oluşturmaktır. İkinci amacı ise hücre döngüsünün G2/M ve S fazlarında senkronize edilmiş A549 akciğer karsinoma hücrelerinde lamin A/C proteininin glikan birimlerini ve fazlar arasındaki glikan değişikliklerini deneysel olarak belirlemektir. Bu amaçla, insan lamin A/C proteininin olası glikozilasyon pozisyonlarının belirlenebilmesi için yüzey alanı, sekonder yapı, hidropati, yüzey ve sıvı erişilebilirliği analizleri gerçekleştirilmiş ve 3D glikoprotein yapısı oluşturulmuştur. Deneysel çalışmalar kapsamında ise hücrelerin doğru bir şekilde senkronize olduğu belirlendikten sonra lektin blotlama ile proteinin uç monosakkaritleri belirlenmiş ve glikozillenmiş lamin A/C proteininin hücredeki lokalizasyonu altın işaretli antikor ve lektinler kullanılarak TEM'de incelenmiştir. Ek olarak, her iki fazda da lamin A/C proteini immünopresipitasyonla saf olarak elde edilip monosakkarit birimleri Cap-LC-ESI/MS-MS ile analiz edilmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda lamin A/C proteininin Ser392'de O- ?-GlcNAc, Ser395'de O-?-GlcNAc ve Thr505'de O-GalNAc glikozilasyon modifikasyonları gösterdiği belirlenmiştir. Deneysel veriler göz önüne alındığında, G2/M ve S fazlarında senkronize edilmiş akciğer karsinoma hücrelerinde lamin A/C proteininin her iki fazda da O-GlcNAc, O-GalNAc, galaktoz, mannoz, fukoz ve sialik asit taşıdığı belirlenmiştir. Biyoinformatik analizler sonucunda proteinin N-glikozilasyon pozisyonu taşımadığı belirlendiğinden bu şekerlerin varlığı Oglikozilasyon ile ilişkilendirilmiştir. Bu bulgulara dayanarak lamin A/C'nin OGlcNAc modifikasyonu ve kor 1 tip O-glikan yapısı üzerinde Sia, Fuc, Man ve OGalNAc modifikasyonlarını gösteren bir glikoprotein olduğu ortaya konmuştur. TEM çalışmalarıyla ise glikozillenmiş lamin A/C proteininin G2/M fazında nükleoplazmada, S fazında ise nukleus kılıfında ve nükleoplazmada lokalize olduğu gösterilmiştir. Sonuç olarak, bu tez çalışması ile ilk kez hücre döngüsünün interfaz ve mitoz fazlarında lamin A/C proteininin fosforilasyon dışında bir modifikasyon gösterdiği belirlenmiştir. İnterfaz ve mitoz fazlarının her ikisinde de glikozilasyon modifikasyonunun belirlenmesi, lamin A/C proteininin ayrılıp-yeniden birleşmesinde glikozilasyonun, fosforilasyon ile birlikte bir post-translasyonel kod oluşturarak hücre döngüsünün düzenlenmesinde rol aldığını düşündürmektedir.;Lamin A/C, Glikan, Monosakkarit, A549 Hücreleri, İmmünopresipitasyon, CapLC-ESI/MS-MS, TEM.;Lamin A/C, Glycan, Monosaccharide, A549 Cells, Immunoprecipitation, CapLC-ESI/MS-MS, TEM.
