Deniz kestanesinde (Paracentrotus Lividus) Neu5ac ve KDN tip sialik asitlerin sentezlerinden sorumlu Sia-9-P sentaz (SPS) enziminin karakterizasyonu ve ekspresyonu

Echinodermler yaşamlarını sürdürebilmek için potansiyel bir bağışıklık sistemine sahiptirler. Echinodermlerin hücresel savunma sistemleri vücut sıvısında serbest dolaşan kan hücrelerine (sölomositler) ve bu hücrelerin üretildiği, farklılaştığı ve depolandığı hematopoietik (aksiyal) organlara dayanır. Bu sistemin dayanağı kendinden olan ile olmayanı ayırmasıdır. Mevcut çalışmada öncelikle henüz genom çalışmaları tamamlanmamış olan P. lividus transkriptom verileri analiz edilmiş ve bu mekanizmalarda önemli rolü olan ve hücrelerdeki glikokonjugatların en uç noktasında bulunan sialik asitlerin (Neu5Ac ve KDN) sentezinde görev alan gen bölgeleri S. purpuratus genomundan yararlanılarak biyoenformatik olarak tanımlanmıştır. Bu gen bölgeleri KDN sentezinden sorumlu bifonksiyonel enzim NANS ile Neu5Gc tip sialik asidin sentezlenmesinden sorumlu olan CMAH enzimlerinin (sırasıyla Nans ve Cmah gen bölgeleri) sentezlenmesinden sorumludur. Daha sonra, P. lividus örneklerinden elde edilen total RNA izolatlarında bu ilgili gen bölgeleri için RT-PZR yöntemi ile Nans ve Cmah genlerinin ekspresyon seviyelerine bakılmıştır. Ayrıca, CapLC-ESI/MS-MS analizi ile de bu örneklerde mevcut bulunan sialik asitlerin miktar ve tip tayinleri yapılmıştır. Çalışma sonunda, RT-PZR ile tespit edilen gen expresyon seviyeleri ile CapLC-ESI/MSMS analizi sonucunda elde edilen sialik asit tip ve miktar tayinlerinin korelasyon içinde olduğu tespit edilmiştir. Bu analizlerden farklı olarak, ek bir analiz daha yapılmıştır. P. lividus için embriyonik dönemde saat bazında litetürde mevcut bulunan transkriptom verileri üzerinden Nans ve Cmah genlerinin izoformları ekpresyon seviyelerini belirlemek üzere filtrelenmiş, bu genlerin farklı embriyonik dönemdeki ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Yapılan bu çalışmalar sonucunda, P. lividus'ta ilk defa KDN tespit edilmiş olup, NANS enziminin KDN ve Neu5Ac için bifonksiyonel olarak çalıştığına yönelik bulgu elde edilmiştir. Neu5Gc ve türevlerinin axial organa göre sölomositlerde daha yüksek gözlenmesinden dolayı bağışıklık sisteminde daha aktif rol aldıkları düşünülmüştür. En önemlisi, bu çalışma ile ilk defa P. lividus için Nans ve Cmah gen izoformları biyoenformatik araçlarla tespit edilmiştir.;Denizkestanesi, Paracentrotus lividus, Sialik Asitler, Neu5Ac, Neu5Gc, Sialik Asit Sentaz (Sas), KDN, RT-PCR, LC-MS.;Sea Urchin, Paracentrotus lividus, Sialic Acids, Neu5Ac, Neu5Gc, Sialic Acid Synthase (Sas), KDN, RT-PCR, LC-MS