Çeşitli bulaşıcı ve kalıtsal hastalıklara neden olan gen dizilerini içeren PCR ürünü örnekler kullanılarak elektrokimyasal DNA biyosensörleriyle bu hastalıkların saptanması
Küçük Resim Yok
Tarih
2003
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/closedAccess
Özet
Bu çalışmada, elektrokimyasal DNA biyosensörlerine dayalı indikatörlü ve indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemleri geliştirildi, bu yöntemlerin kalıtsal ve bulaşıcı hastalıkların tayininde klinik olarak uygulanabilirliği gerçek hasta örnekleri kullanılarak gösterildi. Çalışmada ilk olarak interkalatif özelliği ile hibridizasyon indikatörü olarak kullanılan Meldola Blue (MDB) ile, indikatörlü DNA dizi algılama yöntemine dayalı; genomları bakımından birbirlerine çok benzeyen, vücutta oluşturduğu enfeksiyon bölgeleri bakımından farklılık gösteren Herpes Simplex (HSV) Tip I ve Tip II virüslerinin tayini ve birbirlerinden ayırımı gerçekleştirildi. Hastalığın tayini ve iki tip virüsün birbirinden ayırımı, her iki tipe ait prob kullanılarak, hem sentetik oligonükleotitler ile hem de hasta örneklerinden hazırlanmış PCR ürünleri ile gerçekleştirildi. Çalışma elektrot yüzeyine kovalent olarak bağlanan prob dizilerin hedef diziler (sentetik oligonükleotitler ve denatüre edilmiş PCR ürünleri) ile hibridizasyonundan sonra MDB ile etkileşimlerinin ardından MDB sinyallerindeki farklılıkların diferansiyel puls voltametresi (DPV) ile ölçülmesine dayandırıldı. PCR ürünleriyle yapılan çalışmalar değerlendirildiğinde yöntemin klinik alanda uygulanabilirliği gözlendi. Çalışmanın ikinci bölümünde indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemine yönelik elektrokimyasal DNA biyosensörü tasarlandı ve bu yöntemle ileri derecede boy kısalığı yapan ve tüm toplumlarda sıkça rastlanan bir iskelet displazisi hastalığı olan, 4numaralı kromozomun p kolunun 16.3 bölgesinde yer alan fibroblast büyüme faktörü reseptör 3 (FGFR3) geninin 1138. nükleotidinde yer alan guanin bazının adenin ve ya sitozine dönüşümü ile ortaya çıkan Akondroplazi G 380R mutasyonunun tayini yapıldı. Yöntem elektrot yüzeyine elektrostatik olarak bağlanan inozinli probun ve hibridizasyondan sonra diferansiyel puls voltametresiyle alınan Guanin sinyallerinin farklılanması esasına dayandırıldı. Guanin analoğu olan inozinli problar ile hiçbir elektrokimyasal yanıt alınmaz iken karşılığı olan hedef dizi ile, hedef dizinin sahip olduğu guaninler sayesinde 1.0 V' da guanin sinyali alındı ancak, tek bazı farklı olan hedef ile hibridizasyondan sonra prob gibi hiçbir sinyal gözlenmedi. Bu da EVET/ HAYIR SİSTEMİ' nin esasını oluşturdu. Çalışma hem sentetik oligonükleotitler ile hem de hasta örneklerinden hazırlanmış PCR ürünleri ile gerçekleştirildi. Çalışmada iki tip prob kullanılmasıyla, tek nokta mutasyonunun tayini yanısıra heterozigot - homozigot ayırımı da yapıldı. Böylece tüm sonuçlar değerlendirildiğinde çalışmanın kliniğe uygulanabilirliği saptandı.
Açıklama
Araştırma Projesi -- Ege Üniversitesi, 2003
