Kültür mantarında yeşil küf hastalık etmeninin (Trichoderma spp.) neden olduğu transkriptom değişimi belirlenmesi
Küçük Resim Yok
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/closedAccess
Özet
Mantar üretimi, dünya çapında ciddi kayıplara neden olan yeşil küf hastalığından oldukça etkilenmektedir. Ege ve Marmara bölgelerindeki mantar üretim yerlerinden elde edilen 56 Trichoderma izolatının moleküler karakterizasyonu yapıldı. ITS ve tef1 dizilerine dayalı olarak oluşturulan filogenetik ağaç oluşturuldu. T. aggressivum, T. europaeum, T. pleuroticola, T. virens, T. harzianum ve T. afroharzianum izolatları tanımlandı. Tef1 markörünün ITS markörüne genetik varyasyonları belirlemede daha iyi olduğu görüldü. Agaricus bisporus-Trichoderma spp. dual testinde %50 ile %75 arasında büyüme inhibisyonu görülmüştür. En yüksek litik ve mikoparazitik aktiviteye sahip iki Trichoderma izolatının (3/9 ve 7/5) verim ve mantar kalite parametreleri üzerindeki etkilerini belirlemek için in vivo çalışma yapıldı. Sonuç olarak T. aggressivum f. agressivum ve T. agresivum f. europaeum izolatları, in vitro ve in vivo olarak A. bisporus büyümesini önemli ölçüde (p < 0.05) inhibe etti. Kontrol pin, kontrol şapka ve Trichoderma türleriyle enfekte olmuş şapkadan RNA-seq analizi yapıldı. RNA-seq analizi sonucunda 114133, 121394, 151828 isimli genlerin kontrol şapkada, kontrol pine göre gen ifadesinin arttığı görülmüştür.176453, 194666 isimli genlerin ise kontrol şapkada, kontrol pine göre gen ifadesinin azaldığı belirlenmiştir. 205013 ve 193671 isimli genlerin enfekte şapkada kontrol pine göre gen ifadesinin arttığı belirlenmiştir. Bu genler için KEGG veri tabanında karşılık geldiği metabolizma, fonksiyon ve yolaklar tespit edilmiştir. Real time ile RNA seq analizinin validasyonu gerçekleşmiştir.;Trichoderma spp, yeşil küf, mRNA ifadesi, RNA-seq, Real-Time PCR.;Trichoderma spp, green mould, mRNA expression, RNA-seq, Real-Time PCR.
Açıklama
Ziraat Fakültesi, Bahçe Bitkileri A.B.D. Araştırma Projesi
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
