Inheritance of seed fiber traits in oilseed rape (Brassica napus L.)
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2020
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Rapeseed meal is an important protein source for animal nutrition especially for ruminants and monogastric animal species due to its well-balanced amino acid composition. There is also an increasing demand for vegetable proteins and the rapeseed protein could be used for human alimentation. However, high fiber content of the rapeseed meal limits protein content and availability in food and feed. The objective of this study was to analyze the inheritance of fiber related traits in four different F2 populations derived from crosses between five different genetic resources with lower lignin content in the seed. Parents and F2 populations were grown in the greenhouse of the Division of Crop Plant Genetics of the University of Göttingen, Germany. Fiber content was analyzed by wet chemistry analysis of defatted rapeseed meal by applying the ANKOM 200 filter bag. In addition, an NIRS calibration was used to predict fiber content. Two major QTLs linked to C03 and C05 genome were associated with reduced fiber content in rapeseed cultivars, thus a SNP based genotyping method- Kompetitive Allele Specific PCR (KASP) marker was used to observe allelic difference between parents and segregation ratio in F2 population. For this procedure, different markers associated to C03 and C05 were tested and polymorphic markers were used to observe allelic differences. Also, the genome of a candidate gene for lignin content – phenylalanine ammonia-lyase (PAL) gene was used to develop PCR-primers to study allelic sequence and observe differences among parental lines. Results from both PCR and KASP confirm differences between parents and segregation of lignin content in the F2-populations.
Kolza küspesi, iyi dengelenmiş aminoasit bileşimi nedeniyle özellikle geviş getiren hayvanlar ve tek mideli hayvanların beslenmesinde önemli bir protein kaynağıdır. Ayrıca bitkisel proteinlere yönelik artan bir talep bulunmaktadır ve kolza tohumu proteini insan beslenmesi için de kullanılabilir. Bununla birlikte, kolza küspesinin yüksek lif içeriği, proteinin içeriğini ve gıda ve yemdeki bulunabilirliğini sınırlar. Bu çalışmanın amacı, tohumda daha düşük lignin içeriğine sahip beş farklı genetik kaynak arasındaki melezlerden türetilen dört farklı F2 popülasyonunda lifle ilgili özelliklerin kalıtımını analiz etmektir. Ebeveynler ve F2 populasyonları, Almanya Göttingen Üniversitesi Bitki Genetiği Bölümü serasında yetiştirilmiştir. Lif içeriği, ANKOM 200 filtre torba sistemi uygulanarak yağı alınmış kolza tohumu küspesinin kimyasal analizi ile analiz edilmiştir. Ek olarak, lif içeriğini tahmin etmek için bir NIRS kalibrasyonu kullanılmıştır. C03 ve C05 genomuna bağlı iki ana QTL, kolza çeşitlerinde azaltılmış lif içeriği ile ilişkilendirilmiş, bu nedenle SNP bazlı bir genotipleme yöntemi - Rekabetçi Allele Özgü PCR (KASP) markörü, ebeveynler arasındaki allelik farklılığı ve F2 populasyonundaki açılma oranını gözlemlemek için kullanılmıştır. Bu prosedür için, C03 ve C05 ile ilişkili farklı markörler test edilmiş ve allelik farklılıkları gözlemlemek için polimorfik markörler kullanılmıştır. Ayrıca, lignin içeriği için aday genin genomu - fenilalanin amonyak-liyaz (PAL) geni, allelik diziyi incelemek ve ebeveynler arasındaki farklılıkları gözlemlemek için PCR-primerleri geliştirmek için kullanılmıştır. Hem PCR ve hem de KASP'den elde edilen sonuçlar, ebeveynler arasındaki farklılıkları ve F2 populasyonlarında lignin içeriğinin açılmasını doğrulamaktadır.
Kolza küspesi, iyi dengelenmiş aminoasit bileşimi nedeniyle özellikle geviş getiren hayvanlar ve tek mideli hayvanların beslenmesinde önemli bir protein kaynağıdır. Ayrıca bitkisel proteinlere yönelik artan bir talep bulunmaktadır ve kolza tohumu proteini insan beslenmesi için de kullanılabilir. Bununla birlikte, kolza küspesinin yüksek lif içeriği, proteinin içeriğini ve gıda ve yemdeki bulunabilirliğini sınırlar. Bu çalışmanın amacı, tohumda daha düşük lignin içeriğine sahip beş farklı genetik kaynak arasındaki melezlerden türetilen dört farklı F2 popülasyonunda lifle ilgili özelliklerin kalıtımını analiz etmektir. Ebeveynler ve F2 populasyonları, Almanya Göttingen Üniversitesi Bitki Genetiği Bölümü serasında yetiştirilmiştir. Lif içeriği, ANKOM 200 filtre torba sistemi uygulanarak yağı alınmış kolza tohumu küspesinin kimyasal analizi ile analiz edilmiştir. Ek olarak, lif içeriğini tahmin etmek için bir NIRS kalibrasyonu kullanılmıştır. C03 ve C05 genomuna bağlı iki ana QTL, kolza çeşitlerinde azaltılmış lif içeriği ile ilişkilendirilmiş, bu nedenle SNP bazlı bir genotipleme yöntemi - Rekabetçi Allele Özgü PCR (KASP) markörü, ebeveynler arasındaki allelik farklılığı ve F2 populasyonundaki açılma oranını gözlemlemek için kullanılmıştır. Bu prosedür için, C03 ve C05 ile ilişkili farklı markörler test edilmiş ve allelik farklılıkları gözlemlemek için polimorfik markörler kullanılmıştır. Ayrıca, lignin içeriği için aday genin genomu - fenilalanin amonyak-liyaz (PAL) geni, allelik diziyi incelemek ve ebeveynler arasındaki farklılıkları gözlemlemek için PCR-primerleri geliştirmek için kullanılmıştır. Hem PCR ve hem de KASP'den elde edilen sonuçlar, ebeveynler arasındaki farklılıkları ve F2 populasyonlarında lignin içeriğinin açılmasını doğrulamaktadır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
NDF, ADF, ADL, Oilseed Rape, Fiber, PAL Gene, Kolza, Brassica, Lif, PAL Geni
