Sekans temelli tanılanan Yarrowia lipolytica suşlarının yıldız ağ analizi
Küçük Resim Yok
Tarih
2014
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Amaç: Bu çalışmanın amaçları, öncelikle dış-grup içeren ve içermeyen tanısı yapılmış Y. lipolytica suşlarının filogenetik ağaçlarının yıldız ağ analizidir. İkinci olarak filogenetik ağaçlardaki out-grupların önemsizliğinin gösterilmesidir.Materyal ve metotlar: Bu çalışmada 26S rDNA bölgesinin D1/D2 domainlerinin sekanslanmasıyla tanılanmış olan 22 Yarrowia lipolytica suşları kullanılmış ve dış-grup içeren ve içermeyen iki filogenetik ağaç neighbor joining yöntemi ile oluşturulmuştur. Bu iki filogenetik ağacın ağırlıklandırılmış yıldız ağ analizi incelenmiştir.Bulgular: Dış-grup içeren ağırlıklandırılmış filogenetik ağımızın bitişiklik matris ifadesi yönelimli bir yıldız şekilli bitişiklik matrisi ifadesine benzemektedir. En küçük ağırlık en ince hatta karşılık gelen, merkezi düğümden Candida sake dış-grubuna gelen hattır (0.00008). Bununla birlikte, merkezi düğümden Yarrowia lipolytica TEM YL 19 düğümüne giden hattın ağırlığı 0.0825 olup en kalın yapıyı teşkil eder.Sonuç: Ağ analizi, yakın suşlar ve alt türler arasındaki filogenetik ilişki doğrulanmıştır ve bu filogenetik ağaçlardaki dış-grup, ağırlıklandırılmış ortalama derecesinde göz ardı edilebilir değişiklikten ve bu nicelik üzerinden yapılan bazı istatistiksel hesaplamalardan dolayı gerekli değildir.
Aim: The objectives of this study are, first, to investigate a star network analysis of phylogenetic trees of identified Y. lipolytica strains with or without one out-group, and secondly, to show the redundancy of the out-groups in phylogenetic tree.Material and Methods: In this study we used 22 Yarrowia lipolytica strains which were identified with sequencing of D1/D2 domain of 26S rDNA region, two phylogenetic trees were reconstructed by the neighbor joining method including an out-group or not. The starlike weighted network analysis of these two phylogenetic trees was investigated.Results: The adjacency matrix formalism of our weighted phylogenetic network with the outgroup looks like a directed star graph adjacency matrix. The lowest weight is the edge from the central node to Candida sake out-group (0.00008) corresponding to the narrowest edge. However, the edge going from central node to Yarrowia lipolytica TEM YL 19 has a weight of 0.0825 and the thickest structure.Conclusion: Thus network analysis show that phylogenetic relationship between close strain and subspecies can be confirmed and also the out-group in this phylogenetic tree is unnecessary due to the negligible change in the average weighted degree and its some statistical computations.
Aim: The objectives of this study are, first, to investigate a star network analysis of phylogenetic trees of identified Y. lipolytica strains with or without one out-group, and secondly, to show the redundancy of the out-groups in phylogenetic tree.Material and Methods: In this study we used 22 Yarrowia lipolytica strains which were identified with sequencing of D1/D2 domain of 26S rDNA region, two phylogenetic trees were reconstructed by the neighbor joining method including an out-group or not. The starlike weighted network analysis of these two phylogenetic trees was investigated.Results: The adjacency matrix formalism of our weighted phylogenetic network with the outgroup looks like a directed star graph adjacency matrix. The lowest weight is the edge from the central node to Candida sake out-group (0.00008) corresponding to the narrowest edge. However, the edge going from central node to Yarrowia lipolytica TEM YL 19 has a weight of 0.0825 and the thickest structure.Conclusion: Thus network analysis show that phylogenetic relationship between close strain and subspecies can be confirmed and also the out-group in this phylogenetic tree is unnecessary due to the negligible change in the average weighted degree and its some statistical computations.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Biyokimya ve Moleküler Biyoloji
Kaynak
Türk Biyokimya Dergisi
WoS Q Değeri
Scopus Q Değeri
Cilt
39
Sayı
1
