Biyokontrol ajanı Trichoderma türlerinin filogenetik çeşitlilik analizleri
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2018
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada Ege Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü Küf Kültür Koleksiyonunda yer alan ve biyolojik mücadele etmeni olduğu bilinen 11 adet Trichoderma genusuna ait türün moleküler identifikasyonunun yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla Trichoderma'nın iki farklı gen bölgesine (Internal Transcribed Spacer (ITS) ve Elongation Factor (EF)) özgü primerler kullanılarak Polimeraz Zincir Reaksiyonu (PZR) ile bu gen bölgeleri çoğaltılmıştır ve daha sonra PZR ürünleri sekanslanmıştır. ITS ve EF gen bölgelerine ait baz dizileri BLAST program kullanılarak NCBI-GenBank'daki kayıtlı baz dizileri ile karşılaştırıldıktan sonra izolatlar T. citrinoviride (n=6) ve T. atroviride (n=5) olarak belirlenmiştir. NCBI-BLAST sonuçlarını doğrulamak amacıyla TrichOKEY ve TrichoBLAST programları/araçları kullanılmıştır. Türlerin belirlenmesinin ardından, iki farklı gen bölgesine ait nükleotid dizileri NCBI-GenBank’a kayıtlanarak accessiyon numaraları alınmış ve bu nükleotid dizileri kullanılarak türlere ait filogenetik ağaçlar MEGA v.6. programı ile çizilmiştir. Bu çalışma T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5) nin ITS ve EF genlerine ait nükleotid sekanslarındaki polimorfik bölgelerini tanımlamaktadır. Böylece T. citrinoviride ve T. atroviride ya özgü yeni primerler tasarlanabileceklerdir. Sonuç olarak Trichoderma spp. moleküler tanımlanması için hızlı ve düşük maliyetli yenilişçi aklaşımlar gerçekleştirilebilecektir.
In this study, it was aimed to carry out molecular identification of 11 isolates of Trichoderma spp. which known to be a biological control agent and provided from the Culture Collection of Fungi of the Bioengineering Department of Ege University. For this purpose, the Internal Transcribed Spacer ( ITS) and Elongation Factor (EF) gene region of Trichoderma spp. was amplified with Polymerase Chain Reaction and then amplicons was sequenced. By comparing the sequences of the ITS and EF region to the sequences deposited in NCBI-GenBank using BLAST program, all of the isolates were identified to species level as T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5). In addition, TrichOKEY and TrichoBLAST search tools was used to assess the reliability of NCBIBLAST. Then, all nucletiode sequences belong to the ITS and EF genes have been deposited at NCBI-GenBank and the phylogenetic trees were constructed with MEGA v.6. using nucletiode sequences. This study describes polymorphic region in the nucleotide sequence of the ITS and EF genes for T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5). Therefore, the unique primers will be designed for T. citrinoviride and T. atroviride. As a result, it will be develop innovative approaches for the fast and low cost molecular identification of the Trichoderma spp.
In this study, it was aimed to carry out molecular identification of 11 isolates of Trichoderma spp. which known to be a biological control agent and provided from the Culture Collection of Fungi of the Bioengineering Department of Ege University. For this purpose, the Internal Transcribed Spacer ( ITS) and Elongation Factor (EF) gene region of Trichoderma spp. was amplified with Polymerase Chain Reaction and then amplicons was sequenced. By comparing the sequences of the ITS and EF region to the sequences deposited in NCBI-GenBank using BLAST program, all of the isolates were identified to species level as T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5). In addition, TrichOKEY and TrichoBLAST search tools was used to assess the reliability of NCBIBLAST. Then, all nucletiode sequences belong to the ITS and EF genes have been deposited at NCBI-GenBank and the phylogenetic trees were constructed with MEGA v.6. using nucletiode sequences. This study describes polymorphic region in the nucleotide sequence of the ITS and EF genes for T. citrinoviride (n=6) and T. atroviride (n=5). Therefore, the unique primers will be designed for T. citrinoviride and T. atroviride. As a result, it will be develop innovative approaches for the fast and low cost molecular identification of the Trichoderma spp.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
T. Citrinoviride, T. Atroviride, Elongation Factor, Polimeraz Zincir Reaksiyonu, Moleküler Tanımlama, T. Citrinoviride, T. Atroviride, Elongation Factor, Polymerase Chain Reaction, Molecular Identification
