Molecular characterization of hepatitis A virus isolated from acute infections in Turkey

Giriş ve Amaç: Hepatit A virüsü özellikle gelişmekte olan ülkelerde yaygın olmak üzere küresel bir sağlık problemidir. Özellikle çocukluk döneminde meydana gelen hepatitin de en yaygın sebebidir. Hepatit A virüsü pozitif tek zincirli bir RNA virüsü olup, 3 insan 3 maymunumsu genotipi olmak üzere toplam 6 genotipi vardır. Bu çalışmanın amacı ise, Türkiye’nin farklı coğrafi bölgelerinden hepatit A virüsü ile enfekte olmuş hasta serumlarının analizlerine bağlı olarak en yaygın hepatit A virüsü genotipini saptamaktı r. Gereç ve Yöntem: Bu çalışmaya Türkiye’nin farklı coğrafi bölgelerinden hepatit A virüsü ile akut infeksiyonlu 137 hasta dahil edilmiştir. Alınan serum örneklerinden elde edilen hepatit A virüsü genomunun VP1-2A bölgesi gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu yöntemi ile çoğaltılmış ve bu örneklerin dizi analizi sonucunda filogenetik analiz yapılmıştır. Bulgular: Hepatit A virüsü genomunun VP1-2A bölgelerinin sekans ve filogenetik analizleri sonucunda Türkiye’de ki en yaygın genotip IB olarak bulundu (%100). Türk izolatları ile genotip IB’nin referans sekansı arasında yapılan karşılaştırmada benzerlik %94,9 oranında bulundu. Aynı karşılaştırma Türk izolatları ve referans hepatit A virüsü genotip 1B, HM175 ile yapıldığında aralarındaki benzerlik %95,3 ile %100 arasında değişkenlik göstermiştir. Türk izolatlar kendi aralarında “Mean Percentage Nucleotide Distance” analizi ile karşılaştırıldıklarında ise aradaki benzerlik %95.3 ile %100 arasında değişkenlik gösterdi. Sonuç: Yapılan filogenetik analizler sonucunda Türkiye’de ki en yaygın genotipin IB olduğu gözlemlendi. Yapılan sekans analizi sonucunda elde edilen veriler, lokal veya büyük bir salgının var olup olmadığının anlaşılmasında önemli bir veri kaynağı oluşturarak, yapılacak olan müdahelelerin doğru ve zamanı nda olmasına yardımcı olmaktadır.

Background/aims: Hepatitis A virus is a global public health problem, especially in developing countries, and the most common cause of hepatitis in childhood. Hepatitis A virus is a single- stranded positive RNA virus subdivided to 6 genotypes (3 human, 3 simian). the aim of this study was to determine the prevalent genotype in Turkey using sera of acute hepatitis A virus-infected patients from different geographical regions of the country. Materials and Methods: Sera of 137 patients with acute hepatitis A virus from different geographical regions were collected for phylogenetic analysis. the VP1-2A region of the hepatitis A virus genome was amplified by real-time-polymerase chain reaction in 76 patients where possible. Amplified polymerase chain reaction fragments were sequenced, and phylogenetic analysis was done together with other reference hepatitis A virus sequences obtained from Gen- Bank database. Results: Sequencing and phylogenetic analysis of the VP1-2A junction of hepatitis A virus showed that the most prevalent genotype in Turkey is IB (100%). Comparison of Turkish isolates and reference sequences of genotype IB showed a similarity of 94.9%. the same comparison was done between Turkish isolates and reference hepatitis A virus genotype IB and HM175, and it was found that similarity between them ranged from 93.0-95.9%. When Turkish isolates were compared according to Mean Percentage Nucleotide Distance analysis, similarity ranged between 95.3%-100%. Conclusions: Phylogenetic analysis pointed out that all Turkish isolates belong to genotype IB. Sequence analysis is a useful tool in revealing hepatitis A outbreaks, and allows us to detect and distinguish the presence of epidemic and small outbreaks.