SMA tedavisinde kullanılan risdiplam molekülünün kısa nükleik asit dizileriyle etkileşimlerinin hesapsal yöntemlerle incelenmesi
Küçük Resim Yok
Tarih
2024
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu tez çalışmasında, SMA hastalığının tedavisinde kullanılan Risdiplam molekülü ile SMN2 genine karşılık gelen pre-mRNA Exon7 sekansının dinükleotidlere bölünerek (GG, UU, AA, UA, AG, GA, AC, CA, UC, GU, AU) oluşan 11 Ribodinükleotit arasındaki etkileşimler, bağlanma bölgeleri, enerjileri ve konformerlerindeki değişiklikler hesapsal olarak incelenmiştir. Risdiplam ile Ribodinükleotitlerin etkileşmesinden elde edilen sonuçlar doğrultusunda etkileşim mekanizmasının aydınlatılmıştır. Hesapsal çalışmada, öncelikle Risdiplam'ın konformasyonel analizi yapılmıştır. Risdiplamın en kararlı konformeri ile 11 Ribodinükleotitin kombinasyonları oluşturulmuş (AA-R, GG-R, UU-R, AG-R, UA-R, AC-R, GA-R, CA-R, UC-R, GU-R, AU-R) her bir kombinasyondan 14 olası yapı, DFT /ωB97XD/6-31+G(d,p) baz seti kullanılarak su fazında optimizasyonları yapılmıştır ve en kararlı yapılar belirlenmiştir. Moleküller arasındaki bağlanma bölgeleri, bağ çeşitleri ve kuvvetleri hesaplanmıştır. Ayrıca Moleküler kenetleme çalışmaları ile bağlanma enerjileri elde edilmiştir. Sonuç olarak, Risdiplam molekülünün CA Ribodinükleotiti ile en iyi bağlanma ilgisini gösterdiği görülmüştür. Moleküler kenetleme sonuçları DFT sonuçları ile uyumlu çıkmıştır.
