Diffüz ve yüksek dereceli glial tümörlerde tümör süpressör genlerin epigenetik değişimlerinin realtime online PCR tabanlı metillenmiş alellerin kantitatif analizi yöntemi ile belirlenmesi
Küçük Resim Yok
Dosyalar
Tarih
2010
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu çalışmada, beyin tümörü tanısı almış olgularda beyin tümörü fenotipine neden olan tümör süpresör profillerinin saptanması, ilgili genlerin genetik ve epigenetik değişimlerin kantitasyonu ile kanserin prognozu arasındaki korelasyonun belirlenmesi ve kesin tanı almamış olgularda tanıya moleküler bir yaklaşım önerilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, anaplastik beyin tümörü tanısı almış ve cerrahi girişim kararı verilmiş 114 olgunun rezeke edilmiş tümör dokusundan eksplant hücre kültürü yapılmıştır. Kültürde çoğalan kanser hücrelerinden DNA, total RNA ve protein izolasyonları yapılmıştır. Tümör süpresör genlerin (p53, RB1, PTEN, MGMT, RUNX3, DMBT1, PIKE) ekspresyon analizleri QRT-PCR ile belirlenmiştir. DMBT1 dışındaki tümör süpresör genlerin promotör bölgenin metilasyonu, metilasyona spesifik primerler ve problar kullanılarak Q-PCR ile gerçekleştirilmiştir. Tümör süpresör genlerdeki kayıp ve kazanımlar için Q-PCR ile gen kopya sayıları elde edilmiş, ortalama gen kopya sayısına oranlanarak kantitasyonları gerçekleştirilmiştir. Anaplastik astrositom grubunda p53 gen ekspresyonunda, anaplastik oligodendrogliom grubunda PIKE, PTEN, RB1, RUNX3 ve p53 ekspresyonlarında, Diffüz astrositom ve Glioblastom gruplarında PIKE, PTEN, RUNX3 ve p53 ekspresyonlarında ve Oligodendrogliom grubunda PIKE, PTEN, RB1 ve p53 ekspresyonlarında anlamlı azalma saptanmıştır (p< 0,05). RB1 ve MGMT promotör metilasyonu ile tümör olgu gruplarında anlamlı farklılık gözlenmiştir (p< 0,05). MGMT gen kopya sayısı analizinde tüm beyin olgu gruplarında bir alelin kaybolduğu saptanırken, tüm olgu gruplarında RB1 ve p53 metilasyonunda kontrol grubuna göre anlamlı fark saptanmıştır (p< 0,05). PTEN, RB1, RUNX3 ve p53 gen aberasyonları ile kısa sağ kalım arasında anlamlı ilişki saptanmıştır (p< 0,05). Eksprese olan Tümör Süpresör Gen sayısı azaldıkça sağ kalım süresinde kısalma gözlenmekle birlikte, bu ilişki anlamlı bulunmamıştır. Sonuç olarak; p53, RB1, PTEN, MGMT, RUNX3, DMBT1, PIKE tümör süpresör genlerinin beyin tümörü fenotipinde önemli rol oynadığı ortaya konmuştur.;Glial Tümör , Tümör Süpressör Gen, Epigenetik Değişim, Kantitatif Revers Transkripsiyon polimeraz zincir reaksiyonu.;Glial tumor, Tumor suppressor gene, Epigenetic change, Quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction.
Açıklama
Araştırmacılar; Özgür Çoğulu, Taner Akalın, Tayfun Dalbastı
Araştırma Projesi -- Ege Üniversitesi, 2010
Araştırma Projesi -- Ege Üniversitesi, 2010
