Elektrokimyasal DNA biyosensörleri ile vitamin D reseptör genindeki polimorfizmlerin saptanması
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2008
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Ünivertitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Vitamin D endokrin sistemi immun yanıtın oluşmasında, kalsiyum ve fosfat metabolizmasında, kemik metabolizmasında ve hücre çoğalması ve farklılaşmasında yardımcı rol oynamaktadır [3, 70]. Bu nedenle, bu endokrin sistemde görülen bir mutasyon diyabet, kanser, osteoartrit, tüberküloz ve kardiyovasküler hastalıklar gibi birçok hastalığa neden olabilmektedir [46, 124]. Bu güne kadar, Vitamin D reseptör (VDR) geninin 3’ ucunda belirlenen, Apa I, Bsm I ve Taq I en çok çalışılan kesim parçacığı uzunluk polimorfizmleridir [127]. VDR’deki Apa I polimorfizmi Alzheimer gibi nörödejeneratif hastalıkları içeren hastalıklara sebep olurken buna ek olarak paratiroid yanıtı da etkilemektedir [2, 23, 153]. Bu polimorfizmin tanımlanmasına yönelik kullanılmakta olan yöntem, RFLP (restriction fragment length polymorphism) yöntemidir [2, 127, 153]. Çalışmada, vitamin D reseptöründe görülen Apa I tek nokta polimorfizminin elektrokimyasal olarak tayinine yönelik hibridizasyona dayalı yenilenebilir bir biyosensör geliştirilmiştir. Biyosensör, Apa I polimorfizmine ait 21 bazlık sentetik tek sarmal (prob) dizilerin ve PCR ürünü dizilerinin biyosensör yüzeyine bağlanmasına ve bu oligonükleotidlerin tam karşılığı ve tek bazı hedeften farklı olan dizilerle kalem grafit üzerindeki hibridizasyonuna dayanmaktadır. Elektrokimyasal hibridizasyon indikatörü olarak çift sarmal DNA arasına interkale olan Meldola Mavisi (MDB) kullanılmıştır. dsDNA, ssDNA ve SNP içeren dizinin tayini DPV tekniği kullanılarak MDB’nin -0.130 V ± 0.005’daki voltametrik indirgenme sinyalinin değişiminin ölçülmesiyle gerçekleştirilmiştir. Çalışmada MDB sinyalini etkileyen prob ve hedef konsantrasyonu, hibridizasyon, bağlanma ve yıkama zamanı gibi birçok parametreyi inceledik. Çalışmamızda, geliştirmiş olduğumuz elektrokimyasal DNA biyosensörü VDR’deki Apa I polimorfizminin saptanmasına yönelik hızlı ve güvenilir sonuçlar vermiştir. Literatürde bu mutasyonun elektrokimyasal biyosensörle tayinine yönelik kayıta rastlanmamıştır. Yenilenebilir karbon grafit elektrodu, kolay kullanımı ve taşınabilirliğinden dolayı mikroarray teknolojisi için önemli bir özellik taşır. Ayrıca bu elektrotlar sonuçlarının tekrarlabilirliği açısından da güvenilirdirler. Hibridizasyon indikatörü olarak MDB’nin kullanımı, PCR sonrasında jel elektroforezi sırasında kullanılan etidyum bromür gibi toksik kimyasalların kullanımını uzaklaştırır. VDR’deki Apa I polimorfizminin sekanslamayla tayinine kıyasla daha ucuz alternatif bir yöntemdir. MDB’nin elektriksel aktivitesi ve DNA interkalatörü davranışı dsDNA, ssDNA ve SNP içeren dsDNA’nın birbirlerinden ayrımını mümkün kılmıştır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Analitik Kimya A.B.D.
