Siglek proteinleri ile alternatif siglek ligandları arasındaki etkileşimlerin Protein Docking Metodu ile analizi

Günümüzde kanser ve otoimmün hastalıklar bütün türleri ve yolakları bilinmeyen hastalıklar arasında bulunmaktadırlar. Kanser günümüzde en çok insan ölümüne sebep olan hastalıktır, otoimmün hastalıklar ise ölümcül olma potansiyeline sahip olan ve hastanın hayatı boyunca etkisine gösteren hastalıklardır. Her kanser tipine karşı hastayı yüzde yüz ihtimalle iyileştirebilecek bir ilaç bulunmamaktadır, bunun yanı sıra mevcut tedaviler kansere zarar vermelerine rağmen hasta ya da zarar vermektedir. Hem kanserin hem de otoimmün hastalıkların ortak özelliği tedavi edilse bile hastanın hayatı boyunca tekrar ortaya çıkma ihtimali yüksek olan hastalıklar olmalarıdır. Bu sebepten ötürü zararlı kimyasallar içermeyen ve insan vücudunda çok fazla sayıda istenmeyen etkiye sebep olmayacak ilaçlar geliştirilmelidir. Siglek proteinleri immün hücreler üzerinde bulunan, kendi hücrelerini tanıma ve immün sistemin aşağı regülasyonunda görev alan bir yüzey reseptör protein ailesidir. Her yüzey reseptör protein ailesinde olduğu gibi biyolojik sistemlerde Siglek ailesi de belirli ligand moleküllerini tanımakla yükümlüdür. Bu ligand molekülleri Siglekler arasında varyasyon göstermektedir. Bu çalışmada In silico yöntemlerden biri olan Protein Docking metodu (HADDOCK2.4) kullanılarak belirli Siglek proteinleri (2,3,5,7,8) ile belirli ligand molekülleri arasındaki etkileşimler analiz edilmiştir. Siglek proteinlerinin birbirlerinin ligand moleküllerini ya da benzer ligand molekülleri daha farklı afiniteler ile tanıdıkları saptanmıştır. Bunun yanı sıra her Siglek proteinin birden fazla bağlanma bölgesi olup farklı ligand moleküllerinin farklı bölgelere bağlandığı tespit edilmiştir. Bazı kanser türleri hücre yüzeylerini aşırı miktarda Siglek ligandları ile kaplayarak immün sistemden başarılı bir şekilde kaçmaktadırlar. Bunun yanı sıra Siglek ligandlarının ucunda bulunan Sialik asit molekülü negatif yüklü olduğundan, ligand moleküllerinin birikmesi hücrelerde negatif kutuplanma yaratıp metastaza yardımcı olmaktadır. Sonuç olarak, Siglek proteininin bağlantı bölgelerine bağlanarak sadece belirli miktarda ligand bağlanmasını sağlayacak olan yüksek afinitesi olan ligandlar, aşırı miktarda Siglek ligandı üreterek immün sistemden kaçan kanser türlerine karşı etkili olabilir.