Ege denizinden alınan sünger örneklerindeki mikrobiyal çeşitliliğin metagenomik yöntemlerle belirlenmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2012
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Çevremizdeki mikroorganizmaların % 98' inden fazlası kültüre edilememektedir. Bu durum temel ve biyoteknolojik araştırmalar ile çalışılmamış birçok mikroorganizmanın varlığını göstermektedir. Bu zorluğun üstesinden gelmek amacıyla mikrobiyal komünitelerin kültürden bağımsız genomik analizlerini sağlayan "Metagenomik yaklaşımlar" geliştirilmiştir. Deniz süngerlerinin özel mikrobiyal komüniteler ile birlikte yaşadığı varsayılmaktadır. Fakat bu mikroorganizmaların süngerlere özgül olduğu veya rastgele dağılım gösterdiği kesin olarak bilinmemektedir. Bu bilinmezliğe cevap olarak çalışmamızda, Ege Denizinden alınan iki sünger örneğindeki bakteriyel ve fungal çeşitlilik incelenmiştir. Her iki süngerde bulunan dominant bakteri-fungus çeşitliliği ve komünite yapısının ortaya çıkarılmasında metagenomik 16S rDNA ve ITS DGGE parmakizi ve filogenetik analizler kullanılmıştır. Sünger total komünite DNA' sı kollajenaz kullanan indirekt DNA izolasyon metodu ile elde edilmiş ardından 16S rDNA ve ITS amplifikasyonunu izleyen 16S rDNA ve ITS DGGE profillemesi gerçekleştirilmiştir. 16S rDNA-V3 ve ITS1 fragmentlerinden elde edilen sırasıyla 11 ve 22 DGGE bandının DNA dizi analizi gerçekleştirilerek GenBank veribankasındaki bakteri ve funguslarla karşılaştırılmıştır. Aynı bölgelerden alınan iki sünger örneğinin farklı bakteri ve fungus çeşitliliği göstermesinden dolayı mikrobiotanın sünger spesifik olduğu düşünülmektedir. Protobacteria (α- ve γ-) ve Clostridia altfilumları süngerlerde simbiyotik olarak yaşadığı tahmin edilen dominant bakterilerin çoğunluğunu oluşturmaktadır. Çalışmamızda Petrosia ficiformis' in bakteriyel çeşitliliğinin Sarcotragus sp.'den daha yüksek olduğu saptanmıştır. Sarcotragus sp.' nin fungal çeşitliliği ise Petrosia ficiformis' ten yüksektir. Her iki süngerdeki bakteriyel ve fungal çeşitliliğe bakıldığında fungal çeşitliliğin bakteriyal çeşitliliğe göre önemli derecede yüksek olduğu görülmüştür. Mikrobiyal çeşitlilik ve komünite analizlerinde doğru sonuçların gözlenmesi amacıyla DGGE parmak izi analizleri, DGGE bantı dizi analizi ve filogenetik analizler gibi moleküler yöntemler bir arada kullanılmalıdır.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Metagenomik, Denizel süngerler, 16S, ITS, DGGE, Biyoçeşitlilik., Metagenomic, Marine sponge, 16S, ITS, DGGE, Biodiversity., Biyoloji A.B.D.
