Astımla ilişkili PHYNI1 geni intron 7 polimorfizmlerinin biyoinformatik analizi

Astım genetik faktörlerin yanısıra, çevresel etmenlerin tetiklediği epigenetik mekanizmaların aracılık ettiği gen-çevre etkileşimlerine bağlı, solunum yolu obstrüksiyonu ile karakterize kronik inflamatuar bir hastalıktır. Astım hastalığı görülme sıklığı açısından değerlendirildiğinde ise Afrika kökenli bireylerin diğer etnik gruplardan daha yüksek prevalansa sahip olduğu bilinmektedir. Yapılan genom çapında ilişkilendirme çalışmalarında, Afrika kökenli bireylere özgü olarak, sadece PYHIN1 geninde astımla ilişkili tek nükleotit polimorfizmlerine rastlanmıştır. Bu tez çalışmasında; PYHIN1 geninin intron 7 bölgesinde tespit edilen iki farklı polimorfizimi içeren diziler, biyoinformatik araçlar ile Primat Takımında yer alan 11 farklı türde incelenmiş ve mikroRNA dizilerini içeren korunmuş bölgeler belirlenmiştir. Korunmuş bölgelerin referansı eşliğinde; insana ait diziden, uygun saç tokası yapısına ve termodinamik stabiliteye sahip prekürsör miRNA dizileri elde edilmiştir. Naive Bayes Sınıflandırma algoritmasını kullanan MatureBayes programı aracılığıyla pre-miRNA dizilerinden olgun miRNA dizileri tanımlanmıştır ve son olarak bu miRNA'ların hedeflediği genlerin tahminlemesi yapılarak astımla ilişkili olduğu düşünülen genler belirlenmiştir.

Asthma is a chronic inflammatory disease characterized by airway obstruction due to gene-environment interactions that are believed to be mediated by epigenetic mechanisms triggered by environmental factors as well as genetic factors. In case the prevalence of asthma is evaluated, it is known that African individuals have a higher prevalence than other ethnic groups. Genome-wide association studies showed that asthma-related single nucleotide polymorphisms were identified at PYHIN1 gene in individuals of African descent only. In this study; sequences containing two different single nucleotide polymorphisms detected in the intron 7 region of the PYHIN1 gene, were examined by bioinformatics tools in 11 different species of the Order Primates and conserved regions containing predicted miRNA sequences were identified. With reference to the conserved sites; precursor miRNA sequences with appropriate hairpin secondary structure and thermodynamic stability have gotten from human miRNA sequence. Potential mature miRNA sequences have been identified from pre-miRNA sequences via the MatureBayes program that using the Naive Bayes Classification algorithm and finally, the genes thought to be associated with asthma, targeted by these miRNAs were estimated.