Salmonella enterica türlerinin CRISPR interference (CRISPRi) sisteminin yapısal analizi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Patojenik bakterilerin sınıflandırılması ve moleküler tiplendirmesi modern mikrobiyolojide önemli bir konudur. Mikrobiyal tiplendirmenin temel amacı, mikrobiyal izolatlar arasındaki ilişkileri değerlendirmektir. Bu teknikler, enfeksiyonların kökeni ve yollarını belirlemek, salgınları doğrulamak veya önlemek, sağlıkla ilgili patojenlerin çapraz geçişini değerlendirmek, özellikle virülansı tanımlamak ve son olarak kontrol önlemlerinin etkinliğini belirlemek için büyük bir rol oynamaktadır. Geleneksel yöntemlerin daha uygun ve doğru tipleme için bakteri popülasyonu genetiği, evrimi ve moleküler epidemiyolojisini anlamalarına izin vermeyen kısıtlamaları vardır. Sene 2000'den bu yana, yüksek verimli ve yüksek çözünürlüklü moleküler tipleme yöntemleri, çoğu DNA bazlı ve PZR tabanlı yöntemler olan epidemiyolojik moleküler çalışmalarla derinlemesine bütünleşmiştir. CRISPR bölgeleri analizi, bakteriyel suşların moleküler tiplemesi ve genetik karşılaştırmalı analizleri için yeni ve güçlü bir yöntem olarak kullanılmaktadır. Prokaryotlar çok sayıda virüs çeşitliliğine rağmen gelişirler. Bu kısmen, eksojen DNA'nın etkisiz hale getirilmesi veya susturulması için çeşitli mekanizmaların gelişmesinden kaynaklanmaktadır. Bunlar arasında, Kümelenmiş Düzenli Aralıklı Kesişen Kısa Palindromik Tekrarlar (CRISPR), daha önce enfekte edici ajanların genomuna yüksek lokal benzerliği olan elementlere karşı adaptif bağışıklık sağlamada benzersizdir. Bu çalışmada, 81 Salmonella enterica'nın farklı serovarların tüm genomun CRISPR lokuslarını PZR ile analiz edilmiştir. Salmonella enterica türlerine spesifik CRISPR I ve CRISPR II bölgelerini hedef alan iki çift primer kullanılmıştır. CRISPR, Salmonella'da iki çift tipte olup, her bir çift benzer bir devir oranı, tekrarlama dizisi ve ortak bir Cas gen seti için varsayılan bağlantıyı göstermektedir. CRISPR lokuslarının spacer lokus analizi, NCBI-Blast ve CRISPRFinder veritabanları kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Bu analizlere göre, bakterileri enfekte eden ve Salmonella enterica serovarlarının özel patojenleri olmayan çok çeşitli eksojen DNA göstermektedir. 2013 ve 2014 yıllarında Ege bölgesinde aynı yerden izole edilen farklı izolat serovarları, aynı aralayıcı (spacer) kazanımını göstermiştir. Çalışmamızın sonuçları, bakterileri fajlardan korumayı ve CRISPR'nin alternatif evrimsel rollerini göstermeyi amaçlayan bağışıklık sisteminde yüksek, hassas ve dinamik bir aralayıcı çeşitliliği göstermektedir. Bu çalışmada CRISPR bölge analizinin doğası, tarihçesi ve epidemiyolojik uygulamalarını açıklamak amaçlanmıştır.;Salmonella Enterica, CRISPR, PZR, Moleküler Tiplendirme, İmmün Sistem.;Salmonella Enterica, CRISPR, PCR, Molecular Typing, Immune System.
Açıklama
Araştırmacı; Nazenin Eftekhari
Araştırma projesi -- Ege Üniversitesi, 2019
Araştırma projesi -- Ege Üniversitesi, 2019
