Yazar "Topçuoğlu, Nejat" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Burkit lenfoma, folliküler lenfoma, anaplastik büyük hücreli lenfoma hastalarına ait parafin kesitlerinde t(14;18), t(8;14), t(2;5) kromozomal yeniden düzenlenmelerin gerçek zamanlı PCR ile kantitasyonları ve kromozomal anomalilerin fluoresan in situ hibridizasyon (FISH) yöntemi ile değerlendirilmesi(Ege Üniversitesi, 2011) Hekimgil, Mine; Topçuoğlu, NejatHemato-onkolojik malinitelerde, tümör spesifik kromozomal translokasyonların ve gen amplifikasyonlarının tespiti, bu lezyonların tanı ve prognostik açıdan degerlendirilmesinde giderek artan öneme sahiptir. Çalısmamızda, folliküler lenfoma tanılı olgularda, gerçek zamanlı PCR, semi-nested PCR ve multipleks PCR yöntemi olmak üzere 3 farklı PCR yöntemi kullanılarak MBR yeniden düzenlenmesi kalitatif ve kantitatif olarak tespit edilmistir. Otuz dört olgunun 26'sında DNA izolasyonu basarılı olmus ve MBR yeniden düzenlenmesi için sırasıyla semi-nested ile %79,17, multipleks ile %41,67 ve gerçek-zamanlı PCR ile %33,33 oranında pozitif olarak saptanmıstır. MBR negatif saptanan 5 olgu gerçek-zamanlı PCR ile MCR negatif olarak saptanmıstır. FISH yöntemiyle nukleus izolasyonu basarılı olan 16 olgunun 15'i t(14;18) translokasyonu için pozitif, sadece bir olgu ise negatif olarak saptanmıstır. Burkitt lenfoma tanılı olgularda t(8;14) translokasyonu expand long PCR yöntemi ve FISH metodu ile arastırılmıstır. Üç olguya ait taze doku örnegi, 2 olgunun imprint örnegi ve 2 olgunun periferik kan örnegi MYC/IgH yeniden düzenlenmesi için pozitif olarak saptanmıstır. Parafin kesitlerde ise 2 örnekte MYC/IgH yeniden düzenlenmesi pozitif olarak bulunmustur. On altı olgunun parafin doku örnegi DNA degradasyonu nedeniyle degerlendirilememistir. FISH analizinde ise olgulara ait 3 taze doku örnegi, 2 imprint ve 2 periferik kan örnegi MYC/IgH yeniden düzenlenmesi için pozitif olarak saptanmıstır. Parafin doku örneklerinden 9 olguda t(8,14) translokasyonu pozitif bulunmustur ve bir olguda da 8. ve 14. kromozomun parsiyel trizomisi saptanmıstır. . Anaplastik Büyük Hücreli Lenfoma tanılı olgulara ait 4 olguda, t(2,5) translokasyonunun degerlendirilmesi amacıyla PCR analizi için RNA izolasyonu yapılmıs fakat parafin dokularda RNA izolasyonu basarılı olmamıstır. Fakat bu örneklerin 2' sinde nukleus izolasyonu basarılı olmus ve FISH yöntemine göre bu örnekler t(2;5) translokasyonu pozitif bulunmustur. Sonuç olarak, hem farklı PCR yöntemlerinin, hem de FISH yönteminin kullanılmasının tümörün genetik karakterizasyonunun aydınlatılmasına olanak saglayacagı kanısındayız. Temel moleküler yöntemlerin, güncel terapötik yaklasımlara yeni boyutlar kazandıracagını, ayrıca moleküler tanıda alınan yolun bireye özgü tedavi yönteminin uygulanması adımını hızlandıracagını düsünmekteyiz.;Non-Hodgkin Lenfoma, Folliküler Lenfoma, FISH, multipleks PCR, semi-nested PCR.;Non-Hodgkin Lymphoma, Follicular Lymphoma, FISH, multiplex PCR, seminested PCR.Öğe İdrardaki metalloproteaz-2 ve metalloproteaz-9'un böbrek kanserindeki önemi(Ege Üniversitesi, 2011) Kosova, Buket; Topçuoğlu, NejatRenal Cell Carcinoma, MMP-2, MMP-9, ELISA, Gelatin Zymography.;Renal hücreli karsinom, MMP-2, MMP-9, ELISA, jelatin zimografi.Öğe Leitz AMR 1000 modeli taramalı elektron mikroskopun onarımı ve sayısal görüntüleme sistemine döndürülmesi(Ege Üniversitesi, 2011) Tetik, Aslı; Aktan, Çağdaş; Topçuoğlu, NejatFakültemizde Patoloji Anabilim Dalına 1976 yılında alınmıs olup, isler hale getirilmis olan Leitz AMR-1000 Modeli Taramalı Elektron Mikroskop (SEM), birçok arastırmada kullanılmıstır. 1983 yılında bina degisikligi nedeniyle Hastane içine tasınmıs ve Tıbbi Biyoloji Anabilim Dalına kurulmustur. 2009 yılına kadar çalısan SEM, yeni yapılan Elektron Mikroskop merkezine tasınmıs ve bir alt yapı projesi ile Görüntüleme sistemi Digital Görüntüleme Sistemine dönüstürülmüstür. Bu çalısmada birinci bölümde Leitz AMR 1000 Taramalı Elektron Mikroskopun Analog sistemi ve özellikleri anlatılmıstır kinci bölümde Sayısal Görüntüleme sistemi ve kullanılısı anlatılmıstır. Sayısal görüntüleme sistemi: "Orion version 6 High Resolution, 32 bits PCI Image Grabbing System for WindowsTM, 2000 and XP" kurulmus ve isler hale getirilmistir. Orion 6 Sistemi: Ana Sistem ve istege baglı degisik uygulamaları içeren 2 bölümden olusmaktadır. 1- Ana sistem, asagıdaki fonksiyonları sunmaktadır: - Görüntüleme ve fotograf modlarında yavas taramada görüntü yakalama - Görüntüyü ayrıntılı bir sekilde büyütme - Görüntü kirliligini azaltma için piksel ayarlama - Bilinen tüm görüntü formatlarında kayıt ve erisilebilirlik 2- stege baglı modüller: Kullanıcının günlük isleri ile ilgili spesifik fonksiyonlar eklemesine izin verir. 5 farklı seçenek içerir: - Grafik araçları - Makro komutlar - EDX haritalama - 3D görüntüleme ( Anaglyps ) - Carl Zeiss® DSMs için RS 232 erisim kontrolü Eski bir SEM olmasına karsılık uzun yıllar, dikkatli ve temiz kullanılmıs olan mikroskop, digital görüntüleme sisteminin eklenmesi ile 2011 modeli yeni bir SEM olarak isler hale gelmistir. Elinde modeli eskimis olsada, taramalı elektron mikroskop (SEM) yada Geçirimli Elektron Mikroskop (TEM) bulunan üniversitelerin olanak varsa digital görüntüleme sistemi eklemek suretiyle mikroskoplarını yenilemelerini öneriyoruz.Öğe Lökomogenez'de yeni bir yaklaşım olarak URG4'ün sinyal iletim yolakları ilişkisinin araştırılması(Ege Üniversitesi, 2010) Dodurga, Yavuz; Topçuoğlu, NejatAcute lymphoblastic leukemia, Acute myeloid leukemia, Cell Cycle, URG4.;Akut Lenfoblastik Lösemi, Akut Myeloid Lösemi, Hücre Döngüsü, URG4.;Bu çalısmada, hücre döngüsünde fonksiyonel olan genlerin ve yeni onkogen adayı URG4'ün islevsel rollerini, ekspresyon düzeyinde kantitatif olarak tanımlayarak, elde edilecek bulgulardan gelistirilecek olan gen ekspresyon profil modeli ile lökomogenezdeki degisimlerin arastırılması amaçlandı. Çalısmamıza 0-18 yas aralıgında 40 yeni tanı ALL-AML olguları ve 6 kontrol grubuna ait kemik iligi örnekleri çalısmamıza dahil edildi. Toplam RNA'ları elde edildikten sonra, komplementer DNA sentezleri gerçeklestirildi. Elde edilen cDNA'lar 96 kuyucuklu plate'lere uygun karısımlar hazırlanarak yüklendi ve LightCycler® 480 Gerçek Zamanlı RT-PZR'da kantitatif olarak degerlendirildi. T-ALL grubunda, CHEK1, URG4, CCNG1, CCNC, CDC16, KRAS, CDKN2D; Prekürsör B-ALL grubunda CCND2, ATM, CDK8, CHEK1, TP53, CHEK2, CCNG2, CDK4, CDKN2A, E2F4, CCNC, KRAS; AML grubunda CCND2, CDK6 genlerinde ekspresyon artıslarının anlamlı oldukları saptandı. Lökomogenezde sorumlu sinyal yolakları kısmen tanımlanmıs olsa da, akut lösemi alt gruplarında anlamlı olarak saptanan yeni genetik belirteçler, akut lösemilerin erken tanı ve tedavisinde yeni protokollerinin gelistirilmesine olanak saglayabilecektir.Öğe Mısır çekirgesi (Anacridium Aegyptium L.) da beyin ve ona bağlı endokrin bezlerin morfolojisi(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 1971) Topçuoğlu, NejatAnacridium aegyptium'da erkek ve dişi fertler üzerinde, beyin nörosekresyon merkezleri ona bağlı endokrin organlar ve bunlar arasındaki sinir bağlantıları total olarak araştırılmıştır. Total boyamada, DOGRA ve TANDON (1964), metodu ve BRAAK (1962), boya metodları birleştirilerek uygulanmıştır. Erkek fertler üzerinde yapılan histolojik çalışmada, aldehyde-fuchsin (GOMORI, HALMI, DAWSON) boya metodu uygulanmıştır. Çalışmada, elde edilen sonuçlar; A- Genel morfoloji, B-Total boyama sonuçları, C- Histolojik sonuçlar olarak tasnif edilmiştir. Genel morfolojide, beyin ve ona bağlı bezlerin lokalizasyonu ve sinir bağlantıları gösterilmiştir. Total boyama sonunda beyin pars intercerebralis bölgesinde median nörosekresyon hücreleri ve bunlardan çıkan aksonlar boyanmaktadır. Aksonlar, nervus corporis cardiaci l ile nörosekresyon matreyalini corpora cardiaca'nın anterior lobuna boşaltılır. Posterior corpora cardiaca ve corpora allata boyanmaz. Histolojik olarak, erkek fertlerde pars intercerebralis median nörosekresyon hücre tipleri, A, B, C, ve dev sinir hücresi olarak tespit edilmiştir. Erkek fertlerle dişi fertler arasında hücre tipleri bakımından fark görülmemiştir. Gerek total boyama, gerek histolojik araştırma sonuçları, Anacridium aegyptium'da lateral grup nörosekresyon hücrelerinin varlığını ortaya koyamamıştır. Bu hususun aydınlatılması için, farklı gelişme devrelerindeki fertlere, değişik metodların uygulanması ile çözüm bulunabileceği düşünülür.
