Yazar "Kaplan Türköz, Burcu" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Lactococcus lactis ekspresyon sistemi ile gıdalarda kullanıma uygun rekombinant proteinlerin üretimi: Levansukraz ve bitkisel tatlı proteinler
    (Ege Üniversitesi, 2024) Kaplan Türköz, Burcu; Göksungur, Mehmet Yekta; Şimşek, Ömer
    Biyoteknolojik uygulamalar için sayısız rekombinant proteinler üretilmekte olup, bu amaçla birçok farklı ekspresyon sistemleri geliştirilmiştir. Lactococcus lactis, genom özelliklerinin iyi bilinmesi, hücre dışına protein salgılama sistemlerinin iyi çalışması ve özellikle gıdalara doğrudan eklenebilecek proteinlerin üretimi için kullanılabilirliği ile iyi bir ekspresyon sistemi haline gelmiştir. Projenin amacı, sakkarozu parçalayıp prebiyotik fruktoz polimerleri oluşumunu katalizleyen levansukraz enziminin ve kalorisi olmayan ve tatlandırıcı olarak kullanılabilecek bitkisel tatlı protein benzeri proteinlerin üretiminde L.lactis ekspresyon sisteminin kullanılmasıdır. Bu amaçla levansukraz ve bitkisel tatlı protein benzeri proteinleri kodlayan genleri pLEB825 plazmidine PnisA promotörü altına yerleşecek şekilde klonlama ve plazmidleri Lactococcus lactis NZ9000 hücrelerine aktarma çalışmaları yapılmıştır. Bitikisel tatlı protein benzeri seçili iki protein başarıyla klonlanmıştır. Thaumatin benzeri protein için plazmid transformasyon sonrası protein üretimi gerçekleştirilmiş ve saflaştırma protokolü oluşturulmuştur. Ancak daha sonra aynı hücrelerden protein üretimi sağlanamamıştır. Yapılan analizler doğrultusunda plazmidlerin hücrelerden atıldığı görülmüştür. Mabinlin benzeri protein için ise farklı koşullarda indüksiyon denenmiş ancak rekombinant protein üretimi tespit edilememiştir. Levansukraz kodlayan gen bölgesi tüm denemelere rağmen pLEB825 plazmidine klonlanamamıştır. Bu duruma çözım olarak başka bir plazmide klonlama çalışmaları yapılmış ve pNZ8148 plazmidine levansukraz geni başarıyla klonlanmıştır. Bu plazmidi taşıyan NZ9000 hücreleri ile rekombinant levansukraz üretiminin de başarıyla gerçekleştiği gösterilmiştir. Tüm bu çalışmalara parallel olarak plazmid taşıyan rekombinant hücrelerin, düşük şeker içeriği nedeniyle kolay bozulabilen bir atık olan peynir altı suyu içeren farklı ortamlarda üretim olanakları incelenmiş ve PAS ortamında verimli şekilde rekombinant L.lactis hücrelerinin ürediği gösterilmiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Probiyotik Bifidobacterium breve'nin bağışıklık düzenleyici tır proteininin tanımlanması, klonlanması ve rekombinant üretimi
    (Ege Üniversitesi, 2019) Kaplan Türköz, Burcu
    Bağışıklık düzenleyici özelliğe sahip probiyotikler üzerine yapılan çalışmalar, probiyotiklerin ürettikleri moleküllerle bağışıklık sistemini etkileyebildiklerini göstermiştir. Bu etkileşimde hücre yüzeyinde bulunan Toll benzeri reseptörlerin (TLR) de rol aldığı düşünülmektedir. Çeşitli bakteriyel TIR domain proteinleri, yapısal olarak insan TIR domain proteinlerini taklit ederler ve sinyal iletimini değiştirerek bağışıklık cevabını yönlendirirler. Probiyotiklerin TIR domain yapısında proteinlere sahip olabileceği düşünülerek yapılan biyoinformatik taramalarda Bifidobacterium breve 'nin genomunda olası TIR domaini dizisine ulaşılmıştır. Bu tezde, probiyotik Bifidobacterium breve 'nin olası TIR domain proteinin (BbTIR) klonlanması, rekombinant üretimi ve saflaştırılması amaçlanmıştır. Biyoinformatik yöntemlerle, çoklu dizi hizalamalarla BbTIR 'ın korunan TIR domain desenleri içerdiği doğrulanmıştır. PZR ile çoğaltılan bbtir, pETM11-SUMO3GFP ve pET151/D-Topo plazmidlerine klonlanmıştır. Farklı ekspresyon hücrelerinden ve farklı sıcaklıklarda rekombinant protein üretimi için optimum koşullar belirlenmiştir. 6his-BbTIRV1 ve 6his-BbTIRV2 proteinlerinin üretimi için optimum üretim koşulları 1 mM IPTG ile Rossetta 2 hücrelerinden sırasıyla 20 oC geceboyu ve 25 oC 6 saat indüksiyon olarak belirlenmiştir. Rekombinant proteinler, kırılma ürünü olduğu düşünülen ve TIR domain moleküler ağırlığına denk gelen bir proteinle beraber nikel afinite kromotograsisi ile saflaştırılmıştır. Jel filtrasyon kromotografisi ile oligomerik yapısı incelenmiş ve 50 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, %10 gliserol, 10 mM DTT tamponuyla yapılan jel filtrasyon kromotografisi ile protein monomerik formda elde edilmiştir. Elde edilen deneysel sonuçlar, biyoinformatik analizler; çoklu dizi hizalamaları ve protein yapısı modelleri ile desteklenmiş ve probiyotik bakteri TIR domain proteinlerinin yapısal olarak TIR domain protein özelliklerine sahip oldukları bu tez çalışması ile gösterilmiştir.;Probiyotikler, Bakteriyel TIR Domain Proteinleri, Gen Klonlama, Rekombinant Protein Üretimi, Protein Saflaştırma.;Probiotics, Bacterial TIR Domain Proteins, Gene Cloning, Recombinant Protein Production, Protein Purification.