Probiyotik Bifidobacterium breve'nin bağışıklık düzenleyici tır proteininin tanımlanması, klonlanması ve rekombinant üretimi
Küçük Resim Yok
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/closedAccess
Özet
Bağışıklık düzenleyici özelliğe sahip probiyotikler üzerine yapılan çalışmalar, probiyotiklerin ürettikleri moleküllerle bağışıklık sistemini etkileyebildiklerini göstermiştir. Bu etkileşimde hücre yüzeyinde bulunan Toll benzeri reseptörlerin (TLR) de rol aldığı düşünülmektedir. Çeşitli bakteriyel TIR domain proteinleri, yapısal olarak insan TIR domain proteinlerini taklit ederler ve sinyal iletimini değiştirerek bağışıklık cevabını yönlendirirler. Probiyotiklerin TIR domain yapısında proteinlere sahip olabileceği düşünülerek yapılan biyoinformatik taramalarda Bifidobacterium breve 'nin genomunda olası TIR domaini dizisine ulaşılmıştır. Bu tezde, probiyotik Bifidobacterium breve 'nin olası TIR domain proteinin (BbTIR) klonlanması, rekombinant üretimi ve saflaştırılması amaçlanmıştır. Biyoinformatik yöntemlerle, çoklu dizi hizalamalarla BbTIR 'ın korunan TIR domain desenleri içerdiği doğrulanmıştır. PZR ile çoğaltılan bbtir, pETM11-SUMO3GFP ve pET151/D-Topo plazmidlerine klonlanmıştır. Farklı ekspresyon hücrelerinden ve farklı sıcaklıklarda rekombinant protein üretimi için optimum koşullar belirlenmiştir. 6his-BbTIRV1 ve 6his-BbTIRV2 proteinlerinin üretimi için optimum üretim koşulları 1 mM IPTG ile Rossetta 2 hücrelerinden sırasıyla 20 oC geceboyu ve 25 oC 6 saat indüksiyon olarak belirlenmiştir. Rekombinant proteinler, kırılma ürünü olduğu düşünülen ve TIR domain moleküler ağırlığına denk gelen bir proteinle beraber nikel afinite kromotograsisi ile saflaştırılmıştır. Jel filtrasyon kromotografisi ile oligomerik yapısı incelenmiş ve 50 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, %10 gliserol, 10 mM DTT tamponuyla yapılan jel filtrasyon kromotografisi ile protein monomerik formda elde edilmiştir. Elde edilen deneysel sonuçlar, biyoinformatik analizler; çoklu dizi hizalamaları ve protein yapısı modelleri ile desteklenmiş ve probiyotik bakteri TIR domain proteinlerinin yapısal olarak TIR domain protein özelliklerine sahip oldukları bu tez çalışması ile gösterilmiştir.;Probiyotikler, Bakteriyel TIR Domain Proteinleri, Gen Klonlama, Rekombinant Protein Üretimi, Protein Saflaştırma.;Probiotics, Bacterial TIR Domain Proteins, Gene Cloning, Recombinant Protein Production, Protein Purification.
Açıklama
Araştırmacı; Dicle Dilara Akpınar
Araştırma projesi -- Ege Üniversitesi, 2019
Araştırma projesi -- Ege Üniversitesi, 2019
