Yazar "Bakar, Bahar" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Gıda kaynaklı protein ve biyoaktif peptit eldesi, saflaştırılması ve karakterizasyonunda kullanılan güncel yöntemler ve biyoinformatik yaklaşımlar(2023) Bakar, Bahar; Kartal, Canan; Türköz, Burcu Kaplan; Ötleş, SemihGünümüzde, beslenme alışkanlıkları ile insan sağlığı arasındaki ilişkinin ortaya konulması özellikle gıda kaynaklı biyoaktif bileşenleri hedef alan çalışmaların giderek artmasına sebep olmaktadır. Gıda kaynaklı peptitler ise sahip oldukları potansiyel biyoaktivite ile araştırmacılar için oldukça önemli bir alan olarak ortaya çıkmıştır. Biyoaktif peptitler, birçok sağlık etkisine sahip olan spesifik amino asit dizileridir ve sindirim enzimleri, proteolitik enzimler veya fermantasyon sonucu gerçekleşen protein hidrolizi ile ortaya çıkmaktadır. Protein hidrolizatları ve peptitlerin elde edilmesinde geleneksel hidroliz metotlarının yanı sıra birçok yeni teknoloji kullanılmakta, saflaştırılması aşamasında ise yeni membran ve kromatografi yöntemlerinden faydalanılmaktadır. Biyoaktivitesi tespit edilen peptitlerin amino asit dizileri ise çeşitli kütle spektrometresi yöntemleri ile belirlenmektedir. Bununla beraber, biyoaktif peptit tahminlemesi, tanımlanması, amino asit dizisi belirlenmesi ve karakterizasyonu amacıyla çok sayıda biyoinformatik araç geliştirilmiştir. Mevcut derleme, gıda kaynaklı protein ve hidrolizat eldesi, peptit ayrıştırılması, saflaştırılması ve yapısal karakterizasyonu için kullanılmakta olan deneysel ve biyoinformatik yöntemlerin geniş bir literatür özetini sunmayı hedeflemektedir.Öğe Probiyotik Lactobacillus casei 21/1'nin olası bağışıklık düzenleyici tır domain proteininin tanımlanması, rekombinant üretimi, saflaştırılması ve biyoinformatik analizi(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2019) Bakar, Bahar; Kaplan Türköz, BurcuProbiyotiklerin hücre bileşenleri veya ürettikleri moleküllerle insan bağışıklık sistemini etkileyebildikleri bilinmektedir. Bağışıklık sistemindeki önemli kontrol noktalarından biri Toll Benzeri Reseptör (TLR) sinyal yolağı ve bu sinyal yolağının en önemli elemanları TIR domain proteinleridir. Bakterilerin de TIR domaini içeren proteinleri üretebildikleri ve hatta patojenlerin, bu sinyal yolağını kendi TIR domain proteinleriyle etkileyebildikleri gösterilmiştir. Bununla birlikte probiyotiklerin de TLR sinyal yolağı üzerine etkileri olduğu bilinmektedir, ancak etki mekanizması açıklanamamıştır. Bu tez çalışmasında, bahsedilen etki mekanizmasının anlaşılmasına yönelik, TLR sinyal yolağı üzerine olası etki gösterebilecek probiyotik kökenli bir TIR domain proteininin rekombinant üretimi ve karakterizasyonu yapılması hedeflenmiştir. Bu bağlamda, yapılan BLAST aramasıyla probiyotik Lactobacillus casei 21/1 genomunda kodlanan bir TIR domain bölgesi (lctir) bulunmuştur. Genomik DNA'nın eldesiyle lctir; pET151D/TOPO, pETM11-SUMO3GFP ve pGEX-4T2 plazmitlerine klonlanmış ve ilgili protein (LcTIR) farklı füzyon partnerleriyle üretilmiştir. Protein üretim optimizasyonu sonucu en verimli üretim; pGEX-4T2-lctir rekombinant plazmiti ile, Ros(DE3)pLysS hücresinden 37°C'de ve 0.5mM IPTG indüksiyonu ile elde edilmiştir. Çözünürlük testi sonucunda proteinin büyük oranda çözünür olmayan fraksiyonda kaldığı tespit edilmiştir. Ayıca, I-TASSER ve RaptorX ile yapılan LcTIR protein modellerinin, TIR domain karakteristik katlanmasına uygun olduğu ve çoklu dizi hizalamaları ile TIR domainlerle korunmuş bölgelerde yüksek benzerlik taşıdığı gösterilmiştir. Böylece literatürde ilk kez probiyotik kökenli bir TIR domain proteini karakterize edilmiştir. Bu çalışmanın, probiyotik TIR proteinlerinin insandaki bağışıklık sistemi üzerine olan etkileri ile ilgili yapılacak araştırmalara ve yapı çözme çalışmalarına öncü bir basamak olacağı düşünülmektedir.Öğe Structural and molecular characterization of collagen-type I extracted from lamb feet(Wiley, 2023) Ata, Özge; Bakar, Bahar; Kaplan Turkoz, Burcu; Kumcuoğlu, Seher; Aydoğdu, Yıldırım; Gümüştaş, Barış; Dinler Doğanay, GizemThis study aimed to extract collagen-I from lamb feet (LF) and examine the effects of ultrasound treatment on the structural and molecular characteristics of the collagen. Compared to ultrasonic bath treatment and conventional extraction methods, ultrasonic probe (USP) treatment significantly increased the collagen content of the extract (p < 0.05). The electrophoretic profiles confirmed the presence of alpha- and beta-chains, indicating it as type I. Furthermore, X-ray diffraction, Fourier-transform infrared spectroscopy, and circular dichroism spectra analyses revealed that the extraction method did not adversely affect the triple helix structure of the collagen. Moreover, the fibrillar structure of the collagen samples was verified through scanning electron microscopy analyses. Notably, the LF collagen exhibited a high thermal denaturation temperature owing to its elevated imino acid content. The collagen samples exhibited high solubility in acidic pH but low solubility in high salt concentrations. The present findings signified that sonication with USP can effectively enhance the yield of collagen from LF without compromising its quality.Öğe Structural Bioinformatics Approach in Bioactive Peptide Research: Tomato Vicilin Case Study(2019) Türköz, Burcu Kaplan; Bakar, Bahar; Kartal, Canan; Ötleş, Semih…Öğe UV-crosslinked collagen-chondroitin sulfate nanofibers: Insights on production, characterization, in-vitro digestibility(Elsevier Sci Ltd, 2024) Ata, Ozge; Bakar, Bahar; Kaplan Turkoz, Burcu; Kumcuoglu, Seher; Kazanci, Murat; Tavman, SebnemElectrospun polymer nanofibers have significant attention in various fields. In this study, collagen/chondroitin sulfate (Col/CS) nanofibers were fabricated by electrospinning, the effect of solution and processing parameters on fiber morphology was investigated. The resulting fibers were exposed to UV light for the crosslinking process. Granola bars with Col/CS nanofibers were prepared and subjected to in vitro digestion. The electrospun Col/CS nanofibers, fabricated at a 95:5 (w/w) ratio under 26 kV voltage, 0.8 mL/h feeding rate, and a 15 cm tip-to-collector distance, exhibited a smooth, bead-free fibrous morphology with an average diameter of 79.88 +/- 6.01 nm. After UV-crosslinking, no new bands were observed in the FTIR spectrum, but notable changes occurred in the Amide I and II regions. Granola bars containing Col/CS nanofibers exhibited significantly higher Col content in the intestinal digestion fraction of in vitro digestion compared to the control group (free Col + CS). On the other hand, no significant difference was observed between the CS content of the samples after intestinal digestion. These findings demonstrate that electrospinning followed by UV crosslinking is an effective method for producing Col/CS fibers without the use of harsh solvents, highlighting Col/CS nanofibers as promising candidates for the development of novel functional foods.
