Yazar "Özsöz, M. Şengün" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Bazı maddelerin DNA ile etkileşmesinin incelenmesi ve elektrokimyasal DNA biyosensörlerinin tasarımında uygulanması
    (Ege Üniversitesi, 2002) Kerman, Kağan; Özsöz, M. Şengün
    Çalışmamızda rutenyum bipiridin ([Ru(bpy)3] 2+) metal kompleksinin ve benzo[a]piren (BaP) polisiklik aromatik hidrokarbonun DNA ile etkileşmesi, elektrokimyasal yöntemlerle; katı fazda, karbon pastası elektrodu (CPE) kullanılarak incelendi. Metilen mavisi (MB), meldola mavisi (MDB) ve fenolftalein (PPT) gibi organik boyar maddelerin DNA ile etkileşmesi, elektrokimyasal yöntemlerle; asılı civa damla elektrodu (HMDE) kullanılarak incelendi. Bu maddelerin çift sarmal DNA (dsDNA) ve tek sarmal DNA (ssDNA) ile etkileşmesi sonucu verdiği yanıtlar arasındaki farklılıklar diferansiyel puls voltametri tekniği (DPV) veya dönüşümlü voltametri tekniği (CV) kullanılarak incelendi. Deneysel parametrelerdeki farklılık (ortam ve pH, madde derişimi, DNA derişimi, madde-DNA etkileşme süresi) DPV tekniğiyle incelendi. [Ru(bpy)3] 2+ ve BaP'in sentetik polinükleotitlerle olan etkileşimi de CPE kullanılarak voltametrik yöntemlerle incelendi. [Ru(bpy)3] 2+, BaP'in MB'nin ve PPT'nin dsDNA ve ssDNA ile etkileşmesinde, elde edilen sonuçlara bakıldığında, ssDNA tutturulmuş CPE ile elde edilen yanıtın, dsDNA tutturulmuş CPE ile elde edilenden daha büyük olduğu gözlenmiştir. MDB'nin dsDNA ve ssDNA ile etkileşmesinde, elde edilen sonuçlara bakıldığında, dsDNA tutturulmuş CPE ile elde edilen yanıtın, ssDNA tutturulmuş CPE ile elde edilenden daha büyük olduğu gözlenmiştir. [Ru(bpy)3] 2+, BaP'in MB'nin ve PPT'nin DNA ile etkileşmesi sonucunda elde edilen voltametrik sinyaller azalan şekilde sırasıyla; ssDNA tutturulmuş CPE, CPE, dsDNA tutturulmuş CPE şeklinde bulunmuştur. Buna karşın MDB ile DNA'nın etkileşmesi sonucunda elde edilen voltametrik sinyaller azalan şekilde sırasıyla; dsDNA tutturulmuş CPE, CPE, ssDNA tutturulmuş CPE olarak bulunmuştur. Microcystis spp. mikroorganizmasına ilişkin DNA dizisinin [Ru(bpy)3] 2+ kullanılarak gerçekleştirilen elektrokimyasal tayin çalışmasında, öncelikle hibridizasyon koşulları optimize edildi. Oligonükleotidlerle yapılan çalışmalarda da benzer sonuçlar elde edilmiştir. [Ru(bpy)3] 2+, BaP'nin MB'nin guanin bazlarına özgül bağlanarak etkileşimde bulunduğu saptanmıştır. PPT'nin DNA ile zayıf elektrostatik bir etkileşimde bulunduğu gözlenmiştir. MDB'nin interkalasyon yaptığı gözlenmiştir. MB'nin ve MDB'nin belirli koşullar altında yeni bir hibridizasyon indikatörü olarak kullanılabileceği bulunmuştur.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Çeşitli bulaşıcı ve kalıtsal hastalıklara neden olan gen dizilerini içeren PCR ürünü örnekler kullanılarak elektrokimyasal DNA biyosensörleriyle bu hastalıkların saptanması
    (Ege Üniversitesi, 2003) Özsöz, M. Şengün; Erdem, Kadriye Arzum; Kara, Pınar; Kerman, Kağan
    Bu çalışmada, elektrokimyasal DNA biyosensörlerine dayalı indikatörlü ve indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemleri geliştirildi, bu yöntemlerin kalıtsal ve bulaşıcı hastalıkların tayininde klinik olarak uygulanabilirliği gerçek hasta örnekleri kullanılarak gösterildi. Çalışmada ilk olarak interkalatif özelliği ile hibridizasyon indikatörü olarak kullanılan Meldola Blue (MDB) ile, indikatörlü DNA dizi algılama yöntemine dayalı; genomları bakımından birbirlerine çok benzeyen, vücutta oluşturduğu enfeksiyon bölgeleri bakımından farklılık gösteren Herpes Simplex (HSV) Tip I ve Tip II virüslerinin tayini ve birbirlerinden ayırımı gerçekleştirildi. Hastalığın tayini ve iki tip virüsün birbirinden ayırımı, her iki tipe ait prob kullanılarak, hem sentetik oligonükleotitler ile hem de hasta örneklerinden hazırlanmış PCR ürünleri ile gerçekleştirildi. Çalışma elektrot yüzeyine kovalent olarak bağlanan prob dizilerin hedef diziler (sentetik oligonükleotitler ve denatüre edilmiş PCR ürünleri) ile hibridizasyonundan sonra MDB ile etkileşimlerinin ardından MDB sinyallerindeki farklılıkların diferansiyel puls voltametresi (DPV) ile ölçülmesine dayandırıldı. PCR ürünleriyle yapılan çalışmalar değerlendirildiğinde yöntemin klinik alanda uygulanabilirliği gözlendi. Çalışmanın ikinci bölümünde indikatörsüz DNA dizi algılama yöntemine yönelik elektrokimyasal DNA biyosensörü tasarlandı ve bu yöntemle ileri derecede boy kısalığı yapan ve tüm toplumlarda sıkça rastlanan bir iskelet displazisi hastalığı olan, 4numaralı kromozomun p kolunun 16.3 bölgesinde yer alan fibroblast büyüme faktörü reseptör 3 (FGFR3) geninin 1138. nükleotidinde yer alan guanin bazının adenin ve ya sitozine dönüşümü ile ortaya çıkan Akondroplazi G 380R mutasyonunun tayini yapıldı. Yöntem elektrot yüzeyine elektrostatik olarak bağlanan inozinli probun ve hibridizasyondan sonra diferansiyel puls voltametresiyle alınan Guanin sinyallerinin farklılanması esasına dayandırıldı. Guanin analoğu olan inozinli problar ile hiçbir elektrokimyasal yanıt alınmaz iken karşılığı olan hedef dizi ile, hedef dizinin sahip olduğu guaninler sayesinde 1.0 V' da guanin sinyali alındı ancak, tek bazı farklı olan hedef ile hibridizasyondan sonra prob gibi hiçbir sinyal gözlenmedi. Bu da EVET/ HAYIR SİSTEMİ' nin esasını oluşturdu. Çalışma hem sentetik oligonükleotitler ile hem de hasta örneklerinden hazırlanmış PCR ürünleri ile gerçekleştirildi. Çalışmada iki tip prob kullanılmasıyla, tek nokta mutasyonunun tayini yanısıra heterozigot - homozigot ayırımı da yapıldı. Böylece tüm sonuçlar değerlendirildiğinde çalışmanın kliniğe uygulanabilirliği saptandı.