Yazar "Öktem, Gülperi" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 20 / 38
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Binoküler ışık mikroskobu kullanımının tıp eğitimine kazandırdıkları:(Ege Üniversitesi, 2007) Aktuğ, Hüseyin; Ateş, Utku; Öktem, Gülperi; Yavaşoğlu, AltuğMedicine, education, microscopy, evaluation.;Tip, egitim, mikroskop, degerlendirme.;Üniversiteler yeni bilgi teknolojilerinin en çok kullanildigi egitim kurumlaridir. Çagdas egitimi yakalamanin ve egitimde basariyi saglamanin yollarindan biri de teknolojik gelismeleri takip etmektir. Bu baglamda, imkanlar ölçüsünde teknolojik gelismelere sahip çalisma ortamlarinin saglanmasi gerekliligi ortaya çikmaktadir. Son yillarda Türkiye?de Tip Fakültelerindeki egitimin iyilestirilmesi açisindan önemli gelismeler yasanmaktadir. Degisik toplantilarda ve kongrelerde tip egitimindeki sorunlar ele alinmakta, çagdas tip egitimi sistemleri ve yöntemleri üzerinde durulmaktadir. Bunun yaninda , ülkemizde bulunan birçok tip fakültesinde egitimin iyilestirilmesi amaciyla çesitli çalismalar yürütülmektedir. Bu yeni yapilandirmaya paralel olarak Tip egitiminin en alt basamaklardan itibaren daha iyiye gitmesi amaciyla Tibbi biyoloji, Parazitoloji ve Histoloji- Embriyoloji gibi temel ve Patoloji gibi klinik bilim dallarinin pratik derslerini isledikleri Mikroskopi Salonu?muzun daha kullanilabilir olmasina ve ögrenci egitiminin daha efektif hale getirilmesine yönelik bu proje ortaya çikmistir. Proje kapsaminda 70 adet binoküler isik mikroskobu ve 1 adet egitici mikroskop alinarak egitim kalitesi ve mikroskopi salonunun sartlarinin daha iyi olmasi amaçlanmistir. Böylece, basta tip fakültesi olmak üzere, dis hekimligi ve birçok meslek yüksek okulunda egitim gören ögrencilerimizin mikroskopla ilgili egitim gördükleri dersleri daha iyi takip edebilmeleri saglanmistir. Egitim kalitesini arttirmaya yönelik bu proje ile ilgili hazirladigimiz ve tip fakültesi I. siniflara uyguladigimiz anket sonuçlari da bu projenin hakli sonuçlarini ortaya koymaktadir. "Binoküler isik mikroskobu kullaniminin tip egitimine kazandirdiklari: nitelik ve nicelik degerlendirme" konulu projemizin kapsaminda hazirladigimiz anket sonuçlari degerlendirildiginde: tip I. sinif ögrencilerimizin %99.2?sinin mikroskop kullanma kolayligina katkida bulundugu, %98.5?inin histolojik figürlerin net olarak ayirt edilmesine tamamen katki sagladigi, %85.4?ünün histolo ji pratik uygulama sinavlarina tamamen katkisinin oldugu, %93.2?sinin mikroskopi uygulama içeren derslere tamamen ilgide artis sagladigi, %99.2?sinin mikroskop kullaniminin teorik derslerin daha net ve iyi anlasilmasina katkida bulundugu sonuçlari ortaya konmustur. Bunlara paralel olarak, ögrencilerimizin %32.7?sinin yil içinde eski ve yeni mikroskoplari dönüsümlü olarak kullanmanin egitimlerini olumsuz yönde etkiledigini ortaya koymustur. Bu bulgular, binoküler isik mikroskobu kullaniminin ve uygun çalisma ortami saglamanin ögrencilerimizin memnuniyet oranlarini arttirdigini ve egitim basarilarini olumlu etkiledigini göstermektedir.Öğe CD133+/CD44+ insan prostat kanser kök hücresinde KDN (2-keto-3-deoxy-D-glycero-D-galacto-nononic acid) ekspresyonundaki değişikliklerin incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2015) Deveci, Remziye; Öktem, GülperiKanser çalışmaları, tümörlerin içinde yer alan küçük bir populasyonun tümörün ilerlemesi, invazyonu ve metastazından sorumlu olduğunu ortaya koymuştur. Bu hücreler "kanser kök hücreleri" (KKH) olarak ifade edilmektedir. Bu nedenle, dikkatler kanser tanısı ve ilaç tedavisi için kanser kök hücrelerinin hedef alınmasına odaklanmıştır. Kanser kök hücrelerinin araştırılması ile ilişkili yeni hedef moleküllerin tanımlanması kanserin önlenmesi ve tedavisi için oldukça önemlidir. Kdn (deaminoneuraminic acid, 2-keto-3-deoxy-D-glycero- D-galacto-nononic acid) C5 pozisyonunda asetoamid grubu yerine hidroksil grubu içeren sialik asit ailesinin bir üyesidir. Memeli hücrelerde, Kdn ekspresyon düzeyleri oldukça düşüktür. Ancak, normal hücreler ile kıyaslandığında kanser hücrelerinde artan serbest KDN düzeyi varlığının kanser progresyonu ile pozitif ilişkili olabileceği hipotesinin olışmasına neden olmuştur. Kdn-kanser ilişkisi ile ilgili bilgiler literatürde mevcuttur. Ancak, kanser kök hücrelerindeki Kdn davranışı hala keşfedilmeyi beklemektedir. Çalışmamızda, prostat kanser kök hücrelerindeki KDN düzeylerinin araştırılması hedeflenmiştir. Bu nedenle insan prostat kanser hücre hattından (DU-145) CD133+/CD44+ hücreleri izole edilmiş ve bu hücrelerdeki KDN seviyesi analiz edilmiştir. Bu çalışmada, KDN biyosentezi ile ilişkili çeşitli genler ve enzimler incelenmiştir. Çalışmadan elde edilen veriler KDN sentezi ile ilişkili fosfomannoz izomera (PMI) ve KDN-9-P sentaz enzim aktivitelerinin normal hücreler ile kıyaslandığında kanser kök hücrelerinde artmış olduğunu göstermektedir. Bu çalışma, kanser kök hücrelerinde KDN molekülünün davranışlarını ortaya koyan ilk in vitro çalışmadır. Toplu olarak, verilerimiz kanserin tanısı için KDN molekünün bir hedef olabileceğini göstermektedir.;KDN, Sialic acid, Stem cell, Cancer stem cell.;KDN, Sialik asit, Kök hücre, Kanser kök hücre.Öğe Different mRNA and Protein Expression of Versican in TGF-?1- treated Prostate Cancer Cells(2022) Taskiran, Aysegul; Açıkgöz, Eda; Soner, Burak Cem; Öktem, Gülperi; Caggia, Silvia; Khan, ShafıqObjective: Cellular heterogeneity of tumors stems from cell populations expressing a unique set of proteins defective genetic and epigenetic networks. It is shown that versican (VCAN) is upregulated by transforming growth factor-beta (TGF-ß1) in several types of cancer cell types. Our prior studies revealed that TGF-ß1 expression is elevated in cancer stem cell (CSCs) monolayer cultures and VCAN expression was also significantly increased in spheroid formed CSCs. Methods: Within the scope of these results, it was hypothesized that high TGF-ß1 expression in the monolayer might trigger the three-dimensional architectural organization by inducing VCAN expression. This study investigated the expression profiling of VCAN in primary and secondary tumor-derived cell lines and the effect of TGF-ß1 signaling in these cells. Results: The findings showed that the VCAN gene expression level in the PC3 human prostate cell line was correlated with VCAN protein expression as analyzed by western blot. There was no inducing or suppressing effect of TGF-ß1 on VCAN protein expression. Conclusion: TGF-ß1 has neither stimulatory nor inhibitory effects on VCAN expression in prostate cancer cells at the doses used in this study. In the metastatic, high VCAN protein levels were observed while no mRNA was detected which could have resulted from post-transcriptional changes such as increased protein stability and/or expression of different VCAN isoforms that may play an important role in the secondary tumor cells in prostate carcinoma.Öğe Diş pulpası mezenkimal kök hücrelerin yaş gruplarına bağlı karakterizasyonu(Ege Üniversitesi, 2020) Öktem, Gülperi; Aydoğdu, İlkay; Güven, Ümmü; Dindaroğlu, Funda Çağırır; Atalayın, ÇiğdemMezenkimal kök hücreler kendini yenileme özelliğine ve çeşitli hücrelere farklılaşabilme özelliğine sahip hücrelerdir. Dental pulpa kök hücreleri, en önemli kolay elde edilebilir mezenkimal kök hücre kaynaklarından biri olmakla birlikte hızlı çoğalma özelliği ve uygun uyaranlar ile farklılaştırıldığında mineralize doku oluşturma potansiyelleri ile bilinmektedir. Kök hücre biyolojisi ve doku mühendisliği alanlarında görülen gelişmeler, hücre aracılı rejeneratif tedavi seçeneklerinin önünü açmıştır. Çalışmamızda farklı yaş gruplarından elde edilen dental pulpa kök hücrelerin oranlarının karşılaştırılması amaçlanmışır. 18-24 yaş, 25 yaş ve üstü kişilerden elde edilen dental pulpalardan hücre kültürü ile dental pulpa kök hücreleri büyütülmüştür. Elde edilen dental pulpa kök hücreleri, adipojenik, osteojenik ve kondrojenik hücrelere farklılaştırılmıştır. Çalışmamızda 18-24 yaş, 25 yaş ve üstü kişilerden elde edilen dental pulpalar, içeriklerindeki dental pulpa mezenkimal kök hücreleri açısından akım sitometri ie karşılaştırılmıştır Mezenkimal kök hücre belirteçleri olan CD13, CD 105 ve hematopoietik kök hücre belirteci olan CD 45 ile değerlendirilmişlerdir. Yapılan istatistiksel analizde yaş grupları arasında anlamlı bir fark bulunamamıştır.Öğe Doksorubisin ve dosetakselin MCF-7 hücre serisi ile oluşturulan tümör sferoidindeki sitotoksisitesi ve indüklenebilir nitrik oksid sentaz üzerine etkileri(Ege Üniversitesi, 2006) Öktem, Gülperi; Selvi, NuriiNOS, eNOS, breast cancer, chemotherapy.;iNOS,eNOS, meme kanseri, kemoterapi.;Multiselüler sferoid model tümör dokusunun laboratuar ortamındaki üç boyutlu yapısını ortaya koyar. Bu çalışmanın amacı indüklenebilir nitrik oksid sentaz (iNOS) ve endotelial nitrik oksit sentaz (eNOS) aktivitesindeki değişiklikleri Doksorubisin, Dosetaksel ve Doksorubisin/Dosetaksel kombinasyonundan sonra değerlendirmektir. "Liquid-overlay" tekniği ile elde edilen sferoidlerde iNOS ve eNOS dağılımı immunohistokimyasal olarak belirlendikten sonra protein analizleri "Western Blot" ile gösterildi. 5-bromo-2'-deoksiüridin (BrdU) ile S-faz analizi yapıldı. Sferoidlerde Nitrik Oksid (NO) üretimi Griess yöntemi ile değerlendirildi. Sonuç olarak Doxorubisin uygulamasından sonra kontrol guruna göre iNOS aktivitesinde artış ve eNOS aktivitesinde azalma belirlendi. Bununla birlikte "Western Blot" ile Doksorubisin gurubunda iNOS'da control gurubuna göre artma ve eNOS'da azalma görüldü. NO üretimi Dosetaksel sonrası belirgin olarak artarken BrdU ile boyanan hücrelerde proliferasyon Doxorubisin gurubunda azalmış olarak gözlendi. Buda bize NOS aktivitesinin farklı ilaçlarla farklı etkiler gösterdiğini düşündürdü. iNOS sonuçlarına göre; Doksorubisin meme kanseri sferoidlerinde Dosetaksele göre tümör gelişimi ve kanser metastazında daha efektif bir ilaç olarak kullanılabilir. Tümorün histolojik derecesi ile negatif ilişkisi olduğu düşünülen eNOS aktivitesi Dosetaksel ve kombine tedaviden sonra artmaktadır. Bu da meme kanserinde iNOS ve eNOS aktivitesinin otaya konulmasının tedavinin belirlenmesinde ve prognozun değerlendirilmesinde kullanılacak bir yöntem olabileceğini göstermektedir.Öğe DU 145 İnsan Prostat Kanseri Hücrelerinde Hsa-Mir-8072’nin Potansiyel Rolü(2019) Ayla, Şule; Parlayan, Cüneyd; Karakaş, Nihal; Açıkgöz, Eda; Öktem, GülperiAmaç: Çalışmamızda, insan prostat kanser hücre hattı (DU145) ve prostat normal epitel hücre hatları (RWPE) arasında miRNA ifadesinin analizini yapmak ve kanser gelişiminde olası rolünü incelemeği amaçladık. Gereçler ve Yöntem: İnsan prostat epitel hücre hattı (RWPE) ve prostat kanseri hücre hatları (DU-145) Amerikan Tip Kültür Koleksiyonu (ATCC)’den temin edildi. Hücre hatlarının çoğaltılmasında ve sürdürülmesinde RPMI 1640 besi ortamı kullanıldı. Transkriptom analizi için RNA izolasyonu yapılarak, kütüphane oluşturuldu, kütüphanenin kantitasyonunun ardından NextSeq500 (illumina) ile sekanslama yapıldı. Dizileme, haritalandırma, bağıl gen ifade ölcümleri gibi biyoinformatik analizler Genomics Workbench v 8 yazılımı kullanılarak GRCh38 referans sekansı ile yapıldı. Bulgular: RWPE normal prostat epitel hücre kültürleri ile DU145 prostat kanser hücreleri karşılaştırıldığı zaman DU145 prostat kanser hücre kültürlerinde, miRNA (hsa-mir-8072) ifadesinde anlamlı bir artma (p<0,05) görüldü. Sonuç: Bu sonuç bize hsa-mir-8072 ifadesinin prostat kanserinde onkogenik miRNA olarak rol oynayabileceğini düşündürdü.Öğe DU145 prostat kanseri hücre hattında izole edilen CD133+/- sferoidlerde adezyon molekülleri ve ultrastrüktüel değişikliklerin incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2013) Öktem, Gülperi; Uysal, AyşegülCancer stem cell, prostate, spheroid, adhesion molecules, transmission electron microscopy.;Kanser kök hücresi, prostat kanseri, fsferoid, adezyon molekülleri, trasmisyon elektron mikroskopu.;Son yıllarda yapılan çalışmalar, heterojen hücre temelinde gelişen kanserlerde Kanser Kök Hücresi (KKH) teorisini desteklemektedir. Kanser kök hücresinin son araştırmalardadikkat çeken önemli bir özelliği ise artan proliferasyonlardan sonra birbirine yapışarak koloniler oluşturma eğilimi göstermeleridir. Bu nedenle, bugüne kadar kanser araştırmalarında in vivotümör dokusunun in vitro uygulaması olarak bilinen üç boyutlu hücre kültürü modeli MultisellulerTümör Sferoid model (MTS) tekniğinin kök hücre çalışmalarındaki kullanımı önem kazanmıştır.CD133 KKH belirteçlerinden olup özellikle prostat için ayırıcıdır.Bu çalışmada insan Prostat Kanseri hücre hattı DU145 kullanılarak akış sitometrisi (FACS) ile izole edilecek olan CD133+ KKH ile CD133- hücreler arasındaki farklar tek tabaka hücrelerde ve MTS ile incelendi. Sferoid oluşumunda tetiği çeken adezyon moleküllerine ait genler ve bu genlere ait olası değişiklikler prostat kanseri hücre hattında CD133+/- tek tabaka hücrelerde ve üç boyutlu sferoid kültürlerde incelendi. Ayrıca Transmisyon elektron mikroskop analizleri ile KKH ve KKH olmayan hücrelerin ultrastrüktürel değişiklikleri araştırildı. Sonuç olarak bu çalışma ile ilk olarak izole edilen KKH'nin başta versikan, TGFB1, Co17A1, ITGB3 belirteçlerininup regülasyonu ve/veya down regülasyonu yoluyla multipotansiyel farkhlaşma yeteneğine sahip oldukları gösterildi ve versikandaki en anlamlı upregülasyon sadece KKH'nde saptandı.KKH'nin farklılaşmaları ve tümör oluşumunu başlatmaları için bir veya daha çok sinyal kaskadının devreye girmiş olması gerektiği, KKH'nin ekstrasellüler sinyalizasyon için bir kaynak olarak bunun ekstraselüler matriks kompozisyonunun oluşturulmasında tetikleyici bir mekanizma olduğu düşünülmektedir.Bununla beraber tümör progresyonu sırasında moleküllerin farklılaşması hedefe yönelik tedavilerin oluşturulmasını sağlayabilir.Geliştirilen yeni terapötik stratejilerin kanser hücrelerinin bu kritik öneme sahip populasyonlanm etkili bir şekilde hedef alacak olmaları tümör progresyonunu sonlandırabileceği düşünülmektedir.Öğe Effect of Flavopiridol on Cell Cycle, Apoptosis and Biomolecule Structure Changes in Breast Cancer Stem Cells(2020) Açıkgöz, Eda; Güler, Günnur; Öktem, GülperiObjective: Cancer stem cells (CSCs) are a small population in cancer, which are responsible for therapeutic resistance, relapse and metastasis. Flavopiridol has antitumor activity against various types of cancer cells. The mechanism of action of flavopiridol on CD44+/ CD24- breast CSCs has not yet been fully elucidated. The aim of this study was to evaluate the mechanism of action of flavopiridol on breast CSCs (BCSC) in terms of apoptosis, cell cycle and biomolecular changes. Methods: In human breast cancer, cells with CD44+/CD24? markers were isolated from MCF-7 cell line using flow cytometry. The induction of apoptosis was investigated by Annexin-V. The effect of flavopiridol on cell cycle arrest was determined and the percent of cell populations at G0/G1, S and G2/M cycles were identified. The effect of the drug on three-dimensional cell cultures was investigated using a multicellular tumor spheroid model. In addition, the effect of flavopiridol on biomolecules has been evaluated using Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, which has recently been used effectively in various scientific fields. Results: Flavopiridol especially induced early apoptosis. Cell cycle analyses revealed that flavopiridol induced cell cycle arrest in G0/G1 phase. Decreased number and diameter of spheroids was observed following flavopiridol treatment. ATR-FTIR data showed that treatment with flavopiridol led to significant changes in nucleic acids. Conclusion: According to the data obtained in this study, flavopiridol exhibits anticancer effects by altering the structure/ expression level of nucleic acids and changing cell cycle progression and inducing apoptosis. These finding reveals that flavopiridol can be an effective antitumor agent for the treatment of breast cancer after in vivo and phase studies are completed.Öğe Effect of Flavopiridol on Cell Cycle, Apoptosis and Biomolecule Structure Changes in Breast Cancer Stem Cells(2020) Açıkgöz, Eda; Güler, Günnur; Öktem, GülperiObjective: Cancer stem cells (CSCs) are a small population in cancer, which are responsible for therapeutic resistance, relapse and metastasis. Flavopiridol has antitumor activity against various types of cancer cells. the mechanism of action of flavopiridol on CD44+/ CD24- breast CSCs has not yet been fully elucidated. the aim of this study was to evaluate the mechanism of action of flavopiridol on breast CSCs (BCSC) in terms of apoptosis, cell cycle and biomolecular changes. Methods: in human breast cancer, cells with CD44+/CD24? markers were isolated from MCF-7 cell line using flow cytometry. the induction of apoptosis was investigated by Annexin-V. the effect of flavopiridol on cell cycle arrest was determined and the percent of cell populations at G0/G1, S and G2/M cycles were identified. the effect of the drug on three-dimensional cell cultures was investigated using a multicellular tumor spheroid model. in addition, the effect of flavopiridol on biomolecules has been evaluated using Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy, which has recently been used effectively in various scientific fields. Results: Flavopiridol especially induced early apoptosis. Cell cycle analyses revealed that flavopiridol induced cell cycle arrest in G0/G1 phase. Decreased number and diameter of spheroids was observed following flavopiridol treatment. ATR-FTIR data showed that treatment with flavopiridol led to significant changes in nucleic acids. Conclusion: According to the data obtained in this study, flavopiridol exhibits anticancer effects by altering the structure/ expression level of nucleic acids and changing cell cycle progression and inducing apoptosis. These finding reveals that flavopiridol can be an effective antitumor agent for the treatment of breast cancer after in vivo and phase studies are completed.Öğe Evaluation of chondrogenesis and osteogenesis via Wnt/?-Catenin, S100 immunoexpression and histomorphometry in fetal rats following maternal uterine artery ligation(2020) Uslu, Serap; Öktem, Gülperi; Oltulu, Fati?H; Demir, Kenan; İrban, Arzu; Basdemir, Gulcin; Uysal, AyşegülAim: The aim of this study is to investigate the effects of intrauterine growth retardation depending on maternal uterine artery ligation model, Wnt/?-catenin and S100 expression immunohistochemistry and histomorphometrically on growth plate and bone tissue of fetal rats. Materials and Methods: Maternal rats were randomly divided into 3 groups (n=5). No surgery or anesthesia were applied in control group. Bilaterally the maternal uterine arteries were ligated on gestational day 18 in experimental group. Although all surgical procedures were performed in sham group, the uterine artery ligation were not made. Fetuses were taken on gestational day 20, thicknesses of growth plate and zones, trabecular number and thickness and cortical thickness were evaluated with the histomorphometrically in samples from left proximal tibia. The expressions of ?catenin and S100 immunohistochemically were evaluated in the growth plate. Results: Thicknesses of growth plate (p<0.01), proliferation zone (p<0.05) and degeneration zone (p<0.01) were measured significantly thinner in experimental group than the others and thicknesses of hypertrophic zones were lesser than the control and sham group, but the results were not statistically significant (p>0.05). Also trabecular numbers were lower (p<0.01) and trabecular thickness were also thinner (p<0.05) in experimental group. Expression of ?-catenin was declined and S100 expression was increased in experimental group. Conclusion: We conclude that maternal uterine artery ligation, leads to shortness of growth plate and degenerated bone architecture because of Wnt/?-catenin signaling pathway.Öğe Evaluation of chondrogenesis and osteogenesis via Wnt/ß-Catenin, S100 immunoexpression and histomorphometry in fetal rats following maternal uterine artery ligation(2020) Uysal, Ayşegül; Uslu, Serap; İnce, Ümit; Basdemir, Gulcin; İrban, Arzu; Oltulu, Fatih; Öktem, GülperiAim: The aim of this study is to investigate the effects of intrauterine growth retardation depending onmaternal uterine artery ligation model, Wnt/?-catenin and S100 expression immunohistochemistry andhistomorphometrically on growth plate and bone tissue of fetal rats.Materials and Methods: Maternal rats were randomly divided into 3 groups (n=5). No surgery oranesthesia were applied in control group. Bilaterally the maternal uterine arteries were ligated ongestational day 18 in experimental group. Although all surgical procedures were performed in shamgroup, the uterine artery ligation were not made. Fetuses were taken on gestational day 20,thicknesses of growth plate and zones, trabecular number and thickness and cortical thickness wereevaluated with the histomorphometrically in samples from left proximal tibia. The expressions of ?catenin and S100 immunohistochemically were evaluated in the growth plate.Results: Thicknesses of growth plate (p<0.01), proliferation zone (p<0.05) and degeneration zone(p<0.01) were measured significantly thinner in experimental group than the others and thicknesses ofhypertrophic zones were lesser than the control and sham group, but the results were not statisticallysignificant (p>0.05). Also trabecular numbers were lower (p<0.01) and trabecular thickness were alsothinner (p<0.05) in experimental group. Expression of ?-catenin was declined and S100 expressionwas increased in experimental group.Conclusion: We conclude that maternal uterine artery ligation, leads to shortness of growth plate anddegenerated bone architecture because of Wnt/?-catenin signaling pathway.Öğe Fourier dönüşümü kızılötesi spektroskopisi ile CD133+/CD44+ prostat kanser kök hücrelerinin iki boyutlu ve üç boyutlu ortamdaki hücresel farklılıklarının belirlemesi(2019) Güler, Günnur; Açıkgöz, Eda; Öktem, GülperiAmaç: Sferoid kültürleri, hücrelerin kendi iç dinamikleri ve diğer hücrelerle olan etkileşimleri açısından tek tabakalı kültürlere kıyasla tümör dokusunun özelliklerini daha iyi yansıtmaktadır. Bu çalışmanın amacı, üç boyutlu (3D) ve iki boyutlu (2D) kültür ortamlarında üretilen CD133+/CD44+ prostat kanser kök hücrelerinin (KKH) makromoleküllerindeki benzerlik ve farklılıklarının araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: DU-145 prostat kanser hücre hattı içerisindeki CD133+/CD44+ yüzey belirteç özelliklerine sahip KKH’leri akış sitometrisi (FACS) kullanılarak izole edilmiştir. Agarla kaplı kültür kapları ile sferoid yapıları oluşturulmuştur. 2D ve 3D kültür ortamlarındaki KHK hücreleri Fourier dönüşümü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi ile karşılaştırılmıştır. Bulgular: CD133+/CD44+ hücrelerin birinci haftada agarlı kültür ortamlarında mikro-agregatlar oluşturduğu gözlenmiştir. İkinci haftada ise, olgun sferoid yapıların oluştuğu saptanmıştır. 2D ve 3D (multisellüler tümör sferoidleri) kültür ortamlarında üretilen hücreler ile yapılan FTIR analizleri KHK hücre yapısındaki proteinler, lipitler, karbonhidratlar ve nükleik asitlerde (DNA, RNA) önemli derecede farklanmalar olduğunu göstermiştir. Membran lipit açil zincir uzunluğu ve hücre zarı kalınlığı, proteinlerin sekonder yapıları ve DNA oligonükleotitlerin baz sekanslarında veya fonksiyonel gruplarında önemli farklanmaların olduğu tespit edilmiştir. Elde edilen sonuçlar, 3D kültür ortamında üretilen sfreoid yapılarının in vivo tümör dokusu ile benzer özellikler sergilediğini göstermiştir. Sonuç: Hücre ortam koşulları ile yaratılmış olan fiziksel, kimyasal ve biyolojik özellikler hücrelerin kendi iç dinamiğini ve mikroçevresi içerisindeki etkileşimlerini önemli derecede etkilemektedir. 2D kültür ortamları ile hücreleri tek boyutta indirgemek hücrelerin gerçek özelliklerini yansıtmamaktadır. Bu nedenle, 3D kültür ortamları ile hücre dinamiklerinin incelenmesi gerekmektedir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar, kanserde önemli bir hücre popülasyonunu oluşturan KKH’lerin membran yapısı, lipitler, proteinlerin sekonder yapıları ve DNA oligonükleotit yapılarının terapötik hedef olabileceğini göstermektedir.Öğe İnsan diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücreler (DPSCS) ile meme kanseri (MCF) kök hücreleri kokültüründe kanibalizm ve dormansi ilişkisi incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2020) Öktem, Gülperi; İnetaş, GizemKanser, insidansı her yıl giderek artan evrensel bir hastalıktır ve son yıllarda dünya kanser istatistiklerine göre ölüm nedenleri arasında ilk sırada yer almaktadır. Kadınlarda ise en sık görülen kanser tipi meme kanseridir ve kansere bağlı ölümlere bakıldığında akciğer kanserinin ardından ikinci sırada yer almaktadır. Bu tez çalışmasında kokültüre edilen mezenkimal kök hücreler ile meme kanseri kök hücrelerinde dormansi ve kanibalizm araştırılması hedeflenmektedir. Anormal fagositoz olarak da adlandırılan hücre kanibalizmi, bir hücrenin diğer bir hücreyi canlı olarak yemesidir. Dormansi ise hücrelerin özellikle kanser sürecinde sessiz kaldığı fakat varlığını kaybetmediği süreç olarak söylenebilir. Kanserli hücrenin mikroçevresi dormansi ile ilişkilidir, bu yüzden çevresinde bulunan hücreler ve sinyallerinin direkt etkili olduğu düşünülmektedir. Mezenkimal kök hücreler hem tümör progresyonunda hem de tümör süpresyonunda etkilidir. Bu yüzden mezenkimal kök hücrelerin modülasyonunun kanser hücrelerindeki davranışının tam olarak açıklanması; hem yeni tedavi yöntemleri geliştirilmesi için, hem de günümüzde mezenkimal kök hücrelerin kullanımında yaşanan klinik problemlerin çözülebilmesi için oldukça önemlidir. Bu çalışma ile meme kanseri kök hücrelerinin diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücreler üzerindeki kanibalizm davranışının dormansi süreci üzerinde etkisi olup olmadığını göstermek hedeflenmektedir.;Mezenkimal kök hücre; meme kanseri kök hücresi; kanibalizm; dormansi.;Mesenchymal stem cell; breast cancer stem cell; cannibalism; dormancy.Öğe İnsan diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin meme kanseri kök hücreleri üzerine etkisi(2023) Yüce, Zeynep; Öktem, Gülperi; İnetaş Yengin, Gizem; Gönül Geyik, Öykü; Bağrıyanık, Hüsnü AlperAmaç: Kanser kök hücreleri; kendini yenileyebilen, farklılaşma kapasitesi yüksek ve uzun süreli proliferasyon ile normal dokuya invazyon kabiliyeti olan hücrelerdir. Bu yetenekleriyle geleneksel kanser tedavisine direnç oluşturarak tümör büyümesi ve metastazda rol oynar. Başarılı kanser tedavileri için kanser kök hücre mekanizmalarına yönelik araştırmalar yapmak önem taşımaktadır. Bu çalışmanın amacı, insan diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin meme kanseri kök hücreleri üzerine etkisinin hücre canlılığı, hücre döngüsü ve apoptoz yöntemleriyle araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: Meme kanseri hücreleri (MCF7) akış sitometrisi ile CD44+ /CD24- boyaması yapılarak ayrılmıştır. CD44+ /CD24- popülasyonuna meme kanseri kök hücresi denilmiştir. Diş pulpasından izole edilen mezenkimal kök hücreler kültüre edilip karakterizasyonu yapılmıştır. Mezenkimal kök hücre grubu mCitrine, meme kanseri kök hücresi grubu ise mCherry ile plazmit transfeksiyonu yapılarak işaretlenmiştir. Bu hücreler 48 saat boyunca ko-kültüre edilmiş ve sonrasında hücre canlılığı, hücre döngüsü ve apoptoz analizleri yapılmıştır. Bulgular: Diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücreler ile ko-kültüre edilen meme kanseri kök hücrelerinin kontrol grubuna göre hücre canlılığı, hücre döngüsü ve apoptoz değerlerinde zamana bağlı olarak istatistiksel anlamlı değişiklikler görülmüştür. Ko-kültüre grubu kontrole göre kıyaslandığında zamana bağlı olarak G0/G1 evresinde artış gözlenmiştir. Ko-kültüre edilen hücrelerin floresan mikroskop ile yapılan incelemesinde sarı floresan işaretli hibrit hücreler gözlenmiştir ve immüno-floresan Ki67 boyamasında hücre sayısında azalma gözlenmiştir. Sonuç: Ko-kültür sonrası diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin meme kanser kök hücreleri üzerinde hücre proliferasyonunu inhibe edici etkileri olduğu ve apoptozu teşvik ettiği gözlenmiştir. Sonuç olarak, meme kanser kök hücreleri üzerinde diş pulpası kaynaklı mezenkimal kök hücrelerin tedaviye yönelik bir etkisi olabilir.Öğe İnsan prostat hücrelerinde GM (single nana ganglioside) üzerinde KDN (2-keto-3-deoxy- D-glycero -D-galactonononic acid)'nin gösterilmesi(Ege Üniversitesi, 2017) Öktem, Gülperi; Kenan Demir, Gürkan Yitittürk, Eda Açıkgöz, Fahriye Düzağaç, Ümmü Güven, Hadi RouhraziKDN, GM, Ganglioside, Prostat Cancer, Triptolide, Genz 123346.;KDN, GM, Ganglioside, Prostat Cancer, Triptolide, Genz 123346.;Normal kök hücrelere benzer şekilde kendini yenileme ve farklılaşma özellikleri gösteren Kanser Kök Hücreleri (KKH) malign progresyondan sorumlu olan ve tedaviye yanıtı değiştiren hücreler olarak bilinmektedirler. KDN (2-keto-3-deoxy- D-glycero-D-galacto-nononic acid) molekülü sialik asit ailesinin farklı bir türüdür. Bu molekül kanser hücrelerinde normal hücrelere oranla artmış düzeylerde bulunmaktadır. KDN'nin alabalık spermi üzerinde GM3 (monosialodihexosyl ganglioside)'e bağlı olduğu bilinmekle beraber insanda normal hücrede ve kanser hücresinde hangi yapıya bağlı olduğu henüz netlik kazanmamıştır. Bu çalışmanın amacı KDN'nin (2-keto-3-deoxy- D-glycero-D-galacto-nononic acid) hücrede bağlandığı yeri göstermektir. Bu amaçla RWPE-1, DU-145, CD133+/ CD44+ prostat KKH, non-KKH/bulk population olmak üzere 4 hücre hattı kullanıldı. Her hücre hattı kontrol, Genz-123346 uygulanan ve Triptolide uygulanan olmak üzere 3 gruba ayrıldı. Genz-123346 ile 2 numaralı hücre hatlarında GCS enzim blokajı yapılarak GM3 sentezi engellendi. Triptolide ile 3 numaralı hücre hatlarında GD3 sentezi engellendi. Her hücre grubunda GM3, GD3 ve KDN ile IHC boyamaları yapıldı. Herhangi bir ilaç uygulanmayan 1 numaralı hücre hatlarında GM3, GD3 ve KDN pozitif boyanırken, Genz-123346 ile enzim blokajı yapılan 2 numaralı hücre hatlarında hiçbiri boyanmadı. Triptolide uygulanan 3 numaralı hücre hatlarında ise yalnızca GM3 ve KDN pozitif boyandı. GM inhibisyonunda KDN'nin inhibe olduğu, GD3 inhibisyonunda KDN'nin inhibe olmadığı gösterilmiş ve bu şekilde KDN'nin GM serisi gangliozidlerden herhangi biri üzerine bağlı bulunduğu ortaya konmuştur.Öğe IR spektroskopi kullanılarak in vitro meme kanser kök hücrelerinin araştırılması(2020) Güler, Günnur; Güven, Ümmü; Açıkgöz, Eda; Öktem, GülperiAmaç: Kanser kök hücreleri (KKH), tümör içinde kendi kendilerini yenileme ve diğer hücre tiplerine farklılaşabilme kapasitesi sebebiyle tümörün başlaması, ilerlemesi, nüksetmesi, metastaz ve terapötik dirence yol açmaktadır. Bu nedenle, meme kanser kök hücrelerinin (MKKH) karakteristik özelliklerinin belirlenmesi gerekmektedir. Bu çalışmanın amacı, MKKH?lerin akış sitometrisi ile izole edildikten sonra Fourier dönüşümlü kızılötesi (FTIR) spektroskopisi kullanarak hücre biyokimyasındaki farklılaşmalarının moleküler seviyede araştırılmasıdır. Gereç ve Yöntem: MCF-7 meme kanser hücre hattındaki CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliği gösteren MKKH?ler akış sitometrisi ile izole edilmiştir. MCF10A, MCF-7 kanser hücre (KH) hattı ve bu hattan izole edilen CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliklerine sahip MKKH?'ler %0,9 NaCI içerisine resuspanse edildikten sonra FTIR spektrometre ile ölçülmüştür. Bulgular: MCF-7 içerisindeki CD44+/CD24- yüzey belirteç özelliğine sahip KKH?lerinin sort oranı %2,0-2,3 olarak belirlenmiştir. Elde edilen FTIR spektrumlarında, MKKH, meme kanser hücreleri (KH, non-KKH, bulk populasyon) ve sağlıklı hücreler arasında spektral benzerlikler ve farklılıklar tespit edilmiştir. MKKH?lerde lipit ve protein sinyalleri daha güçlü olup hücre zarı akışkanlığı ve dinamiği fazladır. Sağlıklı hücreler ile kıyaslandığında, KH?lerde ?-helikal proteinler ve DNA sinyallerinde azalmaya karşın negatif yüklü karboksil gruplarından kaynaklanan sinyallerde artış gözlenmektedir. Bu veriler, MKKH?lerin, sağlıklı ve KH?lere kıyasla yapı, içerik ve dinamiği bakımından oldukça farklı bir profil sergilediğini göstermektedir. Sonuç: Bu çalışma, MKKH?lerinin moleküler yapısı ve içeriğindeki değişikliklerin incelemesi vasıtasıyla terapötik hedefli ilaç çalışmaları yapılabileceğini ortaya koymaktadır. FTIR spektroskopisi boyar madde gerektirmeden, hassas ve hızlı ölçüm alınması, örnek hazırlamada kolaylık ve az miktarda örnek gerektirmesi sebebiyle ileri hücre çalışmalarında ve medikal alanda biyolojik örneklerin analizlerinde kullanılabileceği de gösterilmiştir.Öğe Kanser hastalarına ait kan ve idrar örneklerinde deaminonöraminik asit antijen ve monoklonal antikorlarının araştırılması(Ege Üniversitesi, 2022) Öktem, Gülperi; Yavaşoğlu, Nefise Ülkü Karabay; Soner, Burak Cem; Gümüştaş, Bariş; Açıkgöz, Eda; Özmen, GülçeKanser tanısı ve tedavisinde kullanılacak yeni moleküllerin belirlenmesi ile ilgili çalışmaların sayısı gün geçtikçe artmaktadır. Araştırma grubumuza ait önceki çalışmalarda kanser tanısında kullanılabilecek bir molekül olan deaminonöraminik asit üzerinde yoğunlaşırmıştır. Bu molekül 2-keto-3-deoxy-D-glycero- D-galactonononic acid (Deaminonöraminik asit); ortak bir Sia (N-asetilnöraminik asit- Neu5Ac) içinde yer alan C5 pozisyonunda aseto-amid grubu yerine hidroksil grubu eklenmesi ile oluşan sialik asit ailesinin önemli bir üyesidir. Proje ekibinin önceki çalışmalarından elde ettiği sonuçlara göre molekül prostat ve meme kanseri hücre hatlarında normal epitel hücre hattına göre yüksek oranda bulunmaktadır. Elde edilen bulgular, tümör yüzeyinde bulunduğu bilinen molekülün kanser hastalarında erken tanıda kullanılabileceğini düşündürmüştür. Bu projede, kanser hastalarından alınan kan ve idrar örneklerinde deaminonöraminik asit antijeninin varlığının araştırılması amaçlanmıştır. HPLC yöntemleri biyoistatistik (kemometri, temel bileşen analizi, PLS-DA) ile birlikte kullanılarak rastgele seçilen kanser hastalarının kan ve idrarlarında 2-keto-3-deoxy-Dglycero-D-galacto-nononic asit antijen düzeyleri kantitatif olarak belirlenmiştir. Kanser hastaları ve sağlıklı gönüllü kan ve idrar örneklerinde KDN antijeni seviyelileri anlamlı farklılıklar göstermiştir. Bu proje sonuçları ışığında, ileriki çalışmalarda KDN monoklonal antikorunun daha ileri karakterizasyonunun yapılması ve bu antikorun yapısının aydınlatılması gerekmektedir. Böylece kanser erken teşhisi için bir biyobelirteç olarak KDN antijeni/antikoru kullanılabilir ve hızlı kitler tasarlanabilir.;Monoklonal antikor, kanser, Deaminonöraminik asit, HPLC, biyobelirteç.;Monoclonal antibody, cancer, Deaminoneuraminic acid, HPLC, biomarker.Öğe Kanser kök hücrelerinde bio-belirteç olarak deamino nörominik asit (KDN)'in incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2014) Öktem, Gülperi; Deveci, RemziyeKanser dokusu heterojen hücre gruplarından oluşmuştur. Bu heterojenite, genetik ve mikro-çevresel farklılıklarla açıklanabildiği gibi hücrelerin farklılaşabilme dereceleriyle de ilişkilidir. Son 10 yılda hızla değer kazanan Kanser Kök Hücresi (KKH) hipotezi, bütün dünyada yapılmakta olan onkolojik çalışmalar içindeki önceliğini sürdürmektedir. Tümör dokusu içindeki bu kök hücre özelliklerini içeren tümör başlangıç hücreleri tümörün çoğalmasından, invazyonundan ve hatta metastazından sorumlu olan hücrelerdir. Bu hücreler kök hücre biyolojisine benzer şekilde bölünerek kendine eş KKH oluştururlar. Kanser teşhis ve tedavisinde KKH çalışmaları ve yeni hedef molekül arayışları hastalıkta kür elde edilmesi veya yaşam süresinin arttırılabilmesi için büyük önem taşımaktadır. KDN (deaminoneuraminic acid, 2-keto-3-deoxy-D-glycero- D-galacto-nononic acid), insanda klasik sialik asit analiz yöntemleri ile belirlenemeyecek kadar az miktarda bulunan minör bir sialik asitdir. Tümör dokusunda bir "oncodevelopmental" antijen olarak yüksek oranda bulunması ile dikkat çeken bir moleküldür. Çeşitli tümörlerde, hücre hatlarında veya kısıtlı sayıda hasta örneğinde yapılan çalışmalarda serbest KDN düzeyinin, serbest sialik asitlere ve normal dokuya göre daha yüksek olduğu belirlenmiştir. Bununla beraber oranın kanserin progresyonu ile birlikte arttığı düşünülmektedir. Bu molekülün kanser dokusunda biyolojik belirteç olarak kullanılabileceği düşünülmektedir. Kanser hücrelerinde gözlenen KDN'ye ait bu ifade artışı dikkat çekicidir ancak literatürde çok kısıtlı sayıda veri olmakla beraber kanser kök hücrelerinde bu molekülün davranışı ile ilgili bir çalışma bulunmamaktadır. Bu çalışmanın hipotezi kanser dokusunda gözlenen bu artışın heterojen hücre gruplarında farklı miktarlarda ifade bulacağı ve kanser kök hücresi ile ilişkili olabileceğidir. Bu amaçla insan prostat ve meme kanseri hücre hattında ve bu hücre hatlarından izole edilen kanser kök hücrelerinde KDN molekülüne ait değişiklikler incelenmiştir. Ayrıca aynı kanserlerde hasta biopsi örneklerinde immunohistokimyasal analizler yapılmış ve klinik korelasyon yönüyle değerlendirilmiştir. Çalışma sonucunda özellikle hasta örneklerinde belirlenen immunoreaktivite artışları umut vericidir. Çalışma verileri elde edildikten sonra Uluslar Arası Patent Başvurusu (The Patent Cooperation Treaty (PCT) Patent No: 2014-G-78576) yapılmıştır.Öğe MCF-7 insan meme kanseri hücre hattında doksorubisin ve dositakselin sitotoksisitesi ve indüklenebilir nitrik oksit sentaz ekspresyonu üzerine etkileri(Ege Üniversitesi, 2002) Öktem, Gülperi; Yurtseven, Mine Ertem[Abstarct Not Available]Öğe Meme kanser kök hücrelerinde ve prostat kanser kök hücrelerinde Rab ailesi üyelerinin ve Rab GTPazlar üzerinde etkili olan moleküllerin gen ekspresyonlarının incelenmesi(Ege Üniversitesi, 2018) Mukhtarova, Günel; Biray Avcı, Çığır; Göker, Bakiye; Öktem, GülperiProstat kanseri erkelerde, meme kanseri ise kadınlarda akciğer kanserinden sonra ölümlü ilişkili ikinci kanser tipidir. Hücre içi vezikül trafiğinin çeşitli basamakları, beş gruba ayrılmış (Ras, Rho, Rab, Ran ve Ad. Rab GTP' atlar) RAS (sıçan sarkomu) küçük GTPazlar süper ailesine aid Rab alt ailesinin yaklaşık 60 üyesi tarafından tarafından düzenlenmektedir. Ras ve Rho ailesi üyelerinin kanser progresyonu ile kuvvetli şekilde ilişkili bulunmasına, bazı Rab proteinlerinin invazivlik ve kanser hücrelerinin migrasyonu için gerekli olduğu bildirilmesine rağmen, bu konuda Rab GTPazlar etkisine dair bilgiler oldukca sınırlıdır. Çalışmamızın amacı insan prostat ve meme kanser kök hücrelerinde Rab ailesi ve ilişkili genlerin ekspresyonseviyesini araştırmaktır. Insan prostat ve meme kanser hücreleri FACSAria flow sitometri kullanılarak sort edilmiş, prostat kanser kök hücreleri ve meme kanser kök hücreleri uygun olarak CD 133high/ CD44high ve CD 44high/ CD24-/1°wolacak şekilde ayrıştırılmıştır. Deney gruplarında Rab GTp' azların ekspresyon profilinin belirlenmesi için insan prostat kanser hücre gruplarında ve meme kanser hücre gruplarında RNeasy Plus Mini Kit ( Qiagen) kullanılarak total mRNA izole edilmiş, cDNA sentezi gerçekleştirilmiştir. Rab GTP'azların ekspresyonu LightCycler® 480 real-time PCR kullanılarak analiz edilmiştir. Saptanan sonuçlar üzerine Rab GTP' az ailesi üyelerinin ekspresyon profili meme prostat ve meme kanser hücre hatları arasında karşılaştırılmalı şekilde incelenmiştir. Bu çalışma, Rab ailesi üyelerinin kanserle ilişkisine dair yeni bilimsel çalışmalara kaynak sağlayan, meme KKH ve prostat KKH'ne özgü anlamlı gen ekspresyon değişikliği gösteren Rab'ların belirlenmesi ve biyoloji belirteç olasılığının saptanması yönünde ilk olabilme özelliğine sahip çalışmadır.;Prostat kanseri, meme kanseri, kanser kök hücre, Rab GTP'az, hücre içi trafiği.;Prostate cancer, breast cancer, cancer stem cell, Rab GTPases, intracellular trafikcing.
