Yazar "Çavdar, Seda" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    DNA dizi analizine yönelik elektrokimyasal genosensör tasarımı
    (Ege Üniversitesi, 2009) Çavdar, Seda; Özsöz, M. E. Şengün
    Bu çalısmada, biotin - avidin etkilesimine dayalı elektrokimyasal bir genosensör tasarımı yapıldı. Yapılan genosensörün gerçek hasta örneklerine uygulanabildigi gösterildi. Çalısmada gelistirilen genosensör Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tedavi sırasında rifampin (RIF) antibiyotigine karsı gelistirdigi direnç mutasyonlarının tayinine yönelik olarak tasarlandı. Kullanılan prob diziler, bakterinin RIF'e karsı en sık direnç gösterdigi rpoB geninin 507-533. kodonlarını içeren 81 baz uzunlugundaki "hotspot" (sıcak) bölge'sine karsılık gelen 5 farklı bölgeden seçildi. Çalısamada tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar kullanıldı. 5' ucunda amino-hekzil isaretli prob diziler elektrot yüzeyine kovalent olarak baglandı. Prob dizi ile kaplı elektrotların, biotinli olarak çogaltılmıs ve denatüre edilerek tek iplikli hale getirilmis PCR ürünü hedef dizi ile hibridizasyona tabi tutulup ExtrAvidin - AF ve 1 - NF çözeltilerinde bekletilmesinin ardından olusan naftolün yükseltgenme sinyalleri degerlendirildi. PCR ürünü hedef dizilerin mutasyon içeren ve içermeyen bölgelerine karsılık gelen prob diziler ile hibridizasyonu sonucu alınan naftol yükseltgenme sinyalleri arasındaki farklılıklar, tasarlanan genosensörün seçimliligini gösterdi. Mutasyon ayırımının en iyi gözlendigi yıkama zamanı, ExtrAvidin - AF ve 1 - NF baglanma zamanları belirlendi. Alınan yanıtlara göre, mutasyonun bulundugu prob dizi bölgesinden en düsük, diger bölgelerden en yüksek sinyalin gözlendigi kosullar tayin edildi. Böylece çalısmanın amacı olan, Mycobacterium tuberculosis'in rifampin antibiyotigine karsı gelistirdigi direnç mutasyonlarının, hastalardan alınan ve biotin isaretli olarak çogaltılan PCR örnekleri ile biotin - avidin etkilesiminden yararlanarak tasarlanan elektrokimyasal genosensör ile tayini gerçeklestirildi.;Electrochemistry, Biosensor, Pencil Graphite Electrode, Biotin-Avidin Interaction, Differential Pulse Voltammetry.;Elektrokimya, Biyosensör, Kalem Grafit Elektrot, Biotin- Avidin Etkilesimi, Diferansiyel Puls Voltametri.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Mycobacterium tuberculosis bakterisinin rifampine karşı geliştirdiği direnç mutasyonlarının elektrokimyasal DNA biyosensörü ile saptanması
    (Ege Üniversitesi, 2008) Çavdar, Seda; Özsöz, M. E. Şengün
    Bu çalışmada, biotin–avidin etkileşimine dayalı elektrokimyasal bir genosensör tasarımı yapıldı. Yapılan genosensörün gerçek hasta örneklerine uygulanabildiği gösterildi. Çalışmada geliştirilen genosensör Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tedavi sırasında rifampin (RIF) antibiyotiğine karşı geliştirdiği direnç mutasyonlarının tayinine yönelik olarak tasarlandı. Kullanılan prob diziler, bakterinin RIF’e karşı en sık direnç gösterdiği rpoB geninin 507-533. kodonlarını içeren 81 baz uzunluğundaki “hot-spot” (sıcak) bölge’sine karşılık gelen 5 farklı bölgeden seçildi. Çalışamada tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar kullanıldı. 5’ ucunda amino-hekzil işaretli prob diziler elektrot yüzeyine kovalent olarak bağlandı. Prob dizi ile kaplı elektrotların, biotinli olarak çoğaltılmış ve denatüre edilerek tek iplikli hale getirilmiş PCR ürünü hedef dizi ile hibridizasyona tabi tutulup ExtrAvidin–AF ve 1–NF çözeltilerinde bekletilmesinin ardından oluşan naftolün yükseltgenme sinyalleri değerlendirildi. PCR ürünü hedef dizilerin mutasyon içeren ve içermeyen bölgelerine karşılık gelen prob diziler ile hibridizasyonu sonucu alınan naftol yükseltgenme sinyalleri arasındaki farklılıklar, tasarlanan genosensörün seçimliliğini gösterdi. Mutasyon ayırımının en iyi gözlendiği yıkama zamanı, ExtrAvidin–AF ve 1–NF bağlanma zamanları belirlendi. Alınan yanıtlara göre, mutasyonun bulunduğu prob dizi bölgesinden en düşük, diğer bölgelerden en yüksek sinyalin gözlendiği koşullar tayin edildi. Böylece çalışmanın amacı olan, Mycobacterium tuberculosis’in rifampin antibiyotiğine karşı geliştirdiği direnç mutasyonlarının, hastalardan alınan ve biotin işaretli olarak çoğaltılan PCR örnekleri ile biotin–avidin etkileşiminden yararlanarak tasarlanan elektrokimyasal genosensör ile tayini gerçekleştirildi. Çalışmadaki Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tayini basamağını desteklemek için yüzey plazmon rezonans (SPR) yardımıyla geliştirilen optik genosensör ile de bir çalışma yapıldı. Bu çalışmada ise sentetik prob dizi ile sentetik hedef dizi hibridizasyona tabi tutularak Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tayini gerçekleştirildi. Çalışmada altın sensör yüzeyine tiyol işaretli prob dizi tuturuldu ve prob dizilerin yüzeyde dik konumda kalması için aradaki boşluklar 6–merkapto 1– hekzanol ile dolduruldu. Daha sonra rasgele hedef dizi ve prob dizinin karşılığı olan sentetik hedef dizi ile hibridizasyon gerçekleştirildi. Bağlanma ve yıkama sonrası kırılma indisi değerlerindeki farklılanmalar analizin gerçekleşmesini sağladı. Böylece Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tayini tasarlanan optik genosensör ile gerçekleştirilmiş oldu.