Yazar "Tekin, Duygu" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 4 / 4
  • Küçük Resim
    Öğe
    HIV pozitif hastalarda proteaz, revers transkriptaz ve integraz inhibitörlerine karşı gelişen ilaç dirençlerinin yeni nesil dizileme (YND-NGS) ile araştırılması
    (Ege Üniversitesi, Tıp Fakültesi, 2017) Tekin, Duygu; Sertöz, Rüçhan
    AMAÇ: Human Immunodeficiency Virus (HIV) infeksiyonu, antiretroviral ilaçların uygun kombinasyonlarda (highly active antiretroviral therapy-HAART) kullanılmasıyla ölümcül bir hastalıktan kontrol altına alınabilen kronik bir hastalığa dönüşmüştür. Uzun ve etkili HIV enfeksiyonu tedavisinin önündeki en büyük engellerden biri antiretroviral ilaç direncidir. En uygun tedavi rejiminin belirlenmesi için tanıdan sonra mümkün olan en kısa zamanda ilaç duyarlılık testinin yapılması önerilir. Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu HIV ilaç direnç mutasyonlarının saptanmasında altın standarttır. Ama %20’nın altında bulunan direnç mutasyonlarını saptayamaması dezavantajıdır. Ayrıca Sanger temelli ticari kitler esas olarak proteaz ve revers transkriptaz gen bölge mutasyonlarını tespit etmektedir. Yeni nesil dizileme (YND) ile >%1 mutasyonların saptanması mümkün hale gelmiştir. İntegraz inhibitörlerinin ilk tedavi seçeneği olarak artan kullanımı ile bu ilaçlara karşı gelişen direnç mutasyonlarının da izlenmesi gerekliliği gündeme gelmiştir. Çalışmamızda YND ile proteaz, revers transkriptaz ile birlikte integraz bölge direnç mutasyonlarını tek bir amplikon kullanılarak saptanması amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Moleküler Viroloji Laboratuvarı’nda HIV pozitif hasta örneklerinden 2008 yılı itibariyle Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu temelli Viroseq (Abbott, ABD) ile proteaz, revers transkriptaz inhibitörlerine karşı gelişen ilaç dirençleri rutin olarak çalışılmaktadır. Çalışmamıza arşivlenmiş olan örneklerden farklı direnç profiline sahip 40 HIV pozitif hasta örneği dahil edilmiştir. HIV pol gen bölgesinin dizilenmesi ve subtiplerin belirlenmesi için hasta örneklerinden viral RNA ekstraksiyonu, tek basamak RT (Reverse-Transcription) polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ve nested PCR sonrası elde edilen ürünler YND teknolojisi ile dizilendi. Sekans verileri, HXB2 referans sekansı (GenBank accession # NC_001802) CLC Genomics Workbench versiyon 8.1 ile %1 ve %5 cut off kullanılarak analiz edildi. Mutasyon belirlenmesi ve subtiplendirme Stanford Üniversitesi HIV-1 ilaç Direnci Veri Bankası versiyon 8.4 (http://hivdb.stanford.edu) kullanılarak yapıldı. BULGULAR: 40 hastanın 27’si alttip B (%67,5), altısı B+CRF 02_AG (%15), üçü alttip A (%7,5), ikisi G+J (%5), biri CRF07_BC (%2,5) ve biri B+F (%2,5) şeklinde saptanmıştır. Örneklerin yedisinde (%17,5) en az bir antiretroviral ilaca olası düşük seviyeden yüksek seviyeye kadar değişen direnç tespit edilmiştir; nükleotid revers transkriptaz inhibitörleri (NRTI) ve non-nükleozid revers transkriptaz inhibitörleri (NNRTI) direnç mutasyonları oranı sırasıyla %5, %12,5 olarak bulunmuştur. Proteaz inhibitörü (PI) ve integraz inhibitörü (INSTI) direnç mutasyonu ise saptanmamıştır. Bir örnekte K103N majör NNRTI mutasyonu, iki örnekte M41L ve T215D/S mutasyonu, iki örnekte E138A mutasyonu, iki örnekte E138G mutasyonu tespitedilmiştir. Proteaz ve revers transkriptaz inhibitörlerine karşı gelişen direnç ve genotip açıdan 40 örneğin sonuçları Sanger zincir sonlandırma reaksiyonu ile uyumlu (%100) bulunmuştur. %1 ve %5 cut off arasında fark saptanmamıştır. SONUÇ: Çalışmamızda 40 hasta örneğinin YND ile PI, NRTI, NNRTI İle birlikte INSTI’ne karşı gelişen ilaç dirençleri tek bir amplikon kullanılarak tespit edilmiştir. Bu yöntemle hem integraz gen bölgesi dizi analizi yapılmış hem de örneklerin havuzlanması ve “multiplekslenmesi” (tek seferde birçok testin birlikte çalışılması) ile ̴%90 oranında maliyet düşmüştür. Ayrıca >%1 ilaç dirençli mutasyonların tespit edilmesi hastaların tedavisininin yönlendirilmesinde yol gösterici olacaktır.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Investigation of drug resistance against protease, reverse transcriptase, and integrase inhibitors by next-generation sequencing in HIV-positive patients
    (Wiley, 2020) Tekin, Duygu; Gokengin, Deniz; Onay, Huseyin; Erensoy, Selda; Sertoz, Ruchan
    Our aim was to investigate the mutations in protease (PR), reverse transcriptase (RT), and integrase (IN) gene regions in human immunodeficiency virus (HIV) using a single amplicon via next-generation sequencing (NGS). the study included plasma samples from 49 HIV-1-positive patients, which were referred for HIV-1 drug resistance testing during 2017. A nested polymerase chain reaction (PCR) was performed after the RNA extraction and one-step reverse transcription stages. the sequencing of the HIV genome in the PR, RT, and IN gene regions was carried out using MiSeq NGS technology. Sanger sequencing (SS) was used to analyze resistance mutations in the PR and RT gene regions using a ViroSeq HIV-1 Genotyping System. PCR products were analyzed with an ABI3500 GeneticAnalyzer (Applied Biosystems). Resistance mutations detected with NGS at frequencies above 20% were identical to the SS results. Resistance to at least one antiretroviral (ARV) drug was 22.4% (11 of 49) with NGS and 10.2% (5 of 49) with SS. At least one low-frequency resistance mutation was detected in 18.3% (9 of 49) of the samples. Low-frequency resistance mutations resulted in virological failure in only one patient. the cost of the analyses was reduced by sample pooling and multiplex analysis using the MiSeq system. This is the first study in Turkey to use NGS technologies for the detection of resistance mutations in all three gene (PR, RT, IN) regions using a single amplicon. Our findings suggest that NGS is more sensitive and cost-effective than the SS method.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Nosocomial Non-fermentative gram negative bacteria bloodstream infections in children; Risk factors and clinical outcomes of carbapenem resistance
    (Elsevier, 2021) Ozenen, Gizem Guner; Bal, Zumrut Sahbudak; Umit, Zuhal; Avcu, Gulhadiye; Tekin, Duygu; Kurugol, Zafer; Ozkinay, Ferda
    Introduction: Non-fermentative Gram-negative bacterias (NFGNBs) are a major cause of life threatening infections in hospitalized children. in this study, we aimed to evaluate the demographic and clinical characteristics of NFGNBs infections and identify the risk factors and outcomes of bloodstream infections (BSIs) caused by carbapenem-resistant (CR) NFGNBs infections. Methods: A retrospective cohort was designed to evaluate the patients with a BSI caused by NFGNBs between in January 2014 and December 2017. Results: A total of 131 episodes from 115 patients were evaluated. The mean age of the patients was 4.79 +/-(4.74) year. The most commonly isolated NFGNBs species was Acinetobacter spp. (35.9%), Pseudomonas spp. (34.4%), and Stenotrophomonas maltophilia (13%). The rate of carbapenem-resistance was 38.2% in Acinetobacter spp. and 26.6% in Pseudomonas spp. The comparison of CR group with carbapenem-susceptible (CS) group showed statistical significance for the length of hospital stay prior to onset of infection and total hospital stay (P values were 0.001, 0.008). Based on the univariate analysis, requirement of mechanical ventilation, central venous catheter, nasogastric tube, Foley catheter, severe neutropenia (<100/mm3), prolonged neutropenia (>14 days), prior intensive care unit admission and prior antimicrobial treatment (carbapenems, colistin, glycopeptide) were more common in carbapenemresistant NFGNBs infections (P values are 0.001, 0.012, 0.000, 0.005, 0.042, 0.027, 0.007, 0.007). in patients with NFGNBs infections 14-day and 30-day mortality rates were %16.8 and 21.4%. Conclusion: CR infections were more common in children with prolonged and severe neutropenia. Prior antimicrobial use and intensive care unit admission were more common in CR infections. (c) 2021 Japanese Society of Chemotherapy and The Japanese Association for Infectious Diseases. Published by Elsevier Ltd. All rights reserved.
  • Küçük Resim Yok
    Öğe
    Prevalence of Transmitted Drug Resistance among HIV-1 Patients in the Aegean Region: Results from the Western Part of Turkey
    (Bentham Science Publ Ltd, 2023) Sertoz, Ruchan; Tekin, Duygu; Erensoy, Selda; Biceroglu, Servet; Kaptan, Figen; Köse, Şükran; Özkan, Hülya
    Objectives This study aimed to analyze the antiretroviral drug resistance in antiretroviral treatment-naive HIV-positive patients in the Aegean Region of Turkey from 2012 to 2019. Methods The study included 814 plasma samples from treatment-naive HIV-positive patients. Drug resistance analysis was performed by Sanger sequencing (SS) between 2012-2017 and by next-generation sequencing sequencing (NGS) between 2018-2019. SS was used to analyze resistance mutations in the protease (PR) and reverse transcriptase (RT) gene regions using a ViroSeq HIV-1 Genotyping System. PCR products were analyzed with an ABI3500 GeneticAnalyzer (Applied Biosystems). The sequencing of the HIV genome in the PR, RT, and integrase gene regions was carried out using MiSeq NGS technology. Drug resistance mutations and subtypes were interpreted using the Stanford University HIV-1 drug resistance database. Results Transmitted drug resistance (TDR) mutation was detected in 34/814 (4.1%) samples. Non-nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NNRTI), nucleoside reverse transcriptase inhibitor (NRTI), and protease inhibitor (PI) mutations were identified in 1.4% (n =12), 2.4% (n =20), and 0.3% (n = 3) of samples, respectively. The most common subtypes were B (53.1%), A (10.9%), CRF29_BF (10.6%), and B + CRF02_AG (8,2%). The most common TDR mutations were E138A (3.4%), T215 revertants (1.7%), M41L (1.5%), and K103N (1.1%). Conclusion Transmitted drug resistance rate in the Aegean Region is compatible with national and regional data. Routine surveillance of resistance mutations may guide the safe and correct selection of initial drug combinations for antiretroviral therapy. The identification of HIV-1 subtypes and recombinant forms in Turkey may contribute to international molecular epidemiological data.