Yazar "Tanyolaç, Bahattin" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 5 / 5
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe Cicer ve Lens türlerinin kloroplast DNA dizilerinin Next Generation Sequencing ile sekanslanması ve genom organizasyonlarının belirlenerek karşılaştırmalı genom analizlerinin gerçekleştirilmesi(Ege Üniversitesi, 2022) Tanyolaç, Bahattin; Bulut, Hasan; Karcıoğlu, Abdullah AmmarKloroplastlar kendi DNA larını içermektedir. Özellikle fotosentez ile genler sayesinde bitkiler yaşamsal faaliyetlerini sürdürmektedir. Günümüze kadar yapılan kloroplast genom sekanslama analizlerinde çekirdek DNAsı sekans analizinden elde edilen sekanslardan kloroplast dizileri insiliko olarak elde edilmiştir. Ancak bu tür metodlar kloroplast dizilerinin yanlış oryantasyonda yerleştirilmelerine neden olmuştur. Yapılan bu proje sayesinde kloroplast DNA sı izole edilmiştir ve izole edilen DNA lar sekanslanmıştır. Sekanslama için Illumina NGS platform kullanılmıştır. Dolayısı ile kloroplast DNA sında bulunun nükleotid dizileri doğru oryantasyonda yerleştirilmiştir. Bu amaçla 5 adet Nohut türlerinden ve 6 adet mercimek türlerinden kloroplast DNA ları izole edilmiş ve bunların tam genom dizileri, bu diziler içerisindeki genler ve ayrıca tekrar eden DNA dizileri saptanmıştır. Bu dizilerden yola çıkılarak filogeni analizi yapılarak bu türler ararsındaki akrabalık ilişkileri ortaya konmuştur. Yapılan sekanslamalar sonucunda kloroplast genomaları yaklaşık 120.000 bp civarında olduğu saptanmıştır.Öğe Kayısıda monilya (Monilinia spp.) hastalığına karşı dayanıklılığı kontrol eden DNA markörlerin bulk segrenat analizi ile saptanması(Ege Üniversitesi, 2015) Tanyolaç, Bahattin; Acarsoy Bilgin, Nihal; Mısırlı, AdaletApricot, Monilinia laxa, bulk, molecular marker.;Kayısı, Monilinia laxa, bulk, moleküler markör.;Kuru kayısı üretim ve ihracatında dünyada lider olan ülkemizde en önemli kurutmalık çeşit olan Hacıhaliloğlu monilya hastalığına duyarlılık göstermektedir. Bazı durumlarda, hastalık kimyasal yöntemle kontrol edilebiliyorsa da yüksek maliyet, çevre-toprak kirliliği ve meyvede kalıntı gibi dezavantajlar, mücadelede sadece genetik kontrolün etkili olduğunu ortaya koymaktadır. Bu bağlamda, dayanıklı çeşitlerin geliştirilmesi önemli ıslah amaçlarından biridir. Ancak meyve ağaçlarında ıslah süresi uzundur. Bu sürenin kısaltılabilmesi bakımından moleküler markörlerin önemi ortaya çıkmaktadır. DNA markörleri ile erken generasyonlarda seleksiyon yapılabilmektedir. Bu çalışmada, dayanıklı ve hassas kayısı melezlerinden oluşan bulklar RAPD primeri ile taranarak monilya karşı dayanıklılığı kontrol eden genlerle ilişkili DNA markörlerinin geliştirilmesi amaçlanmıştır. 26 adet RAPD primerinden sadece 5 tanesinden ebeveynler arasında polimorfizm belirlenmiştir. 4 RAPD primerinde dayanıklı ve duyarlı F1 bitkilerinde arasında polimorfik bant görülmemiştir. Sadece C4 primeri polimorfizm göstermiştir.Öğe Mercimekte farklı sıra arası mesafeler ve bitki sıklıklarının büyüme , verim verim konponentleri ve bitki ölümleri üzerine etkileri(Ege Üniversitesi, 1992) Tanyolaç, Bahattin; Sepetoğlu, Hasan47 6- ÖZET 1990-1991 sezonunda Bornova ekolojik koşullarında farklı sıra arası mesafelerinin (20, 30 cm) ve bitki sıklığının (200, 300, 400 bit./ro2) mercimeğin büyümesi, verim komponentleri ve verimi üzerine etkileri araştırılmıştır. Deneme basit faktöriyel tesadüf blokları deneme desenine göre üç tekerrürlü olarak düzenlenmiştir. Denemede ICARDA'dan temin edilmiş Lübnan orijinli Lens cul i nar i s ssp. m i er osperma (küçük daneli) bir mercimek hattı kullanılmıştır. Büyüme için, 5 farklı dönemde örnekler alınmış ve bitkide yandal sayısı, bitki boyu ile kök ve toprak üstü aksam ağırlığının vejetasyon dönemi boyunca sıra arası mesafeye ve farklı sıklıklara göre değişim seyri grafize edilmiştir. Buna göre mercimeğin büyümesi önce çok yavaş seyretmiş, sonra hızlı büyüme periyoduna girmiş ve vejetasyon dönemi sonunda çok az bir kuru madde azalışı gözlenmiştir. Olgunlukta bitki boyu, yandal sayısı, toprak üstü ve altı kuru ağırlık, sap verimi, dane verimi, bin dane ağırlığı, bitkide bakla sayısı, baklada dane sayısı, saptanmış ve sıklığın bitki boyuna etkisinin olmadığı, sıra arası mesafesi ve M2'de bitki sayısı arttıkça yandal sayısının azaldığı tespit edilmiştir. Yine bitki sıklığı arttıkça toprak üstü aksam ve kök kuru madde ağırlığı azalırken birim alandaki toprak üstü aksam ve kök kuru madde ağırlığı sıklık arttıkça artış göstermiştir. Bitkide bakla sayısı ise sıklık arttıkça azalma gösterirken baklada dane sayısı ise M2'de 300 bitki sıklığında en yüksek olmuştur. Bin dane ağırlığı deneme faktörlerinden etkilenmemiştir. En yüksek verim 20 cm sıra arası mesafesinde ve 400 bit./M2 sıklığında 120.8 kg/da olarak elde edilmiştir, ölen bitki sayısı M2'de bitki sayısından etkilenmiş, sıklğın artmasıyla ölen bitki sayısı da artış göstermiştir.En çok ölen bitki sayısı 30 cm sıra arası mesafesinde ve 400 bitki sıklığında 62 adet/m2 olarak saptanmıştırÖğe Meta-Sezgisel Tabanlı Clustal-SA Algoritmasını Kullanarak DNA Sekanslarında Çoklu Dizi Hizalama(2024) Erdirik, Hatic; Karcıoğlu, Abdullah Ammar; Tanyolaç, Bahattin; Bulut, HasanBiyoinformatik, biyolojik verilerin analizi ve kalıtsal ilişkilerin ortaya çıkarılması için matematik, biyoloji ve bilgisayar bilimlerini birleştiren bir disiplindir. Bu alandaki en kritik görevlerden biri, biyolojik dizilerin hizalanmasıyla ilgili olan dizi hizalama problemini çözmektir. Ancak, biyolojik verilerin hızla artması, bu problemi manuel olarak çözülemez hale getirmiş ve bilgisayar sistemlerinin biyoinformatikte daha yaygın bir şekilde kullanılmasına yol açmıştır. Bu çalışmada, mevcut Clustal algoritması ve benzetimli tavlama algoritması kullanılarak yeni bir dizi hizalama algoritması önerilmiştir. Clustal algoritmasının hız avantajını kullanarak ve benzetimli tavlama algoritmasını entegre ederek, Clustal'ın aç gözlü yaklaşımından uzaklaşılarak optimal hizalama skoru elde etmek amaçlanmıştır. Geliştirilen algoritmanın başarısını değerlendirmek için SP (Çiftlerin Toplamı) puanlama sistemi kullanılmış ve hizalama sonucunda sütun eşleşme sayısı dikkate alınmıştır. Elde edilen sonuçlar, geliştirilen algoritmanın aynı uzunluktaki dizi veri kümeleri üzerinde ClustalW programından daha iyi performans gösterdiğini, MUSCLE programına göre ise bazı veri setlerinde daha başarılı olduğu veya yakın sonuçlar verdiğini ortaya koymuştur. Bu gelişme, biyoinformatik alanında dizi hizalama problemini çözmek için yeni ve daha etkili bir yaklaşımın potansiyelini vurgulamaktadır. Gelecekte, bu tür geliştirmelerin biyolojik veri analizi alanında daha geniş bir uygulama alanı bulabileceği düşünülmektedir.Öğe Nohutta (Cicer arietinum L.) antraknoza (Ascochyta rabiei) dayanıklılığı kontrol eden genler ile ilgili DNA markörlerinin nohut genomunda haritalanması(Ege Üniversitesi, 2007) Yıldırım, Arzu; Tanyolaç, BahattinChickpea, Ascocyta Blight, QTL Analysis.;Nohut, Antraknoz Hastalı ı, QTL Analizleri.;Nohutta Antraknoz hastalı ına dayanıklılı ı belirlemek üzere C. arietinum (FLIP84-92C, dayanıklı) x C. reticulatum Lad. (PI 599072, hassas) ebeveynlerinin çaprazlanmasıyla olu turulan, 77 bireye sahip bir Rekombinant Kendilenmi Hat (RIL) populasyonunda, DNA markörleri kullanılarak QTL analizleri gerçekle tirilmi tir. 118 polimorfik RAPD marköründen 87?si (%74), toplam 889,1 cM uzunlu unda 11 ba lantı grubu (BG) içeren bir ba lantı haritası olu turmu tur. ki markör arası ortalama uzaklık 10 cM?dır. QTL analizleri sonucu BG1 ve BG3 üzerinde iki QTL belirlenmi tir. Bu iki QTL üzerinde bulunan markörler Antraknoz hastalı ına dayanıklı çe it geli tirmede kullanılma potansiyeli mümkün görünmektedir.
