Yazar "Kavruk, Ebru Emiriye" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 2 / 2
  • Küçük Resim
    Öğe
    Sünger mikrobiyomunun metagenomik yöntemlerle belirlenmesi
    (Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2018) Kavruk, Ebru Emiriye; Hameş, Elif Esin
    Denizel çevrelerdeki mikrobiyal çeşitliliği oluşturan mikroorganizmaların çoğunluğunun süngerlerle simbiyotik yaşam sürdürdükleri uzun süredir bilinmektedir. Bu çeşitliliğin aydınlatılmasında geleneksel kültivasyon tekniklerinin yetersizliği nedeniyle mikroorganizmanın genetik materyalinin kullanıldığı metagenomik yaklaşımlar son yıllarda önemli bir yere sahiptir. Bu tez çalışmasında Akdeniz'den toplanan Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis ve Sarcotragus foetidus sünger türlerinin mikrobiyal çeşitliliği metagenomik yöntemlerle araştırılmıştır. Örneklerden metagenomik DNA izolasyonu yapılarak, 16S rDNA-V3 ve ITS1 primerleriyle PCR'da çoğaltılmış, 16S rDNA-V3 amplikonları %0-50 ve %40-70; ITS1 amplikonları ise %0-50 denatürant konsantrasyonunda Denatüre Gradient Jel Elektroforezi'nde (DGGE) yürütülmüştür. %40-70 gradientinde yürütülen 16S rDNA-V3 fragmentleri daha etkili şekilde ayrılmış, sırasıyla 20 ve 14 adet bant izole edilmiştir. %0-50 denatürasyon gradientinde yürütme sonucunda ise 10 adet fungal bant izole edilmiştir. Toplamda 44 adet bant izole edilmiş ve dizi analizleri yapılmıştır. Bu dizilerin BLAST analizleri yapılarak yakın oldukları mikroorganizmalar belirlenerek MEGA6 programıyla filogenetik ağaçları çizilmiştir. 16S rDNA-V3 dizileri için KY379824-KY379849, ITS1 dizileri için KY363543-KY363552 erişim numaralarıyla GenBank'a kaydedilmiştir. Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis ve Sarcotragus foetidus süngerlerindeki bakteriyel çeşitliliğin fungal çeşitliliğe göre fazla olduğu belirlenmiştir. Süngerlerde en sık rastlanan Proteobacteria filumu üyeleri çalışmada kullanılan tüm örneklerde belirlenmiştir. P. ficiformis'ten elde edilen bantların, BLAST sonucunda benzerlik gösterdiği dizilerin denizel çevrelerden elde edilen 16S rDNA dizileri olduğu tespit edilmiştir. A. oroides süngerinde saptanan karasal kaynaklı kültive edilmemiş Roseospirillum sp. bu süngerde ilk defa belirlenmiştir. Literatürde kaydı çok yeni ve henüz hakkında az çalışma olan C. carballoi süngerindeki BLAST sonucunda kültive edilmemiş karasal kaynaklı Cellulomonas sp. ve Actinobacterium olduğu tespit edilmiştir. Fungal çeşitlilik ise yalnızca A. oroides ve P. ficiformis süngerinde belirlenmiştir. A. oroides'den elde edilen 4 adet fungal bandın ise denizel sedimentlerden elde edilen kültive edilmemiş fungus dizileriyle benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. P. ficiformis süngerinden elde edilen fungal bandın BLAST sonucunda ise kaynaklı kültive edilmemiş liken oluşturan karasal Trichopezizella relicina ilk kez bu çalışma ile belirlenmiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Sünger mikrobiyomunun metagenomik yöntemlerle belirlenmesi
    (Ege Üniversitesi, 2017) Yılmaz Temel, Hülya; Kavruk, Ebru Emiriye; Hameş, Elif Esin
    Denizel çevrelerdeki mikrobiyal çeşitliliği oluşturan mikroorganizmaların çoğunluğunun süngerlerle simbiyotik yaşam sürdürdükleri uzun süredir bilinmektedir. Bu çeşitliliğin aydınlatılmasında geleneksel kültivasyon tekniklerinin yetersizliği nedeniyle mikroorganizmanın genetik materyalinin kullanıldığı metagenomik yaklaşımlar son yıllarda önemli bir yere sahiptir. Proje kapsamında Akdeniz'den toplanan Agelas oroides, Ciocalypta carballoi, Petrosia ficiformis ve Sarcotragus foetidus sünger türlerinin mikrobiyal çeşitliliği metagenomik yöntemlerle araştırılmıştır. Örneklerden metagenomik DNA izolasyonu yapılarak, 16S rDNA-V3 ve ITS1 primerleriyle PCR'da çoğaltılmış, 16S rDNA-V3 amplikonları %0-50 ve %40-70; ITS1 amplikonları ise %0-50 denatürant konsantrasyonunda Denatüre Gradient Jel Elektroforezi'nde (DGGE) yürütülmüştür. %40-70 gradientinde yürütülen 16S rDNAV3 fragmentleri daha etkili şekilde ayrılmış, sırasıyla 20 ve 14 adet bant izole edilmiştir. %0-50 denatürasyon gradientinde yürütme sonucunda ise 10 adet fungal bant izole edilmiştir. Toplamda 44 adet bant izole edilmiş ve dizi analizleri yapılmıştır. Bu dizilerin BLAST analizleri yapılarak yakın oldukları mikroorganizmalar belirlenerek MEGA6 programıyla filogenetik ağaçları çizilmiştir. 16S rDNA-V3 dizileri için KY379824-KY379849, ITS1 dizileri için KY363543-KY363552 erişim numaralarıyla GenBank'a kaydedilmiştir. A. oroides, C. carballoi, P. ficiformis ve S. foetidus'daki bakteriyel çeşitliliğin fungal çeşitlilikten fazla olduğu belirlenmiştir. Süngerlerde en sık rastlanan Proteobacteria filumu üyeleri çalışmada kullanılan tüm örneklerde belirlenmiştir. A. oroides'de saptanan kültive edilmemiş karasal Roseospirillum sp. bu süngerde ilk defa belirlenmiştir. C. carballoi'de kültive edilmemiş Cellulomonas sp. ve Actinobacterium tespit edilmiştir. Fungal çeşitlilik yalnızca A. oroides ve P. ficiformis'de belirlenmiştir. A. oroides'deki fungal bantların denizel sedimentlerdeki kültive edilmemiş fungus dizileriyle benzerlik gösterdiği belirlenmiştir. P. ficiformis'de kültive edilmemiş liken oluşturan karasal Trichopezizella relicina ilk kez bu çalışmada belirlenmiştir.;Mikrobiyal Çeşitlilik, Sünger Mikrobiyomu, Denatüre Gradient Jel Elektroforezi, Metagenomik.;Microbial Diversity, Sponge Microbiome, Denaturing Gradient Gel Electrophoresis, Metagenomics.