Yazar "Özsöz, M. E. Şengün" seçeneğine göre listele
Listeleniyor 1 - 10 / 10
Sayfa Başına Sonuç
Sıralama seçenekleri
Öğe DNA dizi analizine yönelik elektrokimyasal genosensör tasarımı(Ege Üniversitesi, 2009) Çavdar, Seda; Özsöz, M. E. ŞengünBu çalısmada, biotin - avidin etkilesimine dayalı elektrokimyasal bir genosensör tasarımı yapıldı. Yapılan genosensörün gerçek hasta örneklerine uygulanabildigi gösterildi. Çalısmada gelistirilen genosensör Mycobacterium tuberculosis bakterisinin tedavi sırasında rifampin (RIF) antibiyotigine karsı gelistirdigi direnç mutasyonlarının tayinine yönelik olarak tasarlandı. Kullanılan prob diziler, bakterinin RIF'e karsı en sık direnç gösterdigi rpoB geninin 507-533. kodonlarını içeren 81 baz uzunlugundaki "hotspot" (sıcak) bölge'sine karsılık gelen 5 farklı bölgeden seçildi. Çalısamada tek kullanımlık kalem grafit elektrotlar kullanıldı. 5' ucunda amino-hekzil isaretli prob diziler elektrot yüzeyine kovalent olarak baglandı. Prob dizi ile kaplı elektrotların, biotinli olarak çogaltılmıs ve denatüre edilerek tek iplikli hale getirilmis PCR ürünü hedef dizi ile hibridizasyona tabi tutulup ExtrAvidin - AF ve 1 - NF çözeltilerinde bekletilmesinin ardından olusan naftolün yükseltgenme sinyalleri degerlendirildi. PCR ürünü hedef dizilerin mutasyon içeren ve içermeyen bölgelerine karsılık gelen prob diziler ile hibridizasyonu sonucu alınan naftol yükseltgenme sinyalleri arasındaki farklılıklar, tasarlanan genosensörün seçimliligini gösterdi. Mutasyon ayırımının en iyi gözlendigi yıkama zamanı, ExtrAvidin - AF ve 1 - NF baglanma zamanları belirlendi. Alınan yanıtlara göre, mutasyonun bulundugu prob dizi bölgesinden en düsük, diger bölgelerden en yüksek sinyalin gözlendigi kosullar tayin edildi. Böylece çalısmanın amacı olan, Mycobacterium tuberculosis'in rifampin antibiyotigine karsı gelistirdigi direnç mutasyonlarının, hastalardan alınan ve biotin isaretli olarak çogaltılan PCR örnekleri ile biotin - avidin etkilesiminden yararlanarak tasarlanan elektrokimyasal genosensör ile tayini gerçeklestirildi.;Electrochemistry, Biosensor, Pencil Graphite Electrode, Biotin-Avidin Interaction, Differential Pulse Voltammetry.;Elektrokimya, Biyosensör, Kalem Grafit Elektrot, Biotin- Avidin Etkilesimi, Diferansiyel Puls Voltametri.Öğe Eczacılıkta elektrokimyasal (biyo)sensör tasarımları ve uygulamaları(Ege Üniversitesi, 2001) Kılınç, M. Emrah; Özsöz, M. E. Şengün[Abstract Not Available]Öğe Ege Bölgesi'ndeki bazı alglerin protein içeriğinin analitik yöntemlerle saptanması ve mikroalglerde sistinin polarografik olarak incelenmesi(Ege Üniversitesi, 1984) Özsöz, M. E. Şengün; Yenigül, Berrin[Abstarct Not Available]Öğe Elektrokimyasal Dna biyosensörleri ile vitamin D reseptör genindeki polimorfizmlerin saptanması(Ege Üniversitesi, 2008) Aladağ, Nilay; Özsöz, M. E. ŞengünVitamin D endokrin sistemi immun yanıtın oluşmasında, kalsiyum ve fosfat metabolizmasında, kemik metabolizmasında ve hücre çoğalması ve farklılaşmasında yardımcı rol oynamaktadır [3, 70]. Bu nedenle, bu endokrin sistemde görülen bir mutasyon diyabet, kanser, osteoartrit, tüberküloz ve kardiyovasküler hastalıklar gibi birçok hastalığa neden olabilmektedir [46, 124]. Bu güne kadar, Vitamin D reseptör (VDR) geninin 3' ucunda belirlenen, Apa I, Bsm I ve Taq I en çok çalışılan kesim parçacığı uzunluk polimorfizmleridir [127]. VDR'deki Apa I polimorfizmi Alzheimer gibi nörödejeneratif hastalıkları içeren hastalıklara sebep olurken buna ek olarak paratiroid yanıtı da etkilemektedir [2, 23, 153]. Bu polimorfizmin tanımlanmasına yönelik kullanılmakta olan yöntem, RFLP (restriction fragment length polymorphism) yöntemidir [2, 127, 153]. Çalışmada, vitamin D reseptöründe görülen Apa I tek nokta polimorfizminin elektrokimyasal olarak tayinine yönelik hibridizasyona dayalı yenilenebilir bir biyosensör geliştirilmiştir. Biyosensör, Apa I polimorfizmine ait 21 bazlık sentetik tek sarmal (prob) dizilerin ve PCR ürünü dizilerinin biyosensör yüzeyine bağlanmasına ve bu oligonükleotidlerin tam karşılığı ve tek bazı hedeften farklı olan dizilerle kalem grafit üzerindeki hibridizasyonuna dayanmaktadır. Elektrokimyasal hibridizasyon indikatörü olarak çift sarmal DNA arasına interkale olan Meldola Mavisi (MDB) kullanılmıştır. dsDNA, ssDNA ve SNP içeren dizinin tayini DPV tekniği kullanılarak MDB'nin -0.130 V ± 0.005'daki voltametrik indirgenme sinyalinin değişiminin ölçülmesiyle gerçekleştirilmiştir. Çalışmada MDB sinyalini etkileyen prob ve hedef konsantrasyonu, hibridizasyon, bağlanma ve yıkama zamanı gibi birçok parametreyi inceledik. Çalışmamızda, geliştirmiş olduğumuz elektrokimyasal DNA biyosensörü VDR'deki Apa I polimorfizminin saptanmasına yönelik hızlı ve güvenilir sonuçlar vermiştir. Literatürde bu mutasyonun elektrokimyasal biyosensörle tayinine yönelik kayıta rastlanmamıştır. Yenilenebilir karbon grafit elektrodu, kolay kullanımı ve taşınabilirliğinden dolayı mikroarray teknolojisi için önemli bir özellik taşır. Ayrıca bu elektrotlar sonuçlarının tekrarlabilirliği açısından da güvenilirdirler. Hibridizasyon indikatörü olarak MDB'nin kullanımı, PCR sonrasında jel elektroforezi sırasında kullanılan etidyum bromür gibi toksik kimyasalların kullanımını uzaklaştırır. VDR'deki Apa I polimorfizminin sekanslamayla tayinine kıyasla daha ucuz alternatif bir yöntemdir. MDB'nin elektriksel aktivitesi ve DNA interkalatörü davranışı dsDNA, ssDNA ve SNP içeren dsDNA'nın birbirlerinden ayrımını mümkün kılmıştır.Öğe Elektrokimyasal sensörlerin tasarımı ve uygulamaları(Ege Üniversitesi, 1996) Erdem, Kadriye Arzum; Özsöz, M. E. ŞengünDifenhidramin seçimli membran elektrodun tasarımında; tetrafenilborat, fofotungustat, reineckate gibi üç farklı yardımcı iyonu içeren üç farklı Dfh seçimli membran elektrot hazırlandı. Difenhidramin-tetrafenilborat kompleksini içeren membran elektrodla alınan sonuçların eğim, yanıt zamanı ve tayin sınırı gibi parametreler açısından diğerlerine kıyasla, çalışmada kullanılmaya daha yatkın olduğu bulunmuştur. Çalışmaya bu iyon çifti kompleksini içeren elektrodla devam edilmiştir. Dfh seçimli membran elektrot, 10-2M-3.5x10-5 M kontrasyon aralığında ideal eğim (59 mV/decade) değerine yakın bir eğim değerine (51mV/decade) sahiptir. Yanıt zaman aralığı, 10-6-10-2M arasında 2 dakika-20 saniye olarak bulunmuştur. 2 ile 7.5 arasındaki pH aralığında güvenle kullanılabildiği saptanmıştır. İzotermal sıcaklık katsayısı 0,00156 V/oC bulunmuştur. İncelenen inorganik ve organik maddelerin girişimleri incelenmiş ve her biri için iki ayrı seçimlilik yöntemi ile seçimlilik katsayıları bulunmuştur. Dfh seçimli membran elektrodun farmasötik alanda uygulanabilirliğini incelediğimizde, mevcut preparatlarındaki Dfh miktarı, Dfh seçimli membran elektrot kullanılarak, hem standart katma yöntemi, hem de potansiyometrik titrasyon yöntemi kullanılarak bulunmuştur. Dfh seçimli membran elektroda ait diğer bir uygulama, Dfh içeren tablete ait dissolüsyon çalışmasında Dfh seçimli membran elektrodu kullanılarak potansiyometrik yöntemle elde edilen sonuçlar, spektrofotometrik yöntemle elde edilen sonuçlarla kıyaslanmıştır. İki yöntem arasındaki korelasyonu incelediğimizde determinasyon katsayısı, 0.989 bulunmuştur.Öğe Enzim içeren karbon pastasına dayalı amperometrik biyosensörlerin geliştirilmesi(Ege Üniversitesi, 1996) Gökgünneç, Levent O.; Özsöz, M. E. ŞengünBu çalışmada, saf enzim yerine doku kullanılarak, ksantine duyarlı bir biyosensör tasarımı amaçlandı. Bunun için, ksantinin ürik aside yükseltgenmesini sağlayan enzim olan ksantin oksidaz enzimini içeren yayıkaltı elektrot hazırlamada kullanıldı. Çalışma elektrodu olarak karbon pastası elektrodu kullanıldı. Yayıkaltı içeren karbon pastası elektrodu hazırlanırken katalitik etkiye sahip olan CoPC ile modifiye edildi. Bu elektrot, fosfat tamponu içinde yüksek potansiyelde kör elektrodun yanıt vermesini engellemek için düşülmesi amaçlandı. Bunun için siklik voltametri çalışması yapıldı ve CoPC ile modifiye edilmiş elektrodun K3Fe(CN)6 medyatörü içeren tampon çözeltide düşük potansiyelde başarılı yanıtlar verdiği görüldü. Bu çift medyatör sistemiyle 0,4 ve 0,3 V gibi düşük potansiyellerde kalibrasyon eğrileri çizildi. 0,3 V potansiyelde ksantin için tayin sınırı 0,12 mM idi. Elektrodun yanıt süresi 30 saniye olarak bulundu. Farklı medyatör konsantrasyonları ve farklı pH değerlerinin yanıt üzerindeki etkileri ölçüldü. Balık örneğinde yapılan denemede, kalitatif olarak ksantinin varlığı tayin edildi. Elektrodun tekrarlanabilirliği yeterli olmakla beraber, stabilitesi istenen düzeyde değildi. Saf ksantin oksidaz enzimi yerine yayıkaltının kullanılması ekonomik açıdan büyük yarar sağladı. Ayrıca elektrodun hazırlanma kolaylığı veyayıkaltının kolay bulunabilmesi de tasarlanan biyosensörün diğer yararlarıydı.Öğe Enzime dayalı elektrokimyasal biyosensörlerin mediyatör kullanarak tasarımı(Ege Üniversitesi, 1996) Kılınç, M. Emrah; Özsöz, M. E. ŞengünDaha önce literatüre geçmiş çalışmalardan farklı olarak düşük potansiyellerde (+0.3 V) amperometrik olarak glukoz miktar tayini yapabilen bir biyosensör dizaynı ve imali yapıldı. Biyosensörün tasarımında önce çalışma elektrodu hazırlandı. Çalışma elektrodu olarak teflon kaplı, 50æm çapında platin mikroelektrot kullanıldı. Çalışma elektroduna O-fenilen diamin polimeri vasıtasıyla glukoz oksidaz enzimi kaplaması uygulandı. Son olarak da enzimli elektrodun dış yüzeyine elektriksel kaplama yöntemiyle Rodyum kaplaması uygulandı. Tasarımı yapılan biyosensör glukozun enzimatik oksidasyonu sonucunda açığa çıkan H2O2 - Yİ + 0.3 V - da oksitlemekte ve bunun karşılağında oksidatif akım oluşturmaktadır. Oluşan bu akım H2O2 ile; dolayısıyla da glukoz konsantrasyonuyla doğru orantılıdır. Biyosensörün glukozu düşük potansiyellerde tayin edilebilmesini sağlayan Rodyum'un elektriksel kaplamasıdır. Biyosensör düşük çalışma potansiyelinde glukoz tayini yaparak, çeşitli girişim yapabilecek maddelerin (ürik asit, askorbik asit, fruktoz, üre, vs ) istenmeyen girişim etkilerinden korumuştur. Sonuç olarak hem girişim yapan maddelerin varlığından minimum düzeyde etkilenen hem de in vivo uygulamalar için boyut olarak uygun amperometrik glukoz biyosensörü, mediyatör olarak elektriksel Rodyum kaplaması kullanılarak tasarlanmış ve imal edilmiştir.Öğe Enzime ve dna'ya dayalı elektrokimyasal biyosensörlerin mediyatör kullanarak tasarımı(Ege Üniversitesi, 2000) Erdem, K. Arzum; Kılınç, Emrah; Özsöz, M. E. ŞengünÇalışmamızda, iki tip biyosensörün tasarım ve uygulamaları açıklanmıştır. Hoseradish peroksidaz (HRP) ile modifiye edilmiş karbon pastasına dayalı amperometrik biyosensör, bazı yükseltgenebilir grup taşıyan ilaçların (OxG) nitel ve nicel analizlerinde kullanılmaktadır. Bazı yükseltgenebilir ilaçların tayininde HRP'nin biyokatalizör olarak kullanımının avantajları açıklanmaktadır. Amperometrik analizler ve diğer deneyler asetat tamponunda (pH 4,7) hidrojen peroksit varlığında gerçekleştirilmiştir. Çalışma potansiyeli, pH, HRP yüzdesindeki değişikliğin etkisi, tekrarlanabilirlik gibi deneysel parametreler incelenmiştir. HRP modifiye edilmiş karbon pastası elektrodunun stabilitesi de incelenmiştir. HRP modifiye elektrot, OxG miktarında meydana gelen mikromolar düzeyindeki değişikliklere yanıt vermektedir. Elde edilen akım sinyalleri, derişim ile doğru orantılıdır. İlaç molekülündeki yükseltgenebilir grupların tayini için güvenilir yöntem oluşturmaktadır. Projemizde, bir metal kompleksi olan [Co(phen)3]³{nin DNA'ya bağlanması sonucu oluşan deneysel parametreler incelenmiştir. Milimolar düzeyde DNA ile dönüşümlü olarak etkileşen [Co(phen)3]³{ nin tayini, çift sarmal DNA modifiye edilmiş karbon pastası elektodu, tek sarmal DNA modifiye edilmiş karbon pastası elektrodu ve non-modifiye karbon pastası elektrodu ile voltametrik olarak incelenmiştir. Elektrotların sırasına göre azalan akım sinyalleri elde edilmiştir. DNA modifiye edilmesini ve indikatör birikimini etkileyen parametreler incelenmiştir. Elde edilen sonuçlar, [Co(phen)3]³{nin elektroaktif hibridizasyon indikatörü olarak güvenle kullanılabileceğini göstermektedir.Öğe İlaç ve DNA (biyo) sensörlerinin tasarımı ve uygulamaları(Ege Üniversitesi, 2000) Erdem, K. Arzum; Özsöz, M. E. ŞengünÇalışmamızda Epurubisin(EPR) ve Mitoksantron (MTX) gibi bazı antikanser ilaçların ve hibridizasyon indikatörü olan metal kompleksi, [co(phen)3]3+'nin DNA ile etkileşmesi, elektrokimyasal yöntemlerle; katı fazda, karbon pastası elektrodu(CPE) kullanılarak incelendi. Bu maddelerin çift sarmal DNA (dsDNA) ve tek sarmal DNA (ssDNA) ile etkileşmesi voltametrik yöntemler ile incelendi. Deneysel parametrelerdeki farklılık (ortam ve pH, madde konsantrasyonu, DNA konsantrasyonu, madde-DNA etkileşme süresi) diferansiyel puls voltametri tekniğiyle incelendi; ayrıca tayin sınırı ve tekrarlanabilirlik parametreleri de incelendi. EPR ve MTX'nun dsDNA ve ssDNA il etkileşmesinde, asetat tamponu (pH 4,8) ve fosfat tamponunda (pH 7,4) elde edilen sonuçlara bakıldığında, CPE ile elde edilen yanıtın, dsDNA modifiye edilmiş CPE ile elde edilenden daha büyük olduğu gözlenmiştir. EPR ve MTX'nun DNA ile etkileşmesi sonucunda elde edilen voltametrik sinyaller azalan şekilde sırasıyla; CPE, ssDNA modifiye edilmiş CPE, dsDNA modifiye edilmiş CPE şeklinde bulunmuştur. Buna karşın [Co(phen)3]3+ ile DNA'nın etkileşmesi sonucunda elde edilen voltametrik sinyaller azalan şekilde sırasıyla; dsDNA modifiye edilmiş CPE, ssDNA modifiye edilmiş CPE, CPE olarak bulunmuştur. Oligonükleotidlerle yapılan çalışmalarda da benzer sonuçlar elde edilmiştir. EPR, MTX ve [Co(phen)3]3+'nin DNA ile etkileşme türü elektrokimyasal yöntemlerle saptanıp, ayrıca EPR'nin belirli koşullar altında yeni bir hibridizasyon indikatörü olarak kullanılabileceği bulunmuştur. Hepatit-B virüsüne (HBV) ilişkin DNA dizisinin [Co(phen)3]3+ indikatörü kullanılarak gerçekleştirilen elektrokimyasal tayin çalışmasında, öncelikle hibridizasyon koşulları optimize edildi. Seçimlilik çalışmasında ise, CPE'ye tutturulmuş probun rastgele dizi içeren oligonükleotit ve tek bazı farklı dizi içeren oligonükleotit ile tepkimesi sonucu elde edilen yanıtlar, probun hedef dizi ile elde edilen yanıtı ile kıyaslandı; prob'un hedef olmayan dizi ile verdiği yanıtın sadece prob ile elde edilen yanıta yakın olduğu; tek bazı farklı dizi içeren dizi ile verdiği yanıtın ise hemen hemen probun hedef diziyle verdiği sinyale yakın olduğu gözlendi.Öğe Kuartz kristal mikrobalans ile DNA hibridizasyon tayini ve bazı maddelerin DNA ile etkileşiminin biyosensörlerle algılanması(Ege Üniversitesi, 2008) Maraba, Yasemin; Özsöz, M. E. ŞengünBu tez çalışması iki farklı sistem ve konuyu içermektedir. Birinci çalışmada; bazı maddelerin çift sarmal DNA ile Grafit Kalem Elektrot (PGE) yüzeyinde, Diferansiyel Puls Voltametrisi (DPV) kullanılarak guanin yükseltgenme sinyali ve eğer varsa madde sinyallerine dayanarak çalışılmıştır. Yenilenebilir kalem elektrotla, madde konsantrasyonu ve madde etkileşim süresi gibi deney parametreleri değiştirilerek çalışıldı. Etkileşim, elektrot yüzeyi ve çözelti ortamında olmak üzere iki farklı yöntemle gerçekleştirildi. Bu çalışmalar bize; madde-DNA etkileşim süresi ve madde konsantrasyonu arttıkça guanin yükseltgenme sinyalinin düştüğünü gösterdi. Etkileşim sonrası guanin bazına ait yükseltgenme sinyalindeki bu düşüş guanin bazının hasara uğradığını göstermektedir. Ayrıca madde sinyalinde de etkileşim sonrasında düşüş gözlemlenmiştir. Sonuç olarak yapılan birinci çalışmada; DNA ile etkileşim gösteren voltametrik özellikli birçok maddenin kemoterapi uygulamalarında kullanılabileceği gözlemlenmiştir. Böylece yeni sentezlenmiş maddelerin DNA ile etkileşim mekanizmalarının aydınlatılması, doğal ilaç tasarımında faydalı olacaktır. İkinci çalışmada bir piezoelektrik sistem olan Kuartz Kristal Mikrobalans (QCM) kullanıldı. Bu yöntem kütleye duyarlı bir yöntemdir. Altın yüzeye iki şekilde ss DNA bağlayarak biyosensör tasarlandı. Birinci yöntemde direk SHmodifiye ss DNA gönderilerek, ikinci yöntemde çeşitli kimyasal bağlama ajanları kullanılarak yüzey kaplandıktan sonra ss DNA bağlandı. İkinci çalışmada sonuç olarak DNA hibridizasyonu gerçekleştirildi. Hibridizasyon basamakları gerçek zamanlı olarak izlendi. Hastalık teşhisi, bakteri ve virüs tespiti gibi çalışmalarda, QCM yüksek duyarlıklı bir sistemdir.
