Ege Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Ege, Ege Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Domates bitkisinde pamuk kök-ur nematodu Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, 1949 (Rhabditida: Meloidogynidae)' ya karşı bazı arbusküler mikorizal fungusların (AMF) ve rizobakterilerin (PGPR) etkinliklerinin araştırılması
(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Özay, Ayten; Kaşkavalcı, Galip
Bu çalışmada, iklim odası koşullarında yetiştirilen domates bitkilerinde Pamuk kök-ur nematodu Meloidogyne incognita (Kofoid & White, 1919) Chitwood, 1949' ya karşı bazı arbusküler mikorizal fungus (AMF)'ların ve bitki gelişimini teşvik eden rizobakteriler (PGPR)'in kullanım olanakları araştırılmıştır. Denemede Glomus ve Gigaspora cinsi mikorizal funguslar içeren ticari mikrobiyal gübreler (Endo Root Soluble® ve Shubhodaya®) ile içeriğinde Pseudomonas ve Bacillus cinsi rizobakteriler bulunan bazı toprak kaynaklı patojenlere ruhsatlı Serenade® (Bacillus subtilis QST 713) ve Cedriks® (Pseudomonas fluorescens Pf1) ticari biyopreparatları kullanılmıştır. Endo Root Soluble preparatı tohum kaplama, Shubhodaya preparatı ise kotiledon yaprak dönemindeki fidelere içirme şeklinde uygulanmıştır. Mikoriza ve rizobakteri preparatları tek başlarına ve kombinasyonlar halinde uygulanmıştır. Deneme 13 karakter ve 15 tekerrürlü olarak kurulmuştur. Uygulamaların M. incognita üzerindeki etkisini belirlemek amacıyla köklerdeki urlar Zeck skalasına göre değerlendirilmiş ve yumurta kümeleri sayılmıştır. Deneme sonunda nematodların üreme oranını hesaplamak amacıyla, topraktaki ikinci dönem M. incognita larvaları sayılmıştır. Ayrıca uygulamaların bitki gelişimi üzerindeki etkilerini belirlemek amacıyla; kök ve yeşil aksam kuru-yaş ağırlıkları, kök uzunluğu, kök gelişimi, haftada bir yapılan uzunluk ölçümleri ve yaprak sayımları ile değerlendirilmiştir. Köklerdeki mikorizal kolonizasyonun belirlenmesi için mikorizalı karakterlere kök boyama işlemi yapılmıştır. Deneme sonunda domates bitkilerinin köklerindeki urlanma Zeck skalasına göre değerlendirildiğinde; en az urlanma ERS + Serenade (2.33) uygulamasında, en fazla urlanma ise sadece nematod uygulaması yapılan pozitif kontrolde (5.80) görülmüştür. Bu sonuçlar ile tohum kaplama şeklindeki mikoriza uygulamasının Bacillus subtilis içerikli bakteri biyopreparatıyla birlikte kullanımının kökteki ur oluşumu üzerinde önemli bir etki (%59.83) gösterdiği belirlenmiştir. Topraktaki ikinci dönem larva (J2) sayılarına bakıldığında en yüksek değer tek başına uygulanan Cedriks preparatında (8859.73), en az J2 sayısı ERS + Cedriks uygulamasında (3845.27) saptanmıştır. Pozitif kontrolde ise Cedriks ve ilaçlı kontrol (7262.07) uygulamalarına kıyasla daha az J2 sayısı (7228.07) görülmüştür. Bu değerlere göre, topraktaki J2 sayısı üzerinde mikoriza ve rizobakteri kombinasyonu, tek başına bakteri uygulamasından daha iyi bir etki göstermiştir. Domates bitkilerinin köklerindeki yumurta kümesi sayılarına bakıldığında, en az yumurta kümesi oluşumu Shubhodaya + Cedriks (222.93) uygulamasında, en yüksek yumurta kümesi oluşumu ise pozitif kontrolde (403.40) görülmüştür. Kökteki yumurta kümesi oluşumu üzerinde mikoriza ve bakteri preparatlarının kombinasyonları şeklindeki uygulamalar ilaçlı kontrol ve tek başına rizobakteri uygulamalarına kıyasla daha başarılı sonuçlar göstermiştir. Tek başına AMF uygulamaları ile AMF+PGPR şeklindeki uygulamalar, tek başına yapılan PGPR uygulamalarına kıyasla bitki gelişim parametreleri üzerinde daha iyi etki göstermiştir.
Mikrofunguslarda ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesinin saptanması, ribotoksin üretiminin araştırılması ve bazı kanser hücrelerinde sitotoksik etkisinin incelenmesi
(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Gökçen, Bahar; Abacı Günyar, Özlem
Çalışmanın amacı, mikrofunguslarda ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesinin varlığını belirlemektir. Ayrıca, bu gen bölgesine sahip mikrofunguslardan ribotoksin üretimini gerçekleştirmek ve bu üretimi gerçekleştirme durumunda bazı kanser hücrelerinde sitotoksik etkisinin incelenmesidir. Fungal sekonder metabolitler olan ribotoksinler, 28S rRNA'da yüksek oranda korunan sarcin/ricin alanında bulunan bir fosfodiester bağ üzerinde özel bir nükleolitik aktivite sergiler. Protein sentezi inhibisyonuna ve hücre ölümüne neden olurlar. Çalışmamızda çeşitli tarım arazileri toprakları, kaplıca suları etrafı gibi ekstrem koşullar barındıran bölgelerdeki topraklar, açıkta satışa sunulan baharatlar ve bitkisel kökenli hayvan besi yemleri hammaddelerinin depolarından, silolardan 165 adet mikrofungus izole edilmiştir. İzole edilen tüm fungusların fenotipik yöntemler ile genus düzeyinde tanılaması yapılmıştır. Funguslarda ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesine özel olan 2 farklı primer çifti ile PCR çalışması gerçekleştirilmiştir. Bu çalışma, genus düzeyinde fenotipik tanısı yapılmış olan izolatlarda ribotoksin gen bölgesi olup olmadığını belirlemek için yapılmıştır. PCR ürünleri agaroz jel elektroforezinde görüntülenmiş ve 8 örnekte α-sarcin bandı olduğu düşünülen bantlar gözlemlenmiştir. PCR sonuçları sekans analizine gönderilmiş ve sekans sonuçlarının analizi için Finch TV (Blast) ve ApE programları kullanılmıştır. Nükleotid dizilerinin karşılaştırılması, araştırmacıların kendileri için kullanıma açık, Gen Bankası'nın (NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi sayfasında yapılmıştır. Yapılan araştırmalara göre, 165 fungal izolattan 3 tanesinde ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesi tespit edilmiştir. Diğer 5 izolatın sekans sonuçları "hypothetical protein" ve "uncharachterized protein" olarak tespit edilmiştir. Ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesini taşıyan fungusların genotipik tanısı için, ITS gen bölgesi olarak adlandırılan ve funguslarda evrensel şekilde korunmuş olan gen bölgesi için özel olan evrensel primerler ITS1-ITS4 primerleriyle PCR gerçekleştirilmiş ve PCR ürünleri sekans analizine gönderilmiştir. Elde edilen sonuçlar NCBI sayfasında incelenerek genotipik tanılama yapılmıştır. Ribotoksin gen bölgesi varlığı tespit edilen 3 fungal izolat ve hypothetical protein gen bölgesi ile uncharacterizied protein gen bölgesi taşıdığı belirlenen 5 izolat ribotoksinlerin spesifik ribonükleaz aktivitesi (α-fragmentinin salınması) tayini gerçekleştirilerek izolatların 28S RNA'dan yaklaşık 400 bazlık bir nükleotid parçasını (α-fragment) koparma aktivitesinde bulunması incelenmiştir. Bu incelemenin sonucunda 4 izolat bu aktiviteyi göstermiştir. PCR çalışması sonunda funguslarda ribotoksin üretiminden sorumlu gen bölgesini taşıdığı düşünülen 8 izolatın da ribotoksin üretimi için tanımlanmış besiyerinde üretimi ve SDS'li polyacrylamide gel elektrofezi gerçekleştirilmiştir. Bu çalışmanın sonucunda 1 izolatta ribotoksin olduğu düşünülen proteine ait 18 kD boyutunda bant gözlenmiştir. Daha sonrasında bu izolatlardan kısmı saflaştırma ile ribotoksin üretimi gerçekleştirilmiştir. Bu izolatlardan 5 tanesi ile hücre kültürü ve canlılık çalışmaları yapılmıştır. Çalışmada İnsan pankreatik kanseri hücre hattı PANC1, İnsan akciğer kanseri hücre hattı A549, Prostat kanseri hücre hattı PC3,, tümörojenik olmayan insan embriyonik böbrek hücre hattı HEK293, insan göğüs adenokarsinoma hücre hattı MDA-MB-231 ve nöroblastoma hücre hattı SHSY5Y hücreleri kullanılmıştır. Üretilen ribotoksin örneklerinin kanser hücreleri üzerindeki sitotoksik etkiye bakılması amacıyla M.T.T (3-(4,5-Di methyl thiazol-2-yl)-2,5- Di fenil tetrazolium Bromid) canlılık çalışması yapılmıştır. 1 numaralı izolat olan Aspergillus fumigatus suşu Panc-1 ve PC-3 hücre hatlarına karşı sırasıyla %66,9 ve %65 sitotoksisite göstermiştir.
İzmir ve Manisa illeri domates ve biber yetiştiricilik alanlarında Tomato spotted wilt virüs (TSWV) etmeninin potansiyel ara konukçusu olan yabancı otların belirlenmesi
(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2024) Arbay, Berkay; Gümüş, Mustafa
Tomato spotted wilt virus (TSWV) son yıllarda başta domates ve biber arazilerinde olmak üzere bir çok sebze grubunda hem sera hem de açık alanlarda üretime ve ekonomik anlamda kayıplara neden olmaktadır. Dünya genelinde kültür bitkisine en fazla kayıplara uğratan virüslerden biridir. Her sene Tomato spotted wilt virus (TSWV)'ün konukçuları olan kültür bitkileri aynı arazide yetiştirildiği için semptomlarda artış görülmüştür. İzmir ili ve çevresinde TSWV'nin potansiyel ara konukçusu olan yabancı otlarda hem kışlık hem de yazlık olarak farklı bölgelerden örnekler alınmıştır. 2023 yılında yapılmış surveylerde domates ve biber arazilerinden sera ve açık tarladan toplamda 203 yabancı ot örneği toplanmıştır. Bu örneklerin 62 tanesi biber, 141 tanesi domates arazilerinden alınmış ve DAS-ELISA ile test edilmiştir. Surveyler sonucunda elde ettiğimiz yabancı ot örneklerinden 9 tanesi TSWV ile enfekteli olarak bulunmuştur. Kışlık otlardan yaptığımız testlerde 2 adet pozitif sonuç elde edilmiştir. Sera arazilerinde 1 adet enfekteli yabancı ot örneğinde görülmüştür. TSWV enfekteli yazlık yabancı otlardan 5 tanesi domates arazilerinden, 2 tanesi ise biber arazisinden almış olduğumuz örneklerden bulunmuştur.
Mavi yengeç (Callinectes sapidus)'te ototominin kabuk değişimine etkisi
(Ege Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü, 2025) Sucukçu, Berk; Şen, Halil
Mavi yengeç (Callinectes sapidus), Kanada orijinli olan ve yüzen yengeçler ailesine mensup bir yengeç türüdür. Dünya piyasasında sert veya yumuşak kabuklu olarak yüksek pazar değerinde talep görmektedir. Amerika Birleşik Devletleri'nde (ABD) yapılan yetiştiriciliğinde, doğadan toplanan yengeçlerin kabuk değiştirmesi beklenir ve en değerli hali olan 'yumuşak kabuklu yengeç' aşamasında hasat edilerek gerçekleşmektedir. Yengeçler yalnızca kabuk değiştirip yumuşak hale geçtikleri aşamada büyümektedirler. Bu nedenle ototomi gibi kabuk değişimine teşvik eden uygulamalar geliştirilmiştir. Bu çalışmada erkek ve olgun dişilerden oluşan iki ayrı deneme yürütülmüştür. Erkek bireylerde 2 kıskaç (E1), 4 yürüme bacağı (E2), 1 yürüme bacağı (E3), 6 yürüme bacağı ototomisi (E4) uygulanan ve ototomi uygulanmayan, uzuvları tam bireyler (EK) kullanılarak gruplar oluşturulmuştur. Olgun dişi bireylerde ise 2 kıskaç (D1), 4 yürüme bacağı (D2), 6 yürüme bacağı ototomisi (D4) uygulanan ve ototomi uygulanmayan yani uzuvları tam bireyler (DK) kullanılarak ikinci deneme kurulmuştur. Ototomi işlemi, laboratuvara alınan yengeçlerde, uzuvların vücut ile birleştiği yerden keskin bir makas yardımıyla kesilerek gerçekleştirilmiştir. Toplam 89 gün süren çalışma sonucunda erkek bireylerde en düşük kabuk değişimi kontrol grubunda, en fazla kabuk değişimi 6 yürüme bacağı alınan bireylerde gerçekleşmiştir. Ağırlık artış oranı en yüksek E4 (%57,26; p<0,05) grubunda gözlemlenirken, onu E2 (%26,08; p<0,05), E3 (%24,39; p<0,05), E1 (%14,44; p<0,05) ve EK (%4,21; p>0,05) takip etmiştir. Olgun dişilerde herhangi bir kabuk değişimi gözlemlenmezken, ağırlık artışları istatistiksel olarak önemsiz bulunmuştur (p>0,05). Sonuçlar, erkek bireylerde ototomi uygulamasının, uygulanmayan bireylere göre kabuk değişim sıklığını ve ağırlığını arttırdığı yönündedir (p<0,05). Bununla beraber, iki denemede de ototomi uygulanan bireylerde uygulanmayanlara göre yaşam oranlarında azalma gözlemlenmiştir.
Dental travma vakalarında kayıt ve süreç yönetimi: Nicel ve Nitel değerlendirme
(Ege Üniversitesi, Diş Hekimliği Fakültesi, 2025) Karaçor, Gözde; Eden, Ece
[Özet Yok]
