Ege Üniversitesi Kurumsal Akademik Arşivi
DSpace@Ege, Ege Üniversitesi tarafından doğrudan ve dolaylı olarak yayınlanan; kitap, makale, tez, bildiri, rapor, araştırma verisi gibi tüm akademik kaynakları uluslararası standartlarda dijital ortamda depolar, Üniversitenin akademik performansını izlemeye aracılık eder, kaynakları uzun süreli saklar ve telif haklarına uygun olarak Açık Erişime sunar.
Güncel Gönderiler
Lactococcus lactis ekspresyon sistemi ile gıdalarda kullanıma uygun rekombinant proteinlerin üretimi: Levansukraz ve bitkisel tatlı proteinler
(Ege Üniversitesi, 2024) Kaplan Türköz, Burcu; Göksungur, Mehmet Yekta; Şimşek, Ömer
Biyoteknolojik uygulamalar için sayısız rekombinant proteinler üretilmekte olup, bu amaçla birçok farklı ekspresyon sistemleri geliştirilmiştir. Lactococcus lactis, genom özelliklerinin iyi bilinmesi, hücre dışına protein salgılama sistemlerinin iyi çalışması ve özellikle gıdalara doğrudan eklenebilecek proteinlerin üretimi için kullanılabilirliği ile iyi bir ekspresyon sistemi haline gelmiştir. Projenin amacı, sakkarozu parçalayıp prebiyotik fruktoz polimerleri oluşumunu katalizleyen levansukraz enziminin ve kalorisi olmayan ve tatlandırıcı olarak kullanılabilecek bitkisel tatlı protein benzeri proteinlerin üretiminde L.lactis ekspresyon sisteminin kullanılmasıdır. Bu amaçla levansukraz ve bitkisel tatlı protein benzeri proteinleri kodlayan genleri pLEB825 plazmidine PnisA promotörü altına yerleşecek şekilde klonlama ve plazmidleri Lactococcus lactis NZ9000 hücrelerine aktarma çalışmaları yapılmıştır. Bitikisel tatlı protein benzeri seçili iki protein başarıyla klonlanmıştır. Thaumatin benzeri protein için plazmid transformasyon sonrası protein üretimi gerçekleştirilmiş ve saflaştırma protokolü oluşturulmuştur. Ancak daha sonra aynı hücrelerden protein üretimi sağlanamamıştır. Yapılan analizler doğrultusunda plazmidlerin hücrelerden atıldığı görülmüştür. Mabinlin benzeri protein için ise farklı koşullarda indüksiyon denenmiş ancak rekombinant protein üretimi tespit edilememiştir. Levansukraz kodlayan gen bölgesi tüm denemelere rağmen pLEB825 plazmidine klonlanamamıştır. Bu duruma çözım olarak başka bir plazmide klonlama çalışmaları yapılmış ve pNZ8148 plazmidine levansukraz geni başarıyla klonlanmıştır. Bu plazmidi taşıyan NZ9000 hücreleri ile rekombinant levansukraz üretiminin de başarıyla gerçekleştiği gösterilmiştir. Tüm bu çalışmalara parallel olarak plazmid taşıyan rekombinant hücrelerin, düşük şeker içeriği nedeniyle kolay bozulabilen bir atık olan peynir altı suyu içeren farklı ortamlarda üretim olanakları incelenmiş ve PAS ortamında verimli şekilde rekombinant L.lactis hücrelerinin ürediği gösterilmiştir.
Septik şok ön tanılı hastalarda nükleik asit temelli multipleks gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu test kiti ile konvansiyonel kültürlerdeki üremelerin karşılaştırılması
(Ege Üniversitesi, 2024) Arda, Bilgin; Sipahi, Oğuz Reşat; Akkul, Betül; Akyol, Deniz; Sezer, Ebru; Çilli, Fatma Feriha; Şanlıdağ, Gamze
Septik şok hastalarında etkenin saptanması, tedavinin düzenlenmesi için en önemli basamaklardan biridir. Ancak hastaların çoğunda etken izole edilememektedir. Alternatif tanı yöntemlerinden biri olan PZR ise daha hızlı sonuçlara olanak sağlamaktadır. Bu çalışmada multipleks gerçek zamanlı PZR'nin (Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30T Panel) tanısal performansının değerlendirilmesi, kan kültürleri ve enfeksiyon odağına yönelik diğer kültürlerle karşılaştırılması amaçlanmıştır. Çalışmaya toplamda 77 hasta dahil edildi, kriterleri karşılayan 50 hasta değerlendirildi. En sık enfeksiyon odakları intraabdominal enfeksiyon (n=12), pnömoni (n=10), idrar yolu enfeksiyonu (n=5) idi. Kan kültürü altın standart kabul edilerek, tüm kohortta 0. saatte alınan tam kan örneklerinde uygulanan Bio-Speedy® Sepsis qPCR MX-30T Panel duyarlılığı %27.3 (6/22) özgüllük %89.3 (25/28) ve genel uyum %62 (31/50) olarak saptandı. PZR’nin septik şok tanısı ve tedavisinde standart yöntemlere eklenmesi hastaların yönetiminde faydalı olabilir. Ancak sonuçların daha iyi değerlendirilmesi için daha fazla sayıda klinik çalışmaya ihtiyaç vardır.
Hepatosellüler Kkarsinomada depo kontrollü Kalsiyum Giri`inin sorafenib yanıtlarındaki rolünün araştırılması
(Ege Üniversitesi, 2024) Eraç, Yasemin; Yurdacan Yaşar, Beste
Hepatoselüler karsinoma (HSK), dünya çapında kanserle ilişkili ölümlerin üçüncü en yaygın nedenidir ve HSK karaciğer kanseri vakalarının çoğunluğunu oluşturmaktadır. Erken evre HSK’da cerrahi tedaviler uygulanabilse de HSK hastalarının birçoğunun kronik karaciğer rahatsızlıklarının bulunması ve ileri evrede tanı almaları sebebiyle tedavi seçenekleri kısıtlanmaktadır. İleri evre HSK’nın sistemik tedavisinde kullanılan Sorafenib (SOR) HSK tedavisinde onaylı birinci basamak ajandır ve Ras/Raf/MEK/ERK sinyal yolaklarını inhibe ederek tümör hücresi proliferasyonunu inhibe etmektedir. SOR tedavisi alan hastaların yaklaşık %30'unun SOR’dan fayda görmesi ve bu hasta grubunun genellikle 6 ay içinde ilaca direnç geliştirmesi sebebiyle HSK’da kemorezistansın üstesinden gelinmesi ve spesifik tedavi seçeneklerinin keşfedilmesine ihtiyaç duyulmaktadır. Kalsiyum (Ca+2), hücre çoğalması, gelişimi, hareketliliği, sekresyon ve öğrenme ve hafıza dahil olmak üzere çeşitli hücresel süreçleri düzenleyen evrensel bir ikinci habercidir (Kahl & Means, 2003). Depo kontrollü Ca+2 girişi (SOCE) uyarılamayan hücrelerde anjiyogenez, metastaz, hücre göçü, EMT ve ilaç yanıtları gibi birçok sürecin kritik düzenleyicisidir. Ca+2 sinyalizasyonundaki düzensizlik hem akut hem de kronik karaciğer hastalıkları ile ilişkilidir. Özellikle, sitozolik Ca+2 miktarlarının artması hücrenin anabolik/katabolik dengesini etkileyebilirken, mitokondriyal kalsiyumun bozulması apoptoz yoluyla hücre yaşamına veya ölümüne neden olmaktadır (Modica et al., 2019). HSK’da SOCE’nin ve SOCE moleküler bileşenlerinin proliferasyon, hücre göçü, metastaz ve apoptoz üzerindeki etkilerinin yanında, HSK hücrelerinde gelişen kemorezistansta direnci geri çevirebilme potansiyelinin belirlenmesi sonucu HSK’da SOCE’nin potansiyel bir tedavi hedefi olduğu düşünülmektedir. Proje kapsamında Huh7 hücrelerinde SOR, SOCE aktivatörü (Thapsigargin)/SOCE inhibitörünün (SKF-96365) proliferasyon hızı, hücre içi kalsiyum konsantrasyonu, apoptotik ölüm düzeyleri, SOCE ilişkili TRPC1, TRPC6, STIM1 ve Orai1 mRNA ve protein ekspresyon düzeylerinin belirlenmesi ile araştırılmıltır. 1.25 μM SKF-96365 ve 1.25 μM SKF-96365+4 μM SOR uygulanan Huh7 hücrelerinde proliferasyon hızı inhibe olmuş apoptotik ölüm düzeyleri artmıştır. Huh7 hücrelerine göre 6 μM SOR, 1.25 μM SKF-96365 ve 1.25 μM SKF-96365+ 4 μM SOR uygulanan Huh7 hücrelerinde ER Ca+2 salıveriliği ve SOCE’de artış belirlenmiştir. Huh7 hücrelerine kıyasla 6 μM SOR uygulanan hücrelerde SOCE ile ilişkili genlerin mRNA ekspresyonları artarken, 1.25 μM SKF-96365 ve 1.25 μM SKF-96365+ 4 μM SOR uygulanan Huh7 hücrelerinde SOCE ile ilişkili genlerin mRNA ekspresyon düzeyleri azalmıştır. Bu sonuçlar protein ekspresyon düzeyleri ile de korelasyon göstermiştir. Sonuçlarımız HSK ve HSK’da SOR tedavisinde SOCE’yi hedefleyen terapötik yaklaşımların hastalarda prognoz ve tedavilere yanıttaki rolü bakımından büyük önem taşıdığını göstermektedir. Çalışmamız literatüre yeni bilgiler kazandırmasının yanında pre-klinik ve klinik anlamda yeni araştırmalar için temel oluşturmaktadır. Bu mekanizmaların tam olarak anlaşılması için ileri düzeyde araştırmalar yapılması gerekmektedir.
Kuvvet antrenmanlarında farklı set metotlarının uyku mimarisi ve oksijen saturasyonuna etkileri
(Ege Üniversitesi, 2023) Özçaldıran, Bahtiyar; Demirarar, Onur
Bu çalışmanın amacı; kuvvet antrenmanı set metotlarından klasik/geleneksel set (KS) ve cluster set (CLS) konfigürasyonlarının, uyku mimarisi ve uyku halinde oksijen saturasyonuna (SpO₂) olan etkilerinin araştırılmasıydı. Araştırmanın katılımcıları; rekreasyonel aktif, uyku problemi olmayan, on dört sağlıklı erkek (yaş: 22,41±2,38 yıl; boy:177,79±6,55 cm; kilo: 77,15±12,65 kg) gönüllülerden oluşmaktaydı. Testler başlamadan önce katılımcıların; sirkadiyen ritmleri (puan: 51,29±6,01), günlük kalori ihtiyaçları (2886,54±310,11 kal.), durumluk ve süreklilik kaygıları (STAI-TX1, STAITX2), uyku kaliteleri (PSQI) belirlendi. Katılımcılar üç farklı gece; kontrol uykusu, KS uykusu ve CLS uykusu uygulamalarına bilgisayar tabanlı randomizasyon yazılımı ile atandı. Uygulamalar arasında 72±24 saat ara verildi. Her uyku öncesi STAI-TX1 ve STAI-TX2 tekrarlandı. Kuvvet antrenmanları tek seans uygulandı ve şiddetin belirlenmesinde 10 TM metodu kullanıldı. KS direnç antrenmanı uygulaması; %85 şiddet, 4 set 6 tekrar uygulandı. Set ve hareket araları için 3 dakika dinlenme verildi. CLS direnç antrenmanı ise; %85 şiddet, 4 set (3x2) tekrar, tekrarlar arası 30 saniye, set arası ve hareket araları için 3 dakika dinlenme verilerek uygulandı. Antrenmanlarda; smith machine frontal squat, bench press, lat pull down machine, cable face pull, barbell preacher curl ve triceps push down hareketleri uygulandı. Egzersiz öncesi ve sonrası kan alınarak kan laktat farkları (ΔkLA) KS için 5,62±1,72 mmol·L-1, CLS için 3,11±0,90 mmol·L-1 olarak belirlendi. Direnç antrenmanı uygulamalarının ardından 23:00–07:00 saatleri arasında, uyku kliniğinde, uyku mimarisi ve SpO₂ analizleri polisomnografi ile yapıldı. Bulgularımıza göre sonuçların ikili karşılaştırmalarında kontrol uykusu, KS uykusu ve CLS uykusunda hiçbir parametrede anlamlı fark bulunamadı (p>0,05). KS konfigürasyonu CLS’ye kıyasla toplam uyku süresi (TST), nrem-2 süresi (N-2), nrem-3 süresi (N-3), rem süresi (R), uyku başlangıç gecikmesi (SOL), nrem-1 uykusu gecikmesi (N-1L), nrem-2 uykusu gecikmesi (N-2L) parametrelerinde daha iyi sonuçlar vermesine rağmen istatistiksel olarak birbirine benzer düzeydeydi. Diğer yandan, CLS konfigürasyonundan KS’ye kıyasla; uyku verimi (SE), rem uykusu gecikmesi (RL), uyanıklık (W), uykudan sonraki uyanma süresi (WASO) ve periyodik bacak hareketleri bozukluğu (PLMS) parametrelerinde istatistiksel olarak anlamlı olmayan düzeyde daha iyi sonuçlar elde edildi. Sonuç olarak direnç antrenmanlarında kullanılan KS ve CLS konfigürasyonları, uyku problemi olmayan rekreasyonel aktif erkeklerde, uyku mimarisi ve uyku halinde SpO2 değerlerinde, istatistiksel olarak anlamlı farklılık yaratmadı.
Terk edilmiş eski bir Osmanlı köyünden geriye kalanlar: Eski Ürkmez Köyü
(Ege Üniversitesi, 2024) Uçar, Aygül; Uçar, Hasan; Arlı, Levent Efe; Özkan Tekneci, Zeynep
Eski Ürkmez Köyü, Ürkmez Barajı'nın inşası nedeniyle boşaltılarak kaderine terk edilmiştir. Cumhuriyet Dönemi öncesine kadar Türk ve Rum nüfusun yan yana yaşadığı bir yerleşim olan köyde cami, çeşme, konut gibi farklı türde yapılar inşa edilmiştir. Ayrıca caminin haziresinde çok sayıda Osmanlı Dönemi mezar ta#ı bulunmaktadır. Osmanlı yerleşiminin mimari kimliğini yansıtan bu eserler baraj havzası içerisinde kalarak yağışın bol olduğu kış mevsiminde, barajın büyük ölçüde dolması sebebiyle sular altında kalmakta ve hızla yok olmaktadır. Osmanlı sanatının bir bütün olarak anlaşılabilmesi hem kent merkezlerindeki hem de kırsal kesim yerleşimlerindeki eserlerin incelenmesiyle mümkündür. Bu çalışmayla kendine has karakterini genel olarak koruyan Eski Ürkmez Köyü'nde cami, çeşme, okul gibi farklı türde yapılar ve caminin haziresindeki çok sayıda Osmanlı Dönemi mezar taşının belgelenerek tanıtılması hedeflenmektedir.
