Eltem, RenginSarıgül, Nermin2016-05-312016-05-312007https://hdl.handle.net/11454/3155Thermus genusu termofilik bakteriler arasında en iyi bilinen genuslardan biridir. T. aquaticusʼdan üretilen termostabil DNA polimeraz enzimi PCR teknolojisinin ve rekombinant DNA çalı malarının gerçekleştirilmesini sağlamıştır. Bu nedenle Thermus genusu bakterilerin Ege Bölgesinden izolasyonu sadece biyolojik çeşitlilik verisinin sağlanması yönünden değil aynı zamanda bu bakterilerin enzimlerinin biyoteknolojik potansiyelleri nedeniyle de önemlidir. Ege Bölgesiʼndeki sıcaklıkları 55-95 0C ve pH değerleri 6,0-9,5 arasında değişen 6 ildeki 11 sıcak su kaynağının (9 tanesi kaplıca, 2 tanesi jeotermal enerji tesisi) toplam 32 örnekleme noktasından biyofilm ve su karışımını içeren örnekler toplanmıştır. Ön zenginleştirme işleminden sonra toplam 69 bakteri suşu izole edilmiştir. Gramʼs boyama, endospor boyama, nişastanın hidrolizi, katalaz, üreaz, sitokrom oksidaz, nutrient brothda büyüme ve peptidoglikan analizi gibi çeşitli biyokimyasal test ve boyamalarla 40 potansiyel Thermus izolatı seçilmiştir. Tanımlama, genetik olarak akrabalık ve biyo-çeşitlilik çalışmaları için potansiyel Thermus izolatlarının 16S rDNA sekansları kullanılmıştır. 16S rDNA amplifikasyonu 8F ve 1492R universal primerleri kullanılarak yapılmıştır. 4 sekanslama primeri seçilmiştir; 8F, 1492R, 515F ve 1115R ve sekans reaksiyonları Orta Doğu Teknik Universitesi Merkez Laboratuvarına yaptırılmıştır ve ham sekans çıktıları eposta aracılığı ile tarafımıza gönderilmiştir. Her bir izolat için gönderilen 4 adet kısmi 16S rDNA ham sekans verileri Bioedit Sequence Alignment Editor programı ile tek bir sekans dizisi haline getirilmiştir. Gen Bankası nukleotid blast işlemi ile en yakın türler belirlenmiştir. Tüm izolatların sekans benzerliği ise ClustalW1.8 multiple sekans alignment programı kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Mega 3.1 programı ile neighboor joining methoda göre filogenetik dendogram oluşturulmuştur. Oluşturulan ağacın güvenilirliği bootstrap 500, 1000 ve 2000 ile değerlendirilmiştir. 22 Thermus oshimaii, 9 Thermus scotoductus, 5 Thermus antranikianus, 3 Thermus thermophilus ve 1 Thermus sp. Ege TB 34 suşu tanımlanmıştır. Termofilik mikroorganizmalardan sağlanan termostabil beta-galaktosidaz enzimi, mezofilik olanlar ile kıyaslandığında düşük laktozlu süt ürünlerinin üretiminde oldukça avantajlıdır. 60 0Cʼde veya daha yüksek sıcaklık derecelerinde aktif olan termostabil enzimler yüksek sıcaklıklarda pastörizasyon işlemi yapılırken aynı zamanda laktoz oranınında düşürülmesine olanak sağlamaktadır. Endüstriyel önemi nedeni ile tanımlanan Thermus suşlarının beta-galaktosidaz aktiviteleri incelenmiştir. Termostabil beta-galaktosidaz üretiminin indükleme ve sonlandırma zamanları her Thermus suşu için büyüme eğrisinin ve kilenme sürelerinin çıkarılması ile belirlenmiştir. İkilenme süreleri T. oshimai için 50-164 dakika, ortalama 81 dakika; T. scotoductus için 59-116 dakika, ortalama 78 dakika; T. thermophilus için 46-68 dakika, ortalama 54 dakika, T. antranikianus için 51-86 dakika, ortalama 68 dakika; Thermus sp. Ege TB 34 için 138 dakika olarak hesaplanmıştır. Tüm Thermus suşlarında beta-galaktosidaz enzim aktivitesi belirlenmiştir. 70 0Cʼde en yüksek ve en düşük enzim aktiviteleri Thermus oshimai Ege TB 2 ve Thermus oshimai Ege TB 9 suşlarında sırasıyla 81082 Unit/g kuru hücre, 1128 Unit/g kuru hücre şeklinde belirlenmiştir.trinfo:eu-repo/semantics/openAccessThermus spp., 16S rDNA, filogeni, biyoçeşitlilik, beta-galaktosidaz.Thermus spp., 16S rDNA, Phylogeny, Biodiversity, beta-galactosidase.Biyoteknoloji A.B.D.Doctoral Thesis