SARS CoV-2 virüsünün yeni nesil dizileme analizi ile genomik karakterizasyonu
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
AMAÇ: Koronavirüs hastalığı (COVID-19) salgını Aralık 2019'da Çin'in Hubei eyaletindeki Wuhan'da ortaya çıktı. Patojen, SARS-CoV-2 olarak tanımlanmıştır. 11 Mart 2020'de Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) küresel salgın ilan edilmiştir. Yeni nesil dizileme (YND)'den toplanan bilgiler; terapötiklerin ve aşıların geliştirilmesi, virüsteki değişikliklerin izlenmesi dahil bilgi birikimi sağlamaktadır. Bu çalışmada pandemide varyantların baskın olduğu döneme ait iki farklı tarih aralığında SARS-CoV-2 saptanan örneklerden tüm genom dizilemesi ile genetik değişikliklerin saptanması, "clade" ve "lineage" analizlerinin yapılması ayrıca klinik özelliklerinin incelenmesi amaçlanmıştır. GEREÇ ve YÖNTEM: Ege Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbı Mikrobiyoloji Laboratuvarına SARS-CoV-2 PCR testi için gönderilen solunum yolu örneklerinden "Real-Time" (gerçek zamanlı) PCR ile çalışıp SARS-CoV-2 pozitif ve yüksek viral yüke sahip olduğu tahmin edilen [döngü eşiği (CT) <20] 39 solunum örneği (Eylül 2021'de dokuz, Mart-Nisan 2022'de otuz) tüm genom YND analizi için seçildi. Hasta örneklerinden viral RNA ekstraksiyonu, ters transkripsiyon ve PCR sonrası hazır hale getirilen DNA kütüphanesi, "flow" hücresine yüklenerek MinKNOW programıyla dizilemenin ardından veri analizi gerçekleştirildi. Bu 39 örnek ayrıca; hastaların yaşı, cinsiyeti, komorbid hastalıkları, kliniğinin şiddeti (hafif-orta-ağır), hastanede kalış süresi, eş zamanlı bakteriyel kültürü varsa üreme olup olmaması özellikleri açısından da incelendi. BULGULAR: Otuz dokuz diziden otuz üçü, ?%90 genom kapsamına ulaşan yüksek kaliteli genomik veriler elde edilmiştir. 2021 Eylül döneminde dizilenen 9 örnekte Delta, 2022 Mart-Nisan döneminde dizilenen otuz örnekte Omikron varyantı saptanmıştır. Nextstrain sınıflamasına göre 9 dizi 21J, 30 dizi 21L olarak bulunmuştur. Pango sınıflamasına göre BA.2 (n=26), BA.2.9 (n=3), AY.122 (n=2), BA.2.5 (n=1), AY.46 (n=1), AY.46.2 (n=1), AY.121 (n=1), AY.126 (n=1), AY.78 (n=1), B.1617.2 (n=1), AY.4.6 (n=1) olduğu görülmüştür. Çalışmamızda Delta varyantı saptanan hastaların %33, 3'ünde orta şiddette klinik, Omikron varyantı saptanan hastaların %3, 3'ünde ağır şiddette klinik görülmüştür. SONUÇ: Çalışmamızda saptanan varyantların küresel GISAID verilerindeki baskın varyantlarla zamansal açıdan uyumlu olduğu görülmüştür. Ülkemizdeki yaygın soylar ve Türkiye ile ilişkili soylar izlenmiştir. Delta varyantı saptanan dizilerde daha çok patojeniteye yönelik mutasyonlar görülürken; Omikron varyantı saptanan dizilerde daha fazla iletim ve immün sistemden kaçışa yönelik daha fazla mutasyon görülmüştür. Çalışmanın sonuçları, halk sağlığı karar verme ve sağlık hizmetleri için SARS-CoV-2 suşlarının sürekli dizilemeye dayalı gözetimine duyulan ihtiyacı bir kez daha vurgulamaktadır.
Açıklama
Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji A.B.D. Araştırma Projesi
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
Araştırma Projesi elektronik ortamda bulunmaktadır.
