Domates bitkisinde patojen olan Fusarıum oxysporum f.sp. Lycopersici strainlerinin moleküler tanısı ve patojenite genlerinin araştırılması

Domates (Lycopersicon esculentum) dünyada en yaygın olarak üretilen bitkilerden biridir. Fusarium oxysporum f.sp lycopersici (FOL) ise domates bitkisinde vasküler solgunluğa sebep olabilen bir patojendir. Aynı vejetatif uyumluluk grubunda (VCG) olan strainlerin daha fazla genetik benzerliğe sahip oldukları bilinmektedir. Ek olarak, FOL'ün bilinen üç farklı fizyolojik patojenite ırkı, ırk spesifik gen bölgeleri kullanılarak belirlenmiştir. Bu tezin önemli hedeflerinden biri de patojenite ırkları ile VCG'ler arasındaki bağlantıyı ve benzerliği ortaya çıkarmaktır. Üç farklı tarla ziyaret edilerek, totalde yirmi farklı kısımdan altmış adet örnek toplandı. Fenotipik tanılama sonrasında, nitrat kullanmayan mutantlar (nit mutantları) klorat içeren minimal besiyerinde saptandılar. Nit mutantları saptandıktan sonra, dört farklı gruba ayrıldılar. Bu işlemden sonra, vejetatif uyumluluk veya uyumsuzluk testleri gerçekleştirildi. Örneklerin patojenite grupları PCR ve jel elektroforezi yöntemleri ile saptandı. Elde edilen sonuçlar doğrultusunda ırklar ve VCG'ler arasında bağlantı ve korelasyon saptanmıştır. Çalışma modifiye besiyerlerinin izolasyon başarısını arttırdığını da göstermektedir. Sonuçlar istatistiksel analiz için SPSS programı kullanılarak kategorik veriler için Fisher kesin olasılık testine tabi tutulmuştur.

Tomatoes (Lycopersicon esculentum) are one of the widely grown vegetables worldwide. Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) is a pathogen of tomato plants which causes vascular wilt. However, isolates in the same vegetative compatibility group (VCG) are more genetically similar than incompatible ones. Also, three known physiological races of FOL are distinguished by their specific pathogenicity on differential plants carrying dominant race-specific resistance genes. The objectives of this study were to find a linkage between pathogenic races and VCG's. Three different fields were visited, and sixty samples were taken from twenty different districts of them. After identification, nitrate non-utilizing (nit) mutants were determined. Then, they were divided into four phenotypic classes. After, vegetative compatibility tests are performed. After tests, pathogenic groups of samples were determined by PCR and gel electrophoresis methods. According to these results, correlations and linkage have been found between VCGs and races. Also, this study shows that modified mediums were given a better score than usual mediums. Results were analyzed for their statistical data on SPSS by using Fisher's exact test.