Fusarium oxysporum f.sp melongenae'nin genom analizi
Küçük Resim Yok
Tarih
2023
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Fusairum oxysporum (FO), konukçuya özgü tür kompleksi ile geniş bir konukçu yelpazesini etkileyen, toprak kaynaklı bir patojendir. FO ksilemden girerek solgunluk semptomlarına neden olmaktadır. Temel amacımız aktif patlıcan patojeni olan F. oxysporum f. sp. melongeane (FOMG)'nin daha iyi tanımlanmasına yardımcı olarak bu mikroorganizma hakkındaki bilgileri detaylandırmaktır. Çalışma materyali olarak 10 adet patojen özelliğine sahip FOMG ve 5 adet patojen özellik göstermeyen FO izolatı kullanılmıştır. Sekans sonrası biyoinformatik süreçlerin yardımı ile, bu mikroorganizma dahilinde birleştirme, anotasyon, tek nükleotid polimorfizmi (SNP), sekretom ve patojenlikten sorumlu bölgeler gibi başlıklarda veriler elde edilmiştir. Elde edilen verilen değerlendirilmiş ve önceki çalışmalar ile karşılaştırılmıştır. Bu çalışmadan ile FOMG'ye ait daha detaylı veriler elde edilmiştir.
Fusairum oxysporum (FO) is a soil-borne pathogen that affects a wide range of hosts with its host-specific species complex. FO enters through the xylem and causes wilt symptoms. Our main aim is to acquire detailing information about this active eggplant pathogen F. oxysporum f. sp. melongeane (FOMG), helping to better identify it. As the study material, 10 pathogenic FOMG and 5 non-pathogenic FO isolates were used. With the help of post-sequence bioinformatics processes, data on topics such as assembly, annotation, single nucleotide polymorphism (SNP), secretome and pathogenicity regions were obtained within this microorganism. The obtained data were evaluated and compared with previous studies. With this study, more detailed data on FOMG were obtained.
Fusairum oxysporum (FO) is a soil-borne pathogen that affects a wide range of hosts with its host-specific species complex. FO enters through the xylem and causes wilt symptoms. Our main aim is to acquire detailing information about this active eggplant pathogen F. oxysporum f. sp. melongeane (FOMG), helping to better identify it. As the study material, 10 pathogenic FOMG and 5 non-pathogenic FO isolates were used. With the help of post-sequence bioinformatics processes, data on topics such as assembly, annotation, single nucleotide polymorphism (SNP), secretome and pathogenicity regions were obtained within this microorganism. The obtained data were evaluated and compared with previous studies. With this study, more detailed data on FOMG were obtained.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Biyoteknoloji, Biotechnology
