Anserin dipeptidinin bakır (Cu) metali ile olan etkileşiminin moleküler modelleme yöntemleri ile incelenmesi
Yükleniyor...
Tarih
2013
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Bu tezde Anserin (ß-alanil-L-histidin) dipeptidinin nötral ve zwitteriyonik halleri için sırasıyla konformasyon analizi ve optimizasyon işlemleri uygulanmıştır, bu işlemler sonucunda en kararlı yapılar elde edilmiştir ve bu yapılar içerisinden en düşük enerjili yapı ile Cu+ iyonunun etkileşimi moleküler modelleme yöntemi ile incelenmiştir. Anserinin nötral ve zwitteriyonik formlarının, SYBYL moleküler mekanik kuvvet alanı fonksiyonu kullanılarak oluşturulan konformerlerinin B3LYP/cc-pVDZ seviyesinde gaz fazında ve çözücü fazında ayrı ayrı olmak üzere optimize edilmesiyle çalışmaya başlanmıştır. Bu optimizasyon sonucunda elde edilen yapılardan en kararlı yapı B3LYP/GEN seviyesinde (C, H, O, N atomları için cc-pVTZ, Cu için LANL2DZ baz setleri tanımlanarak) Cu+ ile etkileşime sokulmuştur. Bakır iyonunun anserin ile kararlı olarak etkileştiği yapılar elde edilmiştir ve anserinin hangi bölgesinin bu etkileşimde hakim bölge olduğu tespit edilmiştir. Yapılan bu çalışma sonucunda, deneysel verilerde gösterilen anserin-Cu+ etkileşimi desteklenerek bu bağlanma bölgesi gösterilmiştir.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
Anserin, Bakır, DFT, Moleküler Modelleme, Biyokimya., Anserine, Copper, DFT, Molecular Modelling, Biochemistry., Biyokimya A.B.D.
