Asimetrik dimetilarginin (ADMA) aptamerlerinin geliştirilmesi ve aptamer temelli tayin kitinin tasarlanması

Asimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün kardiyovasküler hastalıklar gibi birçok patofizyolojik durumla ilişkili olduğu bilinmekte ve dolayısı ile bu moleküle ilişkin çalışmalar giderek artmaktadır. Hastalıkların tanı, tedavi ve tedavisinin izlenmesinde yeni bir yaklaşım olarak ADMA’nın tayini önem kazanmıştır. Ancak ADMA tayin yöntemleri kısıtlı ve yetersiz olduğu için yeni yöntemlere ihtiyaç vardır. Mevcut ADMA tayin yöntemlerinin yüksek maliyeti, uzun analiz süresi ve rutin analizlerde kullanılabilirliklerinin zor olması yeni yöntemlere ihtiyacı arttırmaktadır. Nükleik asit aptamerleri stabilite, kolay sentez ve maliyet gibi birçok özellikleri açısından antikorlara üstünlük sağlayan tek iplikli DNA veya RNA molekülleridir. Bu açıdan, ELISA’ya alternatifi kitlerin tasarlanması için aptamerler ideal moleküllerdir. Bu projede, biyobelirteç potansiyeline sahip bir aminoasit türevi olan asimetrik dimetilarginin (ADMA) molekülünün tayinine yönelik yeni bir yöntem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, proje kapsamında önce ADMA aptamerleri geliştirilmesi ve ardından floresans temelli tayin yönteminin tasarlanması hedeflenmiştir. Proje kapsamında SELEX yöntemi kullanılarak literatürde ilk kez ADMA aptameri geliştirilmiştir. İleriye yönelik bir kit tasarımı için farklı floresans temelli yöntemler karşılaştırılmıştır. Bu yöntemler arasında, 3' pozisyonundan FAM ile işaretlenmiş aptamerin floresans yanıt oluşturduğu belirlendi ve kit tasarımı için gerekli tayin yöntemi elde edildi.

Asymmetric dimethylarginine (ADMA) is known to be associated with many pathophysiological conditions including cardiovascular diseases and therefore studies on this molecule gradually increase. Detection of ADMA as a new approach for diagnosis, treatment and control of these diseases has gained importance. Since ADMA detection methods are limited and insufficient, new methods are needed. High cost of the existing ADMA determination methods, long analysis time and difficulty in using them for routine analysis increase the need for new methods. Nucleic acid aptamers are single-stranded DNA or RNA molecules that provide superiority to antibodies in terms of many properties such as stability, ease of synthesis, and cost. In this respect, aptamers are ideal molecules for design of novel kits as alternative to ELISA. In this project, design of a new method for detection of ADMA, an amino acid derivative with biomarker potential, was aimed. For this purpose, it was aimed to develop ADMA aptamers and then to design of a fluorescence based detection kit. In the context of this project, ADMA aptamer was developed for the first time in the literature by using SELEX method. Then, different fluorescence-based methods were compared for future kit design. Among these methods, the 3 '-FAM labeled aptamer produced a fluorescence response and the required assay for kit was obtained.