Rasyonel ve evolusyoner enzim dizaynı yolu ile iki (βα)8–barrel enziminin katalitik aktivitelerinin değiştirilmesi
Yükleniyor...
Dosyalar
Tarih
2009
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Ege Üniversitesi
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
TIM fıçı olarak da bilinen (βα)8-fıçı, enzimlerin fonksiyon, stabilite ve evrimsel özelliklerinin anlaşılmasında mükemmel bir modeldir. Triptofan biyosentez yolundaki üç TIM fıçı, yapısal benzerlikleri ve korunmuş fosfat bağlanma bölgeleri nedeniyle ıraksak evrimle oluşmuş enzimlere en iyi örneklerdir. Yapısal benzerliklere dayanarak fosforibozil antranilat izomeraz (TrpF) ve bifonksiyonel triptofan sentaz α-altbiriminin (TrpA) gen duplikasyonu ve farklılaşma sonucu ortak bir öncüden evrimleştikleri öne sürülmüştür. Bu çalışmada TrpA’ya TrpF aktivitesi kazandırılması için yönlendirilmiş evrim yaklaşımı kullanıldı. trpA geninde error-prone PCR veya DNA shuffling yöntemleri kullanılarak hazırlanan gen kütüphanelerinden in vivo komplementasyon yoluyla TrpF aktivitesine sahip varyantlar seçildi ve in vitro TrpF aktiviteleri belirlendi. TrpF’ye TrpA aktivitesi kazandırılması için rasyonel dizayn yoluyla belirlenen amino asit değişiklikleri gerçekleştirildi ve TrpF varyantının TrpA aktivitesi kazanıp kazanmadığı araştırıldı.
Açıklama
Anahtar Kelimeler
TIM fıçı, yönlendirilmiş evrim, error-prone PCR, triptofan biyosentezi, TIM barrel, directed evolution, error-prone PCR, tryptophan biosynthesis, Biyokimya A.B.D.
